清末民初，地方各省的管理秩序比较混乱，大多是各自为政。1913年1月北洋政府颁布了《划一现行各省地方行政官厅组织令》、《划一现行顺天府属地方行政官厅组织令》、《划一现行各县地方行政官厅组织令》、《划一现行中央特别地方行政官厅组织令》，试图将各类机构和称谓统一起来，实现逐步的规范化。但是，整个民国时期的地方行政机构和职权的局部，一直处在不断调整变化的过程之中。
第一，省级行政机构与职权。
根据地方实行军民分治的规定，各省设立划一的“行政公署”，设民政长一人，为全省最高行政长官，由大总统任命，职掌全省行政政务。省行政公署下设内务、财政、教育、实业四个司和一个总务处，各司置司长一人，由民政长提名，报经国务总理呈总统简任，掌管本司事务。1914年颁布《省官制》后，省民政长改称为省巡按使，省行政公署改称为巡按使公署。公署设置也改为政务厅和财政厅，政务厅下设总务、内务、教育、实业四科，财政厅所掌事务“则合以前各省国税厅筹备处之职掌”，[1]管理全省财政。
1916年袁世凯死后，北洋政府下令改行政长官名称为省长，省行政机关为省长公署。并又先后颁布了《教育厅暂行条例》、《实业厅暂行条例》、《各省区警务处组织章程》，在省长公署设立教育厅、实业厅和警务处，主持全省的教育、实业和警察行政，同时调整内政厅职能，撤销其原来下设的教育科和实业科。
1921年6月，北洋政府颁行《省参事会条例》，于是，各省相继建立起“省参事会”。作为省行政的辅助性机构，由会长和省参事员12人组成，省行政长官担任会长，由会长任命秘书若干，负责办理有关会务事宜。参事员分为委任、聘任、和选任三种，待遇分为专任和兼任两种。依照规定，参事会会议形成的决议，交由省行政长官执行，但是，省行政长官如有异议，条例并未规定是否可以行使享有否决权。
1928年国民政府在全国确立统治地位后，以省政府作为地方行政最高机关，负责综理全省行政事务。根据《修正省政府组织法》的规定，省政府采用“合议制”，又国民政府任命委员若干人组成省政府委员会（人数屡变），设省政府主席一人。省政府主席的主要职权，有负责召集省政府委员会，代表省政府执行委员会形成的有关决议，负责监督全省行政机关的职责履行，处理日常或紧急事务。省政府委员会的主要职权是，通过会议讨论处理全省政务，制订和发布省单行法规，决议全省预算、决算，决议执行国民政府委托事项，监督地方自治事项，以及社会治安和全省所属官员任免等。
省政府委员会下设：民政厅、财政厅、教育厅、建设厅等，以及秘书处和各直属处局机构。厅设厅长一人，由国民政府任命省政府委员兼任，并规定各厅长之人选的学识与经验，应与所任职务相当，否则不能任命。省政府所设厅的数量和名称，存在着数次变更，前后并不一致，而且各省之间也有差异。省政府委员会主要设置机构的职权如下：民政厅负责提请任免县市行政官吏，县市所属地方自治及其经费事宜，警察保卫，卫生行政，赈灾救济，劳资争议，宗教礼俗，土地丈量，以及选举和禁烟等。财政厅负责省税和公债，省政府预算和决算编制，省库收支，公产管理，以及有关财政事宜。教育厅负责省级学校，社会教育，学术团体，图书馆、博物馆、公共体育场管理，以及有关其它教育事宜。建设厅负责公路和铁路建设，河工和航道工程，不属于土地行政的其它测量，以及有关其它建设行政事宜。实业厅负责农林、蚕桑、渔牧、矿业的计划管理以及监督、保护、奖励等，耕地整理，开垦荒地，农田水利，改良农业，动植物病虫防治，工商业的保护、监督、奖励，工厂商埠，商品展示及检查，度量衡推行与检查，农会、工会、商会、渔会及其各类企业团体的管理，以及其它实业行政事宜。除上述各厅之外，省政府还有一些直属机关，主要有保安处、警务处、统计处、会计处、卫生处、人事处，以及禁烟委员会等。
