1321年后，察合台汗国分裂为东、西两部分，东部称为“蒙兀儿斯坦”，西部称为“马维兰纳儿”。之后，两个国家仍然处于混乱状态。
如在马维兰纳儿的统治集团内部，仅从1321年至1346年间，先后有10个汗即位，而且每个汗即位时，都采用谋杀手段。
1388年，西察合台汗国遭到新崛起的帖木儿帝国的打击，最终被吞灭。东察合台汗国则继续维持到1514年被叶尔羌汗国取代。
1225年，成吉思汗把今阿尔泰山以南以及稍偏西的一些土地封给其三子窝阔台汗，成立窝阔台国，领有额尔齐斯河上游和巴尔喀什湖以东地区，他以哈拉和林为大帐常驻地。1241年12月窝阔台汗逝世，其后由皇后脱列哥那任摄政四年。
1246年，贵由继承父亲的大汗位，同时领有本部及窝阔台汗国两块地方。1248年七月，在位仅一年零八个月的贵由从叶密立的领地西巡时因酗酒过多去世。
贵由死后，有实力的拖雷之子蒙哥夺得大朝或大蒙古国大汗之位，在1251年7月登位成为大蒙古国的第4代君主。由于蒙哥并非窝阔台后裔，对一些窝阔台系后王有戒心，以窝阔台系后王屡与作难的缘故，改变了他们的封地，将封地分割，分授诸王，以去其势。另有一种说法是：为了追讨失去了的权力，窝阔台的遗儿联合察合台国诸王，意图暗杀蒙哥汗。结果，蒙哥识破了计谋，所以把包括了贵由的家族，包括了他的遗孀在内所有人处死及流放。而窝阔台国的领地，则由窝阔台的其他儿子瓜分。当中，窝阔台之子合丹领别失八里（今新疆吉木萨尔北破城子之地）。事实上，窝阔台国在这时已经解体了。窝阔台其中一位孙子海都被封于海押立（今伊犁西），另一个孙子脱脱则占领叶密立。
大蒙古国第四任可汗蒙哥汗在1259年7月27日去世后，忽必烈与阿里不哥争夺大汗之位（1260—1264年），窝阔台家族所承受的压力虽然减轻了，但这时窝阔台的孙儿海都抬头，并与察合台家诸子选择站在阿里不哥一方。然而，窝阔台的儿子合丹所属的家族却选择追随原来领有河西走廊一带的忽必烈，与海都家族对立。阿里不哥失败后，海都仍然与忽必烈为敌。由于海都与察合台家诸子的友好，海都的实力逐渐增强，称雄中亚，甚至察合台汗国也在其势力范围内。
1260年忽必烈称汗并于1264年彻底击败阿里不哥其后在（1271年）建立大蒙古国后，海都与察合台国和术赤国君主组成同盟与忽必烈的蒙古军交战，并一度攻占和林等处行中书省的哈拉和林。忽必烈去世后，海都继续与元成宗交战。
1301年（大德五年）海都兵败并于不久后去世，其子察八儿立，窝阔台国开始走下坡。1304年，察合台国入侵窝阔台国，大蒙古国蒙古军趁机进攻，察八儿兵败，投靠察合台汗国。1309年（至大三年），察八儿在察合台汗国的内争中失败，为察合台系后王怯伯所败，逃入元朝境内，窝阔台汗国灭亡，其地多被纳入察合台汗国。
1256年，旭烈兀率军攻灭木剌夷国。1258年攻陷巴哈塔，灭黑衣大食（阿拉伯帝国的阿拔斯王朝）。旭烈兀汗率兵攻打埃及，得知蒙哥汗死讯后准备返回漠北。由于忽必烈和阿里不哥之间的争位战争已爆发，旭烈兀留在了波斯地区。
忽必烈与阿里不哥争位时，为了取得旭烈兀的拥护，将阿姆河以西，直到密昔儿（今埃及）边境的波斯国土和该地蒙古、大食军民划归旭烈兀统治，这样形成了伊利汗国。旭烈兀汗以篾剌哈（今伊朗阿塞拜疆马腊格）为都城，领土，东起阿姆河和印度河，西面包括小亚细亚大部分地区，南抵波斯湾，北至高加索山脉。
