虽然徐世昌没当上“辅政王”，也没能得享“国丈”的殊荣，但是他的政治青春远远没有结束，与末代皇帝溥仪的交往也没有结束。徐世昌一度为当选民国总统而四处活动，溥仪的小朝廷曾拿出360万元可以兑现的公债券给他内外应酬，这一举果然奏效。行将就任之际，徐世昌在小朝廷招待他的酒宴上公然宣称这次出山“不过为幼主摄政而已”。1918年10月10日徐世昌在怀仁堂举行就任民国大总统仪式，溥仪特派贝勒载润前往祝贺。次日，徐世昌派使节黄开文入宫答礼，溥仪在养心殿亲自接见。据溥仪后来回忆，徐世昌当总统后紫禁城内外又兴隆起来，退位皇帝的谥法、朝马等空头赏赐顿时涨了行情，皇族毓朗当上议员，载涛则被授为民国的将军。
那几年可以说徐世昌风光无限，他与溥仪之间也相互尊敬、礼尚往来，关系颇为和谐。1919年2月13日，溥仪过14岁生日，在乾清官升座受贺，徐世昌就曾派礼官黄开文觐见行礼。寿礼亦很别致：五色墨10匣、诗笺4盒、昌黎全集一部，这几样表示对“圣学”日进的期望；还有几样：彩瓷盖碗8份、闪花库缎4卷、时花库缎4卷，则是表示对皇上吃饭穿衣、起居行止的关心。1920年10月24日，溥仪为徐世昌贺寿，赠送如意1柄、衣料8件、御笔福寿条幅1轴、对联1付，其文云：“开窗鱼鸟含天趣，欹案诗书味道腴”。1921年2月2日，溥仪又派人给徐送去瓷瓶1对、瓷盘1对、御笔匾1面、御笔对1付、衣料8件。1922年元旦，溥仪为徐世昌贺年，赠送瓷瓶1对、瓷盘1对、衣料8件。1922年5月31日是端午节，溥仪又向徐世昌赠送了团扇1柄、衣料8件。总之，这几年来，凡是过年过节过生日，两人之间都互有馈赠，俨然是一对亲密的朋友。
到了1921年春夏之际，小朝廷开始为溥仪筹备大婚事宜，徐世昌认为自己当“国丈”的时机再次到来，于是又跃跃欲试，开始私自准备。由于1917年那次提婚在张勋军账之中就被否了，因而此次徐世昌尤为谨慎。先是示意世续在宫中活动，为之说项。世续先奏请敬懿、端康两位皇贵妃，从政治着眼，晓以利害。强调说，欲求皇室优待条件永存，非与民国政府之重要人物发生密切关系不可。不料两女主竟不认同，她们认为：“册立汉人为皇后，先朝无此成例，祖宗之法不宜自我败坏。”世续碰了钉子，只好转向溥仪说项，但亦遭拒绝。清王朝曾给予徐世昌这位汉人以破格的政治待遇，但即使是退了位的清室，也绝不肯在血统方面使满汉混淆，徐世昌的女儿自然无权为爱新觉罗氏传宗接代。据说当时徐大总统闻之气愤至极，环顾左右而大发雷霆说：“今日之事我为政，彼亡国皇帝亦敢大摆臭架子耶？”虽然这话似乎传到了宫里，但是他们并不理会。这事也传到社会上，报上登出一条颇有讽刺意味的新闻：“曩岁本有人提议，以今大总统徐东海之女公子许配宣统，以东海名门与全国唯一无二之老世家，结秦晋之欢，本属门户相对，乃荏苒数年，尚未定局。”此后徐世昌彻底放弃了让女儿做皇后的念头。
但其实幸好徐世昌之女没有入宫，众所周知溥仪的皇后皇妃下场殊为不幸。据说徐的独生女儿曾留学美国，颇有见识。老父当上总统后其女屡以家书劝父“悬崖勒马”、“颐养自适”，而且颇有见地，曾预言“民国无在任五年之总统”，其父也难得届满卸任。这样的才女如果嫁给溥仪岂不是天大的不幸。果然被徐世昌的女儿不幸言中，1922年5月第一次直奉战起，而已经开罪直系的徐世昌不得不在直系控制北京后于6月2日匆匆离京，直系军阀曹锟、吴佩孚等乃以恢复民国第一届国会为名，拥戴黎元洪复职，民国有了新总统。
