东王府内四千多人无一幸免，全部成了杨秀清的殉葬品。如果说杨秀清有罪的话，那其他死难者绝对是无辜的，这场大屠杀可以说是惨无人道，丧失人性。同时被害的还有许多附近不明真相，出来看热闹的普通军民，他们的这种暴行，真是违反常规，出人意料。
天亮的时候，东王府的人已经没有活口，到处都弥漫着血腥气。韦昌辉所部下半夜打打杀杀，人人都感到累了只想睡觉。陈德松问韦昌辉：“北王殿下，弟兄们从昨晚开始一整夜都在行军打仗，现在只想找一个安静的地方睡一觉。您说我们现在退往何处？”
韦昌辉道：“传本王命令，撤往城内大行宫和小茔一带扎营休息，布兵设防，以备不测。”
“那这么多尸体怎么办？”
“别管那么多，自然会有人来收尸的。弟兄们已很疲劳，让他们尽快睡觉，恢复体力，后面还有仗打。”
韦昌辉带三千多人将东王府内财物全部占为己有，易于携带的金银被官兵们就地分赃，韦十二指挥部下将杨秀清那顶金轿，抬回北王府好让韦昌辉享用。杀人者个个发财，欢天喜地。
陈承镕虽没有直接参入大屠杀，但他作为内应积极提供后勤保障，给他们找好了安营扎寨，吃饭睡觉的地方，并及时的派人马送早餐到了大行宫营地和新衣服。
这三千多人个个衣服上都沾满鲜血，到达新营地的第一件事就是换掉一身血衣。这是一伙久经沙场杀人不眨眼的老手，刚刚杀了那么多鲜活的生命，一般人都会因为血腥气而吃不下饭，可他们就像没事一样，个个狼吞虎咽吃完了米粥和馒头，然后就地而卧，倒头大睡。
韦昌辉的这场大屠杀违反常规，出人意料，洪秀全密诏只是让他回京保驾，没有想到他会进行这么一场惨绝人寰的杀戮。韦昌辉的保密做得好，除了内应陈承镕事先知道这件事以外，天京城内再没有第二个人料到这件事，所以第二天去东王府办事的人看到这种惨状，都惊得目瞪口呆，一时反应不过来，不相信眼前的一切是真的，更不知道是谁干了这种暴行。
驻守在天京城内的三万多杨秀清的亲信部队，很快知道了东王府一夜之间遭到血洗，杨秀清的妻妾儿女及身边工作人员都全部死难。东殿尚书傅学贤极其悲愤，他最受杨秀清重用和杨秀清感情最深，他一面带领近万人为东王府四千多个死难者收尸，一面又派人调查是谁干了这伤天害理之事。
作为东殿尚书，傅学贤的家也住在东王府内，他的父母妻儿也死于这场屠杀，傅学贤因为在北门带兵执勤才躲过一劫。他发誓要找出凶手，为东王、为亲人、为无辜死难的人们报仇。
把四千多具尸体下葬以后，凶手也找到了，知道是现驻扎在大行宫和小茔一带的韦昌辉所部干的。傅学贤即刻组织城内三万多卫戌部队，占据在峨眉营、虎贲仓一带，于一八五六年九月三日上午对韦昌辉所部展开了攻打，天京内乱开始愈演愈烈。穿着一样的服装，太平军开始打太平军。
洪秀全仍然稳坐天王府内关注着外面的消息，静观其变，根据形势的发展再作自己的打算。
蒙得恩慌慌张张跑到洪秀全面前道：“万岁，天京大乱了！自己人跟自己人打起来了，您说怎么办？”
洪秀全怨恨韦昌辉道：“没有想到朕一封密诏，竟然闹得如此不可收拾。朕只是让韦昌辉回京保驾，没有让他杀死东王，更没有让他杀死东王府四千多人，太残忍了。傅学贤的讨伐名正言顺，他三万多人打韦昌辉三千多人，绝对能制服这个暴徒。韦昌辉罪有应得，我们不用管他，让卫戌部队去收拾他吧！”
在这件事情上，洪秀全明显的同情杨秀清而愤恨韦昌辉。他想顺其自然借傅学贤的手去除掉韦昌辉，他相信三万多卫戌部队有这个能力平息这场变乱，不用他天王亲自出马管闲事。
可是洪秀全没有料到，坐镇句容的秦日纲会在陈承镕的帮助下，带兵入城参入变乱。秦日纲指挥陈玉成、李秀成所部已经占领丹阳，陈玉成部移师金坛围县城二十余日，李秀成部准备攻打常州。当韦昌辉所部被天京卫戌部队打得喘不过气来时，陈承镕想到秦日纲一定会站在韦昌辉这一边。再加之秦日纲带领大军，就驻扎在天京城东南不远的句容县境内，易于联络，于是陈承镕跑到句容向秦日纲煽风点火。
秦日纲听到韦昌辉血洗东王府，杀死杨秀清时，不由大笑道：“北王干得好！真是大快人心！”后来又听说韦昌辉三千多人受到傅学贤三万多人攻打，已经快支撑不住了，秦日纲决定放弃打常州的清军，转而带兵入城与韦昌辉结为同盟军，两面夹击傅学贤部。
陈玉成、李秀成带兵撤退到句容县境内时，听说要去天京城打内战，他俩坚决抵制，率一部分军队驻扎在离句容县城二十五里之丁角村，便停止前进不支持任何一方。
秦日纲自己带兵仍然由陈承镕掌控的南门入城，从背后突然给傅学贤卫戌部队以打击，本来败局已定的韦昌辉见有援军来到，立即大喜过望：“有燕王与我们并肩作战，我们可以踏平天京城。”剩下的两千个乱军兵士立即精神大振，又增添了几分战斗力。
因为有秦日纲军的界入，双方势均力敌，打得难分难解，战斗形成胶着状态，互有伤亡，胜负难分。这种情形大约有十多天，天京城日夜都处在枪炮声中，洪秀全再也不能坐视不管了。
恰好此时双方都已打得精疲力竭，弹尽粮绝，都不想再这样艰苦的打下去了。韦昌辉和傅学贤都先后到天王府去，请求洪秀全支持，想尽快取得最后胜利。韦昌辉恶意残杀无辜数千人其罪当斩，而洪秀全却想做和事老，从中调和。他把双方交战的首领韦昌辉和傅学贤一起叫到天王府，从中调解。
