袁世凯申令严禁陕西左近一带种植鸦片。陕西左近一带“乡僻愚民于穷谷深山乘隙偷种”鸦片，“愚民只贪小利，不知禁令”。袁世凯命内务部向该省巡按使重申禁令，严厉稽查。但不准地方官纵容丁役借机敲诈百姓，以致一弊刚去，“又生一弊”。
5月13日袁世凯宣布沿海岛屿概不租让与任何外国。为了履行中日交涉中向日本作出的承诺，袁世凯授意梁士诒在参政院提议通过沿海港口崖岛屿概不租与外国议案。本日，袁世凯以“海疆区域关系国防大计”为由，申令宣布：“嗣后中国所有沿海港口湾岸岛屿，无论何国，概不允认租借或让与。”
袁世凯批准向神户华侨学校颁赠匾额相片，以表彰该校多年来举办华侨教育的突出成绩。
美国政府为中日“二十一条”交涉结果给中日政府的照会送达中国外交部。照会声明：美国政府不能承认在日中两国政府之间缔结的或可能缔结的、有损于合众国及其公民的条约权利、中华民国的政治或领土完整，或关于中国的国际政策，即众所知的“门户开放”政策的任何协定或承诺。15日，再次照会中日两国，声明：现在交涉之条约，“其中任何条款经中国政府承认，而对在华外人之地位有所变更者，在最惠国待遇之下，美国政府亦将享有其利益。”
汉口市民反对日侨“提灯庆祝会”发生闭市风潮。武汉的日本侨民准备在汉口镇举行提灯大会，计划穿行各国租界和中国人居住区域，庆祝日本在中日交涉中取得的“外交胜利”。愤怒的当地商民相率闭门熄灯，停止夜市，并与日本侨民发生冲突，捣毁多处日本商店。湖北将军段芝贵派军警协助日本军队弹压民众。骚动一直持续到深夜12点多，迫使日本领事取消了提灯大会。当日，湖北将军段芝贵、巡按使段云书联名致电日本驻汉口总领事濑川，对事件的发生表示道歉。电报称：“顷据报有贵国人被乱民打伤及店铺被冲事情，闻之非常惭愧，除告已电饬军警切实弹压设法保护，并严拿在场滋事之人，务获惩办外，特此专电道歉。所有贵国人受伤者，已电饬丁交涉员赶紧送医院诊治，并希贵总领事代本上将军、本巡按使问慰为荷。”事后，段芝贵向北京统率办事处密报，说：“武汉三镇人心颇形不靖，街谈巷议多属仇外之言……人人脑筋中隐蓄一番愤激”，恐“再有特别事故发生”。
5月14日袁世凯密谕全国职司忍辱负重，发愤图强。密谕指出：“所望凡百职司，日以亡国灭种四字悬诸心目，激发天良，屏除私见，各尽职守，协力和功。”并说：“京外各官，当规劝僚属，申儆人民，忍辱负重，求其在己。切勿妄逞意气，空言媪骂，非徒无益，反自招损。务各善体此意，努力为之。”
5月15~22日第二届远东运动会在上海举行。中国、日本、菲律宾三国近300名运动员参加了比赛。中国获得田径、游泳、足球、排球和总锦标冠军，篮球和棒球亚军。比赛期间，上海中国童子军参加会场服务工作，引起到会参观的各省市教育界人士的注意，回籍后纷纷试办。
5月16日河南洛宁县农民要求减免苛税。从14日起该县农民就呈缴农具罢耕，要求县署减免税科。是日，杨坡各里农民向驻军管带提出六项要求：（一）验契从宽；（二）印花缓办；（三）房地契官纸白纸听民自便；（四）警备队经费每两600文全免；（五）上年分未完地丁不催；（六）呈捐免缴。次日，农民再次聚集城外，该县知事带兵镇压，农民将县知事包围，被军警开枪打死一人。30日，县府又将农民马腾蛟逮捕枪杀。
5月17日安徽芜湖常关改定新税则，原定5月1日施行。商会要求展期未准，群情愤激，是日相约罢市，道尹被迫接受商会要求，遂于21日开市。
5月18日内蒙古王公反对袁世凯出卖东蒙利权。内蒙古王公联合会致函蒙藏院，反对袁世凯出卖东蒙权利，函曰：“近闻日本之要求，妄加威吓，而政府委曲迁就，将东部内蒙古之种种权利断送日人……王公等宁为玉碎，不为瓦全，宁为土地牺牲性命而不甘为他人之奴隶。”
