这时候，侯生与卢生商量说：“秦始皇这个人，刚愎自用，并吞天下以后，意骄志满，自以为天下第一。亲信狱吏，博士七十人不过是摆设而已。又好用刑杀，大臣们畏惧，只得阿谀逢迎，不敢直谏。大小事都独断专行，甚至每天都要定量批阅一百多斤重量的竹简文书，不完成决不休息。一个人贪恋权势如此，怎么可以求到仙药呢？”
于是他们脚底抹油，溜之大吉了。
秦始皇获悉后，龙颜大怒：“我前些时收聚天下书籍，把没用的尽行烧毁。又召集了许多文学方术之士，想让文学之士为我兴太平，方术之士为我求仙药。现在，韩终去而不返，徐耗费巨万资财，也没见仙药送到。天天听到的都是作奸谋利的消息。卢生等人，受我优厚的赏赐，竟敢诽谤我，夸大我的过失。对那些还留在咸阳的诸生，我将派人查问，看看有没有人还在妖言惑众！”
于是秦始皇派御史拘捕诸生，严加拷问。诸生互相攀连，共有460人违犯了禁令。秦始皇下令将他们全部活埋在咸阳，并且诏告天下，以儆效尤。
随后，又有一批人被流放于边疆。
太子扶苏进谏说：“天下刚刚平定，远方的百姓还没有完全顺服。诸生都是研读、效法孔子学说的，父皇都处以重刑，恐导致天下不安。望父皇明察！”
秦始皇大怒，把扶苏赶出皇城，让他到上郡蒙恬的部队去监军。
几千年来，人们众口一词，无不对秦始皇的“焚书坑儒”持批判、痛斥态度。但在这个问题上，毛泽东却有自己的独特看法。
1958年2月23日，在中央政治局扩大会议上，毛泽东在讲话中说：
一股风一来，本来是基本上好的一件事情，可以说成不好的；本来是基本上一个好的人，可以说他是坏人。比如我们对于秦始皇，他的名誉也是又好又不好。搞了两千多年，封建社会没有人讲他好的。自从资本主义兴起来，秦始皇又有名誉了。但是，共产主义者不是每个人都说秦始皇有点什么好处，不是每个人都估计得那么恰当。这个人大概缺点甚多，有三个指头。主要骂他一条是焚书坑儒。一个古人，几千年评价不下来，当作教训谈谈这个问题，同志们可以想一想。
毛泽东一贯主张秦始皇是“厚今薄古的专家”，1958年5月8日，毛泽东在中共八大二次会议上说：
范文澜同志最近写的一篇文章，《历史研究必须厚今薄古》，我看了很高兴。（这时站起来讲话了）这篇文章引用了很多事实证明厚今薄古是史学的传统。敢于站起来讲话了，这才像个样子。文章引用了司马迁、司马光……可惜没有引秦始皇，秦始皇主张“以古非今者族”。秦始皇是个厚今薄古的专家。
同年8月30日，在谈到黄河流域的水利建设问题时，毛泽东又情不自禁地提起了秦始皇：
齐桓公九合诸侯，订立五项条约，其中有水利一条，行不通。秦始皇统一中国，才行得通。秦始皇是个好皇帝，焚书坑儒，实际上坑了460人，是属于孟夫子那一派的。其实也没有坑光，叔孙通就没被杀么。孟夫子一派主张法先王，厚古薄今，反对秦始皇。李斯是拥护秦始皇的，属于荀子一派，主张法后王，后王就是齐桓、晋文，秦始皇也算。我们有许多事情行不通，秦始皇那时也有许多事情行不通。
在“文化大革命”后期，全国开展了“批林批孔、评法批儒”运动。1973年7月4日，毛泽东在同王洪文、张春桥的谈话中，“批孔”的同时，又强调“不能大骂秦始皇”：
郭老在《十批判书》里头自称人本主义，即人民本位主义，孔夫子也是人本主义，跟他一样。郭老不仅是尊孔，而且是反法。尊孔反法，国民党也是一样的啊！林彪也是啊！我赞成郭老的历史分期，奴隶制以春秋战国之间为界。但是不能大骂秦始皇。
同年8月5日，毛泽东给江青念了他写的《读〈封建论〉呈郭老》：
劝君少骂秦始皇，焚坑事业要商量。
祖龙魂死秦犹在，孔学名高实秕糠。
百代都行秦政法，十批不是好文章。
熟读唐人封建论，莫从子厚返文王。
“要一分为二”
