4月15日。日俄两国驻军撤出东三省 。日本依照1905年订立的普里茅斯条约，采取撤兵行动。至4月11日，除铁岭、奉天两处仍驻日本铁道守备队外，日军均撤离东三省，并将辽宁省的治理权交还清政府，交接事宜由徐世昌办理。另一方面，俄国依照18个月分期撤军的协定，上个月终于完全撤离东三省驻军，但留下8000名铁路工作人员。俄国外交部发表声明，留下的工作人员与其国防部毫无关系，工作范围仅限于铁路维修，人数也未超出条约的规定人数。
外务部与日使林权助在北京订立新奉、吉长铁路借款合同 。1905年，日俄战争结束双方议和时，俄以长春至大连铁路及其他支线与附带权利转让给日本，规定该铁路由中国自行筹筑，工款允向日本借款半数。本日，根据前约，清外务部大臣那桐、唐绍仪与日使林权助于本日在北京签订新（民屯）奉（天）、吉（林）长（春）铁路借款合同七款。议定吉长铁路自筹商股及向南满铁道株式会社所借贷款，均以该路产及进款担保，所筑吉长铁路必须与南满铁路连接。日本遂以借款方式，霸占修筑吉长铁路权利。6月1日，接收新奉铁路。次年11月12日，邮传部铁路总局局长梁士诒与日使馆书记官阿部守太郎订立新奉吉长铁路借款续约，总额日金247万元。1909年8月18日，邮传部与南满铁道株式会社订立新奉铁路借款细目合同。
4月16日。外务部照会日使林权助，南满铁路应由中日两国集股合办。1906年6月7日，日本政府单方面宣布成立“南满洲铁道股份公司”，清外务部多次抗议无效。本日，外务部再次照会日本驻京公使林权助，请依中俄原约遵行，彼此妥商集股办法，但日方置之不理。
4月17日。清考察政治馆获准专办《政治官报》。御史赵炳麟先于1906年11月奏请设立印刷官报局，办理官报，作为预备立宪基础。考察政治馆认为欲开民智、正民心，自非办理官报不可，为使国民皆能明悉国政，应汇集通国政治事宜，由馆派员专办一报，以归纳总流，启发群治。本日，清政府依议批准。《政治官报》遂于本年9月刊行。
4月18日。黑龙江全省学务处呈请筹办体育专科 。分为内外两班，各招生50名，先行试办内班（当时规定食宿者为内班）。
广东琼州南路续备军第五营士兵哗变。该营管带克扣月饷，士兵哗变，杀死哨官、管带，附近居民响应。
外务部照会俄公使璞科第，请速饬俄商交还黑龙江新旧各金矿。1901年，黑龙江将军与驻该省俄外交部代表订立暂准采勘金苗草约，并发给俄商采苗护照九张，其中四张有效期为两年，至本年早已过期，应予作废；其余五处，草约中特别声明漠河等五处旧矿不在准采界内；同时，草约中还规定：此约画押后，暂先勘探，俟清廷允许后再行研究。此后，俄商未经中国政府核准，即擅自开挖，并侵入观音山、漠河等处旧矿界内，清外务部以俄商擅逾权限，违背原约，遂照会俄使。
4月20日。清廷改革东三省官制。清廷以东三省吏治因循，亟应认真整顿，遂谕令盛京将军改为东三省总督，兼管三省将军事务，随时分驻三省行台，三省各设巡抚一名。任命袁世凯的幕僚长徐世昌为第一任东三省总督，徐得以钦差大臣身份兼管东三省军务。同时特任唐绍仪为奉天巡抚，朱家宝署理吉林巡抚，段之贵署理黑龙江巡抚，以示对袁氏北洋系安抚之意。
清军在奉天袭剿“马贼”。据4月20日《申报》载，清廷近日于奉天袭剿“马贼”，先后拿获刘担子、胡四、阎五、马老疙瘩、黄九、周恩波等首领。
邮传部议定各省借款开矿筑路，不得以路矿抵押。
4月23日。汉口杨家河船上黄陂、孝感两帮雇工数千人要求增加工资。将黄陂公所捣毁。
