1984年2月23日，日本致力于社会人类文化研究的鸟越宪教授对外宣布：“对被认为是从云南南下的泰国山岳地带（泰国北部）的少数民族进行了实地考察，结果发现了所有婴儿的臀部有胎斑。”鸟越宪教授就这一发现又强调：“日本人在体质上所具有的胎斑渊源是云南，这是一个旁证，证实这个地区是日本人的发源地。”
（第一节） 海洋文明哺育下的岛国
日本位于亚洲最东端，太平洋西北角，是所谓的“日出之国”。其最古的地层于古生代中期（3.5亿—4.3亿年前）已经形成。它曾与亚洲大陆相连，经过长期激烈的地壳运动，进入旧石器时代洪积期（约l万—2万年以前）后，随着海平面上升，东海陆地下沉，逐渐与大陆分离，形成了本州、四国、九州三岛，只有北海道依然与萨哈林（库页岛）岛和沿海州相连。进入冲积期（即后冰期）后，由于发生海进，形成津轻海峡、宗谷海峡，北海道才与萨哈林岛分离。经历了漫长久远的年代后，才逐渐形成如今的由本州、四国、九州、北海道四大岛和无数小岛所组成的弧状的列岛形态。
日本是呈弧形排列的岛国，南北长约3000公里。除本州、四国、九州、北海道这四个主要的岛屿外，其周围还散布着4000余个小岛。日本列岛土地面积为37.78万平方公里，70%是山地，30%是平原，四周环绕着浩瀚无际的大海。在日本列岛上，山岭绵延不绝，但山脉都很年轻，全国第一峰富士山海拔只有3776米，日本人将它视作“圣岳”、“灵峰”，是日本民族的象征。冲积平原散落沿海地带，面积都很狭窄，稍宽阔些的关东平原，其宽度也只不过200公里左右。列岛上河流纵横交错，但河床都很短浅。日本地形狭长，南北走向，南端和北端虽然存在着亚热带和寒温带气候风土上的差异，但主要的大和地方位于中央部且处在温带。尽管也有突发性的台风和大地震，但从整体来说日本列岛气候温和，四季变化缓慢而有规律，基本上没有受到经常性的自然灾害的严重侵袭。同时，雨量充沛，气候湿润，全国l/3的土地覆盖着茂密的森林，展开一派悠悠的绿韵，在清爽的空气中带着几分湿润与甘美，并且经常锁闭在雾霭中，容易造成朦胧而变幻莫测的景象。这种特殊的自然环境和特殊的气候风土，最适宜原始时代的人类维持自然的生活，并直接孕育了大和民族和日本文化。
日本列岛呈南北方向的弧形排列，地处北纬24度至北纬45度之间，其气候有亚热带、温带、亚寒带的区别，加之受复杂地形与海流的影响，日本气候的地域差异也很显着。但是，大体上说，日本的气候受亚洲季风影响，是温暖、湿润的海洋性气候。与同纬度的其他国家和地区相比较，其气候的特征是降水量大，既多雨，又多雪。日本列岛的年平均降水量为1700毫米，而作为古代文明发祥地之一的西亚，其年平均降水量仅在500毫米以下，近代文明发祥地西欧的年平均降水量则在1000毫米以下。与同处东亚的北京（年平均降水量600毫米）、南京（1000毫米）、韩国的大邱（950毫米）相比，其降水量遥遥领先。在夏季，受东南季风影响，太平洋一侧的日本，雨量较集中，6—7月是高温、多雨的梅雨季节，8月以后台风则经常带来暴雨。在冬季，日本海一侧，由于位居对马暖流（海面水温即便在冬季也可达5℃—10℃）和来自西伯利亚的寒冷高气压的交汇处，成为世界上降雪量最多的地区之一。降水量大有利于树木成长，因而，日本的森林覆盖率很高，约占国土的2/3。加之日本列岛纵贯几个气候带，所以，日本具有富于多样性的森林生态体系。有学者认为日本文明具有“森林文明”的特色。