1262年，钦察汗国别儿哥汗为争夺旭烈兀控制下的阿塞拜疆地区，发兵来攻，双方激战两年多。别儿哥虽然退回，但此后两蒙古汗国经常为领土争端发生冲突。
1265年，旭烈兀汗死，长子阿八哈即位，定都桃里寺（今伊朗境内的大不里士），以篾剌哈为陪都。伊利汗国与元朝一直保持着友好的关系。1282年阿八哈卒，弟贴古迭儿（又名阿合马）继立。
1284年，阿八哈子阿鲁浑认为自己父亲受大汗册命，汗位应当归属自己，于是在权臣不花支持下起兵推翻其叔，并遣使入元奏报。
忽必烈命他继承汗位，并授不花为丞相。
1291年阿鲁浑去世，其弟海合都继立。海合都挥霍无度，国库空虚，于是仿效元朝钞法，在孛罗丞相指导下印造发行交钞，但行用未久即废。
1295年，权臣谋杀海合都，奉诸王拜都为汗，阿鲁浑子合赞起兵讨灭叛者，夺取汗位。合赞为取得当地封建主和穆斯林的支持，改信伊斯兰教，并定为国教。他的即位和改变宗教信仰，都得到元成宗铁穆耳的承认。
合赞即位后，大力进行社会改革，制定新的土地﹑赋税﹑驿站﹑货币等制度，限制蒙古贵族﹑将校和官吏对人民的横征暴敛，使农业﹑工商业得到发展，财政收入增加。他还鼓励发展科学文化，在首都兴建天文台，设立学校，命宰相拉施都丁编纂《史集》。合赞通晓多种语言，对天文﹑医学和许多工艺都颇有知识，尤精通历史，被誉为贤君。他与密昔儿的马木路克王朝为争夺叙利亚多次发生战争，察合台汗国的笃哇汗乘机攻占伊利汗国东部的吐火罗（今阿富汗东北部）之地。
1304年合赞卒，弟合儿班答继立，号完者都汗，迁都于新建的孙丹尼牙（今伊朗阿塞拜疆苏丹尼耶）。合儿班答遵循其兄政策，仍用拉施都丁为宰相，继续发展经济﹑文化。拉施都丁除完成《史集》
巨著外，还编纂了一部《伊利汗的中国科学宝藏》，介绍中国历代的医学成就。这时，元成宗与笃哇﹑察八儿达成和议，蒙古皇室的内争暂停，东西驿路畅通，伊利汗国和元朝的使节往来更加频繁。
1316年合儿班答卒，子不赛因嗣位，还都桃里寺。权臣出班有拥立之功，不赛因为他向元朝请封。
1324年泰定帝授出班“开府仪同三司﹑翊国公”，赐银印﹑金符。
出班专擅国政，诸子皆居要职，与不赛因发生矛盾。不赛因杀其第三子，出班举兵叛，兵败被杀。经过这次内乱，国势削弱，统治集团的内部矛盾和国内民族矛盾﹑阶级矛盾同时迸发。
1335年不赛因死后，伊利汗国迅速瓦解，权臣﹑统将各自拥立傀儡可汗，互相攻杀。
1355年，钦察汗国札尼别汗攻入桃里寺，杀操纵朝政的出班后人，伊利汗努失儿完不知所终。在纷乱中，一些地方贵族也乘机独立，形成割据局面。据有报达的蒙古贵族哈散（札剌亦儿氏）于1340年自立为汗。
1358年，其子兀洼思汗兼并阿塞拜疆等省地，移都于桃里寺，史称札剌亦儿朝。
14世纪末被帖木儿帝国所灭。
省会矛盾尖锐
元朝是一个以蒙古贵族为主，色目封建主、商人和汉族地主阶级参与的封建专制政权。元朝与历代封建王朝一样实行民族歧视和压迫政策，各民族在政治上不平等，形成了所谓四等人，即蒙古人、色目人、汉人、南人。
蒙古人即成吉思汗统一的漠北各部之人；色目人，包括党项、畏兀儿、哈剌鲁、钦察、康里、阿速、花剌子模、西辽境内各族以及西方各族人；汉人即原金朝辖境内各族人，包括汉族、契丹、女真、高丽等，还有南宋灭亡前进入元朝统治的四川境内之人；南人是南宋境内之人。这种对各民族进行区别对待的政策与金朝很相似。
