就在刘郁芬率部下挥师挺进甘肃时，9月27日，甘肃陆军第一师第一旅旅长李长清突袭第二旅旅长黄得贵部于兰州华林山，尽收其枪械。黄得贵率残部300余人，退往阿干镇。李长清进而向陆洪涛索要师长关防。陆迫于无奈，只好让李当了师长，自己卸任，仓皇离兰。离兰途中给冯玉祥发了电报，告以因李长清搞兵变自己被迫出走的情由。冯将此事迅速电告刘郁芬，刘便得知李长清有抵制国民军二师入甘之意，深恐再生出其他变化。决定急派蒋鸿遇率一支200人组成的便衣队，连夜乘马，先行入城，以防不测。刘郁芬指挥后续队伍开进。蒋与所带人员星夜驰往兰州，入城之后，立即面见李长清及督署省府官员。表面上尽力向李表示好感，并代表冯玉祥、刘郁芬向李表达倚重之意，暗中却侦察李的真实动向。李长清此时也早有预谋，暗藏着杀机。原来李长清在得悉蒋鸿遇这次轻装简从入甘是负有使命的，他想到一旦刘郁芬的大军抵兰，他想当督办的美梦无疑将化为泡影。因此不如先下手为强，打算来个杀鸡给猴看，先把蒋鸿遇杀了，然后再拥兵自重，阻止刘郁芬入甘。李长清的这一想法曾给其参谋长魏鸿发谈过。
魏鸿发与蒋鸿遇为清末保定陆军速成学校同窗，彼此私谊颇深，而且魏早年参加辛亥革命甘肃秦州起义，素有革新、爱国思想，对甘肃多年来官场政风腐败、贪污受贿、强取豪夺等行径早有不满之心。魏采取了缓兵之计，向李长清说：“蒋鸿遇是一文官，杀他极易。但他深得冯玉祥的信任，杀了蒋必得罪于冯，使冯挥大军入境，后果不堪设想。”李长清惧怕冯玉祥声威，采纳了魏的意见，未敢再提杀蒋一事。由于蒋鸿遇极善于周旋，后来许多有关李长清的军事情报都由魏鸿发提供。
原李长清手下团长包玉祥，是李的智囊。李擅缴黄得贵部枪械，向陆洪涛逼索师长关防诸事，均系包的策划。李当了师长，包自然被重用，升任旅长。李、包二人对国民军入甘的态度，最初是举棋不定的，终因慑于冯玉祥的声威，决定先将刘迎进兰州，再伺机行事。
国民军二师的先头部队到达兰州时，李、包率部属到黄河北岸庙滩子列队郊迎刘郁芬，但一连几日只见大队人马通过。
均不见刘郁芬的影子。其实，刘获悉李、包情况后，恐遭暗算，早已化装随第三梯队先行进入兰州。10月底，国民军二师全军抵达兰州，刘郁芬同李长清商妥，李长清的甘肃第一师驻扎东校场和拱星墩，而国民军二师接收兰州各城门、哨岗，分驻西关的举院、城西的四墩坪、华林山以及黄河北岸的制高点——白塔山。督办署也由刘郁芬、蒋鸿遇的手枪队以及迫击炮营、工兵营、机枪连驻守。如此有利的军事部署，则是蒋鸿遇先行入甘时早已精心策划的。
国民军二师入甘，打乱了李长清独霸甘肃的计划，自然使李深感危机。但慑于国民军的威力，又不敢公开反对。李长清与刘郁芬虽表面保持平静，实际上暗中争斗加剧。早在国民军入甘前，李长清已将兰州军械库枪支弹药及军用物资悉数运往自己部队营区内。国民军入兰州后，李提出将所部于两旅之外另编一混成旅，由包玉刚任旅长。这样一来，李之兵力将超过国民军第二师。提议遭到刘郁芬和蒋鸿遇断然拒绝。这时，冯玉祥下令所属各部扩充编制，孙良诚旅扩编为师，刘借机提出将包玉祥旅调归孙良诚指挥，“李以甘肃士兵与他部混合，颇不相宜”为词，拒不受命。
魏绍武：《李长清、包玉祥之死》，《甘肃文史资料选辑》第三辑，第107页。
李长清自此警觉
起来，“出入警卫，戈戟森然，又于城外小教场终宵放哨，逻骑绕城而驰，如侦大敌，居民一夕数惊”。慕寿祺：《甘宁青史略》第31卷，第15页。并订购军用物资，增设岗哨近至督署。国民军二师张维玺团出城打靶，遭到李部士兵阻拦。而且从此之后，李、包二人“行踪诡密，不复再至督署。”蒋鸿遇分析，这恐与全国形势巨变有关，此时，浙奉战争爆发，直系孙传芳为保持和发展地盘，组成浙闽苏皖赣五省联军，联络冯玉祥及江苏地方实力派对付奉系杨宇霆。时局的紧张，李料定国民军必定卷入漩涡，冯玉祥大军主力必无暇顾及甘肃，这便促使李长清、包玉祥开始肆无忌掸。
