民国九年二月，连接云南唐督军继尧电，派滇军总司令李根源为建没会议滇省代表，解除总司令任务，撤销总司令部，其驻粤滇军两师，直隶滇省，而由余就近指挥。余以滇军虽旧部，雅不与人争名，乃滇军在省会部队，对本部及余驻地，步步压迫。粤督莫荣新实赞助之，军府总裁，亦不加制止。幸滇军两师，多数服从唐督命令。惟团长赵德裕、营长何福昌为莫所动，附之。余以事势至此，拟亲赴南、始，抚慰滇军。乃以出巡报军府，由次长蒋尊簋代部队（务），二月二十四日，率少数干部及警卫部队出发，取道龙眼洞、太和墟，出从化、翁源、始兴以达南雄。讵余方离城，而赵、何已纷纷出动堵截，莫更派桂军、福军、各路统领，计沈鸿英四营，杨锦龙三营，吕定国三营，黄如云二营，申葆藩二营，喻炳伦三营，江永隆三营，黄业兴三营，莫正聪两团，黄雁宾、卢炎山各一团，邓文辉二营，邱渭南六营，魏邦平四营，合各游击队等，不下五十余营，益以附莫各滇军，为数乃至数万，水陆并进，沿途截击。余为自卫及安全计，乃不得不稍稍部署，一面派队警戒，一面绕道疾行。中经多次接触，各有伤亡，致余行程阻滞，至三月十六日始达始兴。
时鲁旅长子材、杨旅长益谦，均驻始兴，及附近地区。余力加抚慰，仍以避免内战为词。而韶关方面，则备战益急，且迭与我军接战。我军畋赵德裕于江口，赵部溃退。是时成桄方以第一军长驻南雄，本余旧属，乃亦率队占领古录，图犯始兴。余以军纪荡然，决计扫荡之。三月二十五日九时，成部犯我马子坳，余立命抵御，成不支稍却。鲁旅长乘胜逐北，胡团长复由罗坝，率兵增援，成部遂土崩。我军长驱扫荡，成部纷纷投诚，下午三时，即下南雄，成桄以数宵遁。军府闻讯，乃由岑总裁春煊，派吴介璋赴始兴前线，命停战。岑并亲莅韶待余。余之出巡，本求免除内哄，乃卒劳莫荣新等糜饷费师，以为潢池之弄，实非意料所及。既奉岑命，即于四月一日首途赴韶。时岑已返省，留李书城、王有兰候余，乃同返广州。是为出巡之役。
余返广州后，寓军政府旬日，即赴港转沪。谒总理，奉命赴滇与唐督会商国是后，即经黔入川。余乃复回港，率少数干部，买舟经海防至滇。时朱培德所部鲁、杨各旅，已取道湘省，达川边。余与唐督会商后，率兵两营入川，与鲁、杨部会合，驻川待命。而川军各部多误会，致起冲突，鲁旅长子材、赵军长又新，均死之。余乃间关率余部赴黔，驻镇远。当余率部入川时，先慈及所部军官家属男女老小数十人，皆赁寓香港，由内子华世琦负责调理。其时予入川，军事颇不利，文电达香港，日必数起，均由内子亲译，目不交睫者达月。加以经济困难，而家用及所部眷属之日用，为数不赀，内子典质殆尽，复多方筹措，卒能接济无虞。予及部属，均无内顾忧，安心供职，世琦为助甚多，所部至今犹称道之。世琦平日与余患难相共，侍舅姑克尽妇职，先慈尤钟爱之也。
九年冬，陈炯明率所部及粤军各部，驱桂林陆荣廷军队出粤，收复广州。军府解组，陈等乃迎总理返粤。十年五月，总理就总统职于广州，设总统府于观音山。先是桂陆军队，退守广西，十年春，余奉总理命，率师会攻广西，根本解决桂陆。乃命将出师，以所属滇军先遣军司令官胡若愚，率部由湖南洪江经三江口，直捣桂林、柳州；并以滇军旅长李友勋率龙云等部，由贵州经独山，进攻广西庆远以为助；余亲率滇军师长朱培德、旅长杨益谦等部由镇远经湖南洪江，及广西三江口，策应前方。先遣军司令官胡若愚，率部会同粤第二军旅长吴忠信，及赣军彭程万等部，围攻桂林。胡部奋不顾身，前仆后继，卒以寡胜众，首先击败桂军沈鸿英部于桂林，克桂林。同时李友勋部，亦接受胡司令官之通报，改道直逼柳州，克柳州。余既据报以上各情，遂率所属滇军，迳入桂林，整理广西军民各政府。值陈炯明在粤，恃功骄恣，颇为不法，总理乃于是年双十节亲赴桂林（孙中山十二月四日抵桂林），整军北伐。设大本营于桂王府，命余兼任参谋总长。参谋部设于巡抚衙门，任胡汉民为文官长，并任朱培德为滇军总司令、谷正伦为黔军总司令、彭程万为赣军总司令，统由余节制指挥，策划北伐。