宁沪铁路工人数百人砸毁镇江洋务局。
4月25日。《民报》发行临时增刊《天讨》。中国同盟会之机关报《民报》在日本东京临时发行增刊《天讨》，由章太炎主编，内容设图画、插画、书檄、附录四栏，其中所刊之书檄13篇分别以军政府名义发布的《讨满洲檄》，四川、河南、安徽、山东、云南五省革命党人发布的讨满洲檄文，四川、江苏、直隶三省革命党人的《革命书》，另有《谕保皇会檄》、《谕立宪党》、《普告汉人》、《广东人对于光复前途之责任》四篇文檄。着重揭露清廷的腐败暴虐，号召人民“肃行天讨”，宣布革命政策，并附刊有为弹炸清廷出洋务大臣而殉难的革命志士吴樾的遗像和遗书。
黑龙江将军程德全照复驻哈日本总领事日人不得在中国非法居住经营。驳斥来照谓“日本臣民在中国不问城之内外，均得自由居住营业”及“日本臣民在中国贩卖铳炮不当加以没收、退去等之处罚”的无理要求。
筹措修筑粤汉铁路事宜。本日，清廷派伍廷芳、张振勋权理粤汉铁路公司事宜。7月11日，粤汉铁路公司董事局开会，通过议案九项，众股东投简公举总、协理。罗光廷当选为总理，黄景堂当选为协理。9月14日，湖广总督张之洞、护理四川总督赵尔丰、护理两广总督胡湘林、湖南巡抚岑春煊会奏粤湘川鄂四省于武昌城外机关报河地方合资兴建工厂，制造粤汉、川汉两铁路所需钢铁各项材料，请予立案。
上海纪念马礼逊来华传教一百周年。上海基督教会举行庆祝会，千余人出席。美国教士丁韪良倡言基督教国家应当重兵驻华，多数教士对此议不以为然。
4月26日。浙江海门教案议结。1906年10月，浙江海门天主、耶稣两教教民，因筑墙争界事发生械斗，天主教教民捣毁耶稣教教徒所设之烟店、药铺，复至邱兆坦家逞凶毁物，耶稣教教徒遂起而对抗，两方各持枪械，聚集千百人。海门镇吴镇戎等驰往弹压，而天主教教民不服，竟向耶稣教教民开枪乱击，吴镇戎等挥令营勇夺其枪械，并将耶稣教教民劝回，始各解散。这次械斗中，耶稣教伤一人，天主教伤四人，毙一人。天主教神父乃藉口诬蔑营勇，肆意要索。浙江巡抚张曾派宁绍台道前往处理，议定此后两教均不得再生事端，筑墙之事，耶稣教教徒不得再行争执，教中受伤之人，盖与官兵无涉，所毙人命以凶手一人抵偿，所毁房屋物件彼此不赔，并由宁绍台道与英法领事商订传教善后规条，以期两教相安。
4月29日。广东发生三那抗捐起义。本日，广东钦州三那（那黎、那彭、那思）人民，反抗征收糖捐，聚众两三千人起事。首领刘思裕组织“万人会”抗击清军。5月14日，周馥派粤军统领郭人漳、防军标统赵声（同盟会会员）会同总兵何长清镇压钦州起义。赵声密遣郭人漳与刘思裕接洽相机举事，事情泄漏，赵立即密电刘逃走。刘不肯，旋为何长清所杀，三那起义失败。
清廷准命陆军第三镇及两混成旅移驻东三省。东三省总督徐世昌奏请将陆军第三镇及第二、四、五镇内抽拨步跑马各队成立两混成旅，移驻东三省，镇扎外兵撤退地区。本日，清廷从之。
日本强占奉天千山台、尾明山煤矿，拒绝归还中国 。华商王承志集股设立华兴利煤矿公司，开采奉天千山台煤矿，1905年农历三月，在日俄战争中，被日军侵占；由华商天利公司开办的尾明山煤矿也被日军强占，并擅自开采。根据中日协约第四款规定，凡占用的中国公私各户，凡军务上无须备用的，应交还中国。但是王承志多次禀请农工商部设法保护，收回权利，清外务部也屡次照会日本驻华公使，至本日前，日本未予理睬。本日，清外务部函驻日本大臣杨枢，抄送日人占据千山台煤矿全案，请与日本政府理论。5月11日，日本强以千山台、尾明山煤矿均为俄国所经营，按照日俄和约，其矿权应归属于日本，否认华商对该矿之权利。由日本驻华公使林权助照会清外务部，拒绝交还该两煤矿。6月24日，清外务部照会驻京日署使阿部太郎，请转日政府交还奉天千山台煤矿，并划清尾明山等处矿界。
