但是，黎元洪建都武昌的主张应和者寥寥。除了章太炎、程德全、汤寿潜等少数几个名流外，并没有多少人应和。袁世凯对此几乎置之不问。倒是支持建都北京的舆论日见高涨，立宪派、旧官僚、失意政客、糊涂党人，包括南方的数名都督或声明、或通电、或宣言、或谈话，反对孙中山的主张，迎合袁世凯的打算。这时黎元洪才感到，在南北争持中，他不过是一个配角，无法独树一帜。于是，他又改变策略，退后一步，提出国都暂设北京，将来迁往武汉的新方案。在2月27日致孙中山和临时参议院的电文中，他先是指责南京临时政府和临时参议院，称坚持定都南京是“胶执成见”，如再不放弃就会“生变”，“诚恐以一时未审之谋，贻全国无穷之祸。倘使后人追原罪首，悔将何及”；然后再兜售一次武昌“居中驭远”、地形险要、交通便捷、能控制全国枢纽、最宜为国都的说教；最后提出鉴于赞成北京者日多，可暂以北京为权宜之地，先在北京组建中央政府，同时“开辟武汉，建筑新都”，新都告成之日即是总统移驻之时。
黎元洪的新方案再次遭到冷落。袁世凯正忙于策划新的阴谋，无暇顾及黎元洪这种半是讨好、半是投机的建议。孙中山派出的迎袁专使到达北京后，袁世凯礼遇殊隆，开正阳门迎接，并与专使细致地讨论如何先到武昌，再如何顺流至南京，摆出了一副准备南下的姿态。但暗中却指使心腹于2月29日在北京东城前门一带制造兵变。乱兵抢劫店铺、焚烧街衢，甚至持械闯入专使的住所。次日，北京西城、通州、保定、天津等地也有“兵变”发生。袁世凯导演的这场“武戏”是为了证明他所谓的“因凯一去，一切变端立见”的预言，但却使黎元洪政治投机的热度迅速减退。他从中窥出了袁世凯决不肯南下，而国都必然设在北京的意图后，便不得不收敛起政治野心，由三心二意变为一心一意地支持袁世凯。
3月3日，黎元洪发出致各省各机关电。在这篇冗长的电文中，黎元洪不惟不再提及武昌建都之事，而且摆出似乎他从未有此议的态度，大谈政府不立，会有“兵亡”、“民亡”、“国亡”、“种亡”的大祸，而致祸之由则在争都。“论者执南北二京，比挈利害，连篇累帙，”而他的结论是：“于此时机万分危迫，舍南京不至乱，舍北京必致亡。金陵形势果胜燕京，尤当度势审时，量为迁就，况利便之势相判天渊乎？”3月10日，湖北临时议会也收回成议，通电各省，拥护定都北京。至此，黎元洪为首的武昌集团终于走上了前台，公开站在袁世凯一边。在中外反动派和拥袁政治势力的进攻面前，早已涣散的革命党人无力支撑，迅速退却。孙中山曲高和寡，无力回天，只好接受现实。3月6日，临时参议院议决同意袁世凯在北京就职。10日，袁世凯在北京正式就任临时大总统。12日，黎元洪向袁世凯发去了一份充满阿谀之辞的贺电：得南中好音，知公于初十日受职。当此存亡呼吸之交，竟得统一车书，奠安磐石，忻慰何既。今日复由参议院代布誓词，怀保惠鲜，情词创挚，顾瞻危局，感激涕零。我公抱开济之才，丁危疑之会，恩仇不足乱其念，祸福不足挠其志，毁誉不足动其心。错节盘根，潜旋默运，率至黄支乌弋，胥化尊亲，残山剩水，顿归巩固，固知天下英雄，非使君莫属也。来日方长，前功未艾，经邦道国，尽仗丕谟。洪敢率鄂中将士，为四海苍生贺。