时陈炯明已与北方勾结，有谋叛意。十一年二月二十日，段祺瑞代表周善培到粤。粤军参谋长邓鉴，素为总理所倚重，虽不慊于陈，因周为其师，乃赴港迎周。陈党恐其阻挠降北计划及泄于总理，乃暗杀之于广九车站。总理在桂闻讯，深为震悼，遂于四月中，由桂返粤。至梧州，下令免陈陆军总长、粤军总司令、广东省长各职。陈匿广州不出，反情益露。五月十七日，总理命陆军总长程潜、内政总长居正往谕，但能毋挠北伐，允畀以两广巡阅使职。开谕达两日夜，陈阳允奉命，而阴布其党于广州城郊，并嗾其索饷甚急。六月六日，程潜复至白云山郑仙祠陈部叶举驻地，与陈党商议，知其必反，归报总理，请速返韶。不许，遂有六月十六日，陈部炮击观音山总统府之变。
余于四月间，率滇、赣两军出发桂林，顺流东下。舟次三水，闻陈有布防意，乃急转舟，溯芦苞入北江抵韶，以泯猜嫌。时总理亲莅韶，授北伐方略，因率滇、赣两军，会粤军许崇智、黄大伟两部，分途北进。不旬日下大庾，旋克南康，下赣州，势如破竹。余亦进次大庾督师。月余之间，先头部队，已达吉安，其向赣东前进部队，且已压迫抚州。姜伯彰、何犹兴、方轫叔、王舟、曹锡福、糜燮元、李润生等，在赣北各县组民军内应，声势大振，赣督陈光远出走。不意观音山之变突起，全军士气，胥受影响。余忧愤成疾且剧，乃亟令各军撤回，作援救总理之备。而陈已派重兵分驻粤北，余亟由大庾趋南雄防堵。以众寡悬殊，黄、许各部未少驻，即绕道赴闽，滇军则仍退桂边。余乃率赣军李、卓两团，赴湘暂驻，而自赴沪养疴。是为北伐之役。
总理于六月十六日夜，自观音山退出，即登永丰舰，驶入黄浦。十八日晨，由黄浦率舰队攻沙基寨，冒险进驻白鹅潭，命蒋中正为参谋长，程潜为讨逆军总司令，并征军入援。许崇智乃由南雄回师来援，与陈逆部鏖战月余，以饷械两缺，而移师闽省，驱走李厚基，据有福州。时总理驻白鹅潭已两月余，知逆氛正炽，非一时所能靖，遂赴沪。此时余病未愈，总理常亲临视。痊后乃时晋谒，并与胡汉民、廖仲恺、程潜等谋恢复，奉命先行赴港。未几滇军杨希闵、范石生，桂军刘震寰、沈鸿英等，均向总理输诚。总理益与优接，令讨陈逆，遂由蒙江进兵驱陈，陈逆败走东江。总理乃命胡汉民为省长，先行回粤。到粤后，商余部署就职。余派军队严密警戒，护送就职。汉民约余与滇、桂将领会于江防司令部。余以沈鸿英意存反复，且虑有变，乃派代表参加；一面于江防署附近，预为防范。沈鸿英欲驱胡据粤，既莅会议，未久，忽出手枪置议案，厉声曰：“今夕之会，有不接受余之意见者，请试此！”汉民见形势有变，乘间逸出，越楼梯而下。余所派遣防范于江防署附近之官弁，扶拥汉民而出，始免于难。其弟敬生，与汉民同遭困危，亦拯之出。余平素对长官恭谨，对友辈笃爱，然汉民、精卫辈，每不见谅于余，可慨也。时程潜奉命抚慰粤军，因移一、三两师于南路，进据江门，声威大振。乃合杨、刘迫沈出广州，恭迎总理回粤，粤局复定。余在港奉令，先行回粤，即赴潮汕，收抚陈部洪兆麟、尹骥、李云复诸悍将，以通闽、粤之道。并收编尹骥、李云复、翁式亮、赖世璜、苏世安五师待命。旋奉令与许崇智调防，余复率部赴闽，以潮梅全部，交许接防。是时厦门闽军总司令臧致平，颇持两端，余至片言折服，遂招待以礼，并时加接济，饷糈得以无忧。驻闽甫数月，而洪兆麟复潜至汕，并诱余所部各师，又迫许部撤退，潮梅复失。余以事变若此，乃由闽遣散干部，赴港休养。未几复奉命赴粤。总理时用大元帅名义，令余为大本营参谋总长。余遂以七月入粤，供职大本营。共设外交、内政、财政、