日本多山，国土的70%是山地，大都被森林覆盖。主要山脉飞（马单）山、木曾山、赤石山，平均海拔3000米，纵贯本州岛中央，将其分为东向太平洋的“表日本”和西临日本海的“里日本”。因而，日本的平原少，河流短，地形复杂而富于变化。然而，日本这种地形的形成是较晚的，大约是在90万年前喜马拉雅山脉的造山运动以后的事。日本的火山多，地震多，或许与此有关。
日本四周环海，而且在日本近海生息的动物种类亦很多。例如，地中海仅有海生动物1322种，日本近海则多达3492种。海洋不仅为日本人提供了丰饶的食物来源，而且一直作为内外航路发挥着重要作用。此外，日本列岛与亚洲大陆隔海相望，同时还会发挥保卫日本民族与日本文明的作用。有学者认为，日本文明具有“海洋文明”的特色。然而，我们现在所见的上述日本风土，并非古来如此，其形成也经历了漫长的变迁过程。
自200万年前开始至约1万年前为止，地球处于冰河时代。在冰河时代，日本列岛的年平均温度，均比现在低6℃左右。那时的海面降低，称为“海退”，要比现在的海面低100米以上。当时有陆桥将日本列岛与亚洲大陆相连结。冰河时代的最后一个“冰期”大约始自7万年前，其最寒冷的时期为2.5万~1.5万年前。当时的日本海被对马陆桥隔断，几乎成为湖泊。由于对马暖流不能北上，以致降雪减少，日本的气候寒冷而干燥，应属于大陆性气候。不过，依据考古学调查，当时日本的森林却比西亚和欧洲繁茂，在东日本多为针叶林，而在西日本则多为落叶阔叶林。当时的日本人虽也使用石刀型石器猎取古象、大角鹿等哺乳类动物作为食物，但更多地依靠采集森林中的树果（如橡、榛、核桃、栗）等植物性食品维持生活。
自1.5万年前开始，气候逐渐转暖。到了1.3万年前，降水量亦开始增多。与之相适应，在日本海一侧的多雪地区的森林中（主要在北纬40度以南地区），山毛榉、柞之类的温带落叶阔叶树逐渐增加。气候和植物生态体系的如此变化，不利于古象和大角鹿等生活于草原的大型哺乳动物的生息，这时的日本人遂改用尖头石器，以捕获森林中的小型哺乳动物作为食物，并开始捕捉湖沼河川中的鱼类（如鲑、鳟），作为蛋白食品的新来源。人们已开始制造陶器，用于炊煮树果、山菜和肉类。日本人的生活越来越依存于森林的动植物资源，日本的森林文明由此而诞生。
大约1万年前，冰河时代结束，全球的气候急速转暖。短短的50年间，年平均温度升高了7℃。海面亦急剧上升，陆桥消失，日本列岛与亚洲大陆被大海隔绝。日本人开始向大海寻求食物来源，用鱼叉、鱼钩等用具，捕捞鱼、贝类海生动物。在沿海地带遗留至今的许多贝冢，便是当年日本人食用海生动物的生动写照。日本的海洋文明由此而发生。
大约8000年前，对马暖流进入日本海，日本列岛多雨、多雪的海洋性气候至此次稳定形成。随之温带落叶阔叶林逐渐扩散到北纬40度以北，于是，关东地区及其以北多为落叶阔叶林，关西地区及其以西多为常绿阔叶林的日本森林生态系统也大体完成。因此可以说，我们现在所见的日本风土，是在那一时期形成的，与同一时期的西亚大草原相比较，日本的风土更适宜人们生活，更容易获得食物。那时的日本人，春季采集山菜，夏季捕捞鱼贝，秋季采集树果，冬季捕猎野猪和鹿。年年如此，周而复始。人们劳动与生活的循环频率，与温带森林的季节性循环频率相互吻合，可谓人依存于自然，人与自然共生。
诚然，冰河时代结束后，地球的气候亦并非没有变化。大约5000年前，气候曾变冷过。在西亚地区，气候干燥，草原沙漠化。于是，草原游牧民逐渐向水源较丰富的河滩地区集中。农民和牧民混合、集中，促成了城市文明的诞生。同一时期的日本，气候虽变得寒冷，也出现过“海退”现象，但仍保持湿润。在日本中部的八岳山麓和关东平原的西部，柞树林和桑树林依然繁茂。虽有部分日本人离开海岸地区，逐渐向上述内陆地区移动，但他们的生活仍然依存于森林，仰赖自然的恩惠，并未产生农耕或城市文明。这样的生活又延续了2000年左右。