四等人的差别是由蒙古贵族征服这些民族地区的先后顺序和对其上层人物的信用程度决定的。先征服地区的上层人物率先投附蒙古贵族，他们为蒙古贵族效劳，受到蒙古贵族信任和重用，在朝廷任职和享受的政治待遇比后来者高。汉人最初受元世祖信任和重用，以后色目人得势，因此，色目人地位比汉人高。南宋最后被征服，南人地位最低，但是南宋的四川地区先被征服，又属于汉人之列。
四等人制是元朝民族政策的重要内容，也是元朝统治者民族歧视和压迫政策的体现。四等人的差别明显地体现在元代任用官吏、科举考试、刑法量刑等方面。
从官吏任用来看，虽然元朝统治集团是蒙古贵族联合包括汉族地主分子在内的各族上层分子组成的，但是在元朝政权内部仍保留着浓厚的民族色彩。元朝建立后，世祖忽必烈定下了这样的规章：中央或地方官，正职一律由蒙古人担任，副职才允许汉人、南人担任。特别是中央统治机构中的中书省、枢密院和御史台，正职绝大部分由蒙古人担任，只有极个别的汉人短期内担任过正职，至于掌握军机的枢密院中的要职，汉人、南人不得染指。整个元朝期间，知枢密院事、同知枢密院事二职，没有一个汉人担任过，至于各种军队的数量和驻防状况，对汉人也是绝对保密的。地方上各路、府、州、县，都设有只许蒙古、色目人担任的达鲁花赤，负责对所在地方的官吏和军民进行监督，掌握实权。
元朝的科举制度也带有鲜明的民族压迫色彩。唐朝以来，知识分子多是通过科举当官。元朝前期科举一直没有恢复，汉族分子主要通过推荐，被皇帝看中后才当官，因此人数不多。直到1317年才恢复科举。即便如此，还对汉族知识分子入仕的途径也加以种种限制。当时元朝的科举制度规定：蒙古色目人与汉人南人分两榜录取，对汉人南人的要求十分严格，而且还规定南人不得登前三名，汉族儒生要通过科举做官简直像登天一样难，所以社会上形成了对读书人很看不起的风气，有“一官、二吏、三僧、四道、五医、六工、七猎、八民、九儒、十丐”之说。因此许多汉儒认为科举只是粉饰太平的门面，对此毫无兴趣。
从法律规定上来看，民族歧视尤其严重。元朝法律规定：蒙古人殴打汉人，汉人不得还报；蒙古人打死汉人，只罚凶手出征，给死者家属烧埋银；蒙古人犯罪由蒙古人断罪处罚，汉人官吏不得受理案件；蒙古色目人犯罪不必刺字；而汉人、南人打死人除了判处死刑外，还要付50两“烧埋银”。
此外，元朝的法令、条文还对汉人还加以种种限制：严格禁止汉人、南人拥有军器、马匹，不许汉人团猎、习武、集会，包括神赛会、唱戏说书、祠祷、夜行，甚至夜间点灯也禁止。忽必烈灭南宋后，曾在江南农村建立社甲制度，以20户为一甲，北人为甲主，“北人”是指“南人”以外的各种人，他们在新降服的地区充当甲主，自然为所欲为。可见，这种社甲制也是利用四等级的规定来加深民族和地区之间的隔阂，对南人特别加以歧视。
在封建社会，皇帝是封建地主阶级的总代表，也是全国最大的大地主。他们不仅是全国土地名义上的所有者，而且实际上也拥有大量私有土地。元朝统治者在统一全国过程中到处夺取田地，除没收南宋官田外，还占领了战争中因人口逃亡而留下的无主荒田，也有新开垦的屯田。总之，皇庄、官田、屯田、牧场等等，都是以蒙古皇室为中心的官僚统治机构所控制的田地。