军政、建设五部，以伍朝枢、谭延恺、廖仲恺、程潜、林森分任部长。
是时陈炯明踞东江，又得洪兆麟占潮梅，势张甚。大元帅派滇军范石生、廖行超及李福林率师讨伐，增城、博罗相继克复。乃命余随节，亲赴石龙督师。讵陈炯明增援反攻，各军先后挫败，纷纷退却，博罗、增城复陷。余随节返粤，一面令滇将李根源收容各部，甚得力，乃策划反攻，调杨希闵、刘震寰诸部，加入作战。时陈逆已迫近瘦狗岭，广州震动。余激励将士，猛烈反攻，大破之。不旬日，复克博罗、增城，陈乃退保惠州，不敢动。是为讨陈之役。十三年春，本党（中国国民党）在广州举行第一次全国代表大会，余被选为中央执行委员。迩时容共主张，本党同志，意见颇不一致，争论至烈。总理询于余，余以健全本党，急应培储党军干部对，总理韪之。乃创设军官学校于黄浦，任命蒋中正为校长。蒋谦辞，予则请于总理曰：“校长一席，非蒋莫属。”廖仲恺时长财长，乃请其充分筹款，冀收速效。开学之日，余与谭延恺随总理莅该校，参加典礼，余并奉总理命，说明本党建军之旨。秋，复有北伐之师，大元帅亲赴韶关督师。会北方事变，段祺瑞以执政名义，主政北平，电大元帅请移节北平，共商国是。大元帅以和平、奋斗、救中国为职志，遂允其请，并命余先行赴日以待。于是北伐之师，停止北进，而余亦首途赴沪焉。
追随总理北上及作客张垣
十三年，奉直之战爆发，北方骚然，南方诸贤，虑牵入漩涡，均为作战之准备。总理时约余商议，余答以中国有事，日本关系至大，宜加注意。数日间，总理乃定派大员赴日之计，招余至卧室曰：“君前日之言，确有见地，现拟派大员赴日，作联络鼓吹调查诸工作，君谓谁当其可？”余答之曰：“仓猝之际，略当无见逾者。”总理遂决定派余赴日。翌日复召见，授方略与到日本后应注意之言行，作长时之谈话（时孙夫人宋庆龄尚在座也）。复发款数万。余领谕遂首途赴日。既抵东京，则闻段祺瑞以执政名义，执政于北京，任黄郛为国务总理，郛遂组阁，并有任余为参谋总长之命。
先是直奉战起，余得悉北方革命军人及党人，将有大酝酿，一旦实现，即欢迎总理北上。实行三民主义，以救国家，后国民军班师回京，推翻贿选政府，发动首都革命，恭请总理北上，果如前所闻者。国民军除第一军冯玉祥外，尚有第二军之胡景翼，第三军之孙岳。胡为本党青年同志，关中豪杰，早为总理所信任者。孙早年即加入本党，且与余在江西相识，其人肝胆照人，极有血性。冯氏余已数述其事，彼之醉心革命，服膺总理，已非一日矣！此次国民军，一面欢迎总理北上，主持大计，一面拥段执政，维持一时，以黄郛为国务总理。黄与冯关系甚密，为对革命极其同情者；李书诚为陆军部长，李为黄克强先生多年之参谋长；杨庶堪为司法部长，杨为党中老同志，曾任总理秘书长多年；王正廷为外交部长，王为本党奋斗多年，具有光辉之历史者。综观此次内阁，可谓已国民党化。余颇欣国事，已大有可为矣！
