5月13日。学部奏定该部官制及职责。主要内容为：（一）学部设左、右丞各一名，秩正三品，佐尚书、侍郎整理学部全部事宜，并分判各司事务，稽核五品以下各职员功过。设左右参议各一名，秩正四品，佐尚书、侍郎核定法令章程，审议各司重要事宜。设参事官四名，视郎中，佐左、右参议核审事务。（二）下设五司及一个司务厅。每司设郎中一名，总理司务；司务厅设司务两名，掌开用印信、收发文件、值日值宿，并管辖本部人员，处理不属于各科之杂事；各司、厅分设书记官若干名；司下设科，每科设员外郎一名，主事一至二名，分别办理各科事务。五司包括：一总务司，下设机要、案牍、审定三科，机要科掌理机密文书，撰拟紧要奏章、文件，稽核、升调京外办理学务的官员，并检定教员，佣聘外国人等；案牍科负责收储各种公文、案卷编类编号，编纂统计报告并掌管各省学务报告等；审定科负责审查教科书，收管学部应用参考书，编录各种学艺报章等。二专门司，下设专门教务、专门庶务两科，前者掌核办大学堂、高等学堂及凡属文学、政法、学术、技艺、音乐各种专门学堂的一切事务，并稽核私立专门学堂；后者掌保护、奖励各种学术技艺，考察学堂与地方行政、财政的关系，办理有关图书馆、博物馆、天文台、气象台的一切事宜，并负责海外留学生的派遣、考评。三普通司，下设师范教育、中等教育、小学教育三科，分别负责师范学堂（包括盲哑学堂）、中学堂、小学堂的教课规程、设备规则，关于师生员工及学堂、地方劝学所、教育会与地方行政、财政有关的一切事务。四实业司，下设实业教务、实业庶务两科，前者负责各种实业学堂的设立维持、教课规程、设备规则及有关师生员工的一切事务；后者调查各省实业情况及实业教育与地方行政、财政的关系，筹划实业教育补助费等。五会计司，下设度支、建筑两科，前者掌理学部经费的收支、报销、年度预决算，管理学部所有财产并核算各省教育费用；后者掌理学部直辖各学堂、图书馆、博物馆的建造营缮，考核全国学堂、图书馆的经营建造情况。（三）设视学官和谘议官。视学官定员12人以内，秩正五品，视郎中，专门负责巡视京外学务；谘议官（不作为实缺）若干人，分视丞、视参议、视郎中员外、视主事四等，由学部奏派或委派，负责学部就重要问题的咨询并提出教育建议。（四）设编译图书局、京师督学局、学制调查局。编译图书局由学务处原设之编书局改办，局中附设研究所，专门研究编纂各种课本。京师督学局内设师范教育、中等教育、小学教育三科，每科设科长一人，由学部人员兼任。学制调查局专门研究各国学制以资借鉴，预备随时改良章程。以上各局长均由学部奏派。（五）设高等教育会议所、教育研究所。前者受学部尚书、侍郎监督；议员由学部从本部职官、直辖各学堂及各省中等以上学堂监督及京外学识宏通、有教育经验的官绅中奏派；议长从议员中选举产生；所中设庶务员两名，掌理所务，由学部派员兼任；每年定期开会一次，遇有重要事件，也可临时召集会议。后者负责聘请精通教育的人员定期讲演，以教育原理和教育行政为主，学部人员均应按时听讲；所内设庶务、编辑各一名，由本部司员兼任。
日本要求续聘日本人川岛浪速为北洋警务学堂监督，被清廷拒绝。
清廷发内帑银10万两，赈湖南水灾。