徐世昌退位半年后正值溥仪大婚之期，溥仪选了两位满族姑娘分别册立为后妃，徐世昌虽然不满，但碍于情面亦不能不送礼致贺。其礼单为4色：一为如意，二为紫榆八合圆桌，三为彩缎尺头，四为屏风。最后具名时只写了“徐世昌谨赠”5个字，因此还闹出了一场小小的风波。因徐世昌退位后隐居天津，天津《大公报》便不客气地刊出一篇题为《徐太保礼单干犯宸禁》的文章，说溥仪见了徐世昌的礼单“颇不高兴”，认为徐世昌尚有清室太保之职，为什么仅仅具名“徐世昌谨赠”？“他如果是现任总统，我们应该尊敬他；他既不是民国首脑，又系皇室太保，未免不合规矩！”其实，这个报道完全是无事生非，在那个北洋军阀当政的时代，清朝与民国、皇帝与总统、溥仪与徐世昌，诸此种种，都是一笔糊涂账，还有什么“规矩”可言？在那个战乱年代，能保存苟活已然不易了。
后来溥仪移居天津与徐世昌偶有往来，每逢“万寿”之期，徐世昌照旧送礼，却象是以退位总统的身分对待一个政治际遇差不多的退位皇帝。大有同病相怜之感。但是同样是退位的大人物，这两人在抗战年代却又走上不同的道路。溥仪刚遇上“九·一八”事变即投靠日本军阀，甘当傀儡，成为民族罪人。而徐世昌则决绝附逆日本侵略者。
徐世昌晚年弄文自娱，养食客编撰诗文集若干种。1939年6月5日病逝于天津寓所。
拒绝附逆傀儡政权
徐世昌虽然不能称之为革命家，其在政治上的品德也算不上完美，但他承袭了中国传统知识分子的优良精神风貌，学识广博，推行新政，热爱国家，坚持和平，崇尚自然，既非一般无聊政客可比，更非那些拥兵自重利欲董心、祸国殃民的旧军阀可比。他当总统期间尽管没有什么杰出的政绩，却做了不少利国利民的实事。
徐世昌有“总统诗人”的美称，终身作请不缀，1918年辑印《水竹村人诗集》12卷，1924年刊行《归云楼题画诗》6卷，至1922年刊行《拣珠录》，共刊行8集76卷，可谓著作甚丰。
更值得一提的，则是他晚年充满忠贞爱国之情，坚拒附逆傀儡政权的气节。
1937年“七七”事变发生，徐世昌非常担忧国家民族的前景，但由于自己是个卸任的总统，毫无能为，也只能望洋兴叹。忽然一天，故友曹汝霖来访。在谈及时局问题时，曹汝霖却说：“南京政府英美派当权，压制日本在华势力，使日本在中国的权利受到损失，日本被迫无奈才出兵与中国打仗。总统（指徐世昌）此时如能出山，与日本订立亲善条约，日本即可撤兵。”徐世昌明白曹汝霖是在为日本侵略者当说客，劝自己附逆当汉奸，以自己的威望出面维持日本统治中国的局面，对日方可谓大有臂助。他不禁怒火中烧，断然拒绝道：“老朽年过八十，体弱多病，早就不过问政事，对此没有兴趣，你们还是另请高明吧。”
曹汝霖没想到徐世昌竟然拒绝的如此坚定，毫无转圜余地，只好灰溜溜地告辞离去。徐世昌余怒未消，当即吩咐门房：“如果以后曹汝霖再来，就说我不在家。”从此以后，徐世昌称病，闭门谢客。
可是日本侵略者并不甘心，他们考虑到徐世昌是北洋元老，资历甚高，又当过总统，富有政治经验，才干出众，称得上是出任华北伪政权首脑的最佳人选，因此决意继续争取他。于是，日本人打算从徐世昌的内侄徐一达身上入手。
