新婚不久，皇帝和孟氏不太融洽。当年十一月，赵煦前往南郊祀天，苏轼担任卤簿使，正行进间，前面路上突然出现了十余辆红伞青盖的牛车(宋朝时宫人乘坐牛车)，不避皇上的仪仗挡住去路。苏轼派御营巡检使上去查问，看看是谁如此大胆无礼，原来是孟氏和高太后的女儿韩魏国大长公主。赵煦觉得皇后和大长公主不把他放在眼里，胆敢争道，很是气愤，就命苏轼在车中草拟了一道奏疏。立即派人骑马把奏疏呈给了商太后，第二天便下诏整肃仪卫。一年后，孟氏生了一个女儿，唤做福庆公主。此时赵煦已另有所爱，与盂氏就更加疏远了，孟氏只得与女儿厮守空房，然而。这样的日子孟氏也没能安安静静地过上几天。赵煦宠爱的是一个姓刘的美女。刘氏天祜初年，高太后为了便于管束赵煦比赵煦小3岁的刘氏以“乳母”的身份入宫。刘氏元符二年(1099)八月生了一个儿子，赵煦大喜过望，先废孟氏皇后。赵煦于九月立刘氏为皇后。刘氏当了29天皇后，她的儿子生病夭折，赵煦悲痛万分一病不起。于元符三年(1101)正月病死于福宁殿。赵佑即位，向太后垂帘。31岁的刘氏称为元符皇后。向太后又把孟氏接回宫复立为皇后。刘氏于荣宗元年(1102)九月上疏矛头指向孟氏，孟氏两次被废后，居瑶华宫。崇宗二年(1103)三月刘氏被尊为皇太后，住崇恩宫。刘氏于矛朝政，时赵佑及大臣指手划脚，赵佑对刘氏行为大为反感。想废掉她职位。刘氏听说后，吓得于政和三年(1113)二月在卧室的窗钩上自溢身亡。此人姿色绝伦，善于揣摩哲宗的心意，她很快便升为婕好。划氏仗着赵煦的宠幸，不把孟皇后放在眼里，孟氏通情达理，为顾全大局不与她计较。绍圣三年(1096)九月间，福庆公主生病，多方医治不见好转，孟氏的姐姐颇懂医道，以前曾冶好过孟氏的急症。孟氏就召她入宫。她见公主用药无效，情急之下，便拿来了道士治病的符水，连忙把符子收藏起来。等赵煦难得地来看望女儿时，盂氏向他详纸解释了事情的原委。孟氏当着他的面把符子烧掉。
刘氏知道这件事后就派人把死人用的纸钱偷偷撒在福庆公主的床边，没几天，福庆公主病死。孟氏万分悲痛，于是孟氏的养母燕氏、尼姑法端与供奉宦官王坚做佛事为孟氏词祈福。
刘氏报告赵煦，诬称孟氏居心险恶，说用道符，诅咒赵煦，做佛事是为了把五月十六日结婚触犯忌讳而可能招致的折寿灾祸免除掉，并把灾祸集中到赵煦头上，鼓动皇上废掉孟氏。赵煦原本就对结婚的日子心存余忌。听到这些话后大怒，命人内押班粱从政，勾当御药院苏昪，到皇城司立案审查。在刘氏指挥下，他们逮捕了30余名宦官、宫女，严刑拷打，有的折断肢体，有的舌头都割掉了，几经折腾，屈打成招。赵煦又命侍御史董敦逸复审，当董敦逸再次过堂时，只见宦官、宫女们都是气息奄奄，没一个能说出话来的。董敦逸颇觉疑惑，秉笔难下，刘氏的亲信郝随等人就向他施加压力，威胁恫吓。董敦逸害怕祸及自身，只好将原案奏呈上去。宰相章惇得知此事后坚决支持废掉孟氏。赵煦立即降诏说：“皇后孟氏旁惑邪言，阴挟媚道，废居瑶华宫，号华阳教主，玉清妙静仙师，法名冲真。”
诏令一公布，立刻在朝廷上激起了轩然大波，正直的大臣议论纷纷，为孟氏鸣不平。不少臣僚上书劝谏，殿中侍御史陈次并请皇上收回他的复审批文，另请大臣复审，以免皇后蒙冤。赵煦见他出尔反尔，反复无常，十分气愤，欲加重贬，宰相曾布赵煦只得作罢，同时他也觉得如此神秘地废撺皇后毕竟过于轻率难以服人，后来想起，有些悔意孟氏被废当时以章惇为首的变法派大臣在重新得势后，一方面力主恢复新法，另一方面对元裙时期的呔臣极力打击，务求斩草除根。后来矛头直指高氏，孟氏是高太后所立，又为高太后所厚爱，她像高太后一样有预政临朝之时，则旧党的大臣未必不卷土重来章惇等人才坚决支持废黜孟氏。
孟氏居住的瑶华宫，是坐落在汴京街坊内只有几间破屋的一处小院子。孟氏从母仪天下的皇后宝座上跌落到这里，心中的冤屈、加之日常生活也受到严密的监视，没有人敢同她来往。生活寂苦凄清。连普通庶人的自由都没有。
赵煦4年后，病死，徽宗赵估即位，向太后垂帘听政。又展开了摧新复旧的行动，朝廷上再次出现了类似元裙的政治气氛。有个太学生叫何大正，上书为盂氏鸣冤叫屈，向太后早就对孟氏的遭遇不满，于是借着这个引子在元符三年(1100)五月下诏接孟氏回宫，恢复皇后位号。向太后死后赵估改元“崇宁”，臣蔡京当上了宰相。孟氏的地位再次受到了冲击，昌州判官冯昪首先上书说不应该恢复孟氏的位号。蔡京和执政大臣都支持台谏官员的论调，刘氏更是从旁煽风点火，赵佶遂于崇宁元年(1102)十月把复位两年的孟氏再次赶回瑶华宫。所有参与复立孟氏的官员皆被治罪，有的被降职，有的则被安置到远僻州县。
