《一夜成名》的导演保罗·托马斯·安德森恰好在这时来《大开眼戒》探班，他与克鲁斯洽谈出演他下一部影片《木兰花》的事宜。他惊诧于库布里克会亲自操控摄影机，而他的剧组人员会如此之少。
“你总是用这么少的人吗？”他问。
“你觉得我需要多少人？”库布里克反问道，“这是我的电影，我不愿和更多人分享我的乐趣。”
《大开眼戒》于1998年1月关机，而加里·古巴与基德曼之间的性爱场面是最后拍摄的一场戏，从头至尾，古巴没有正面露过一次脸，这也是他演出的唯一一部电影。而对于克鲁斯和基德曼来说，他们的工作尚未结束。在主演《木兰花》期间，克鲁斯不断被召回到伦敦补拍镜头。“当我再次见到他时，”范妮莎·肖说，“他的情绪明显低落了许多，他依然没有一句怨言，但在精力的投入上已经大打折扣。”在拍最后一周戏时，克鲁斯患了胃溃疡，疼痛难忍，但他还是坚持了下来。在结束《大开眼戒》的拍摄之后，基德曼前往华盛顿与桑德拉·布洛克合演喜剧片《巫法闯情关》，开拍两周后，她赶回洛杉矶做了卵巢切除手术。尽管这与她拍摄《大开眼戒》没有直接的关系，但医生推断她的病情是因为某些外部的刺激而加剧的。实际上，因为不能生孩子也最终导致了她与克鲁斯的分手，这是《大开眼戒》在现实生活中导演的一场婚姻悲剧。
从三月开始，库布里克开始了为期近一年的后期制作。在此期间，他度过了他的七十大寿。很多与他合作过的人都已相继去世，包括《发条橘子》、《巴里·林登》和《闪灵》的摄影师约翰·阿尔考特、《奇爱博士》的编剧特里·绍森以及主演《洛丽塔》和《奇爱博士》的彼得·塞勒斯等。似乎感觉到自己已经没有太多的时间去拍摄下一部电影，他把《大开眼戒》当作了一次总结性发言，通过一些细小的环节让他的影迷们看到了他过去作品的影子，诸如比尔经过的一面墙上写着戴维·鲍曼（《2001年太空漫游》中的角色）的名字，比尔的面具是仿照雷恩·奥尼尔（《巴里·林登》的主演），比尔最后一次回到家里时，桌上放着《全金属夹克》的录像带等。这部电影里出现的所有用来作为装点背景的绘画均出自克里斯蒂安之手，不仅如此，在剪辑行将完成之际，他似乎出于预感地让克里斯蒂安参与到该片推广计划的制计中。
1999年3月2日，《大开眼戒》在纽约举办了一场小规模的试映，由库布里克亲自主持，在座的有华纳兄弟公司的老板鲍勃·达利和特里·塞梅尔。为了不让剧情透露出去，库布里克要求放映员装好胶片后便离开放映室，不许他看到银幕上的任何东西。克鲁斯和基德曼是唯一两位被请来观摩的主要演员，库布里克的目的是要看看他们的反应。他注意到克鲁斯在看到妻子与古巴的性爱场面瞪大了眼睛，满脸吃惊的神色，而此时基德曼却左顾右盼，假装在找人。“当放映结束时，”库布里克的助手安东尼·费里温说，“我第一次看到斯坦利脸上露出了释然的表情，对他来说，这部电影刚刚开始，接下来他会重新拿起剪刀，进入下一轮的工作。”
达利和塞梅尔被他们看到的东西吓了一跳。首先，近三个小时的长度对他们以及观众来说都是不可忍受的，更重要的是，为了保证能定为R级，一些过于出位的性场面必须删节。如今已不是《发条橙》的时代，没有一家影院愿意接受一部x级电影，即使被定为NC一17级也将意味着这部投资6500万美元的电影会赔个底朝天。在返回伦敦之前，库布里克在华纳兄弟公司的机房里连续工作了四天，剪掉了秘密仪式段落的部分画面，并把片长压缩到了2小时35分钟。
3月6日，库布里克从伦敦给基德曼留言：“妮可，给我打电话。我迫不及待地想跟你聊聊。”在此之前，克鲁斯已经就该片与库布里克交换了意见，对于基德曼与古巴之间的性爱戏，他的态度十分坦然，“你知道，我信任妮可，她不会使我感到难堪。如果需要的话，我想我也会这么演，这是做演员的职责。”
收到留言后，基德曼并没有马上给库布里克回电话，当时她因用嗓过度而说不出话来。直到第二天上午，在叫醒孩子起床并为他们烤好巧克力甜饼后，她听到了电话铃声。在电话里，莱昂·维塔利告诉基德曼一个噩耗：库布里克因心脏病突发，在睡梦中离开了人世。