当时的徐一达在北京做事。伪天津市长潘毓桂派自己的秘书柯昌泗到北京去游说徐一达。柯昌泗对徐一达说：日本军方想请徐世昌担任华北的领袖。如果徐世昌答应出山，就把北京市长一职安排给徐一达。但是徐一达也像伯父一样具有爱国心，当即婉言拒绝了柯昌泗的要求，并将这一情况转报于徐世昌。徐世昌对徐一达的爱国举动颇为欣慰和赞赏，并叮嘱他立即避开京津地区，以免被日本人要挟，于是，徐一达转而南下上海，并在上海住了一年多时间。
然而，日本侵略者似乎认定了徐世昌，仍然坚持不可放手。1938年初，日本侵略军板垣师团长和大特务头子土肥原贤二大佐，分别约请徐世昌见面，但徐世昌却托病不出。无奈之中，日本人又派徐世昌的门生金梁等人多次前往游说。
金梁是宗社党的主要成员，此前已然在伪满洲国任职。他们不惜抬出末代皇帝溥仪来压迫和要挟徐世昌就范。金梁劝告徐世昌：“承板垣师团长和土肥原大佐的委派，来拜见老师，请老师先出任华北领袖。一俟部署就绪，再请宣统皇帝到北京正位、老师千万别失掉这个千载难逢的机会。”
虽然徐世昌对于宣统帝一向尊重。在宣统帝逊位后，他对清室经费、待遇等一直悉心照料。所以在清朝遗老中他素有“眷念故主”之名。但是，此时此刻，徐世昌知道这是关系到民族利益、国家主权和个人名节的大是大非问题，自己决不能只图忠于旧主而有丝毫的让步。因此，他再次严正地拒绝道：“我年岁已高，精力不济，决不再有出山之念！”
金梁却加重语气劝说道：“我们来这里不是为别的，而是为了老师的晚节。人人都有个晚节，还望老师明白这一点。”徐世昌听出金梁话语中的威胁之意，甚是气愤，双唇颤抖，厉声说道：“你们知道什么是晚节？贪于个人一时利益，出卖国家民族，违背天理良心，这算是晚节吗？”说罢怒极，拂袖上楼。
日本侵略者一再碰壁，此后也不再敢打徐世昌的主意了。
1939年春，徐世昌患膀胱炎，医生建议他到北京治疗，但徐世昌因怕被日本人劫持，坚持不去，遂病逝。终年85岁。
当时的国民政府下令褒扬：徐世昌，国之耆宿，望重群伦。比年息影津门，优游道素。寇临华北，屡思威胁利诱，逞劂阴谋，独能不屈不挠，凛然自守，亮风高节，有识同钦……
徐世昌以一介书生至清朝宰相，再从民国总统到退耕老人，他以科举起家，翰林入仕，其精明才智，实属少有，更为难得的是他不受功名利禄的羁绊，时刻保持清醒和机智。《谥法》有云：在国遭忧曰愍。所以当时有好事者私谥徐世昌为“愍帝”。徐世昌在主政期间，恰逢“一战”结束，不久召开巴黎和会，中国以战胜国被列强出卖，导致五四运动爆发。世昌夹在直、皖两派中间，政不出国门，而内忧不断，军阀争雄；外患频频，倭寇虎视眈眈。徐世昌在其中斡旋，虽难免有“油滑世故”之讥，但他始终保持民族大义，以温和待人，以宽仁行事。值此阶段正是中国民族工业蓬勃发展，社会思想空前解放的时期，徐世昌也顺应历史潮流，做了不少份所当为，为民造福的好事、实事。他不像其他掌权者，在位时不曾张牙舞爪、为所欲为。退隐后，淡薄宁静而崇尚操守。不因日寇的威胁利诱而屈服。曾任北洋政府总统府顾问的美国传教士福开森对中华传统文化由衷热爱并造诣甚深，曾称誉世昌为“学者、书法家、政治家、士绅”，可谓恰到好处。徐世昌广博的学识，平和的个性，对新政的向往，对祖国的热爱，对自然的崇尚，既非一般无聊政客可与比肩，尽管被称为活着的曹操，但他并不是惟利是图、善于钻营的小人，也并不是那坏事做绝、祸国殃民之辈，反而是位值得一书的杰出人士。