截宗在位期间。宠信奸臣，奢侈腐化。金国于宣和七年(1125)十二月大举南下，进攻宋朝。徽宗慷恐之下，匆忙将皇位传给太子赵桓，是为钦宗，改号靖康。而徽宗作为太上皇跑去见经修道。
靖康元年(1126)，瑶华宫被一场大火烧毁，孟氏迁居到延宁宫，不久延宁宫发生火灾，她徒步回到了弟弟孟忠厚家居住。靖康二年(1127)，钦宗赵桓与近臣商议，想把她接回宫里，尊为元茚皇后，诏令还没下达，汴京就被金兵攻陷。
靖康二年二月，金人废掉赵佶、赵桓两个宋朝皇帝，三月七日册立原先力主投降求和的宰相张邦昌为伪楚皇帝。四月，金兵押着赵佶，赵桓及宋朝的所有后妃、皇子、皇女、皇孙、宗室，外戚、近臣总共3000多入撤退北去，只有孟氏因被废出宫，钦宗的弟弟康王赵构出使在外，幸运地留了下来。
张邦昌做皇帝，除了几个卖国奸臣乐意为金人和他效劳外，宋朝的官员、军民都反对他，张邦昌本人心虚胆战，不敢称孤道寡，不敢改年号。此时赵构在河北就任天下兵马大元帅，手下有8万余兵。张邦昌却只有几个人支持，张邦昌把孟氏迎接到延福宫，尊为宋太后。监察御史马伸上书要求张邦昌脱下皇袍仍当宰相，国事全听从孟氏的命令，张邦昌只当了33天伪皇帝就滚下了台。十一日，盂氏登内东门小殿垂帘听政，接受群臣朝拜。
孟氏听政届第一件事就是派尚书左丞冯昪去济州迎接赵构，并送去了“大宋受命之宝”的玉玺，接着降手书请赵构即位。五月初一，赵构使用孟氏送来的圭宝、乘舆、服御，在南京：(今河南商丘)即皇帝位，是为高宗，改年号为建炎，历史上称为南宋。当天孟氏在汴京撤帘，赵构尊她为元祜太后。因为“元”字犯孟氏祖父孟元的名讳，赵构又改尊她为隆祜太后。此次，孟氏垂帘听政不满一个月。
这年七月，高宗赵构命孟忠厚负责迎奉隆傉太后，杨迈负责沿途粮草、船只的接应。八月二日，孟氏离开了生活50余年的开封故乡，踏上南去流亡的路途。赵构害怕金兵，不敢抗金，从南京跑到扬州，又跑到镇江。孟氏只好随着他南逃，于建炎二年(1128)十二月到达杭州。
赵构建炎三年(1129)，迫于朝野舆论。将奸臣黄潜善，汪伯彦罢相，三月初，任命朱胜非为宰相，王渊主持枢密院(相当于副宰相)。高宗用人不当，提拔平庸无能的王渊。王渊原任御营都统制，大军渡江时，他指挥不力，几万士兵没能渡江，高宗反而将他提升。将官苗傅、刘正彦屡立战功，反而赏赐微薄，众大臣内心愤愤不平。
苗傅、刘正彦等人见张浚，韩世忠、刘光世诸大将都领兵在外。杭州城内兵少将寡，就与将官王世修、张逵等人密谋，策动兵变。三月九日，是神宗赵顼的忌辰，百官人朝行香，苗傅命王世修在城北桥下设伏兵，把退朝路过的王渊拖下马来，砍下他的脑袋。接着包围了康履的住宅，康履不在，苗傅、刘正彦就挑着王渊的脑袋领兵杀到了行宫门外。
杭州知府康允之闻变，忙率属官叩开宫门，请赵构登门楼宣谕军民，百官也跟随上楼。赵构问苗、刘二人为何如此，苗傅厉声说：“陛下信任宦官，军士有功者不赏，黄潜善、汪伯颜误国。仍未流放。王渊遇敌不战，首先渡江，只因讨好康履就官升枢密。臣等立功极多，只当了个远方团练，现巳杀死王渊，还请斩康履以谢三军！”赵构惊得魂不附体，地说：“这些人可以流放海岛，卿等应与士兵回营。”苗、刘说：“不杀康履，决不回营！”赵构只好派人从清漏阁把康履搜出，交与苗、刘，苗傅立即在楼下将他腰斩。割下脑袋与王渊之头挑在一起。赵构又任命苗傅、刘正彦为御营都统制，令他们回营。苗傅却说：“陛下不该即大位，假若钦宗归来，如何安排？”宰相朱胜非只好下楼，婉言相劝。苗傅又进一步提出请隆傉太后同听政，并遣使与金人议和，赵构当即应允，下诏请孟氏垂帘听政。苗傅等仍不罢休，坚持赵构禅让朱胜非上楼禀报，赵构愣了半晌。慢慢地说：“我可以退位，但需太后下令。”接着就派人去请孟氏。
孟氏早已听到了兵变的消息，见有人来请，忙坐上一乘黑竹肩舆在4名老太监陪同下来到楼前。赵构不敢再坐，起身站在堂柱旁边。苗、刘向孟氏下拜，早已吓破胆的赵构，坐在竹椅上亲笔写下禅位诏书，宣布完毕，苗傅等人喊着“天下太平了！”呼啸退去。