至此，革命党为钳制袁世凯而设计的定都南京、南下就职两项措施均告失败，剩下的就是组织统一政府问题。革命党人还想在这个问题上进行最后一搏，希图用由革命党人出任阁员的方法把政权控制在自己手中。袁世凯则要用亲信党羽来把持政权。在一番斗争后，最令人瞩目的两个重要职务有了结果，被袁世凯视为亲信的北方议和代表唐绍仪出任内阁总理，同时加入同盟会；陆军总长一席由北洋悍将段祺瑞担任。革命党人再次失利。在首轮失利的情况下，革命党人还在作最后的苦斗。为使其他阁员的位置能更多地由党人出任，革命党人提出应推举对辛亥革命有“贡献”的党人出任，即所谓“首功说”；但拥袁势力也针锋相对，提出应由总理以人才为标准，自由选人组阁，即所谓的“放任说”，实际是以人才为名，排斥革命党人。这时，黎元洪又是毫不犹豫地站在拥袁的立场上，为袁世凯张目。他在致临时参议院的电文中，先提出既已以唐绍仪为总理，就应“一切组织似应由唐君担负完全责任”，由唐“任选”（实际是由袁世凯任选）阁员。继而指斥“首功说”：“我同志诸公出生入死，万难不辞，但为同胞谋幸福，非为个人谋权位。”因而他“窃以为不然”。他强调“非富于政治思想之人不足以革故，非富于政治经验之人不足以鼎新”，实际上是支持立宪派、旧势力的“人才主义”。最后又以“即以首功而论，倡议与告成，实行与暗助，南北相权孰轻孰重，此中亦骤难轩轾”，一句将推翻帝制、建立共和的功绩全揽在了他与袁世凯的身上，而将孙中山与同盟会的巨大历史贡献一笔抹杀。
此后，黎元洪也一而再、再而三地通电，貌似公允，实则为袁世凯帮腔，压革命党人让步。在3月22日的一份长电中，黎元洪东拼西凑，罗列因阁员未定、政府不立而造成的种种“危象”，提出“五哭”，即“于外交可为痛哭者一也”、“于军政可为痛哭者二也”、“于财政可为痛哭者三也”、“于民政可为痛哭者四也”、“于教育可为痛哭者五也”，耸动视听。这些电文大都由黎元洪的亲信、有“文胆”之称的秘书长饶汉祥起草。饶为清末落拓文人，为文洋洋洒洒，咬文嚼字，雕琢修饰，有四六骈俪之风，有些名气，所撰电文也为时人所传诵，为黎元洪制造影响。上述电文与前文所引3月3日的长电一起，被称为“四亡五哭”之电，名噪一时，政治作用也特别恶劣。
围绕组阁而进行的斗争，最后以袁世凯的胜利而结束。内阁中外交、内务、财政、陆军、海军、交通等重要阁部均由袁派人马出任部长。在党人的力争之下，袁世凯为表示“合作”与“诚意”，也作了些许的让步，将司法、教育、农林、工商几个闲职冷板凳让给了党人。3月30日，内阁正式组成。4月1日，孙中山解职，黄兴以南京留守的名义，暂在南京主持留守府，处理善后事宜。辛亥革命的成果落入了袁世凯的手中。对于黎元洪的诩赞之功，袁世凯也给以回报，4月13日，任命黎元洪兼任参谋总长职务。这一任命用意一方面在继续拉拢黎元洪，另一方面则以此防止党人再握军权。因为在南北因陆军总长一席争持不下时，居中调停的立宪派曾许愿以黄兴就任参谋总长之职作为党人同意段祺瑞任陆军总长的调和办法。袁世凯将此职给予黎元洪，可谓一石双鸟。不仅如此，袁世凯还利用黎元洪喜好沽名钓誉的特点，每电必回。文字一定用“执事卓识宏酞，万流镜仰，惟冀匡其所不逮，助以所弗能”、“但耳俟教，无任依驰”、“实获我心”、“永拜嘉言”之类的奉承之词。黎元洪也因此而飘然，于是越来越紧地被绑在了袁世凯的战车上，成为袁世凯的附庸。