（第二节） 列岛上的神话
远古以前，大和民族就在日本列岛上繁衍生息。关于它的历史，有许多古老的神话和历史传说，这些神话和传说大多是与日本的国土、皇族和民族的由来联系起来的。日本第一部由皇室编纂的国史，即8世纪初成书的日本最早的历史文学作品《古事记》记述说：神代之初，天地始分，生成高天原的诸神。首先是天之御中主神，代表宇宙的根本；其次是高御产巢日神和神产巢日神，代表宇宙的生成力。这三位天神都是造化神。然后天神敕令伊邪那岐和伊邪那美男女二神从高天原下降世间（这被称为“天孙降临”），他们不仅生产了日本诸岛、山川草木等众多的神，还生下了支配这些岛屿和天地万物的天照大神——太阳女神。这就是历史传说中日本大和民族以太阳神为始祖，是太阳民族的由来。所以古代日本人认为日本是神国，日本民族是天孙的后代，崇拜太阳神的御子孙，即作为先祖的皇帝——天皇。
神话毕竟是神话，历史传说终究是历史传说。事实上，日本的国土与其他的国土一样，无疑是按照自然界的规律形成的。日本民族也是根据人类发展的客观规律，经过历史上无记载的长期的各种血统混合的过程而诞生的。但是日本列岛上何时存在原住民，还没有明确的历史记载。在东亚中国和南亚印度的洪积期地层中已发现了丰富的哺乳类动物化石和冰河堆积物，还有人类的遗迹，比如在东南亚、东亚分别有爪哇猿人和北京人的化石出土。但日本大部分地区是海成层，陆成层并不发达，是非常贫瘠的地域，列岛上是否有原始人类存在，一直是个悬案。后来，日本考古学家在明石市西八木海岸发达的早期地层中出土了“明石人”的髋骨化石，在浜北地方（今爱知县浜北市）和三日地方（今静冈县三日町）的洪积期的堆积层里发现了人类化石遗骨，又在洪积层发掘出若干旧石器，包括石片，尖状受器等。此外，德国考古学家鲁曼还在日本发现了已经绝种的“鲁曼象”化石，如此等等，说明这一时期的列岛已有高等生物，也可能有原始人类存在。不过，由于日本大部分地区是海成层，所发现的哺乳类动物化石和冰河堆积物不如陆成层的中国、印度丰富和发达。在这个时期的地层中，除了石器以外并未发现其他器物，史称无土器文化时代。但从石器的发现中，我们可以推测这个时代的人类已经开始进行渔猎、狩猎等活动，并有了咒术行为。
在日本发现人类化石，引发出这些人是从哪里流入这个列岛的问题，这就牵涉到日本人的起源问题。关于这个问题有各种推想。一般认为，日本地处远东的最东端，四面环海，在远古交通不发达的条件下，从外边流人北方的蒙古人种、通古斯人，以及南方的马来人种甚少可能再向外回流，因此就全部在这里定居下来，又与后来者——日本人称之为“归化人”融合，生活在这岛国封闭的坩埚里。《崇神纪》十一年条记有：“是岁，异族多归化。”十二年三月的诏书中也记载：“异俗重来，海外已归化。”据分析，当时的“归化人”，主要是指从朝鲜和中国赴日的韩人和湘汉人，前者主要从事劳役，后者主要传授技能，他们对于促进当时日本文化的成长是作出了重大贡献的。
在蒙古人种系统中，保留绳纹特质最多的是阿伊努人，他们一度占据着整个或大部分的日本列岛，成为主要的原住民。从人种特征来说，现在日本人的外形特征与中国南方人和东南亚人相似。可以推想，远古时期中国东部海域有大陆架桥，这成为了中国南方和东南亚人流人日本的一条重要途径。总之，各个人种在渐次混同的过程中，又同化了阿伊努人，他们融合彼此的原始信仰，调整了族群的对立，最后，在列岛内部比较平和地统一成为大和民族。也就是说，日本人的祖先不是单一人种，而是经过长期复杂的多人种混血过程形成的，是一个混合的民族。