清前盛京将军赵尔巽严词拒绝日驻奉总领事索赔高景贤被杀案。华人高景贤勾结日人设立关东远洋渔业结合，私刻伪印，擅出告示，括收黄、渤海及山东沿海一带渔利。上月，高与日人到盖平持枪行凶，被奉天盖平渔业公司总办黄家杰所杀。此案一发，日本“关东都督府”即通知日本驻奉天总领事，向赵尔巽提出处分黄家杰及赔偿的要求。本日，赵尔巽答复日驻奉总领事，指出高系华人，显系重大罪犯，应由中国依法处理，杀高也系正当防卫，驳斥日方无理要求。
4月30日 。农工商部奏准暂行免征商办铁路材料税 。先前，税务大臣铁良奏请洋商承办铁路材料税，概予免征，未提及华商自办铁路。苏、浙、闽、赣、皖五省铁路公司未能与洋商同享优待之益，乃呈请将各省自办铁路材料暂行一律免税。农工商部认为华商要求合理，于本日奏陈清廷应一体暂行免税。本日，清廷从之，下令江苏、浙江、福建、江西、安徽等五省商办铁路材料暂行免税。
清农工商部奏请暂行免征商办铁路材料税。
清廷批准邮传部等议复，修筑黑龙江省铁路。俄人修筑中东铁路时，经过黑龙江省的干线取道昂昂溪，不经过省城齐齐哈尔。1906年，黑龙江将军程德全即奏请修筑齐齐哈尔至昂昂溪的铁道，以便商民运输，且杜外国人干预。经邮传部等议奏，本日清廷从其议。
本月。日本南满洲铁道株式会社在大连开业。总社设于大连，分社设于东京。该会社是以交通事业为中心的综合性产业经济开发组织，除经营长春到大连、安东到沈阳等各线铁路及抚顺煤矿外，还经营汽车、电车、航运、码头、仓库、建筑、电力、制油、煤炭、液化、化学工业、鞍山制铁所和农场、旅馆等。“满铁”设东亚经济调查局于东京，设调查部于大连，设事务所于沈阳、哈尔滨、吉林、北京、上海等地，广泛搜集中国的政治、经济、军事情报，为日本政府扩大对华侵略服务。
秋瑾手订光复军制。与徐锡麟、竺绍康、王金发、马宗汉等开会商讨通过。将嵊县、金华府属五县及缙云、武义、永康等地会党编为八军，行军路线及起义日期亦有部署。
亚洲和亲会在日本东京发起成立。此会是陶成章与章太炎、张继、苏曼殊等组织成立的，宗旨是反对帝国主义，期使亚洲已失主权之民族各得独立。
直隶静海县农民数万人进城抗议摊派牛马捐。
黄兴肇庆之行受阻。黄兴由日本赴香港，欲入肇庆活动，因被清吏发觉，行动不便复回东京。黄兴与宋教仁运动辽东马侠计划失败后，转而在南方发展。当时孙中山在河内策划粤桂军事至急，已派胡汉民至香港，策应黄冈、惠州起义，复函招黄兴南来运动清军郭人漳部。时郭人漳已由桂林调驻肇庆，同志赵声（伯先）亦至粤任新军新二标统带，驻军廉州，情势颇为有利。黄兴遂再度来港，与冯自由等计议，决计赴肇庆郭营一行。旋即有同志张伯乔自广州来，告以郭部已移驻钦州，肇庆之行遂作罢。
袁希涛在江苏宝山（今属上海市）设立通俗教育社。
5月
5月1日。黑龙江将军衙门命副都统查照预防俄兵在中国所设卡伦。鉴于俄驻库伦领事照会库伦办事大臣，借口共同防缉“匪人”，拟在中国境内设卡伦三处，每卡应派俄官一员、兵30名。本日，黑龙江将军衙门为此照会黑龙江副都统查照预防。