袁世凯申令，准湖南长沙等县上年被灾田亩应征赋按各该县灾歉分别蠲缓；又令将该省醴陵等县上年被水冲废田亩应完正赋租课自民国三年起永远豁免。
5月19日北京私立新华商业专门学校设立校董会。推京师步兵统领江朝宗为总董，奉准教育部立案。该校前身为中央商业讲习所，于民元8月在京创立，民三年3月改组为新华商业专门学校，设商业预科、铁道专科各一班，银行两班。
5月20日奉天省增设瞻榆县（今通榆县）。
5月21日袁世凯颁布救亡令。都肃政史庄蕴宽等盱衡国难，特向袁世凯上救亡条陈（救国策），一曰救时弊：（一）“减省军费以充军实”；（二）“严核浮冗以裕财政”；（三）“整饬吏治以恤民生”；（四）“广求人才以应时变”。一曰图根本：（一）“普及教育”；（二）、“振兴实业”。据此，袁世凯于本日颁布救亡令，内称：“历观史册，兴亡之故不在外祸之可虑，而在内政之不修。我文武百僚应念列国之何以富强，而我国何以贫弱。勿咎人之侮我，而思我之何如受侮。”申令京外各官署，按照庄蕴宽所陈各节“实力整顿。”
。黄兴领衔欧事研究会17名成员致电痛责袁世凯接受“二十一条”。黄兴、陈炯明、李烈钧、柏文蔚、钮永建、程潜等17人联名通电，斥责袁世凯接受丧权辱国的“二十一条”，提出：“往者交涉方起，谣诼纷腾。舆论责问党人一致对外，俾政府专其心志，尽力折冲。兴等去国以还，于国政夙已心腐，徒以时机迫切，不暇引嫌，亦遂电约同人，表裸素志。乃当此举国听命、内讧尽熄之时，政府膺四亿同胞付托之重，一味屈让，罔识其他，条约既成，国命以绝……今兹结果，实由吾国自始无死拒之心，而当局尤有不能死拒之势。”电文表明，欧事研究会在联袁拒日的希望落空后，再次向袁世凯公开宣战。
5月24日湖南青年学生彭超愤恨袁世凯签订“二十一条”，投湘江自杀。
5月25日中日“二十一条”条约和换文在北京签字。袁世凯政府不顾全国人民的坚决反对，派外交总长陆征祥代表中国政府与日本全权代表日置益公使在北京正式签署“中日条约”及换文，史称“民四条约”（中华民国四年五月二十五日）。“民四条约”包括了除第五号以外的“二十一条”大部分内容，计有条约两件，换文13件。即：《关于南满洲及东部内蒙古之条约》，《关于山东之条约》，《关于旅大南满安奉期限之换文》，《关于东部内蒙古开埠事项之换文》，《关于汉冶萍事项之换文》，《关于福建省之换文》，《关于南满洲开矿事项之换文》，《关于南满洲东部内蒙古铁路税课事项之换文》，《关于南满洲聘用顾问事项之换文》，《关于南满洲东部内蒙古接洽警察法令课税之换文》，《关于南满洲东部内蒙古条约第二至第五条延期实行之换文》，《关于交还胶澳之换文》，《关于山东事项之换文》，《关于山东开埠事项之换文》。6月1日下午3时，袁世凯正式批准该条约，并任命驻日公使陆宗舆为中日换约全权委员，于8日下午2时在日本东京交换条约文本。
袁世凯颁布《证券交易所法施行细则》。
袁世凯令准湖南巡按使刘心源辞职，任命陶思澄继任。
5月26日袁世凯严令各省镇压爱国运动。日本提出最后通牒后，尤其是袁世凯接受通牒以来，全国各地群情激愤，抗议浪潮日盛一日。昨日《民四条约》刚刚签署，袁世凯即于今日下令，严厉镇压各地声势浩大的爱国运动。申令说：“乃有倡乱之徒，早已甘心卖国，而于此次交涉后，反借以为辞，纠合匪党，俯张为幻，或谓失领土，或谓丧主权，种种造谣，冀遂其煽乱之私……着各省文武各官认真查禁，勿得稍涉大意，致扰治安。倘各该地方遇有匪徒借故暴动，以及散发传单，煽惑生事，立即严拿惩办。”
