四月初七，朱由校醒来之后，就去为乳母客氏送行。毕竟是他乳母，客氏都走了，他自然礼节要做足。
让朱由校没想到的时，客氏临走上马车的时候，向朱由校小声说，“魏忠贤在皇上昏迷的时间前天，去给李选侍通风报信过，还见过朱由检，还望皇上注意此人。”
魏忠贤之前和客氏关系亲密，但是夫妻还是大难之时各自飞呢，更何况他们的这样的利益同盟者，之前魏忠贤要把皇上昏迷消息给李选侍，客氏并不乐意。原因很简单，她是皇上的乳母，而和朱由检没任何关系。从那天开始魏忠贤和客氏关系就出现了裂缝，虽然昨天皇上醒来之后，魏忠贤主动的修补关系。
今天魏忠贤没来送行，她心里就有气。而且她即将离开北京，也不希望魏忠贤留在皇宫内对朱由校不利，于是就说了上边的话。说完她就上了马车。在他的儿子侯国兴和弟弟客光先的陪伴下离开了北京，回到了河北老家。
看来解决魏忠贤是势在必行了，朱由校回到乾清宫后就召见在家的称病休息的东厂太监邹义。邹义接到圣旨后，一扫病态，顿时神采奕奕，因为乳母已经要离开这个消息，他立刻进宫见皇上。
邹义进入乾清宫，和朱由校见过礼后，邹义心里忐忑的等朱由校吩咐。朱由校开口道：“邹公公当初也是先皇的侍读，时间过的真快。”
“是啊，好些年了，”邹义不禁想起了，之前在东宫那些胆战心惊的日子。
“身体还好吧？听说你在家养病?”朱由校问道。
“陛下，虽然身体是有些不适，可是皇上吩咐，还是万死不辞。”邹义回答道。
这时，朱由校屏退了太监和宫女，然后对邹义说到：“魏忠贤这个人，你怎么看？”邹义虽然有意识皇上召见自己必然是重新信任自己了，屏退其他人就是有话对他说，但是邹义还是拿不准。毕竟之前的魏忠贤因为乳母客氏颇受皇上的恩宠，自己和王安都魏忠贤下了黑手。但是邹义刚刚进宫已经得到一个消息，客氏就在刚才离开皇宫离开北京城回老家了。难道是皇上要对魏忠贤下手？邹义决定搏一把，他现在已经被魏忠贤逼得称病在家了。
邹义定了定神到：“魏忠贤就是小人一个，当初魏朝提拔重要他，对他有知遇之恩，魏忠贤缺恩将仇报，陷害魏朝。”邹义说出这样的朱由校并不惊讶，因为魏忠贤之前在陷害王安的同时也对邹义下手了。“你现在立即回东厂去，派人去调查魏忠贤和他的同党。”
邹义一听要皇上要他调查魏忠贤，立刻回东厂开始调查。得到了皇上的授意，加上东厂的丰富的调查人员，很快就有了结果。
第二天，四月初八，一早邹义就进宫把调查结果呈给朱由校，朱由校一看，没想到魏忠贤的做的坏事还真不少。
奏折上主要有：进宫之前赌博把自己的老婆女儿卖了还债，大肆贪污受贿白银三十万两，移宫中蛊惑李选侍，皇上昏迷期间图谋不轨，勾结外臣霍维华陷害太监王安，在家中使用皇室专用的器物等罪名。
朱由校问邹义到：“这些都有确实的证据么？其他还有什么？”邹义马上回答到：“都有确实的证据，另外与魏忠贤狼狈为奸的王体乾、宋晋和霍维华也查到不少问题。秉笔太监王体乾因为兼着负责才买和管理官皇宫内一切用度物品的的御用监印和负责饮食的尚膳监印，因而利用职务之便大肆收取回扣和贪污，估计有五十万两之多。秉笔太监宋晋贪污受贿估计有二十万两，霍维华倒是收取过魏忠贤给其的一万两。”
朱由校不由的勃然大怒，因为辽东军情，近两年不断从皇帝私人的小金库内帑的钱用于军情，就这样从前年的萨尔浒之战后，还开始对全国征收辽饷，朝廷很是缺钱，皇帝现在也很缺钱，没想到一个太监王体乾都能贪污到五十万两。朱由校立刻下旨给邹义，逮捕魏忠贤、王体乾、宋晋和霍维华。
