上午9时30分，对冈村宁次的公审正式开始，审判长石美瑜偕陪审法官叶在增、陆起、林建鹏、张体坤，检察官施泳、王家楣等在审判席上就坐。
审判长宣布传冈村宁次和4名从犯进庭。观众一齐把眼光投向受审席，只见66岁的冈村宁次剃光头，戴着玳瑁边眼镜，身穿草绿色军便服，里套白翻领衬衫，低头走上被审台，昔日耀武扬威的日本皇军气势早已荡然无存。
紧跟在冈村宁次后面的是四个从犯：第二十七师团长落合甚九郎、第一一六师团长菱田元四郎、第六十四师团长船引正之、第八十九旅团长梨冈寿男，仍着日军军服，脚蹬长统马靴，一个个垂头丧气，如丧家之犬。
首先由检察官施泳宣读起诉书，控诉冈村宁次作为侵华日军总司令参与发动侵略战争，纵容部下残杀无辜平民，如纵容第二十七师团长落合甚九郎于1945年1月进犯江西时残杀中国平民周浩平、王占明等89人，还纵容菱田原四郎、梨冈寿男、船引正之等烧杀平民及其财产，无恶不作。
接着进行法庭质询，旨在搞清发动侵华战争的责任及战犯所犯罪行。首询冈村宁次的出身、学历、"九一八事变"时任何职务，对"大东亚战争"政策是否赞成？侵华战争是否根据田中奏折和天皇、东条英机、近卫文磨之意图发动？
冈村宁次有恃无恐，态度傲岸从容，答称毕业于日本陆军士官学校及陆军大学，接着便为自己和其他战犯开脱罪责，胡说他对日本侵华政策从未参与策划，对其也不赞同，声称日本发动侵华战的主谋既非裕仁天皇，也非东条英机、近卫文磨等战犯，而"猜测"是以桥本欣五郎为代表的少壮派军人，强调自己不是杀人放火的直接指挥者，不能负屠杀中国平民之责。
广大听众见冈村宁次把一切责任推得干干净净，纷纷要求追查冈村宁次的战争罪行。
庭长石美瑜频击动法锤，于上午10时40分宣布对冈村的质询完毕，接着对落合甚九郎4名从犯进行审理。落合甚九郎4人一方面为冈村宁次涂脂抹粉，一方面为自己开脱罪责，激起人们的更大不满，石美瑜悍然利用庭长身份宣布上午审判结束，下午3时继续开庭审理。
中午的午餐极为丰盛，中国名菜色香俱全，如同规模巨大的筵宴，冈村宁次和4名从犯吃得满嘴流油，对此极为满意。饭后，让冈村宁次在特备的大扶手椅上休息，4名从犯也安排有休息之处，冈村宁次等人对"如此周到的照顾，感激莫名"。
中午退庭后，庭长石美瑜和4名法官到上海四川北路的海宁路口凯福饭店进餐。刚吃了一半，席间传叫石美瑜接长途电话。不一会儿，石美瑜回到饭桌旁，脸色阴沉地对4位法官说：
刚才接（国防部）秦（德纯）次长电话，冈村一案，暂停审理，听候命令，法庭人员一律不得离开职守。
法官叶在增暗想："既然国防部插手了，就很难达到判决的目的。"
法官们心中不满，都主张下午继续开庭审判，否则无法向社会舆论交代，石美瑜对此表示赞成。
下午开庭后，主任检察官王家楣慷慨陈词，指出冈村应负战争共犯之责，希望参照国际公法处以应得惩罚；辩护律师江一平、钱龙生、杨鹏三人公开为冈村辩护，胆子大得令听众瞠目结舌，冈村本人在回忆录中对此始终念念不忘：
今日的公审，是考虑到对民众和国际的影响，是一次大型公开展览，然而在此情况下，辩护人敢于大胆为我辩护，令人感激，尤其江一平律师不顾其父反对，毅然出庭，并列举我在任华北方面军司令官时期为供给农民棉布、打击奸商等事例，为我辩护，使我永铭肺腑。（1961年6月我去台北曾经访江一平及石美瑜表示谢意……）