刘郁芬、蒋鸿遇此时感到非除李不可，乃电报向冯玉祥请示，谓“李长清叛迹显露，拟相机图之”。冯复电嘱“慎密办理”，批准了刘郁芬杀李计划。李泰棻：《国民军史稿》，第187页。
刘、蒋假造了一个冯玉祥拍来的电报，大意是对李长清如何器重，并考虑对李的部队予以补充和将来扩编等问题，刘郁芬将电报让李看过，并将李部参谋长、旅长等请到大操场观看阅兵操练。刘预先安排好的精锐部队进行了劈刀、刺杀、武术等项目表演，意在向李长清等人显示国民军二师的实力。不久，便设“鸿门宴”，在督署东花园秘杀了李长清和其死党包玉祥。
李长清的参谋长魏鸿发后来在回忆省督署东花园事变时，是这样写的：
“事情发生在1925年夏天(注：应是秋天)，刘郁芬下请帖邀请李部营长以上军官宴会。我家住在山字石，接李长清电话说刘总指挥请客，让我在家等候，他同包玉祥乘汽车来接我同往。那时兰州只有一辆小汽车，是李长清劫持陆洪涛的，上午10时左右，李偕包至我家，我们三人同车前往督署，直至大堂下车，副官迎我们到花园“方圃”，献茶未毕，忽然祸起仓卒，我们三人同时被捕，五花大绑，推向园中。忽听蒋鸿遇在土坡上高呼，将魏参谋长松绑，突如其来的命令，反而加重我的惊恐。
但见李长清、包玉祥二人被军士推入花园深处……蒋鸿遇从山坡走下来，对我温语压惊，略述刘郁芬叫我前往东校场安抚李、包部下，勿使异动。遂命我到二堂听刘总指挥训话。
“刘郁芬对营长以上人员训话，略谓今日之事，与你等无关，望你们恪守军纪，听候政府处理。如若不明大义，敢于抗命，必然和李、包同归于尽!……大家异口同声高呼，愿意服从命令。刘说既然服从命令，解散回营。”
事后魏鸿发曾撰《东花园事变三十韵》以纪其事：
民国元年岁月更，军阀混战未曾停。
陇甘从未入漩涡，世外桃园称太平。
陆督铜山归去后，皋兰山上插冯旗。
冯军纪律甲华北，百战余威任纵横。
地方师旅约两万，建制不久兵不精。
客主势力虽悬殊，初来无间留安宁。
一夕岗哨和冲突，谗云疑雨满边城。
丙寅初夏天初热，水暖黄河客梦轻。
昨霄督署下知贴，挂婿兰膳宴省营。
将军自恃山林近，蛮能称雄怒气争。
阳奉阴违难避祸，外迎内拒岂免兵。
凌晨号令发东寨，分属客主主为君。
赴宴必须威仪重，剑戟腾霄铠甲明。
未刻整队列将校，入申先后至辕门。
中军殷勤来款接，幕僚长与将帅尊。
初上中堂弓矢见，左右桓桓势欲吞。
突然一声拿叛党，四门八面兵逻巡。
李包二将先就捕，我亦同作阶下人。
副帅从后转身出，急呼犯罪分韩彭。
自分必死情如梦，释缚忽然刀下生。
小校后至集堂上，训示凛凛如雷鸣。
叛逆今止惩恶首，盲从无罪当留情。
可怜数载共袍泽，异路幽明泪暗零。
榴花经雨滴红泪，黄水临风咽哭声。
熊黑叱咤疏韬略，魂魂冤抑伴碧莹。
从来疑案成三字，大将自古几保身。
三陇乱阶从此治，河湟事变为此因。
三军闻急成鼎沸，誓救将军各请缨。
总帅招我百告诚，衔命奔驰安鲵鲸。
东效各寨曾亲历，声泪俱下表精诚。
官兵一体齐听命，邻火居然徒积薪。
余生自庆心无愧，忘命且知救庶民。
韶华已过十余载，每怀往事辄沾巾。魏绍武：《魏绍武先生自述生平》，《甘肃文史资料选辑》