魏忠贤其实已经意识到危险的临近，自从皇上昏迷过后，就不再像以前那样信任他了，而且客氏已经离开北京回老家了。魏忠贤现在想到处献媚，可眼下皇宫内，他魏忠贤在客氏离开后最得宠了，可皇上并不想多见他，他想拍马屁都没地方。客氏离开，他自然没去送行，已经离开对他来说就没有任何价值了，没价值的事情，他当然不会去做。
客氏之前是他内宫最重要的盟友，他就是借皇上对客氏的信任而得到的信任，现在客氏走了，他势单力孤了。他就找到王体乾宋晋来商量对策。他们正在说的话的时，几个太监闯了进来，魏忠贤马上就呵斥到：“大胆，谁让你们进来的，不看看这是什么地方！”
“魏公公，还好吧。”邹义从后边走了过来。
“邹公公，不在家养病，跑这里来吹风了？”魏忠贤对邹义说风凉话。
“是啊，是为了魏公公，咱家专门跑过来的。”邹义转过去，对东厂的太监招手，“把魏忠贤、王体乾还有宋晋给我绑了。”
“你敢，你无法无法了，我要去皇上了告你去。”魏忠贤说到。
邹义拿出皇上让督办调查魏忠贤等人贪污图谋不轨的圣旨，魏忠贤才意识到自己大显到了。
邹义带领东厂的太监把魏忠贤、王体乾、宋晋、霍维华等人全部抓到锦衣卫的诏狱去。之后对魏忠贤等人抄家所得直接归内帑。
当年下午就已经审判定罪。魏忠贤，直接拉到菜市口斩立决，王体乾、宋晋、霍维华抄家后充军，还把李选侍的切身太监刘朝也发配充军，对李选侍进行敲打，同时剥夺李选侍对朱由检的抚养权，朱由检改为赵选侍抚养。然后顺带把太监卢受也做了处理，其家产约五十万两充公，罚去凤阳守灵。
逮捕魏忠贤之后，朱由校下圣旨，升邹义为司礼监掌印太监、王安为秉笔太监兼东厂太监、沈萌为秉笔太监、曹化淳为秉笔太监、李实秉笔太监兼御马监太监不变，高时明的秉笔太监不变。朱由校之所以，让邹义出面抓捕魏忠贤，一方面是其管东厂顺手，更主要的是为了提拔他为司礼监掌印太监。他在处理魏忠贤案中立下大功，提拔他就顺理成章的事情了。
而选邹义为掌印太监而不选王安，邹义虽然没有王安忠厚，但是邹义更精明，更主要的是邹义对东林党保持了一定的距离，尤其朱常洛登基之后。外朝，东林党已经成了气候了，不能再让一个和东林党过分亲密的人当司礼监太监，成为冯保，让东林党出现第二个张居正。
政务性的奏折和一般性的圣旨，由内阁票拟，秉笔太监朱批，掌印太监盖印，只要经过这三道程序，就已经具有了效力。也就说，除了高级官员的人事大权，其他方面就可以把皇帝架空。朱由校经过这些日子，明白现在明朝的政治态度后，决不允许出现这样的状况。
王安为人忠厚，对朱由校父子一直都是忠心耿耿，勤勤勉勉，移宫案中更是起到到了特殊的重要作用，升他为东厂太监，也是对他的信任，同时升他名下曹化淳为秉笔太监，也更显的对他的信任。为了平衡也升邹义名下的沈萌为秉笔太监。
两天之内，乳母客氏离开了北京城回了老家，司礼监就变天，外朝的人目睁口呆，皇上的杀伐果断大大出乎他们想象。他们在目睁口呆之时，没有缺没意识到，其实皇上早已变了，大明也开始变了。
经过一系列的调整和任命，司礼监完全掌握在了朱由校手中，他也终于理解为什么明朝的皇帝用太监了，太监就是皇上的家奴，虽然有权力，但是权力都是皇帝授予的，随时可以收走。而皇帝对太监的升降惩罚，相对来外朝的大臣，皇帝有非常大的自主权。
司礼监掌握在手之后，让他颇有点意气风发，不过第二天也就是九日的早朝就给他泼了一盆冷水。
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