法庭辩论极其激烈，直到下午6时30分，石美瑜庭长宣布庭审结束，改口再审。具有法律常识的都知道，按照惯例，重大案件在辩论终结的当天就要审判，原定三时的宣判无人提起，明眼人不难得出明确的结论：这是一次愚弄人民、欺骗国际舆论而进行的公开展览。
冈村8月23日晚7时20分回到监狱，典狱长孙介君像迎接凯旋而归的大将军一般热情招待，堂堂典狱长孙介君8月24日又特意前来冈村的监房慰问，神秘地透露机密说：
对先生的公审判决的时机，（国民党）政府内部有两种意见，外交部方面主张等待国际上对其他方面的战犯判决后，斟酌情况再做判决为宜；而国防部方面则主张从速判决。因此，只得请示蒋总统才能决定。下次公审可能是继续辩论，是否立即判决尚未定。
孙介君前脚刚走，国民党政府军法局徐局长又以来监视察为名，传达国防部长何应钦的慰问之词，问候冈村病情。
冈村宁次对蒋介石、何应钦的阴谋心领神会，马上向上海军事法庭递来一件申请情状："因病请求保外就医。"
石美瑜情知冈村宁次这个申请状大有来头，他不敢决定，马上把冈村的申请状转送国防部，很快得到指示，由国防部两名少将高参出面，保外"安排"在秘密住所。
接连几天，上海和中国各地报纸对冈村宁次公审情况大加报道，不少文章对国民党政府包庇战犯的做法进行激烈抨击，讽刺说拖延三年之久才做戏剧性审判，实不光彩，莫若及早宣告冈村宁次无罪！
冈村的案子一搁几个月无人问津，外电传说冈村宁次将送交东京国际法庭审判，记者据此向上海军事法庭多次提出质问，石美瑜只得命法庭发言人发表谈话搪塞说：
冈村并未参加日本侵华的中央系统组织，其犯罪仅与在中国战场上发生的事实有关，因此当然不须送往东京。
尽管如此，外面传说很快将对冈村进行第二次公审，第一次公审的纪录影片将分送世界各国，冈村宁次对自己的命运仍忧心忡忡，忙向可以"通天"的典狱长孙介君打探消息。
1948年10月11日，孙介君来到冈村宁次的住室透露重要消息说：
最近我去南京面谒国防部副部长秦德纯及二厅副厅长曹少徵少将，对先生病情均颇关心。他们认为，现在情况与前不同，社会上众目注视。此时，以在健康许可范围内于狱中静候宣判为宜，并说一般认为，对先生的宣判以等待东京军事法庭结束后再做处理为有利。
11月13日，冈村宁次以心脏病及腹泻等症并发为由，由请监外就医获得批准，对冈村的审判推迟30天举行。
11月23日，东京国际军事法庭终于对甲级战犯作出了最后判决。
蒋介石紧接着主持召开了高级会议。参加会议的有国防部长、次长、司法部长、军法局长、法庭庭长等人。
第一种意见认为：自停战以来，冈村宁次有功于民国，应判其无罪。
第二种意见认为：根据国内外舆论，特别是远东国际军事法庭对东条英机等人的判决，对冈村宁次量刑应当一致，可判其无期徒刑。
国防部长何应钦对蒋介石琢磨得最透，他说："此事应慎重考虑，国内外舆论不得不予以关注，且有国际关系须要借鉴，为此不可立即宣布冈村宁次无罪，可以徐图善策，以待时机。"
这正是蒋介石要把握的尺度，他因此首肯道："敬之言之在理，就这么办吧。"
一切均在蒋介石的玩握之中。
石美瑜默察于心，感到了自己的渺小与悲哀。
石美瑜号可珍，福建闽侯县人，曾因民国二十一年在司法考试中名列榜首而声名雀起，原系江苏高等法院院长朱焕彪的班底之一，任刑事庭推事。战后在承办陈公博、缪斌等汉奸案中，锋芒锐利，刚正执法，出手漂亮利落，广得同行老少的称道。国防部审判战犯军事法庭成立时，他被推荐升任为该庭庭长。官阶陡升三级，大大地鼓舞了他的雄心。此番他想抓住办冈村宁次这个难得的机遇大显身手，为自己铺下锦绣前程，同时也使自己的民族自尊心得到满足。始料不及的是，他竟跌入了如此肮脏的漩涡，他的命运面临着巨大的危险。三十六计走为上，但他的请调报告没有得到上峰的允准。