5月15日。商部奏准统筹全国铁路路线并编定铁路全图。先前商部向清廷奏称，近年以来，各省官绅争筹自办铁路，而各省所定之路线，往往省界分明，各存畛域，对于干线、枝线间的维系，轨道之间的贯通，未能统盘筹划。这样，全国铁路建成后，势必有“参互复沓骈枝拇指”之弊，对于日后铁路的保养维护也不利。商部认为，地方要冲、商旅福辏、物产繁多地区的路线最为重要，稍微偏僻、货物较少地区的路线次之，地瘠民贫、出产不多、商贾转输运销狭隘地区的铁路则可暂缓办理，因而提出：先由各省疆臣选派熟悉工程测绘的人员，将各省已造、未造铁路情况详细分析，咨送商部，再由商部绘出全国铁路路线全图，以后各省官绅请办铁路，应据该部所绘全图分清缓急，指明段落，集资任办。本日，该奏获准。之后，商部咨照各省将军、督抚、铁路大臣等开始照此办理。据7月11日《申报》报道，已有几个省将地图送到商部审定，没有绘好的省份，商部也电催迅速编辑。
学部、礼部会奏，划分学、礼两部办事权限。清廷停止科举及岁科考试后，所有旧有举贡生员和以后毕业的学堂学生与出洋留学生的出路，将分别由礼部、学部核办。本日，礼部、学部会奏划定礼、学两部办事权限折，提出学部负责办理由中外学堂出身取得功名士子的各项事务，礼部办理由科举考试取得功名士子的各项事务。
学部奏准每年定期考试留学毕业生。规定自本年始每年农历八月举行留学毕业生考试，首场考试所学各科，第二场考试国文与外文，最优等赐进士出身，优、中等赐举人出身。凡得进士、举人者来春到保和殿参加廷试，分等授职。
5月16日。湖南长沙商会为修筑粤汉铁路召开特别大会。决议仿照粤省章程招股，一俟招足即请商部准归商办。
5月17日至7月5日。中日交涉东三省电报交接事宜未果。本日，清政府电大臣袁世凯派电局总办周万鹏赴日本，交涉东三电报交接事宜。周万鹏于25日抵达日本东京。次日，周与日方代表、通信局长小松举行会谈。周万鹏提出：（一）烟（台）旅（顺）海线，由两国政府订立协约；日本通信省自旅顺至烟台7。43海里处与中国烟沽海线相接，再由中国电局架陆线与烟台日本领事馆相连；旅顺一端全归日本使用，烟台一端归中国使用；以上所述以双方承认满洲商报由中国电局专属为基础。（二）关于奉韩路线，由中韩电局订立协约，中韩路线以鸭绿江水线彼此相接，该水线由韩电局铺设、维护，财产归该局。日方拒绝，并指责中方欲借电线接续之名使南满牵入国际纠纷。7月5日，双方再次谈判。中方提出：中国电局自烟台设水线至离旅顺3海里处，与日本电局新设水线相接；烟台、旅顺两端水线分归中、日使用，中国架陆线接通烟台日领事馆，只通和文官报，其商报、洋文电报仍归中国电局收转，日本坚持自设水线由旅顺至烟台登岸，直达领事馆，设局收递商报。谈判失败。周万鹏不久回国。
5月19日至26日。戴鸿慈、端方考察俄国。戴鸿慈一行本日抵达俄国彼得堡，21日拜谒俄皇，先后参观其陆军、兵工厂、船厂等。因受俄国1905年革命的影响，故大部分时间为译核俄国有关宪政资料。关于俄国的情况，端方等向清廷奏称，俄国“政体久以专制著称”，直至对外战争失败后，政府迫于形势才答应民众实行立宪。近来政府威权稍又加强，“议院所求各事未能事事允行，是以上下相持，颇滋疑沮”。“据称该国筹备立宪已逾百年，究之民间知识犹未尽开，一时甚难合度，大抵此次宣布，政府不得不曲从舆论，而不能满其欲，深虑乱事难以消泯”。“至于该国虽经败乱，武备经营尚复不遗余力，自借巨帑后，训练益勤”，其陆军“军容亦颇雄整”，而且在大量制造、购买军舰、枪炮子弹等，“是以补苴筹措，正复谋虑周详，实有未可轻视者矣”。5月26日，戴鸿慈一行起程前往荷兰。
