雍正是个以农务为先的皇帝，在史上记载，他同时也是个严苛至极的皇帝，大兴农务以降，自必然得大设天下粮仓，畅通粮运之道，综观中华大地，南米北麦，雍正厉行改革前的运输管道，以走旱路为主，中华大地物大地博，旱路行走着实不易且风险居多，于是在雍正年间，大出皇榜由钦差田文镜招民兴办水路粮运。
当时，杭州有三位异姓昆仲好友揭皇榜愿受此任，并结为异姓兄弟。这三位依年岁长幼而分，长者姓翁单名岩，字福明，道号德慧，江苏常熟人，原籍山东东昌府聊城县鼓楼街，秀才出身，后弃文习武，在河南少林寺习艺，雍正二年加入天地会；次者姓钱单名坚，字福斋，道号德正，原籍山东东昌府聊城县，迁居河南，经商，雍正二年随翁祖加入天地会；最年幼者姓潘单名清，字宣亭，道号德林，浙江杭州武林门外哑叭桥人（有的野史将三人写为翁麟、钱保、潘安）。此三位清帮的祖师爷，均因受教于罗祖教下，此外，长房翁祖出自少林，且罗祖教下本源自禅门，为追本溯源，因此清帮同时也供奉禅门达摩祖师至六祖惠能，传道亦传禅以宗教立帮。三位清门祖师于雍正四年揭下皇榜，创立粮运之道，水路运粮主要是以通州至杭州这段航程，建设了七十二个半码头，设立一百二十八帮半，而其中所谓的半码头，指的是专做南北杂货小买卖用的码头。十七世纪时，训民必先教民，古时候的通识教育并不普及，宗教的力量及劝人为善的理念，对于约束帮众行为，则是最好规律法条，而这半帮指的即是承传祖训，修行修身传教传道的香火船，此为兰山半帮，帮主为潘房三十六弟子中的顶山门（众弟子中排行中间者）弟子姚玉字清，杭州人士，道号文铨，后代称为姚祖。
清帮虽为翁、钱、潘三位祖师所创，然草创之初，翁、钱二位祖师爷先后仙逝，潘祖独撑大志，与门下弟子共同订定家规法则，劝戒帮众修德论道，将一帮市井船夫，治理的有条有序满帮是良才，强调师带徒的体制，帮中大小以字辈论之，严然是个大家族，并设立家庙，凡入帮者，不论何姓，一旦入帮，均为潘家子孙，因此不仅仅是入帮会，而是入家族，且不论何字班辈，一师皆为师，一徒皆为徒，受四方长辈恩下，也使得清帮有别于其他帮派会社，师徒兄弟间感情特别亲切。
乾隆三十一年，潘祖于运粮时在凤林闸下仙逝，由潘祖开山门弟子王降字相阳，淅江杭州西门外人，及关山门弟子萧玉德，字明新，苏州府昌门外人，扶柩回杭州武林门外，是为王祖及箫祖，因此后，清帮对于各师父领下的开山门、关山门弟子均特别敬重。此外，潘祖仙逝之时，有第五代文字辈弟子王培玉，字蓝田，道号文功，直隶通州坝人，当时仅进过小香，清帮称为一脚门内一脚门外，由众师兄帮他上大香开法后（清门规矩，师父若过舫（往生），其门下弟子若未上大香或开法者，可由顶山门弟子主香代师执行，唯不可代师再收徒），其守墓终日，纯诚哀恸不已，饮食不思，数日后随潘祖仙逝，清帮为念其护主忠诚，又因其为糟船舵工，在职上他系全船安危于一身，故封其为护法小爷，于香堂门傍供奉，永做记念。清门中为记念这些祖师，则称为三老四少，三老分为前后三老，前三老指的是金、罗、陆祖，后三老为翁、钱、潘祖。四少即为：朱、刘、黄、石，四个讲道庵室所出学生，分别为翁祖讲道的朱寺庵、钱祖刘寺庵、潘祖黄寺庵、护法小爷石寺庵。四庵代表为：翁祖弟子黄泉，钱祖弟子石士宝，潘祖弟子萧玉德，最特别的则为石寺庵，诚上所述，护法小爷开法不久便已仙逝，哪来的弟子？所以石寺庵弟子其实指的是领帮行运，护佑全帮的总领帮主，或是护佑清帮有功之人，意为培养忠义护主之风，在潘祖之后，为文字班宿庆祥领帮，故石室庵弟子以宿庆祥做为代表。
继潘祖之后，众推宿庆祥领帮行运，帮隔数代后，乃至清咸丰四年，太平天国之乱，皇粮遭毁，无法承运粮务，至此后，清帮主要经济命脉断绝，后至清光绪十二年，一百二十八帮半，仅余六大帮头，而最后这六帮，接续传承家运，至光绪二十七年改为官运，不再行运江河，昔日千船万旗大江飘的景象，从此之后正式走出历史，指为粮船不开，雀杆不点头，因此后期的清帮弟子，均在陆上行走四方，又称为旱码头入会。
有人认为，清帮是洪门的一支派，其实不然，但确有传说翁、钱二位祖师均乃洪门／天地会会员，且创帮之始，很多成员出身洪门也甚有可能。
