环球招摇了一圈之后，李鸿章原先是有打算的，这打算就是“东山再起”，再回直隶总督的位置上卧薪尝胆。环球考察后的耳闻目睹，使李鸿章的思想发生了一定的变化，在由衷赞叹西方社会制度的同时，他也看到了历史发展的趋势。但朝廷显然是不愿意给李鸿章一个机会了，令人啼笑皆非的是，李鸿章在回京的第二天向慈禧太后汇报完出访的事后，晚上路过圆明园，一时兴起，便提步进去，看看圆名园遗迹，哪知道那时圆明园正在重修，慈禧和光绪隔三差五都要亲临视察工程，因此圆明园一直被列为禁区。李鸿章刚从海外归来，哪里知道这个规矩，于是以擅入禁地罪名被光绪罚俸一年，不准抵消。李鸿章此番倒霉，还是因为光绪皇帝对李鸿章一直有看法。李鸿章环球出访的一头兴致，就这样被莫名其妙地浇了一盆冷水。
李鸿章仍是回到了贤良寺继续着他的赋闲生活。
1898年4月，因为山东发生的一则事件，京城又重新变得鼓噪起来。
事情是有原委的：几个入侵山东的德国官兵有一天闲逛进了一间孔庙，他们恶作剧般地对待庙里的泥塑的孔子像，把这个泥人的眼睛戳成了两个洞，又弄断了泥像的一根胳膊。这件事被康有为、梁启超知道了，认为洋人侮辱中国的孔教，便写了一篇《圣像被毁，圣教可忧，乞饬驻使责问德廷，严办以保圣教呈》的文章，在来京的所有举人中散发。在文章当中，康梁指出，德国人“灭我圣教”的举动，实际上是对泱泱中华的试探，如果不挺身而出的话，孔教亡而国也将随之而亡。
康有为们的宣传和发动引起了社会各界的普遍共鸣。朝廷都察院门前又出现了公车填塞的现象，几天之内，很多举子上书给朝廷，要求朝廷妥善处理此事。与此同时，有不少官员递交了奏折，要求光绪皇帝进行变法。
雪片般的上书激起了光绪变法的雄心，这位一直懦弱而内向的皇帝决意效仿一下春秋时期的楚庄王，准备不鸣则已，一鸣惊人了。
1898年5月29日，一个消息让康有为和他的维新党群情振奋——恭亲王死了。这个当时皇室当中最聪明最能干的人，在他一辈子当中，对于自己皇室的热爱和责任远胜于对于天下的热爱和责任，这样的动机，使得他最终无法突破自己。临死之前，恭亲王言之凿凿地对光绪说：“闻广东举人康有为等主张变法，请皇上慎思，不可轻信小人。”光绪什么也没表示，他已经下定决心了。
两天之后，也即1898年6月1日，光绪接到康有为以御史杨深秀名义递上的奏折——康有为因为官太小，没有权利上奏——请皇上颁布谕旨，明定国是；6月6日，光绪又接到了康有为以侍读学士徐致靖的名义递上的奏折，请皇上立即宣布变法。
令人感到奇怪的是，在决定实施变法时，光绪一直没有见过康有为。只是由于康有为的奏折挑起了他的热情，热血沸腾的光绪草草地决定变法了，而他对于西方诸国实施改革和变法的具体步骤和思想根本无从谈起。变法之前，还有着一个户部尚书、老师翁同在光绪身旁出谋划策，但变法的第4天，翁同因为户部的集体贪污案事件，被慈禧太后下旨免去职务，驱逐回籍。这样，在光绪的身边，几乎没有贴心助手和谋士了。整个变法过程中，康有为只靠奏折来给光绪出谋划策，在他们之间，联系的渠道相当不畅，毫无疑问，变法的中枢系统和指挥系统明显脱节。那段时间，康有为仿佛有着无穷无尽的精力似的，他几近于疯狂地上书，以各种名义向光绪递交的奏折，加起来足有一人之高。于是，维新变法在这样的情形下，就像是光绪在宫中所玩的抽陀螺游戏，年轻的皇帝几乎是在用一个人的力量，鞭打整个国家转着圈圈。当然，对于光绪来说，寻求清国的改变，一直是他挥之不去的浓烈情结。毕竟，光绪亲政已经有10年了。在经历了甲午战争的失败、《中日马关条约》的屈辱，经历了德国强占胶州湾和俄国强租旅顺口等接二连三的丧权辱国的事件之后，这个怯懦的年轻人再也不想忍受这样的窝囊气了，他很想引吭大叫一次，排遣掉积淤自己胸中的浊气，想有所作为，并通过自己的作为来改变国家的现状。