日本报纸，此时亦有详载。日人多有来问讯或道贺者，余皆慎重答之。此时适段祺瑞约总理北上，面商大计，总理复电允之，众议纷纷，未决行期及所取之道路。总理即电召余返国。余抵沪时，总理已至（李烈钧十一月十三日自日本回到上海，而孙中山十七日始抵上海），即晋谒总理，诏余曰：“芝泉约余赴北京，现正待启行，而诸友意见不一，君谓余当如何？”余答日本老友甚多，如头山满、犬养毅、白浪滔天、床次竹二郎诸人者，皆彼国之贤达，与总理夙相契厚者，倘过日本晤谈，获益必大。总理乃定取道日本之计，并指定随节者二十余人。遂各整行装，随侍登轮，向神户进发。船行甚速，入太平洋总理即感不安。余入问安叩病状，总理以肝病复发答之。余谓：“总理乃有名之医学博士，奚不早自治之？”总理答曰：“俟到津后再议。”夫人侍奉极殷勤，每日饮食，皆夫人自洁者。舟抵大坂（阪），入某旅舍。日人知总理至，远近来谒者甚众，并开欢迎大会。日人总代表致欢迎词毕，戴季陶代表答辞。
总理复作长篇演说，余犹记总理云：“东方之文明，为仁义道德，西方之文明，不过飞机大炮而已。我们须以东方之文明，输入西方，不必羡慕西方之文明，诱来东方也。”翻译日语者，为当地某女学堂之校长，天资绝高，记忆力极强，总理极称赞之。在日小作勾留，复乘日轮赴天津。行一日余抵埠，遥闻岸上军乐齐奏，乃张学良领导军队，及各界迎接也。遂入指定之旅舍休息。
余等请总理往晤张作霖，总理然之，立命汪兆铭作通知书。余谓：“刘邦会项羽于鸿门，得张良与樊哙同行乃无恙。今兹先生往访雨亭，似宜有随从者，以何人为当？”总理乃命汪兆铭、邵元冲、孙科及余随行。次日分乘两汽车，及随侍副官一汽车前往。作霖知总理将至，警戒甚为严密。既至，学良出而迎接。总理与同行诸人，下车入客室。久之始见一短小而体瘦弱者出，踞上座，意气傲岸。坐既定，宾主默然无一言。因总理未先接谈，同行诸人，皆不便启齿也。
总理乃曰：“昨日抵埠，承派军警迎接，盛意可感，特来申谢”。又云：“此次奉直之战，赖贵军之力，击破吴佩孚，实可为奉军贺。”作霖答曰：“自家人打自家人，何足为异。”言次呈不怿状。余目视同人诸友，均无一言。余乃起立，向总理与作霖点首为礼，并谓：“事虽如此，若不将国家之障碍，如吴子玉诸人者铲除，则欲求国家之进步与人民之幸福，终属无望。总理孙公之贺，实有价值，亦惟公能当之也。”作霖乃大笑。总理徐徐曰：“协和之言是也。自民国成立以来，得我之贺词者，亦惟雨亭兄一人耳。”语至此满座为欢，作霖举杯请茶，总理与之握手，兴辞而出。既抵旅舍，兆铭曰：“险哉险哉！”余乃诮之曰：“如此胆力，即可以刺清摄政王乎？无怪事之不成也。”兆铭闻言蹙额，余均大笑之。
未几，总理疾颇剧，以天津少良医，遂决定入北京协和医院诊治。北京虽为段执政势力范围，而国民军之武力，实即我党之武力。当时之卫戍司令鹿钟麟，已奉冯氏命令，该军在北京之队伍，完全听总理命令支配之。故入京求医，在总理及夫人同志间，均以为最妥。其时北伐之师，已入赣境，总理诏余：“北伐军入赣幸顺利，将到吉安，予拟以赣省事付君，命令续发，君可先行。”余乃辞别总理南下。既抵沪，兆铭急电孙科，谓总理已在医院开刀，发现极危险状态，望诸友速来等语。得电通告各友，于翌日专车驰抵北京，即迳趋协和医院，先后入卧室探视。总理是时已危殆，不省人事，复移至顾维钧私第。京内京外诸友均拥至，余则静坐于西花厅，照料一切。而总理竟于是年三月十二日上北京各群众团体为孙中山送葬。图中左端四面白旗为京汉铁路工会之旗。
1929年，中山陵竣工，国民党中央委员会决定将孙中山灵柩移往南京。5月18日，宋庆龄为移灵事到达北平。图为宋庆龄偕孙科夫人陈淑英步入灵堂时的情形。