12月23日，各报都以欢呼的姿态，用粗大的标题报道了一个震撼人心的消息：东条英机等七名大战犯已在东京被绞死！
不久，石美瑜收到了一份密级极高的代电，电文大意为：据沪淞警备司令汤恩伯呈请将冈村宁次宣判无罪，应予照准，云云。文首他的衔名与文末"中正"的署名，使他明白，蒋介石已将他提拔为国防部检察局处长，衔至中将；而作为报偿，他必须帮蒋介石放了冈村宁次。船驶近了孤岛，把你推下水，再抛给你个救生圈，由不得你不抱住救生圈往孤岛挣扎。
冈村宁次在回忆录中谈及汤恩伯如此卖力地包庇他时这样说：
由于汤恩伯（1924年至1926年间在日本士官学校读书期间）之学业成绩欠佳，结业时校方准备让他留级一年，汤恩伯闻讯后急得要命。不知怎的，又如期毕业，后来得知是我从中帮忙所致，汤恩伯对此铭心刻骨难忘。
汤恩伯则直言不讳地承认这是出于勾结日本战犯共同反共的需要，在《汤恩伯札记摘要》中供认：
民国三十七年，对冈村宁次大将进行审判时，正值华北局势恶化，共产党对此审判也极为注意。在国防部战犯处理委员会审议本案时，行政院及司法部的代表委员均主张判处死刑或无期徒刑。我从反共的见地出发，主张宣判无罪，并要求主任委员、国防部副部长秦德纯，特别是何应钦部长出席参加审议，结果我的意见获得胜利，并经蒋总统批准。"
这时候，蒋介石在反共内战中一败涂地，蒋介石玩弄以退为进的诡计宣布下野，李宗仁代总统出面与中共进行和谈，中共中央明确提出将逮捕审讯冈村宁次等日本战犯作为国共和谈的条件之一，国民党政府被迫对冈村宁次进行第二次公审，但蒋介石仍在背后紧紧操纵。
蒋介石临走前，于1月21日正午约宴了五院院长。散席后在他离开时，老态龙钟的于右任追了上去，口中连声喊着："总统！总统！"
蒋介石驻步问道："何事？"
于右任颤巍巍地说："为和谈方便起见，可否在总统离京之前，下个手令把张学良和杨虎城放出来？"
蒋介石不耐烦地把手向后一甩："你找德邻办去！"
说罢，便头也不回地加快脚步走了。拖着一大把胡须的七十老人于右任，在众目睽睽之下满脸尴尬，慢腾腾地离开了总统官邸。
爱国将领杨虎城全家后来被蒋介石杀害。张学良被软禁数十年。而杀中国人杀红了眼的一号大战犯冈村宁次却在蒋介石的竭力庇护下逍遥法外，1950年摇身一变，成为蒋介石"革命实践研究院"的高级教官。
这种绝对明确的两相比较，极生动地暴露了蒋介石一贯假抗日、真卖国的丑恶嘴脸。
1949年1月22日，汤恩伯又派他的心腹参谋龙佐良到上海黄渡路王文成的秘密私邸会见冈村宁次说："现在南京国民党政府内部矛盾重重，无法收拾，蒋介石不得已终于辞职，出于对中共的策略，对冈村的审判仍按预定计划进行，蒋介石虽辞职，但是汤恩伯将军仍担任上海警备司令，尽可放心。"
上海军事法庭庭长石美瑜接到国民党政府指示，不敢把真相告诉叶在增等法官，亲自于1月24日向冈村宁次发去传票，预定1月26日上午10时对他进行最后一次公审。
蒋介石仍在暗中操纵审判，他担心冈村不能登上新法庭所在地的四层楼受审，通过何应钦、汤恩伯派国防部官员吴文华、军事法庭副官郭新夫接连探询病情，询问是否需要用担架抬上四楼，冈村对中国当局"不念旧怨，对我关怀备至，情实难忘"，一再致谢。