据《史记》记载，统一六国的伟业，使秦始皇无比陶醉，同时也促使他的欲望无限膨胀。好大喜功的秦始皇大兴土木，南征北战，耗费了大量民力。为修造骊山墓和阿房宫，征发人力70万。征伐南越，调发士卒50万。北筑长城，调派民力40万。派蒙恬戍边，派遣士卒30万。此外还有修驰道、直道和其他徭役征发。大批徭役征发使田园荒芜，农业歉收，民不聊生。
秦始皇实行重租苛赋政策，田租、田赋、口赋、户赋、更赋……赋税名目繁多，仅田租一项就高出古代20倍！“男子力耕，不足粮饷，女子纺绩，不足衣服，竭天下资财以奉其政”，人民生活痛苦不堪。
繁重的徭役与重税苛赋的后面，必然是严刑峻法。秦始皇本来就是一个崇尚法家统治思想的独裁者。他亲政不久，读到法家的集大成者韩非子的《孤愤》《五蠹》时，慨然表示，若能与此人游，死不足恨。秦始皇统一六国后，便把法家的统治思想推向了极端。他任用了一批精通刑法的狱吏，制定了严密残酷的法律，实行轻罪重罚，迫使人们不敢犯法。严密残酷的刑法，加重了人民的痛苦，激化了本已非常尖锐的阶级矛盾。
公元前210年，梦想长生不老的秦始皇在出巡途中一病不起，客死沙丘（今河北巨鹿东南），终年50岁。
秦始皇尸骨未寒，中车府令赵高勾结始皇少子胡亥和丞相李斯，伪造遗诏，立胡亥为太子，并赐扶苏死。
秦二世胡亥即位后，加重剥削压迫人民，社会矛盾激化，终于在二世元年（公元前209年）激起陈胜、吴广领导的农民大起义。不久，秦朝灭亡。
毛泽东虽然推崇秦始皇，但也不是全盘肯定，而是坚持历史唯物主义的方法，对秦始皇晚年的错误有着清醒的认识。
“文化大革命”后期，在轰轰烈烈的“评法批儒”运动中，有人大吹大捧秦始皇，认为他十全十美，反对对其做历史的辩证的分析。1975年夏，在毛泽东身边为他侍读古籍的北京大学讲师芦荻曾就此请教过他：对秦始皇到底怎么看？
毛泽东说：“秦始皇作为一个历史人物评论，要一分为二。秦始皇在历史发展过程中的进步作用要肯定。但他在统一六国以后，丧失了进取的方面，志得意满，耽于逸乐，求神仙，修宫室，残酷地压迫人民，到处游走，消磨岁月，无聊得很。陈胜、吴广揭竿而起，反抗秦的暴政，其中就包括对秦始皇，完全是正义的。这次战争掀开了我国封建社会中波澜壮阔的农民战争的序幕，在历史上有很大意义。”
毛泽东对秦始皇的肯定性品评，始终和对儒家的批判联系在一起。这点在他的晚年更加鲜明。“文化大革命”中，“批林批孔”运动的另一方面便是对秦始皇的肯定。林立果在搞《五七一工程纪要》时，说毛泽东是“当代秦始皇”。“九·一三”事件发生后，毛泽东对秦始皇的评价，便加入了许多个人感情的成分。毛泽东接见埃及副总统沙菲时说：秦始皇是中国封建社会第一个有名的皇帝，我也是秦始皇，林彪骂我是秦始皇。
毛泽东对秦始皇的品评，着眼于法家的观点，又加入了个人的感情成分，因此难免出现一些偏颇，其中对秦始皇焚书坑儒和秦始皇暴政的品评，偏颇之处最为明显。对此，我们今天应当有一个较客观的认识。
毛泽东对自己所献身的伟大的中国人民的解放事业是忠诚的，他认为为了完成消灭一切剥削阶级的历史使命，有时需要强硬到铁面无情的地步。他之所以推崇被视为“暴君”的秦始皇，大概也包含这层原因。毛泽东主张“马克思要与秦始皇结合起来”，指的就是为了大多数人的利益，对敌人决不发慈悲心，也决不宽恕虽已受到打击，但仍负隅顽抗的敌人。“宜将剩勇追穷寇”，这是毛泽东一贯主张的；“痛打落水狗”，也是他一贯赞成的。当然，为了夺取政权，为了对付反动阶级的破坏和罪恶复辟，像秦始皇那样的铁面无情严刑峻法，是必要的。但是，当社会主义制度已经确立，人民已经当家做主，阶级矛盾已经退居其次，在人心思定、人心思治的形势下，仍然坚持疾风骤雨般的阶级斗争，对持不同政见者仍采用毫不留情的打击手段，就会将阶级斗争扩大化，激起新的动荡和不安。这是毛泽东晚年的悲剧。这与他对秦始皇颇为偏颇的品评和崇尚无疑是有一定联系的。
