面对国民党顽固派的反共活动日见嚣张，这一天毛泽东为中央书记处起草指示，除了命令江南部队迅即北移，并从华北派遣一部兵力加强华中外，还要求所有华中及山东的党和军队必须紧急动员起来，为坚持抗日根据地、打破顽固派进攻而奋斗。指示提出，军事指挥，叶挺未到江北前，统一于陈毅、刘少奇指挥下；叶挺到江北后，统一于叶挺、陈毅、刘少奇指挥下。中原局统一领导山东与华中，山东分局划归中原局管辖。指示要求全国各地对于国民党这一进攻及其在全国的高压政策，必须坚决反对之。
早在国民党五中全会时，蒋介石在会上作了《唤醒党魂、发扬党德和巩固党基》的报告，声称：“对中共是要斗争的，不好怕它……我们对中共不好像民国十五六年那样，而应采取不打它，但也不迁就它，现在对它要严正管束、教训、保育；现在要溶共，不是容共。”根据这种“与中共作积极之斗争”的精神，全会决定了“防共、限共、溶共、反共”的方针，原则通过了《限制异党活动办法》，确定成立防共委员会，严密限制共产党和一切激进分子的言行。
稍后，蒋介石又秘密批准颁布了《共党问题处置办法》、《沦陷区防范共党活动办法草案》，严令执行。
这时，蒋介石仍主张继续对日抗战，严厉谴责汪精卫的投降活动，他的防共反共的全盘打算主要是在内部酝酿和布置的，并没有完全公开出来。
不管怎么说，国民党五中全会可以说是蒋介石政策发生重大变化的转折点。正如周恩来在写给中共中央的报告中分析的：国民党五中全会后，开始走“向下发展的道路”，重心由对外转向对内，眼光由看前线转向看共产党的根据地，开始着眼于“如何限制共党，防备共党，乃至反对共党，如何消灭同情共党的影响及其分子，如何消灭国共以外的中间分子，以冀造成国民党独霸的局面。于是思想复古，摩擦丛生，一切抗战的言论、出版、集会、结社、信仰之自由，极受限制。对共产党，对陕甘宁边区，对八路军、新四军，乃发生许多苛刻之要求，无限之限制，不平之待遇，以至杀人、捕人、武装冲突”。
在蒋介石看来，八路军急剧扩大，而且到处抢地盘，占一块地盘就建立政权，如此蚕食下去，这江山将归属谁家！想到这里，他在日记中写道：“共党乘机扩张势力，实为内在之殷忧。”“目前急患不在敌寇，而在共产党之到处企图发展，沦陷区游击队之纷乱无系统……应定切实对策，方足以消弭殷忧也。”
正是出于这种考虑，蒋介石在国民党五中全会上，秘密批准了一系列反共方案。并密令鹿钟麟训示各县禁止八路军招兵买马，取消冀中、冀南两行政公署。还向各战区下令：禁止未奉军委会命令擅自开往它区，各战区不得兼管行政。
1939年2月，鹿钟麟从重庆开会回到河北，腰杆子挺直了许多。第一天办公，他先给朱德、彭德怀拍了一份电报，要求八路军立即退出河北，交出全部游击队；随后，他摊开地图，开始填写八路军占领区各地区、各县专员和县长的委任状。第二天，他又密令各部队伺机多占地盘。
与此同时，河北的张荫梧和山东的秦启荣等部，到处袭击八路军，制造流血事件。他们公开叫喊：“宁亡于日，不亡于共。”“八路军一定要交出政权！”
共产党不再让步，来了个针锋相对。中共中央电示朱、彭：一、要求当地高级指挥官兼地方行政官，撤换鹿钟麟，以朱德兼河北省主席；二、冀、察、鲁三省战略位置重要，八路军只能增加，不能减少；三、晋察冀边区、冀中、冀南现行政权不仅不能取消，而且山东及其他地区也应照此办理；四、政府发饷少，八路军及游击队要吃饭，停止征粮实难从命；五、对于非理进攻，必须反击，决不轻易让步。
1939年5月底，毛泽东看到了三个月前蒋介石秘密批准的《共产党问题处置办法》。这份绝密文件里，提出两种对付共产党员的态度：“上层注重‘理性之折服’，以严正对之；中下层当予以事实上之打击，以严厉对之。”毛泽东发话了：“来而无往非礼也！他们要打，我们没有办法。”6月10日，毛泽东在高级干部会议上提出反摩擦的指导方针：“积极帮助蒋督促蒋朝好的一边走，仍然是我们的方针……统一不忘斗争，斗争不忘统一，二者不可偏废，但以统一为主，磨而不破。”