刘郁芬向其他人员一番训话后，便将其余人员放回，并命魏鸿发当日到李、包的队伍中进行安抚。由于在处死李长清之前已将李的手谕骗到，加之魏鸿发到各营中“声泪俱下”地向官兵解释国民军处置李、包的原由，告知官兵们还是以个人前途及身家性命为重，不可再轻举妄动。两天后，刘郁芬、蒋鸿遇又派督署的参谋人员代表他二人，分别到东校场和拱星墩两处，对李、包的部属进行谈话，声明大义，以稳定军心。紧接着撤消甘肃第一师的番号，把部队改编为两个混成旅，任命魏鸿发为第一混成旅旅长，仍驻东校场；以郭安学为第二混成旅旅长，驻拱星墩。另将原甘肃地方武装韩友禄编为第三混成旅，驻扎固原；宋有才为第四混成旅旅长，驻扎狄道(今临洮县)；以黄得贵为游击司令，驻阿干镇。刘郁芬在改编甘肃地方部队的同时，秘密处死了李长清、包玉祥，为避免军心动摇。
对外则佯称已将李、包二人押解赴张家口，由冯玉祥亲自处理。待外人正急切地等待处理结果时，岂不知李、包二人早已命归西天了。
铲除李、包等反冯势力和整顿甘肃地方武装之后，扫除了国民军在甘肃立足的一大障碍。继之，为进一步稳固这一地位，国民军二师又采取了一些措施：其一，召开全省军事会议，决定由督署统一全省各路军事力量，未经督署许可，各镇及所属不得擅自扩充，自由调动。其二，进一步扩充国民军实力，招兵筹饷，经冯玉祥批准后，国民军二师又扩充一个旅。为与陇上各镇守使协调关系，由督署分派八路代表，进行慰问，以稳人心。其三，以督署名义创办了一份报纸，名为《甘肃民报》
作为国民军二师机关报，以此来宣传国民军及冯玉祥的政治主张。其四，进行政府组织的改组，薛笃弼被任命为甘肃省省长，胡毓威任省署秘书长兼民政厅长，杨慕时任财政厅长，沙明远任教育厅长，赵元贞任实业厅长，赵席聘任警务处长兼警察厅长。这种改组使得甘肃的政局基本控制在国民军势力之内，有利于国民军二师及冯玉祥势力在甘肃的进一步发展，同时，由于选派了一批具有现代思想和革新意识的人士担任各级政府要职，官场顿生新气象，一改以往迟暮之状。
上述措施，无不对各界产生极大反响，省内各地镇守使和地方实力派不得不重新考虑和国民军的关系。在国民军实力的震慑下，大多数表示了归顺之意，有的还亲自赴兰州晋谒刘郁芬，有的与刘保持信使往来。虽说在一些人心中仍有观望态度，但如若有反叛行为却已不易了。
国民军二师入主甘肃，为冯玉祥立足西北，进一步在西北扩充影响，积累实力，无不有着极为重要的影响。
国民军对甘肃的统治
国民军入甘，打破了原来相对稳定的地方割据的局面，加之国民军本来即华北一支劲旅，思想开化，军容军纪都对甘肃军政各界有较大影响。待军政大局稳定之后，国民军二师按照冯玉祥开发西北的计划，开始了甘肃的地方建设事业。
早在冯玉祥正式赴张家口就任西北边防督办之前，就曾向北京政府提出了一个开发西北边疆的计划，“一切进行手续，均有详细规划”。待他一上任，就开始了艰苦的西北开发建设。冯在张家口一带实施移民安置，设立救老院，厉行禁烟，尤其重视教育、实业、财政、交通等项事业。国民军二师，亦针对甘肃闭塞落后的实际情况，实施一系列开发计划。
发展交通事业。为了强化国民军对甘肃的全面统治，大力修建道路，改善交通条件。1926年9月，刘郁芬下令修建兰宁、兰西各线汽车路，并令卓尼土司杨积庆修建至松潘道路。几年时间里，修筑了兰平(兰州至平凉)、兰宁(兰州至宁夏)、兰秦(兰州至天水)、宁平(宁夏至平凉)、兰固(兰州至固原)等简易公路，使得兰州向东、北、南三方向均有了可通达汽车的公路。1926年春，省署成立了交通处，具体负责交通事务。1927年7月，省府又颁行《赶修甘肃重要汽车路及大车路法》，在这条法规中，对汽车路的修建标准做了粗略的规定：
如“汽车路宽二丈五尺”，“沙土路面约五寸厚”，参见魏永理等主编《中国西北近代开发史》（甘肃人民出版社，1992年）第357页。
填土、坡