5月3日至8月12日。“丁未政潮” 本日，清廷以赵尔巽为四川总督，岑春煊为邮传部尚书。5月28日，两广总督周馥开缺，以岑春煊继任。6月17日，命瞿鸿开缺回籍。这一系列的人事变动，被后人称之为“丁未政潮”。其反映以奕、袁世凯为一方与以岑春煊、瞿鸿为一方火并之白热化。先是，袁世凯拟乘改订官制之机裁去军机处改行责任内阁制，拥奕为国务总理大臣，而由其操纵。迨“上谕”发表，竟大失所望，军机处内阁两机关仍旧，且将鹿传霖、荣庆、铁良、徐世昌撵出军机处，仅留奕、瞿鸿二人，并命广西巡抚林绍年开缺，在军机大臣上学习行走（林与瞿较接近，由瞿推荐）。袁世凯乃布置反攻，其主要一着，即将瞿逐出军机处。时瞿鸿正与前两广总督岑春煊深相结纳。上年9月11日，奕、袁世凯谋排斥岑春煊，以“上谕”调岑春煊为云贵总督，周馥为两广总督。岑春煊于交卸两广总督印信后，称病在沪就医。本年3月3日，调岑春煊为四川总督，锡良为云贵总督之令下达。岑春煊知慈禧之宠眷尚隆，遂绕道进京陛见，请求留京听候差遣，并面劾奕贪黩。5月3日，诏以岑春煊为邮传部尚书，赵尔巽为四川总督。5月5日，岑春煊于“谢恩”召见时，面奏邮传部左侍郎朱宝奎（原任盛宣怀主持之上海电报局总办，后投靠袁世凯，为奕所保举），声名狼藉，操守平常，诏著革职。5月7日，御史赵启霖奏劾段之贵夤缘无耻，以天津歌妓杨翠喜献于载振（奕之子），遂诏命醇亲王载沣、大学士孙家鼐彻底查办。同日，命撤去段之贵布政使衔。5月16日，清廷以御史赵启霖奏参段之贵夤缘亲贵“不实”革职。5月27日，庆亲王奕独对，慈禧决定遣岑春煊出京。6月12日，岑春煊出京赴沪。7月10日，袁世凯奏，以患病为由，恳赏假调理。7月12日，御史赵启霖奏劾袁世凯权高势重，并引年羹尧为比。8月12日，诏命岑春煊开缺，授张人骏为两广总督。时两江总督端方承奕、袁之意，伪造岑春煊与康有为合拍照片，诬其与康有为、梁启超交接，并谓岑在沪并无疾病，惟赴粤无期。因特旨命开缺。至此，奕、袁世凯与瞿鸿、岑春煊之火并告一段落。同时，以林绍年为河南巡抚（林与瞿、岑近，亦被排出军机处）。5月17日，免去载振御前大臣、农工商部尚书等职及一切差使。
5月4日。清政府派袁树勋总理湖南铁路事宜。
5月5日 。清廷命庆亲王奕管理陆军部 。并查核各衙门事务。
5月9日。对日商私订开矿合同谕禁外务部电前盛京将军赵尔巽，提出对日商私订开矿合同应切实谕禁，并电告日本领事馆。
5月11日。清廷规定官费游学生毕业回国皆需充当专门教员五年。清学部因为近年来出洋毕业学生回国之后，都由京外各衙门调用，以致专门教员缺乏，于是在5月7日奏请官费游学生回国后，皆令充当专门教员五年，此属义务充职，不得调任其他项差使。本日，清廷依议批准。
5月12日。张謇与友人合创的中国公学校舍落成。本年春，中国留日学生因故罢课被遣送回国。张謇与友人赵风昌、曾力卿等在上海成立中国公学，收容这些回国失学学生。本日，校舍落成。
5月13日。胡惟庸奏陈广储治理东三省人才及储才办法七端 。清驻俄公使胡惟庸认为：（一）日本、俄国势力已渗透入东三省，中国的主权已部分丧失；（二）矿产资源被过度开发；（三）东三省的外交事务繁忙。为此，胡惟德提出七条储才办法：搜罗他省之才；甄别本省之才；征辟佐理之才；慎重通译之才；栽培后进之才；鼓励自修之才；借用异国之才。他认为“人才消长之机，实庶政兴废所关，即主权出入所系，图存致治，舍是未由”。清廷命东三省总督徐世昌酌情办理。