基德曼愣了半天之后才接受了这个事实。她马上给远在澳大利亚拍摄《碟中谍2》的克鲁斯打电话，他们在电话两端失声痛哭。在等待克鲁斯乘飞机赶回来的这段时间里，基德曼独自一人来到圣帕特里克教堂，为库布里克点燃了一支蜡烛。
库布里克去世的前一天晚上，朱利安·塞尼尔还来查尔德威克伯里作客，和他一起看了爱尔兰与英格兰在五国橄榄球锦标赛中的比赛。“斯坦利不知从什么时候起对橄榄球发生了浓厚兴趣，”塞尼尔说，“他一边看电视，一边不停地发表意见。我有点受不了他的唠叨，因为我想专心看这场比赛。于是我说，‘斯坦利，你到一边去，我们明天再聊。’”第二天一直等到中午，塞尼尔也没接到库布里克的电话，这时，他忽然有了一种不祥的预感。
虽然去世时已是70岁高龄，但库布里克的健康状况一直很好。他拒绝接受身体检查，甚至拒绝看病，他称自己就是医生，感到不舒服时就给自己开药吃。“我想他是因为劳累过度而致死的，”妻子克里斯蒂安说，“在最后的日子里，他显得很疲劳，但要劝他放弃工作是根本不可能的。他的母亲是因为心脏病去世的，我想他身体里有这个病因，只是事先没有任何征兆。”
按照死者生前的要求，葬礼是在查尔德威克伯里的庭院举行的，这里是库布里克每天散步的地方。记者蜂拥而至，由于被拒绝入内，很多人扛着梯子爬上了墙头。对此，克里斯蒂安和家人早有防范，他们在庭院里树起了帐篷，挡住了照相机镜头的视线。尽管如此，记者们还是拍到了坐车赶来参加葬礼的克鲁斯和基德曼夫妇，他们神色忧伤，依然沉浸在痛失良师的震撼之中。
《大开眼戒》于7月16日在全美上映，这个日期是由库布里克生前亲自选定的，他的设想是如果首映的效果不佳，他会用10天的时间重新剪辑，再次进入影院时恰好是他的71岁生日。当然，随着他的去世，他不仅省去了这份辛苦，也幸运地躲过了影评界对他的狂轰滥炸。
尽管面对的是世界上最伟大的一位导演的遗作，各路媒体并未因此而手下留情。《娱乐周刊》的泰·布尔先是恭维了一番，称库布里克是“美国战后贡献给世界影坛的一位顶尖导演，堪与伯格曼、黑泽明、戈达尔和费里尼并驾齐驱”，但是这篇影评在数落了《大开眼戒》对性爱“怪癖式的迷恋”之后，认为库布里克只是一位电影人，而非心灵纯洁的圣徒。
迈克尔·阿特金森则在《电影线》杂志上抛出一连串问题：“《大开眼戒》究竟是杰作还是劳民伤财？它值得推崇还是贻笑大方？是像库布里克的大多数作品那样流芳百世还是沦落为过眼云烟？”以“闭上你的眼睛：库布里克最后一部冗长乏味的电影，配角有亮点，但克鲁斯和基德曼不足信、不色情”为题，《费城问讯报》的史蒂文·雷在文章中写道：“尽管制作优良，但库布里克的第13部也是最后一部电影却是又臭又长的，它试图在忠诚与不忠的问题上大做文章，却很难令人印象深刻。”
然而这一回观众却站在了影评界的对立面上，《大开眼戒》在美国首映第一周的票房就达到了2170万美元的票房，更是击败《布莱尔女巫》和《史前巨鳄》等片，成为库布里克第一部登上全美票房排行榜冠军的电影。当年的威尼斯电影节不仅选择《大开眼戒》在开幕式上放映，还授予库布里克巴斯托内·比安科影评奖，次年该片被法国凯撒电影奖提名为最佳外语片。
早在1997年的8月，库布里克就被威尼斯电影节组委会授予了终身成就金狮奖，而在那一年的3月，他还收到了美国导演工会的一份厚礼——大卫·格里菲思终身成就奖。他给导演工会寄去了一盘录有他的致辞的录像带，并请杰克·尼科尔逊去好莱坞替他领奖。在致辞中，库布里克向格里菲思这位电影的先驱表达了敬意，但同时提醒人们这位伟大的导演曾在贫困和黑暗中度过了17年的晚年时光，而这正是他为抵制他亲手参与创立的好莱坞所付出的代价。
“他就像希腊神话中的伊卡罗斯，以蜡翼粘身飞离克里特岛，却因飞得太高，蜡被阳光烤化，结果坠人爱琴海而死。感谢你们授予我最高的荣誉，但我知道这不过是一双用蜡做成的翅膀，我无法借助它去完成我更多的梦想。我不想成为所谓的大师，我就是我，一个用电影看待世界的人。我不想飞得太高，但我会坚持做好我的工作。谢谢大家。”