一开始，大权在握的慈禧太后对于这样的变法和维新并不表示反对，她只是有点担心。在慈禧看来，这样的变法和维新，是清国最后的机会了，能改变一下，总比坐在这儿等死好。最初，康有为通过各种渠道几次给光绪递上的关于清国政体变革的奏折，光绪都送到了慈禧手里。慈禧也都认真地读了，对于康有为谈到的一些观点和做法，慈禧还是颇为赞赏的。
1898年6月9日，光绪借去颐和园向慈禧“请安”的机会，正式向慈禧提出自己的变法计划，慈禧没有表示反对。
6月10日，光绪命令翁同起草《明定国是诏》，送给慈禧审查，慈禧批准。
6月11日，光绪发布变法诏书，清朝变法开始。
变法这一天，光绪专门去了一趟颐和园，为的是告诉慈禧。并且，光绪还给慈禧带去了几份关于变法的奏折，其中就有康有为介绍世界强国变法的宏论。光绪皇帝在慈禧的榻前汇报，慈禧斜倚在榻上眯着眼睛听，她感叹这些奏折说得很透彻，可以一试。光绪看见慈禧高兴，就建言把这几本折里的内容印刷一下，大臣小吏们人手一册。慈禧点点头：就这么办吧。
光绪皇帝的变革令涉及经济、文教、军事和政治等各个方面，其中经济体制变革令有70多件，鼓励民间对农工商业的投资、大力发展铁路和矿业，发展银行，减免税收，变革财政制度等等。文教变革令80多件，明令变革过去按照书本选拔人才的方法，废除八股文，以后的考试要考三场：一为历史政治，二为时务策略，三才是四书五经。政治变革令最多，达90多件，包括精简机构，裁减官员，立即撤销通政司、光禄司、太仆寺、大理寺等。在变革令中，还大力倡导鼓励“官民论政”。
值得注意的现象是：一直到6月16日，也即变法后的第6天，光绪皇帝才召见康有为。这算是光绪第一次见康有为，并且，也是在维新变法中的唯一一次见面。
戊戌变法就这样充满着神秘和难解的因素。
当康有为走进等候传旨的朝房时，恰好荣禄也进入朝房。荣禄是因为昨天得到直隶总督的任命，按照朝廷的规矩来谢恩的。荣禄看见康有为后，主动向康有为打起招呼：
“你是经天纬地的大才啊，请问对于时局有什么好办法吗？”
康有为硬邦邦地回答道：“非变法不能救中国！”
荣禄说：“我也知道法应该变，但问题是，数百年所形成的法，岂能是说变就变得了的？”
康有为斩钉截铁地回答道：“杀几个一二品的大员，则新法行矣。”
康有为的话让荣禄打了一个冷战，荣禄觉得脖子上倏地一下，掠过一阵寒风。
这一次光绪接见康有为长达两个小时。见到光绪之后，康有为开门见山地说：“清国快要灭亡了。”光绪道：“这都是那些保守的家伙造成的。”康有为说：“皇上要靠他们来革新，那是缘木求鱼。”光绪问：“先生有什么高见？”康有为便抓紧时间阐述自己的变法主张，他先是否定科举，因为他们使整个国家沉湎于过时的知识中，对国外一团漆黑。然后，康有为正式阐述他的主张了，他从变革的必要性讲起，一直说到变革到底应该怎样变，变多少等问题。康有为滔滔不绝地阐述着。光绪耐心地听着，由于康有为一口广东话，光绪听得有点艰难，但他还是耐着性子。一直过了很长时间，光绪才示意会谈结束。
数天之后，光绪皇帝的旨意却让康有为很是失望。光绪在军机处上报考虑给康有为六品的官职上批复，康有为被任命为在总理事务衙门章京上行走。这是一个六品官。而康有为三年前就是一个六品官了。