第二，道级行政机构与职权。
北洋政府将此前的道延续下来，并将它划一为省与县之间的一级地方行政机构，一般各省所设道的数量在3至4个不等，也有6至7个的，全国共设90余个道。道所管辖的县，少则3至5个，多者甚至达到40余个。道的行政长官称为观察使，“由该管省民政长官呈由国务总理呈请大总统简任”，道政府称为观察使署。根据1914年公布的《道官制》规定，观察使改为道尹，观察使署便被改为道尹公署。道尹的职权是：管理道内行政事务，考核道内行政管理，颁布辖区单行规章，节制调遣辖区巡防警备队，监督道内财政司法等。
道尹公署下设内务、财政、教育、实业四科，各科置科长一人，掌管本科事务。此外，设秘书一人，掌管机要事项；设技正、技士若干，掌理技术事宜。
当时，各省为了使道尹有效实施职权，制定了出巡制度。有的是定期出巡，有的是临时出巡，按照章程规定，各道道尹无论一次巡完或分次巡完，每年必须在道内亲自巡历一遍。
1924年6月，北京政府内务部根据《中华民国宪法》第124条“地方划分为省县两级”的规定，宣布各省废除道。虽然，裁撤通令于7月1日起实行，各省实行的不多，加之曹锟政府很快垮台，迟迟未能废置。国民政府确立在全国统治之后，于1930年做出正式裁撤决议，道作为一级行政的地位才被完全取消。
鉴于省县两级行政间存在的实际空档问题，国民政府行政院出于军事围剿目的先后出台了《各省行政督察专员暂行条例》、《行政督察专员公署组织暂行条例》，在省县之间划定行政监察区，设置行政督察专员公署。公署由行政督察专员主事，专员承省政府之命，推行法令，负责监督指导辖区内各县市行政。公署类似于此前的道官署，但其职权更多则是带有监督性质。虽然，行政督察专员制度由临时性设置逐步转为一种定制，却并未能成为一级地方行政机构，其职能应该属于省政府的辅助机构，1941年10月公布《战时各省行政督察专员公署及区保安司令部合并组织暂行办法》后，与区保安司令部合并，专员兼司令，公署也改称为“行政督查专员兼区保安司令部公署”。
第三，县级行政机构与职权。
推翻清王朝以后，北方与南方在县行政制度上比较混乱，北洋政府于民国初年颁行“划一令”和《县官制》后，所有地方的府、厅、州一律改称为县，县行政长官改称为县知事，县行政机关改称县知事公署，从而统一了地方基层行政机构。根据规定，县知事的职权是：发布县令或县单行章程，任命所属县内科长、科员、技士等各级行政官员，监督和处置所属人员，以及调用本县警备队维护地方治安，主持编制辖县的预决算工作，还有立法的提议权、复议权、议案撤销权，并可以监理本县的审判和检察事务等。部分县设有县佐一职，往往设于县境内要津之地，其驻地与县知事不同城为原则，职权是佐理县知事，承县知事之命办理政务。
进入20年代后，一些省的县行政长官改称县长，在1923年制定的《中华民国宪法》中规定，“县设县长”，但各省却实行不一。国民政府建立后，明令全国各县一律改用县长制，未裁撤的县佐改称副县长，县知事公署改称县政府。
原县知事公署下设若干科、局、所等机构，分别负责办理民政、土地、财政、实业、建设、治安、教育、会计等事务。各科设科长一人，科员若干，均由知事任免，并对其负责。后来，根据《县组织法》和《修正县组织法》的规定，各县按照其区域面积、户口和财赋多寡、政务繁简，分成三等。县政府设秘书1人