5月20日。上海租界华商体操会创立。上海租界早有“万国商团”组织，作为西商团练队，他们漠视中国商民利益，在租界内横行无忌，因此，华商决心建立华人商团以资自卫。1905年上海“大闹公堂案”发生后，虞洽卿等乘势筹款，邀集青年商人百余人发起成立华商体操会，聘请圣约翰大、中两学堂毕业生陈既明等四人为教练，召集会员500余人，分为步兵四队，骑兵一队及一个军乐队。本日，举行正式开操仪式，出操的270名队员一律着灰色制服，头戴草帽，脚登皮靴，仪容威武，步伐整齐。会长虞洽卿戎服佩刀亲自指挥，中外参加观礼人士“相顾动色”。
俄国公使拒绝赔偿日俄战争期间东三省人民损失。
5月23日。学部奏准将各省贡院拨归学部，改设学堂。
5月25日。商部奏请筹集官商资本开办商业模范银行被驳回。本日，商部奏准：整理商业，必以银行为基础，世界各国除中央银行外，商业银行林立，中国商务涣散，国财缺乏，以致兴办农工路矿各项实业，集款困难。上年户部奏办银行，实具中央银行的规模，而商业银行，除候补五品京堂林尔嘉、候选道周廷弼奏请承办外，无人继起，亟应从速筹办。拟请由商部筹拨官款并招集商款共1000万元，筹办商业模范银行，以商部右丞王清穆、右参议熙彦为总理。清廷命财政处、户部商议此事。6月13日，财政处、户部奏复：设立该行既然是供商人效法，自应照商业银行办理。查日本正金银行条例，商业银行总理应从股东内选举，商部直接奏派该银行总理，不符合商业银行办法，难于照准立案。拟清俟户部商业银行条例拟定颁行后再令查照办理，获准。
载泽、尚其亨考察比利时。载泽一行本日抵达比利时，开始宪政考察。历时约半个月。关于比利时的情况，载泽等向清廷奏称，大抵此国行政体制，取之于法国者为多，“其分区自治，既有因地制宜之效，其区府统一，复有居中驭外之规，精制虽不及法国之完全，民气实较法人为纯朴”。“其立国之要，则在奖励工商农三业以为致富之源，其铁路、矿务、制造诸工，早为欧洲各国所推许，因之货产骈阗，商务日盛。而其授田复最平均，非若英法诸邦，豪强坐拥膏腴，漫无限制，以故人自力耕，盖藏颇裕，种植树艺之术，尤复有名于时”。虽为永久中立国，比利时仍实行征兵制，“观其兵营及将弁学校，皆娴熟整齐，孽孽不已，盖国虽不与战争，不可一日忘战备，强民守国之道，莫要于此”。6月7日，载泽、尚其亨结束对比考察，取道法国返回，李盛铎留任出使此国大臣。
江苏绅商集股设立江苏省铁路有限公司。公举商部右丞王清穆为总理，翰林院修撰、商部头等顾问张謇为协理，本日，经商部奏准如所议行。
5月26日。练兵处咨行新疆、陕西、甘肃、云南、贵州各省，按照定章编练新军。
5月27日。《珠江镜报》由广州迁至香港出版。《珠江镜报》1906年春创刊于广州，总编辑兼督印人何言，撰述人有陈鸣谈等，为民主革命派刊物。该报因揭露粤汉铁路事件中清政府与豪绅勾结之黑暗，为清吏所迫害，于5月3日停刊，迁至香港。本日，该报在香港继续出版，总发行所在香港德辅道中门牌9号3楼。7月10日，清吏下令禁止包括《珠江镜报》在内的七家报纸在广州发售，该报自此停刊。
贵胄学堂在北京落成。6月13日开学，仅准清宗室八旗子弟入学，以后高级军官须由该校派出。
5月28日。《少年报》在香港创刊。本日，《少年报》在香港创刊，由黄世仲任总编辑，黄伯耀、冯砺生、赵啸余等编撰，以“开通民智，监督政府，纠正社会，提倡民族”为宗旨。内容设庄、谐两大部分，谐部分唇影楼、新舞台、粤人声、故事丛、采风录、新笑林等栏目，庄部分新说部、发言台、强权镜、政治谈、照妖镜、学界潮、工商部、杂记、港志、演义等栏目。曾刊登《光汉檄》、《中国人之中国也》、《湖南革命军先锋队檄文》、《敬告一般醉心立宪者》等文论，公开宣传以孙中山为首的革命党人的活动，主张推翻专制主义政体，建立民主共和国，光复汉族河山，对于清政府预备立宪、愚弄人民的阴谋也有所揭露。1907年停刊。
