果然，鳌拜以为少年戏耍，没有在意。其间，还发生了一件事情，更加让鳌拜认定康熙只不过是一个没有什么见识的小屁孩子，不足为患。一次鳌拜称病，好久不来朝拜皇帝，康熙便亲自来到鳌拜府中探听虚实。他径直来到鳌拜的卧室，发现鳌拜在席子底下藏有利刃，康熙心中大怒，更加确定了鳌拜的狼子野心，但他很沉得住气，不但不加责怪，反而安抚说："满洲勇士，身不离刀，乃是本色。"鳌拜听了，对康熙的最后一丝警惕心就消失殆尽，更加肆无忌惮，为所欲为。
1669年5月，康熙决定采取行动。他首先将鳌拜的党羽以各种名义派出，削弱鳌拜的势力，然后派人将鳌拜召入宫中观看"布库"演习。鳌拜号称"满洲第一勇士"，自然对这些年纪十三四岁的小孩子，不加防范。康熙利用鳌拜的轻视心理，命令"布库"少年将鳌拜擒捕。
被擒获的鳌拜便是落架的凤凰不如鸡了，当初被鳌拜欺辱的清贵族乘机"有冤的报冤，有仇的报仇"，康亲王杰书等人"列上鳌拜大罪三十，论大辟，并籍其家，纳穆福亦论死"。照道理说，康熙应该照准，鳌拜张牙舞爪了多年，不将小皇帝放在眼中，擅权越位，深深触伤了小皇帝的自尊心，敢觊觎皇权的人，理当诛灭九族。但是，康熙却对鳌拜做出了宽大处理，他下诏说："鳌拜愚悖无知，诚合夷族。特念效力年久，迭立战功，贷其死，籍贯没拘禁。"意思就是说鳌拜只是一个四肢发达，头脑简单的蛮夷，姑且念在他为清廷效力多年，且屡建奇功的份上饶他一死，只是处以终身监禁。主犯处理，再处理从犯。康熙仅是革除了遏必隆太师一职，不久后又还其公爵。对于鳌拜的其他党羽也给予了宽大处理，同时，他还恢复了已死的苏克萨哈的职位。"这样处理，不仅一举清除鳌拜及其同党，而且稳住了镶黄旗。当时，康熙帝年仅14岁，而部署周密，沉着机智，处理得当，不失分寸，初露其胸怀谋略、临机果决的政治家风范。"（《正说清朝十二帝》）
少年康熙虽然年幼，但是心思缜密而镇定。除掉了眼前的鳌拜后，另一个对他统治有妨碍的问题浮出了水面，那就是三藩问题。三藩指的是清初的吴三桂、耿精忠、尚可喜三支割据势力所辖藩镇。
柏杨先生在《中国人史纲》中说："回溯十二世纪的往事，金帝国以雷霆万钧之力南侵，却只能推进到淮河为止。而它的后裔清帝国，却迅速地把全部中国并吞，主要的原因是，金帝国在开始时便缺少得力的汉奸和汉奸兵团的帮助，以致完颜兀术虽然渡过长江，仍是一支盲目的孤军。而清帝国入关时，已豢养了不少强有力的汉奸和汉奸兵团。"柏杨先生在这里说的汉奸军团便是三藩。清廷入关之后，为了更快地消灭李自成的农民军和南明小朝廷，同时扩大自己的军事实力，减少八旗兵伤亡，于是招降并重用一些明朝的降将，他们所率领的军队成为八旗以外的重要武力。在明朝降将中，以孔有德、耿精忠、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以均受封为王。吴三桂被封为平西王，留镇云南；尚可喜被封为平南王，留镇广东；耿精忠被封为靖南王，留镇福建。另一被封为王的孔有德和儿子在同农民军李定国作战时战死，爵位由其女婿孙延龄继承，清廷即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。所以，四个叛将之中只剩下了三个，成为藩王驻扎在清廷边境。
据史书记载，当时"三藩势成割据，各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。"对于这样强大的势力，就算是这三藩并没有反叛之心，康熙坐在自己的位置上也不会觉得安稳，而且三藩的存在，每年要消耗兵饷2000余万两，在经济上也成为清廷沉重的负担，所以削藩是他巩固统治，兴盛清朝的第二步，非削不可。
但是，削藩也如当初除掉鳌拜一样不是容易的事情。三藩势力之大，让皇帝不得不忌惮。尤其是三藩之中最为强悍的吴三桂，军事实力十分雄厚，他辖下藩兵不下10余万。而且这些军队都是吴三桂一手调教出来的，是只知道有吴三桂，不知道有朝廷的死党。面对这样一群实力集团，刚刚入关不久的清廷无论如何都没有把握制约他，所以就处处退让，并假以专制云、贵二省的一切大权。当时清廷给云、贵二省督抚的敕书，都要写入"听王节制"四字。甚至，吴三桂可以随意题补官吏，号曰"西选"。清廷派遣到云南的官员很快就会被吴三桂收归旗下，表面虽然忠于清廷，实际上惟吴三桂马首是瞻。
除军事实力之外，吴三桂经济实力也非常雄厚。据专家研究，他占据明代世镇云南的沐氏庄田700顷作为藩庄，又和西藏的达赖喇嘛在北胜州互市，以茶换取蒙古的马匹，并且派遣许多人去做生意，贩运辽东人参及四川的黄连、附子，以牟取利润。他曾大量地贷钱给商人使用，谓之藩本。他强征关市之税，开矿鼓铸。