自辛亥首义之后，革命党内部的权力之争就从来没有停歇过。在全国范围内，是湖北方面和上海方面的持续争权。而首义的湖北内部，也并非铁板一块，党派之间的权力纷争愈演愈烈。早在武昌首义之前，湖北的两大革命团体共进会和文学社之间就互有嫌隙，时时出现一些小摩擦。文学社的成员多为新军下级军官和士兵，而共进会的成员中有许多留学日本的士官生。文学社的成员认为共进会这些穿长衫、留过洋的“大人”不可靠，共进会的成员也看不起那些粗话连篇的加入文学社的新军下级军官和士兵们。武昌起义前夕，双方为了适应革命形势发展的需要才联合起来，在联合的过程中，因为权力的分配问题，仍然屡有龃龉。在首义之初历尽艰难困苦的征战岁月里，由于要全力投入到武汉三镇的保卫之中，双方算是暂时摒弃门户之见，同心协力对外作战。然而，随着形势的起伏跌宕和革命阵营的逐渐扩大，这些被暂时搁置的矛盾和成见，又因黎元洪被举为都督、立宪党人的加入、黄兴到湖北指挥作战以及湖北军政府内部的人事安排等诸问题，变得更加错综复杂。
在湖北军政府内部交错的矛盾中，孙武是一个焦点。辛亥武昌首义时，孙武、蒋翊武、张振武三人都是叱咤一时的风云人物。由于他们三人的名字中有一个相同的“武”字，所以时人称他们为“首义三武”。不过，“首义三武”之间却是矛盾重重，尤其是孙武个人权力欲极强。首义成功之后，他出任湖北军政府的军务部长，连黎元洪也要忌惮他三分。孙武为满足自己的权力欲望，对文学社出身的革命党人多加排挤。失守之后，黄兴愤而离开武汉，战时总司令一职本由文学社的蒋翊武代理。孙武因为与蒋翊武有矛盾，便威逼黎元洪以谭人凤取而代之，改任蒋翊武为没有军权的都督府顾问。蒋翊武对此事颇为不满，耿耿于怀。谭人凤接任战时总司令后，由于提出若干不利于孙武扩大权力的措施，使孙武难以接受。于是，孙武遂又鼓动部分军官向黎元洪陈述意见。黎元洪遂改派谭人凤为议和代表，军权又被孙武所垄断。南京临时政府成立之后，孙武为取得陆军部次长的位置，亲自跑到上海去活动，结果失意而归。为此，孙武大骂南京临时政府，并和刘成禺等人组织民社和同盟会相对抗。即使对同属于共进会的革命党人，孙武也会因一时意见相左而不惜打击、排挤，无所不用其极。他与“首义三武”中的张振武本同是共进会的骨干人物与领袖，但是却“势若水火”。
作为湖北军政府的都督，黎元洪对革命党人内部盘根错节的矛盾自然看在眼里。由于他终究不是革命党人，所以革命党人内部的纷争正好有利于自己巩固业已获得的权力。孙武由于个人作风骄横擅权，在革命党人中非常孤立，所以渐渐地向黎元洪靠拢，企图“拥黎以自重”。黎元洪对孙武其实并没有太多好感，特别是其骄横跋扈的做法也常常令他极为不快。不过，由于孙武身为军务部长，手握重权，又是革命党人出身，所以黎元洪不得不礼让三分。同时，黎元洪也乐得借助孙武之手，剪除革命党人的势力，并增加革命党人之间的矛盾。1912年1月，在武昌借口北伐扩军之际，黎元洪原本打算任命吴兆麟为北伐军第一军总司令官。孙武想以军务部长兼任此职，就找到黎元洪。黎元洪当即表示：“别人要干那是不行的，你要干就给你干。”于是，他就改委任吴兆麟为参谋部长。吴兆麟因任命突然更改而找到黎元洪，质问黎元洪为何改委，黎元洪答称：“因为孙尧卿(孙武字尧卿)来到这里，硬要这个总司令官的名义。”吴兆麟与孙武的矛盾进一步加深。
军务部副部长张振武在阳夏之战后，得到黎元洪的批准，携带巨款赴上海购置枪械弹药。孙武对张振武不放心，便和黎元洪一起，派人赶赴上海对张振武进行暗中监视，并以所购枪械多为废枪，不能适用为由，连电催促张振武返鄂。张振武返回武昌后，立即到湖北军政府质问此事。黎元洪回答张振武说：“这不怪我，你去问孙尧卿。”张振武对孙武自然更加不满。