戴鸿慈等访问荷、比、意等国。本日，戴鸿慈、端方抵荷兰海牙访问。6月6日前往比利时，与正在比利时考察的载泽等晤商考察事宜，之后返回荷兰。7日，前往意大利考察，中途顺道游历瑞典，21日结束对意考察，乘轮船回国。
5月30日。刑部、都察院奏准免除虚拟死罪条例。清王朝现行律例，不分戏杀、误杀、擅杀，都按斗杀拟绞监候，秋审缓决减流。虽名为绞罪，实际上与流放罪没有区别，不过虚拟死罪之名，多费秋审一番文牍而已。为名实相符，做法简易，刑部奏请今后戏杀改为徒罪；误杀改为流罪，并按照新章不再发配，归入习艺所罚令工作。本日，奉准依议。
5月31日。俄商于奉天复设（华俄）道胜银行。
5月。江苏省铁路股份有限公司成立。本月，江苏籍官绅恽毓鼎等倡议，并经向清政府商邮奏准立案，创办了江苏省铁路股份有限公司。举王清穆为总理，张謇为协理，负责筹办江苏省铁公司。该公司与浙江全省铁路有限公司一起，通过斗争，迫使清政府废止了与英国签订的苏杭甬铁路草合同，收回自办。《沪杭甬铁路借款合同》签定后，这两家公司再一次联合抵制，迫使清政府将所借款项移作开封、徐州铁路之借款。至1908年11月，该公司修成沪杭甬铁路沪嘉段。1914年2月，北洋政府向英国借款315万两，收沪嘉路为国有，江苏省铁路股份有限公司也即随之撤消。
《雁来红丛报》创刊于苏州。该刊为周刊，由黄摩西主编，苏州观东殷元顺刻字店发行。停刊时间不详，仅见10期，第10期于本年8月出版。该刊主要刊载前贤未刊及罕见的文学名著，兼及史籍与自然科学知识。其主要宗旨是开通民智，宣传反清革命。如抱牍山农填词、难中遗稿《续离骚》，发泄满腔忧愤，隐含民族主义思想。黄宪清（韵珊）的杂剧《凌波影》和《鸳鸯镜》，提倡精神恋爱，反对自由结婚；沈三白（沈复）的自传体小说《浮生六记》，描写夫妇之爱及坎坷遭遇。又如《大狱记》、《山阳录》、《虞山妖乱记》等，分别记载清朝的文字狱、明代东林党人反对魏忠贤以及抗清英雄殉国等史事，既是历史小说，又是珍贵的史料。主要作者还有陈贞慧、张岱、黄振、情侠等。
京师演出新戏。京师义顺和班名角崔德荣（灵之）演出新戏《女子爱国》。本剧编写人为侍读梁巨川，内容以知县卞良法下乡访贤和女性鲁至道立志救国为主要线索，富有浓烈的爱国主义情感。新戏上演后很受欢迎。在义顺和班名角的带动下，时隔不久，玉成班的田际云在广德楼上演《惠兴女士》。由于戏文写得入情入理，关切时闻，当演到《祭堂陪灵》一场时，观众人人落泪。
《亚东报》创刊于广州。由于该报揭露粤汉铁路绅商之把持黑幕及粤督岑春煊之庇护纵容，7月25日南海县令派员至大新街（今大新路）将该报查封，拘捕数人，并追究该报主人冯勉臣。
6月
6月1日。奉天日军撤至铁岭、抚顺地界。15日，日本向中国交还奉天新民屯。
日本公布奉天开埠。日本驻奉天总领事馆开始办公。
6月3日。锡良拒绝法商索办川汉铁路所需路轨。四川准备修建川汉铁路，由湖北宜昌至四川万县一段所需铁轨，拟向湖北汉阳铁厂订购。湖北要价稍高，双方正往返电商酌减，一法商乘机禀告法国驻重庆领事，声称愿意包办所需路轨，价格较汉阳铁厂便宜。四川总督锡良为保全路权拒绝法商的要求，并电请商部出面与湖北商洽降价事宜，得鄂督张之洞同意。