其他的两个人尚可喜和耿精忠也跟吴三桂差不了多少，他们藩下兵各有15佐领，又绿旗兵各有六七千，并且也是经商括财，强征市税，遍置私产，坐地称霸。
康熙十二年（1673年）春，撤藩的机会来了。三藩之中的尚可喜是清廷的忠臣，可惜年老多病，便将其兵事交其子尚之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，官民怨恨，又酗酒嗜杀，为所欲为。尚可喜忍无可忍，就干脆在康熙十二年上疏请归老辽东，留尚之信继续镇守广东。跟儿子分隔两地，享受晚年清福。但是，清廷有一项最进步的规定，皇帝的儿子不一定加封亲王。康熙批准了尚之信继承王爵，但不允许尚之信接替老爹镇守广东，他说："地方官职，没有世袭的规定。"于是，康熙抓住此机会，开始了撤藩的第一步，当即命令尚可喜父子率属下兵丁家小同撤广东。
撤藩的信息从清廷传出，吴三桂、耿精忠闻之，也奏请撤藩，他们自然不是效忠清廷的，奏请撤藩不过是一种手段，目的在于试探清廷的态度。在是否撤藩的问题上，清廷上下爆发了一场争论，百官之中有不少忌惮三藩的势力，百分之八十的人都反对撤藩。因为一旦撤藩，必然会引发三藩的反抗。还是那一句老话，到了别人手里的东西，要想抢回来，那只能动用武力，而最后谁胜谁败，就难以说得清楚了。三藩军事实力雄厚，而清廷百废待兴，从表面上看撤藩实在是危险的举动。
康熙兴许是少年人胆子大，所谓初生牛犊不怕虎，他顶住了朝廷的压力，坚持要撤藩，果然，不久后吴三桂起兵造反。
康熙十二年十一月，吴三桂在云南杀了当地巡抚朱国治，向清廷宣战。他自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发，易衣冠，发布檄文，倡言"兴明讨虏"，呼清皇帝为满酋。吴三桂可是个标准厚脸皮，当初他背叛明朝廷，换来了一块藩地，自立为王，现而今，他起兵造反，竟然好意思说自己是"兴明讨虏"，其实，不管他背叛还是所为的"兴明讨虏"都是为自己谋取利益罢了。挂羊头卖狗肉的买卖，吴三桂做得熟练。
虽然，这个汉奸的嘴脸很多明朝遗臣已经明晰，不愿出来理睬，但是，有些不明就里的百姓仍旧被这层表面的羊皮给哄骗住了，纷纷支持吴三桂讨伐清廷。因此，吴三桂军以破竹之势，由云、贵直冲湖南，长驱至岳州，湖南全省尽为占有。吴三桂又分军犯四川，四川全省皆下。于是，云南、贵州、湖南、四川四省尽入吴三桂之手。
看到吴三桂"买卖"干得不错，尚可喜之子平南王尚之信、福建靖南王耿精忠、广东总兵刘进忠、广西将军孙延龄、陕西提督王辅臣、湖北襄阳总兵杨来嘉、河南彰德总兵蔡禄也都出于各自目的加入了这场攻打清廷的战争之中。这样一来，中国西南全部和东南沿海地区以及中原、西北一带，都骚动起来，战火弥漫十数省。
"清军节节后退，后退到黄河一带，仍不断遭到沮丧的失败。可是，有两个重大的因素使形势不久即行倒转，一是吴三桂的汉奸招牌太过于响亮，不能发出明确的政治号召和建立坚强的领导中心，他既引导满洲鞑靼入关，又杀掉朱由榔全家，使他不能利用明王朝的惯性影响力。他只有自己当皇帝，但在这个紧要关头，新兴的政权无法马上产生向心作用。二是吴三桂老了，有老年人最容易发生的过度小心保守的心理状态，不敢采取冒险行动。他要求绝对的安全，但世界上根本没有绝对安全的革命和叛变。另一个因素是，吴三桂的对手是玄烨（康熙）大帝，这个中国历史上最英明的君主之一，年轻气壮，有刘邦豁达大度的胸襟和李世民知人善任的智慧。"（《中国人史纲》）
康熙的作战计划跟吴三桂形成了鲜明的对比。吴三桂占领了湖南后，却立即收住了攻势，不再渡江前进，乃转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂打到这时已经有了畏惧心，想以湖南为根据地，跟耿精忠和王辅臣的叛军汇合，分左中右三路夹击清廷。于是他遂遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合；一由四川犯陕西，企图与王辅臣会合。
就在这时，康熙又一次抓住了机会。他看出叛军内部凝聚力不强，矛盾重重，经不起持久的军事攻击与政治瓦解。于是把重心放在吴三桂身上，坚决打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。
于是，在这个方针下，康熙把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙还大胆放手，利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。
在这样的进攻策略下，在康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。第二年，广东的尚之信也投降了。吴三桂外援日削，独自与清军周旋在湖南一隅，并且，部分清军已经通过江西围攻长沙。吴三桂的败势已成定局。