康有为怎么也想不明白光绪是怎么想的。
感到气馁的还有梁启超。康有为没有升官，预示着梁启超更没希望了。半个月之后，光绪帝也召见了梁启超。召见后的结果，同样也是给了梁启超一个六品官：办理译书局事务。梁启超一气之下离开了京城，懒得去参与这样的新政了。
就这样，在维新变法中，出现了一种匪夷所思的现象：在变法的100天中，作为变法的推动者光绪皇帝，和变法骨干康有为、梁启超等，竟然只见过一次面。而谭嗣同等，都没有见过光绪。真搞不清光绪到底在打什么算盘，也许，凭光绪的直觉，他觉得康有为是一个难当大任之人？或许，光绪根本就没有考虑该怎样去扭转乾坤，以为一切事易如反掌？于是，100天的变法中，就形成这样一种局面，所有的主意都由光绪皇帝做主，而光绪皇帝明显表现出经验不足。在光绪的身边，几乎没有人替他出谋划策，也没有分担他的压力和痛苦。
而光绪皇帝又是一个有着明显性格缺陷的人，时而独断专行，时而当断不断，弄得下面无所适从。一种幼稚的政治谋略和手腕，不仅推进不了变法和维新，同时，也激化了矛盾，引起了朝廷大臣的普遍不满。
光绪皇帝召见康有为后不久，慈禧有一天召见了李鸿章，慈禧是在替光绪担心，毕竟，最熟悉光绪的，就是慈禧了。闲谈之际，慈禧问李鸿章那个叫康有为的人到底怎么样，李鸿章将康有为描绘成一个幼稚而浮躁的书生：“这个人是个书生，也如市井中喜欢争强好胜打官司的人。”慈禧继续着她的不解：
“那么，洋人为什么支持他们呢？”李鸿章没好气地说：“那是洋人们不了解中国国情，把中国的知识分子都当成他们的知识分子了。等洋人们都了解中国的文人们都是些什么角色之后，别说支持，就是躲避，怕也来不及了。”李鸿章这一番话是有潜台词的，也是有体会的。李鸿章是太熟悉中国旧式知识分子了，熟悉他们的思维方式和能力，如果说中国女人之足是被裹脚布紧紧缠裹住的话，那么，中国旧知识分子的灵魂就是被散发着酸腐气息的八股文化所紧紧缠裹住的。中国的旧知识分子一直习惯于作茧自缚，缺乏创新求变的精神，千百年来，他们只会啃那几个干骨头，只会清谈，只会喊喊口号，对于外部世界的千变万化一概不知，对事物的理解也一知半解，实际操作能力也非常弱。
在李鸿章看来，康有为、梁启超同样是这样的土壤中长成的。这样的书生，只是空谈和满腔热血，没有政治谋略和经验，也缺乏起码的政治手腕和妥协精神。而依靠着他们进行改革，肯定是绝难成功的。
李鸿章对于变法的不看好，还在于他深深了解光绪这个人。只不过李鸿章对于皇上不好直接评价罢了。李鸿章深知，在帝制传统的国度中，帝王本身的素质对于国家的前途太重要。甚至可以说，国家命脉，系于一人之身。在这样的体制中，最高权力才是撬动社会前行的唯一杠杆。被寄予厚望的光绪是一个什么样的人呢？他迂腐而懦弱，意志薄弱，神经过敏，他的人品、才干、意志力等，都谈不上能担当大任，更谈不上扭转乾坤。对这一点，洞察人情的李鸿章岂能不明白呢？
变法后不久，曾有一个外国人这样描述光绪：“大清国皇帝陛下的容貌看上去要比他的实际年龄衰老得多。他额部凹陷，脸色发黄。他的嘴角流露出的是悲伤的、疲惫的和带有孩子气的笑容。当他咧开双唇时，嘴里露出的是参差不齐的长长的黄牙齿，两侧脸颊上都出现了深深的凹坑。他的表情并非缺乏同情心，不过更多表现出的是麻木不仁。从他的容貌上看，我们看不到一点生趣。事实上，光绪皇帝给我的印象是：克制、冷漠、无趣、缺乏精力、疲惫不堪，整个人就像是半死不活的样子……好像生活对他来说已成为一种负担，这样的人必定在走下坡路。”
