谜团一：幽幽地宫深几许?据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢?神秘的地宫曾引起了华裔物理学家丁肇中先生的兴趣。他利用现代高科技与陈明等三位科学家研究撰文，推测秦陵地宫深度为500至1500米。现在看来这一推测近乎天方夜谭。假定地宫挖至1000米，它超过了陵墓位置与北测渭河之间的落差。那样不仅地宫之水难以排出，甚至会造成渭河之水倒灌秦陵地宫的危险。尽管这一推断悬殊太大，但却首开了利用现代科技手段探索秦始皇陵奥秘的先河。国内文物考古、地质学界专家学者对秦陵地宫深度也作了多方面的研究探索。根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。实际深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团二：地宫设有几道门?2002年9月17日，世人通过电视直播目睹了考古学家探测金字塔内部空间的过程。当考古学家从第一道石门洞口将机器人放进去之后，想不到机器人又碰上了一道石门。举世瞩目的金字塔考古工程只好搁浅。金字塔地宫可能不只两道门。那么，秦陵地宫当年建造了几道墓门呢?秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚的记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。工匠正在中门以内忙活，突然间“闭中羡门，下外羡门。”工匠“无复出者”，也成了陪葬品。这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辨驳。值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
谜团三：“上具天文”作何解释?秦陵地宫“上具天文，下具地理”的记载出自《史记》，其含义是什么?著名考古学家夏鼐先生曾推断：“‘上具天文，下具地理’应当是在墓室顶绘画或线刻日、月、星象图，可能仍保存在今日临潼始皇陵中。”近年来，西安交大汉墓发现了类似于“天文”“地理”的壁画。上部是象征天空的日、月、星象，下部则是代表山川的壁画。由此推断，秦陵地宫上部可能绘有更为完整的二十八星宿图，下部则是以水银代表的山川地理。在这座有着象征天、地的地下“王国”里，秦始皇的灵魂照样可以“仰观天文，俯察地理”，统治着这里的一切。
谜团四：地宫埋“水银”之谜，始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”。相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。现代科技终于解开了地宫埋“水银”的千古谜案。至于地宫为何要埋入大量水银?北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。
谜团五：地宫珍宝知多少?“奇器珍怪徙藏满之”一语出自司马迁笔下。早于司马迁的大学者刘向也曾发出过这样的深切感叹：“自古至今，葬未有如始皇者也。”那么，这座神奇的地宫珍藏了哪些迷人的珍宝呢?《史记》明文记载的有“金雁”、“珠玉”、“翡翠”等。其它还有什么稀世之宝谁也不清楚。不过80年代末考古工作者在地宫西侧发掘出土了一组大型彩绘铜车马。车马造型之准确，装饰之精美举世罕见。之前，考古工作者还发掘出土了一组木车马，除车马、御官俑为木质外，其余车马饰件均为金、银、铜铸造而成。地宫外侧居然珍藏了如此之精美的随葬品，那么，地宫内随葬品之丰富、藏品之精致是可想而知的。
谜团六：秦始皇使用铜棺还是木椁?秦始皇使用什么样的棺椁?《史记》、《汉书》均未明确记载。司马迁只留下一句“下铜而致椁”的含糊记录。于是有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺。但从文献记载而言，秦始皇未必使用的是铜棺。《史记》、《汉书》明文记载：“冶铜锢其内，漆涂其外。”“披以珠玉，饰以翡翠”，“棺椁之丽，不可胜原。”这里“漆涂其外”、“饰以翡翠”的棺椁恐怕只能是木质的了。如果是铜棺或石棺肯定用不着土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。从先秦及西汉的棺椁制度考察，使用“黄肠题凑”的大型木椁是当时天子的特权。自命功劳大过三皇五帝的秦始皇不可能放弃“黄肠题凑”的木椁而改用其它棺椁。
谜团七：地宫有没有空间?目前考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式。墓内可能有“黄肠题凑”的大型木椁。如果是竖穴木椁墓，墓道及木椁上部都以夯土密封。这样一来，墓室内外严严实实，不会再有空间。然而，陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。按理这段话不会有假。因为李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，对地宫的构造了如指掌。加之这段话是当面向圣上汇报的，应该说不会有掺假嫌疑。如果按李斯所言可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式地宫。不然，怎么会“叩之空空”?又怎么会“烧之不燃”?按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实目前还是个谜。
谜团八：自动发射器?秦始皇在防止盗墓方面也苦费心机。《史记》记载：秦陵地宫“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之。”指的是这里安装着一套自动发射的暗弩。如果记载属实的话乃是中国古代最早的自动防盗器。秦代曾生产过连发三箭的弓弩。但是安放在地宫的暗弩当是一套自动发射的弓弩。当外界物体碰到弓便会自动发射。2200多年前的秦代何以生产如此高超的自动发射器也是一大谜。
谜团九：秦始皇遗体完好吗?20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢?如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，为了防止腥味扩散，走漏“风声”，赵高、胡亥立即派人从河中捞了一筐筐鲍鱼，将鲍鱼与“尸体”放在一起以乱其臭。这样，经过50余天的长途颠簸，九月，尸骨终于运回咸阳发丧。秦始皇由死到下葬间隔近两个月。根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
