当唐僖宗李儇病重之时，群臣都支持僖宗的六弟、吉王李保为继承人，而当时只有宦官杨复恭请立唐僖宗同母弟寿王李晔。
杨复恭之所以拥立寿王李晔，仍然是宦官自行废立的惯用旧例，加之寿王李晔自身也能够表现一些军事才能，且与杨复恭关系相处也算和谐，比较能为杨复恭等人接受。
此时的唐僖宗已经不能说话，只是略微点头算是恩准了。
于是文德元年（888年）三月，李晔被立为皇太弟，同月登上皇位。
在昭宗即位的第一年，主要政治问题仍然是宦官控制朝政的问题，此时的宦官头目正是力排众议拥立昭宗即位的杨复恭。
昭宗这个人从来没有像他哥哥僖宗依赖田令孜那样依赖杨复恭。表面上，昭宗一再对杨复恭表示尊敬。同时，却尽量回避与杨复恭等人的接触，政事都和宰相们商议。暗地里，昭宗经常与大臣们谈论限制宦官，提高君权的事情。
后来，杨复恭和昭宗的矛盾公开化了。杨复恭写信让他那些在地方的干儿子们拥兵自立，对抗朝廷。
唐昭宗就让杨复恭去凤翔去任监军，而杨复恭却抗命一直留在长安，并且以辞职来要挟唐昭宗。没想到唐昭宗却顺水推舟，同意了杨复恭的辞官请求。
杨复恭看到要挟不成，反而失了兵权，恼羞成怒，于是便秘密地和自己的侄子杨守信准备谋反，被皇帝识破，进而李晔号召各方节度使诛杀杨复恭，在一年之后，杨复恭被李克用斩首。此后朝中宦官的势力减弱了不少。
宦官的问题有所进展之后，还令唐昭宗头疼的就是愈演愈烈的藩镇割据。
僖宗朝的农民起义使藩镇们有了更大的独立性，因为朝廷已经没有多大力量来征讨叛乱的藩镇了。
到唐昭宗李晔这时，藩镇割据已经尾大不掉了。而李晔觉得诸藩镇藐视朝廷是因为朝廷没有属于自己的军事力量，所以他广招勇士，组建了一支超过十万人的禁军队伍。
队伍组建后，就不停地与各个藩镇作战，但结果输多胜少。当时李克用是各路藩镇中势力最大的一个，所以朱温、李匡威、赫连铎三个藩镇就联合讨伐李克用。
李克用是沙陀族人，本身就好武，加之他现在占据着很大范围的土地，不光对于已经破败不堪的唐王朝，而且对其他比较弱一点的割据势力来说，都是很大的威胁。
李克用最终被朱温、李匡威、赫连铎的联军打败，但实力尚存。于是朱温、李匡威、赫连铎又联名上奏，请求再次讨伐李克用。
这时，朝中的禁军以及朱温、李匡威、赫连铎四股军事力量一起对付李克用。
但李克用并没有胆寒，他觉得朝廷的禁军都是乌合之众，而朱温虽然实力比较强一点，但周围也有不少军事力量虎视眈眈，无法全力对抗自己。只有离得比较近的李匡威、赫连铎才是最大的威胁。所以李克用集中优势兵力，与朝廷以及李匡威、赫连铎的部队展开大战。
最后李克用打败了朝廷的禁军以及李匡威、赫连铎的军队。
昭宗面对这种结局，心中很是懊恼，为了平息李克用的怒火，他罢免了当初赞成出兵的一些官员。
在一连串的失败之后，唐昭宗李晔成为了各个藩镇嘲笑的对象。
没过几年，陇西的李茂贞也成为朝廷的一大威胁，此时的李茂贞已经加封为陇西郡王，势力有了较大的发展，便也开始关心起朝政来。
李茂贞以自己的地盘为基础，不断扩大部队数量，把朝廷根本不放在眼里，而且对于那些说自己坏话的宰相大臣们，也都以最残忍的方式——迫害致死来对待。
景福二年（893年），李茂贞写信嘲笑唐昭宗李晔，年轻力壮的李晔很是难堪，于是发兵讨伐李茂贞，最后以失败而告终。李茂贞率大军来长安问罪于皇帝李晔，幸亏衷心的宰相杜让能站出来，才为李晔化解了一难。但从此以后大臣们都和皇帝疏远了。
乾宁二年（895年），李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，昭宗被迫逃往河东去寻求李克用的保护。而走到半路上就被李茂贞的盟友韩建追上，韩建把唐昭宗软禁了近三年。
乾宁五年（898年），朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化。
这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是昭宗在乾宁五年的八月回到长安，同时宣布改元“光化”，以资庆祝。
回到长安后，宦官和大臣们的矛盾有开始不可调和，以刘季述为首的宦官要进行最后的抗争，他们策划废黜昭宗，拥立太子。
光化三年（900年）十一月，宦官们实现了他们的计划，他们将唐昭宗李晔软禁了起来。
但是宦官们害怕李克用、李茂贞等人会兴师问罪，于是将锅抛给了朱温。
而朱温表示这锅他并不想背，于是他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，并于光化四年（901年）拥立唐昭宗复位，李晔为表示感激，加封朱温为梁王。
暗杀过宦官的朱温自然成为了还活着的宦官们的大仇人，大宦官韩全诲和李茂贞联合，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。
不久后，朱温以出兵讨伐韩全诲为由，实则是为了把唐昭宗控制在自己的手里，好“挟天子以令诸侯”。
韩全诲被迫带唐昭宗和一起逃到了李茂贞的老巢凤翔。
朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来，一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，城里每天都会饿死冻死很多人，但李茂贞凭借着凤翔城坚固的城墙一直坚持。
直到天复三年（903年）正月，李茂贞实在没法再守下去了，于是他偷偷地找唐昭宗商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时也将唐昭宗也交给了朱温。
朱温带着皇帝李晔，高兴地撤兵东去。
回到长安后，朱温下令把剩余的几百名宦官全部诛杀。至此，中晚唐的宦官问题终于被彻底解决，但是唐昭宗也完全落入了朱温的监控之下。
天祐元年（904年）正月，朱温上表唐昭宗把都城从长安迁到了洛阳。
天祐元年（904年）八月，朱温的手下蒋玄晖和史太带领一百余人深夜来到皇宫，残忍地将唐昭宗杀死。
唐昭宗李晔时年37岁，被葬于和陵。李晔是一个很有想法的皇帝，但在他执政的时间里，唐王朝已经积弱难反，日薄西山了。