黎元洪的离间加剧了孙武和其他革命党人之间的矛盾。与孙武有旧怨新仇的人，再加上一些原本对革命不甚了了，只是掺杂个人私念，希望借革命混个一官半职的投机分子，都把怨气撒到孙武头上。一时间孙武成为众矢之的，终于演变成一场以推翻孙武为目的的群英会风潮事件，事件的发起者为黄申芗。
群英会是武昌起义前由清朝政府新军三十二标中的革命党人向海潜创建的秘密反清团体，基本的人员组成共为一百零八人，效法水泊梁山的聚义形式。后来，群英会整体加入共进会。在武昌首义之际，群英会的成员出生入死，立下了赫赫战功。黄申芗时任革命军第四镇第七协第十四标标统，湖北军政府扩军后，他被任命为近卫军协统。他早就对孙武骄横跋扈的作风看不惯，被任命为协统后，由于委任之权在军务部，依例须到军务部“谢委”。接见时，孙武坐在靠椅上，双足俱跣，昂然不动，可谓傲气十足。对此，黄申芗极为愤慨。可孙武说出话来，更让黄申芗不满。
只听得孙武向黄申芗发问道：“你来了，接到委札没有？”黄申芗道：“接着了，我特来谢谢你的。”
孙武说：“标统不小呀，你好生得干，听着没有？”
黄申芗默然良久，不辞而去。孙武也毫不客气，根本就没有送他的意思。黄申芗离去之后，极为不满地说道：“尧卿得意忘形，连老朋友也不认识，我非杀他不可。”
向海潜和黄申芗两人都是湖北大冶人，平常关系就十分密切。于是，黄申芗就找到他谋划倒孙活动。他们决定以“改良政治”为号召，以群英会的名义，联络毕血会、将校团、教导团、义勇团等团体组织中对孙武不满的军人，发起了一场暴动。
1912年2月27日晚，向海潜放枪为号，暴动的士兵一齐行动，冲出营房，迅速向军务部和大朝街孙武住宅扑去。暴动士兵佩带“群英会”或“毕血会”的白布徽章，高喊“打倒孙武”等口号。持旗游行示威，旗上书有“改良政治”、“驱逐民贼”等字样，一路鸣枪示警。孙武事先有所觉察，避走汉口。暴动士兵将孙武住宅围住，孙武的家小也被暴动的士兵扣压，后经人说情才予以释放。虽然起事前夕黄申芗等人已申明只诛孙武一人，但由于起事者动机不一，暴动发生后各行其事，结果演成一场变乱。军务部、内务部等机关均遭冲击，乱兵趁机抢劫。第四镇统制邓玉麟、近卫军统制高尚志等人见势不妙，纷纷逃避。第二镇统制、文学社重要成员张廷辅企图说服乱兵，结果被射杀。
逃到汉口的孙武在事变之后马上联络邓玉麟，准备带兵前去镇压，但城内的军队都布于防御区，武昌一带仅有黄申芗的第十四标驻守，孙武也无法调动。后经汉富商蔡辅卿、李紫云调停，孙武提出拥护黎元洪为都督，不得变更，变兵各归营地，不得滋扰，商场复市等条件，然后发表声明，宣布辞职。在声明中，孙武力辩群英会对他“挟资致富”、“任用私人”、“结党自囱”等指斥为不实之辞，称他“自维运动革命，家产荡然，残炸余生，力疾从公；起义反正，虽然无功，突遭身家之祸，一寒齿冷。今后入山，谢绝世事”。此后，孙武又在报纸上刊登了一则声明，宣布将辞职“养疴国外”。一场风波于是得以平息下来。
在这场风波中，黎元洪先是静观其变，最后出来收拾两败俱伤的残局。对于事变，黎元洪事前已有所闻，但他并不出面制止。因为孙武权势的增大，对黎元洪来说也是一个极大的威胁。因此，他也乐得借群英会之手将这个潜在的威胁清除掉。所以当孙武辞职的时候，他顺势批准，而对黄申芗也仅仅是申斥了事，后又以五千元资送出洋，草草了结群英会事件。
经过群英会风潮，黎元洪借势除去孙武等掌握军权的革命党人，从而加强了自己军政都督的实权。他外领副总统，对内坐镇湖北，拥有越来越大的权力。