在《共党问题处置办法》中，在军事方面要求八路军、新四军之军政军令必须统一于中央，不得脱离驻地，不得要求划给区域，不准扩充武力；党务方面要求共产党服从三民主义，服从领袖，遵守抗战建国纲领，不得在各地有任何秘密或公开之组织，停止宣传共产主义，不得单独设立机关报与杂志及印刷各种宣传品；行政方面，要求共产党取消地方政权，共产党所办教育与训练机关或停办，或由中央接收等。
平江惨案发生后，整个形势急转直下。在追悼平江惨案死难烈士的追悼会上，周恩来送了挽联，上书：
长夜辄深思，团结精诚仍是当今急务；
同胞须猛省，猜疑磨擦皆蒙日寇阴谋。
毛泽东在会上作了《用国法制裁反动分子》的报告。他说：
这件事非同小可，我们一定要反对，我们一定要抗议！这样一件杀死抗日同志的大事，有谁出来过问呢？这件事应该由谁出来过问呢？如果在陕甘宁边区发生了这样的事情，我们的高等法院早就出来过问了……这是什么缘故呢？这是因为中国不统一。这样下去，中国就不得了，抗日的人可以统统被杀。
杀抗日的人，这是什么意思？这就是说，中国的反动派执行了日本帝国主义和汪精卫的命令，准备投降，所以先杀抗日军人，先杀共产党员，先杀爱国志士！
毛泽东话锋一转，直指蒋介石：
现在国内流行一种秘密办法，叫做什么《限制异党活动办法》……这种办法就是破坏团结的种种罪恶行为的根源。我们今天开这个大会，就是为了继续抗战，继续团结，继续进步。为了这个，就要取消《限制异党活动办法》，就要制裁那些投降派、反动派，就要保护一切革命的同志、抗日的同志、抗日的人民。
毛泽东曾经说过以下这段话，可以为他坚决回击蒋介石反共政策的最佳注脚：
因为顽固分子他死顽固，他磨擦来，你一定要磨擦去。你如果不磨去，他会愈磨愈凶起来。你磨了去，好比在他的头上打了一下，使他的头不敢再钻进来。他就想一想，还是不磨吧，讲亲爱。这个时候我们也同他讲亲爱，请他喝茶，大家讲和平。所以磨擦是对付顽固分子，结果还是讲亲爱。但是有一个原则，我们不要先打人，人家打来了，我也打过去。磨擦的最后目的是讲和，磨擦是讲和的最好办法。但是不是要磨擦下去，像从前十年内战一样呢？那我们也不赞成那样搞的。……我们根本反对抗日党派之间这种互消对方力量的磨擦。但是，任何方面的横逆如果一定要来，如果欺人太甚，如果实行压迫，那末，共产党就必须用严正的态度对待之。这态度就是：人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人。但我们是站在严格的自卫立场上的，任何共产党员不许超过自卫原则。
1940年秋，由于英、美的积极支持，使得蒋介石认为，抗战的胜利只是迟早的事情，而自己的心腹大患，则要尽快解决。正是在这种国际形势下，蒋介石认为时机对他有利，觉得有恃无恐、可以为所欲为了，于是准备发动新的反共高潮！既而，在抗战形势刚刚好转的时候，攻击共产党的计划就要出炉了。
蒋介石因为在华北丧失了进行大规模武装摩擦的力量，难以再有大的作为，便把反共重心转向华中，伺机进攻新四军。新四军在苏北的胜利，促使蒋介石更急切地要向皖南的新四军军部采取报复行动。成为这次反共高潮起点的，是何应钦、白崇禧的“皓电”。
11月12日，毛泽东电示周恩来、项英、刘少奇等：蒋介石一面调兵遣将准备进攻新四军，一面却仍怕乱子闹大不好收拾。你们应向各方面放出空气，略谓华中方面有30万大军准备进攻新四军，我们希望能停止出动，以免演成内战，两败俱伤，敌人获利。但如一定要打新四军，则新四军不能不自卫，八路军也不能坐视不救，那时乱子闹大，对方应负其责。这种空气如放得适当，可能停止或延缓其进攻。
11月14日，重庆军委会军令部制定的《剿灭黄河以南匪军计划》、《解决江南新四军案》，散发着油墨香气，就等蒋介石签字了。两日后，汤恩伯、李品仙、韩德勤的20万人已接到攻击华中八路军和新四军的预备令。顾祝同已开始从浙赣前线抽调兵力，部署围歼皖南新四军军部及其所属部队。
