众海盗心甘情愿同林振轩前往台湾，这让他心中十分高兴，沉香岛属于后世澎湖列岛中的一个岛屿，林振轩又怕别人霸占这里，便准备在这里留守一些士卒当做前哨。
此时，林振轩手中的所有力量几乎都汇集在了沉香岛上，趁着岛上民众收拾家什的空当，林振轩准备对手下军队进行一次大改编。
在林振轩看来，一支军队最重要的不是武器弹药，而是凝聚力和思想。
林振轩手下的军队，都是七拼八凑而来，有魏嚣尘的人马，有原东海帮的人马，还有李家的人马，还有他从澳门招收的普通水兵。
这些杂七杂八混在一起，对付一般的敌人还行，在碰上强敌时，必定会崩溃的。
所以，之前林振轩才会提出保家护卫军这么一个概念来，定下军队前期发展的思路，那就是保护家园。
去到台湾后，肯定不是一帆风顺的，那里还有大量的土著和其他明人，甚至还有倭国的势力侵扰，这些都需要一支强军去抵抗。
保家护卫军，就是保护家园，他要让手下所有的士卒慢慢把台湾这块地方当成真正落地生根的家园，只有这样，在面对任何的侵犯时，便能够同仇敌忾，死战到底。
当然，前期称之为保家护卫军，等到发展到一定程度后，又可以提出更大的目标。
除了军队之外，还需要一个管理机构，这些林振轩之前在准备来台湾之时，便已经开始构想了。
现如今，只需要将构想抛出去而已，先把架子搭起来再说。
林振轩根据此时的大明以及自身的实际情况，结合后世的一些经验，准备把行政机构划分为：工商局、农业局、人事局、教育局、执法局、外交局。
六个部门从字面上意思就能够了解，人事局是主管官员考核、升迁，执法局相当于后世的法务系统，外交局专门对外进行公关活动。
工商局的局长人选林振轩属意小胖子金不换，外交局的局长人选林振轩属意刘三通，其他四局目前还没有合适的人选。
不要被这些名字吓到，其实林振轩手下军民一共才只有一万多人，每个部门暂时只要四五人管理即可，之所以现在就勾画出来，是为了等以后发展了有章可循。
行政机构大致如此，再一个就是军队方面的改编了。
水兵和陆军是一定要分开来的，统一归司令部统帅，司令部下设参谋处、宪兵处、后勤处、募兵训练处和老兵安置处。
在林振轩的勾画中，后勤处不光光是筹集粮草，还包括了武器的研发制造等等与军队配置有关的地方。
宪兵处顾名思义，是专门用来惩罚违反军令的部门，在古代军队中，虽然也有类似的处罚机构，但是一名将领的影响很大，若是一士兵犯了军法，将领可以私自处理，也可以随意加大、加小处罚程度。
这个宪兵处一设置，将要改变这些，无论是将领，还是士卒违犯了军法，自然由宪兵处去调查，去做最终处理结果。
陆军的兵种将包括步兵、炮兵、骑兵，骑兵暂时没有条件组建。
步兵将包括，侦察测绘兵、车兵、弓箭兵、鸟铳火器兵、长枪兵等等。
主要多了一个侦察测绘兵和车兵，这些人将肩负着侦察敌情，测绘地图以供将领考虑的责任，可谓责任重大，非精锐之卒不可当。
车兵在明军编制中也有，主要用来抵挡骑兵的，林振轩想了想，也把这个编制给加上去了，总有一天会与骑兵相遇，不如此时就组建车兵，研究对付骑兵的办法。
陆军的编制没有做多大的变动，只是采用了三三制，十二人为一伍，设伍长一名，三伍为一队，设队长一名，三队为一哨，设哨官一名，三哨为总，设把总一员。三总为一营，由主将统领。
如此，一伍12人,一队36人,一哨108人，一总324人，一营972人了。
这样设置，一伍士卒正好可以使用戚继光的鸳鸯阵进行训练，在配合鸟铳、弓箭、弩箭、大炮等远程攻击手段，基本能够适合了丘陵沟壑、河渠纵横、道路狭小的南方地形作战了。
林振轩暂时就准备招满一营将近一千人的士卒，陆军的编制如此，那么水军的编制也会改变一些，首先，缩减了很多犹如近身搏斗兵种，增加了炮手部队。
水军的编制将为，五艘战船组成一个小队，一小队中将囊括从小到大的各式战船，这也是没有办法的事，林振轩倒是想将所有的船变成三桅战船，但是实际情况却不可能，只有暂时使用一些小吨位的船只。
当然，如果遇到强敌，各个小队的大船将统一由林振轩进行指挥作战。
而林振轩手中的陆军肯定是从原海盗与水兵中招募的，所以都熟悉水性，同样可以做海军陆战队使用。
林振轩将张大海、魏嚣尘等将领召集到杨府，然后抛出了自己的改编方针，当即便激起了千重浪。
这次改编，将打乱所有原有的编制，此举是防止东海帮，南海帮，以及李家派系的人马各自抱团，力求做到每队，甚至每伍士卒当中，都有来源不同的士卒。
魏嚣尘如何不明白林振轩的心意，想要提出反对意见来，却不敢提出口来。
林振轩这样子，显然是想把所有的军队牢牢控制在他自己手中，魏嚣尘可不敢自讨麻烦。
好在林振轩给了他一个战船小队的队长职位，也算保住了手中大半部分势力。
沈三就比较郁闷了，林振轩已经把他踢出了军队系统，而是让他当教育局局长，教育局听起来很风光，但是军民一共一万多人，登上台湾后，估计会成了那么一所学院，沈三就去管理这所学院了。
张大海被调入了陆军编制中，成为目前暂定下来的唯一一名把总，其他的职位，都根据这数次战争的战功而定。
每次战争结束，林振轩都会让人统计战果，奖赏有功之臣，但是由于时间紧急，并没有改变多大的编制。
在这一次的改编中，这些功勋一下子合在一起，以功升迁，一大批中下级军官几乎都是新面孔，连林振轩自己都有很多不认识的。
这些人得到前来杨府参加改编大会之后，都是不可置信的样子的，等到一份份的任职命令下放到他们手中时，俱是激动得无以复加，对林振轩暗暗感激不已。