吴三桂在湖南被围困了两年后，于康熙十七年（1678年）三月在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。但这只不过是吴三桂见胜利无望，最后过把帝王的瘾罢了。在同一年的秋天，吴三桂病死，他的儿子吴世璠继位。由于吴世璠的才智、威望、品行远远地逊色于吴三桂，因此大周国军事战斗力及政治力量迅速崩溃，最终在康熙二十年底，清军围攻昆明，吴世璠被逼自杀，余众出降，三藩得以平定。三藩之乱自康熙十二年爆发，至康熙二十年结束，一共历时8年。
平定三藩，清廷才真正在关内完成了统一，稳定了统治权。从此之后，康熙开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
5.对战沙俄，平定边疆
平定三藩后，中国迎来了被柏杨先生称作为"第三个黄金时代"的盛世。他说："第三个黄金时代的最伟大的成就，在于满洲人的清政府为中国开辟了广袤的疆土。东西汉两个王朝和唐王朝都曾为中国增加了一百七十万平方公里的面积，但不久就行失去。而清政府为中国增加的领土，超过从明王朝承袭下来的中国领土的四倍。"《中国人史纲》
1685年，康熙在平定"三藩之乱"后，派将军彭春5月22日从瑷珲起兵五千人，分水路和陆路围攻雅克萨。雅克萨位于今黑龙江省呼玛县西北黑龙江北岸，历史上属于中国。17世纪中叶，沙俄派兵侵占了雅克萨，筑室盘踞。1674年（康熙十三年），沙俄甚至将其编入尼布楚管区，在色楞河与楚库河汇合处建立色楞格斯克，并利用清廷对"三藩"用兵之时，霸占中国大片土地，抢掠财产，杀掠中国百姓。
对于沙俄的跋扈，康熙曾多次采用柔和的手段解决，派使者与沙俄和谈解决边界事端问题，但对方始终无理拒绝。在同沙俄的长期交涉中，康熙发现，俄国佬儿是"山核桃锤着吃"，若非"创以兵威，则罔知惩畏"，于是决意征剿。
早在清顺治九年（1652年），中俄之间就发生了第一场战斗。当时，沙俄东入黑龙江之时，清军"驻防宁古塔（今黑龙江省海林县）章京海色率所部击之，战于乌扎拉村"。由此为引线，此后中俄之间发生多次外交和军事上的冲突。清廷也多次派兵收复，但都失败。
康熙为人谨慎，决意征讨沙俄后，便详加分析"昔发兵进讨，未获翦除"的原因，最后发现黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次清军都因粮储不足而停止，并且沙俄侵略军虽为数不多，但由于"筑室散处，耕种自给"，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成我进彼退、我退彼进，"用兵不已，边民不安"的局面。
看清楚情况后，康熙就采取了一系列措施，弥补前几次出兵失败的漏洞。"他先派人侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者，然后在康熙二十一年（1682年）十二月，调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。然后又因为乌喇、宁古塔两处距雅克萨路途遥远，所以，命令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。"（《影响中国的100次战争》）
在做好一切准备后，康熙开始向沙俄发起了进攻。他命令都统彭春、副都统郎坦、黑龙江将军萨布素率领水陆军3000余人由黑龙江城（今爱珲）出发，5月22日进围雅克萨。清军作战之前，先通知俄军撤离，但是俄军统领托尔布津在中俄对战的多次胜利之中，培养了超强的自信心，对清军的通牒不以为然。24日，从尼布楚增援雅克萨的俄军哥萨克兵乘筏顺江而来，被清军福建藤牌水兵猛劈狠砍，大部分被打入江中，其他溃散而逃，而清军无一伤亡。当天晚上，清军从城南佯攻，其他陆路清军却用神威无敌大将军炮和红夷大炮等火炮从三面轰击雅克萨城，杀伤城内100多人，摧毁所有城堡和塔楼。二十五日黎明，清军发炮轰击，侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，率600余人撤往尼布楚。清军赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
托尔布津在撤往尼布楚途中，遇见由尼布楚开向雅克萨的增援部队，携带着重武器，告诉他驻屯尼布楚的俄国大军随时可以接应。这使托尔布津懊悔不迭，他立刻同援军重返故地，于雅克萨城被中国焚毁后第十七日，再重筑新的雅克萨要塞。