陇海铁路开封至徐州段竣工通车。
河南濮阳黄河决口，6月29日，决口工程合龙，同年8月5日再次决口。
外交部密电各省，严防“乱党乘机扰乱”密电声称：“当危机一发之际，政府外察大势，内审国情，不得不权衡利害，勉为趋避。诚以实力未充，万难幸胜，若逞一时之忿，将来损失必至倍蓰于今日。庚子前车，可为殷鉴。此中困难情形，及政府始终维持之苦衷，应为国民所共谅。本部对于此次交涉，不能满意解决，实深惭疚。人民爱国情切，因之发为愤激言论，情尚可原；惟乱党造作谣言，强谓政府同意日本初案，指为失地丧权，极力诋诬，并散布各项流言，希图起事，扰乱治安，深堪痛恨。值此创巨痛深之际，益当全国一心，人人有忍辱负重之志，庶几有转弱为强之时。特恐人民对于实在内容未暇分析研究，误信浮言，滋生误会，致使人民爱国热诚，转为乱党乘机利用，酿成扰乱举动，迨至事实明白之日，则已势成骑虎，后悔已迟。此不但于国家前途大有危险，而人民生命财产，因误会而至牺牲，岂为政府所愿。用特明白说明，并希查照迭次电文，将此次交涉初次提案及最后定案，详为比较，向商民各机关切实宣布解释，俾众周知，以免乱党淆或观听，贻害国家。”
5月31日山西省和顺县人民反对苛捐杂税，29、30两日聚众800余人，各携木棒炊具集会于城西之扒头树，决议31日入城。四乡农民闻讯赶到者约万余人，要求县府豁免一切苛捐杂税，县知事假意允诺。是日首领张保寿等率众入城，焚烧盐店，捣毁厘卡，县知事派兵逮捕祁观音保、任小小等六人。6月22日张保寿率众3000人强救祁观音保等未成，祁等四人终被杀害。
陆军总长段祺瑞呈请开缺，袁世凯予以慰留，给假两月，并令王士珍署陆军总长。
5月袁世凯接受“二十一条”后，为缓和全国人民反对，通电各省，声称：“……此次交涉，大局虽无妨害，惟对满蒙山东等地之权利，大为丧失，抚躬自问，实无以对元元之民，行将通告天下，引咎自责。”
教育部规范各省小学教学方法。各省小学教学方法多不合宜，教育部经研究决定，规定以下数条，加以规范。（一）修身科要注重级训并施以实践之方法；（二）国文科要注意读法、话法及姿势；（三）算术科要注重联系实际生活；（四）历史科要注意年代处所；（五）地理科要联系国耻，以增强学生敌忾同仇、爱国强种的观念；（六）理科要注意自然界知识的统一；（七）图画科要注意用具整理、观察问答；（八）手工科要注重循序渐进和用范本指导；（九）唱歌科要注意歌曲次第、歌词意义及卫生的方法；（十）体操科要注意学生的生理特点；（十一）小学训练要以自治为方针。
孙中山批准多起任命。5日，委张成谟为苏禄支部长、江琼为副部长，谭惟洋为安徽支部长，寸海亭为缅甸分部长。12日，委立明昶为庇能筹饷局长，陈廷楷、寸海亭、周知礼为缅甸筹饷委员。13日，委明星辰为云南军事联络委员，张鑫为香港筹饷委员。14日，委席正铭为贵州革命军参谋长。25日，委陈楚楠为新加坡筹饷委员，简让之为香港筹饷委员。26日，委蔡济民为湖北革命军司令长官。28日，委朱卓文为广东全权筹饷委员。
全国各地掀起反对袁政府与日本订立条约热潮。“中国对日外交失败”的消息传出，群情激愤，举国一致认为是奇耻大辱。日本帝国主义的侵略，唤起了全国人民同仇敌忾之心。各城市爱国团体，纷纷集会，拒不承认“二十一条”，誓雪国耻。上海各界召开国民大会，到会数万人，一致表示抗日到底。各地青年学生尤为悲愤，有的愤而自杀，有的断指写血书，有的要求入伍，请缨杀敌。全国教育联合会决定，各学校每年以5月9日为“国耻纪念日”。北京各学校学生议决，每日课余诵日本最后通牒一遍，以示不忘国耻。