元朝皇帝对皇亲、贵族、功臣、寺院道观用“赐田”的办法使他们保持特权地位。如忽必烈赐给撤吉思益都田1000顷；元文宗图帖睦尔赐给西安王阿刺忒纳失里平江田300顷，赐给鲁国大长公主平江等处官田500顷；元顺帝妥懽帖睦尔赐给公主奴伦引者思5000顷，权臣伯颜前后共得赐田有2万顷之多。这些皇亲、贵族、大臣攫取了大量赐田后并不以此满足，他们依靠自己的权势继续兼并土地。明宗和世·在做皇子的时候，就搜括了河南归德、汝宁境内的濒河荒地6万顷。
元朝统治者崇信佛道，因此对寺院道观赏赐特厚，这些拥有大量财产的寺院实际上成了地主庄园，寺观头目就是大地主。大都的大护国仁寺就拥有大都等处水田28600余顷，陆田34400余顷，河间、襄阳、江淮等处水田13000余顷，陆田29000余顷，山林、河泊、柴苇、鱼竹场等场29处，江淮酒馆140个，还有房舍、矿产、牲畜等其他财产。1347年（至正七年）元顺帝一次赐给大承天护圣寺山东田16万多顷，该寺连同以前所赐的田共达30余万顷。
蒙古统治者在统一全国过程中，为了拉拢各族地主阶级，对金朝、南宋的降官、降将倍加照顾。早期投降蒙古的北方大地主史、张、董诸家，不仅挤进了统治集团，还在地方上称霸一方；一批投降蒙古的南宋官僚，也成了大地主。如范文虎在湖州南浔一带强占大批膏腴田土，死后在墓中还装了玉带、金冠、金饰等殉葬品200多件。元朝的一般官吏除了俸禄之外还有职田，他们通过与当地富豪勾结侵占私田，剥削佃户，作悲多端。
金、宋时期的汉族大地主，在朝代更替过程中并没有受到多大损失。在江南，富户有的“每年有二三万石租子的，占着二三千佃户”。
富户们勾结官府，霸占、兼并田地的情况比比皆是。如松江大地主曹梦炎占有湖田数万亩；大地主翟霆发占有民田并转佃官田达百万亩；河南地区的黄河沿岸涸露水泊汗地，多为势家所据，造成黄河泛滥时河水无法排泄，以致河患无穷。更加严重的是，豪强兼并土地后，把一切差役负担都转嫁在普通农民身上。在福建祟安，富豪只占全县纳粮户的九分之一，但所占田地却有六分之五，少地无地的普通农民负担绝大部分税役，往往在沉重的徭役下家破人亡。
大部分蒙古贵族把从农民那里收夺来的土地，再以苛刻的条件租给农民，用租佃的方法进行剥削。武宗时，“近幸”为人请田一千二百三十顷，每年收租五十万石，平均每亩要收四石，这样苛重的剥削，必然要陷农民于死地。淮南王的家人也在扬州广占田土，时常派人纵骑至各乡索债征租，驱迫农民。文宗时，大臣燕帖木儿请求皇帝把苏州一带的宫田包租给他的兄弟和女婿，再由他们转租给农民。
土地兼并的盛行，导致了元代严重的农民少地、无地的矛盾。于是出现了流民，影响了生产的发展和国家财政收入的增加。这种情况转变成了严重的使社会不稳定的因素。元朝开明的统治者为解决这些矛盾，曾采取过种种措施。他们三令五申，禁止诸王、军旅强占民田为牧地，禁止寺院地主和世俗豪强地主兼并百姓田地。这是首项措施。
二是开垦荒地。三是搞屯田。元代屯田规模之大，超过三国曹魏、鲜卑北魏及隋唐大帝国，在我国历史是空前的。这种情况在边疆少数民族地区尤为显著。这些措施在元代初中期收效极大，一度缓和了由土地兼并引起的各种矛盾，但至元末名存实亡。因此，土地兼并情况也有增无减，呈现不可扼制之势。终于导致了元末各族人民掀起的波澜壮阔的反抗朝廷的起义。
元朝的赋税制度很复杂，其中一个突出特点是南北异制。元朝对各族、各地人民实行分而治之的田赋税收制度。对蒙古族税收从轻，对汉族及其他民族赋税从重。汉人负担重于女真人，女真人负担重于蒙古人。不仅田赋南北异制，其他赋税也南北各异。
