在华尔纳的远征队离开北京前，北京大学的爱国学者马叔平、沈兼士先生约请当时也在北大的陈万里先生谈话，希望陈先生能随同西去。这时候，中国人民还不知道华尔纳第一次盗窃敦煌壁画的罪行。1925年2月16日离开北京后，陈万里先生才从王翻译那里知道了华尔纳第一次盗窃敦煌壁画的罪行，“因此我就时时注意他们的行动。同时在我们的大车行列中，果然有一大车的布匹，我更时时警惕我所负的任务。本来我从北京出发的时候，已经知道华尔纳的行径，我们决定应该密切监视，设法防护”。
在长期的旅途中，陈万里先生才知道，华尔纳远征队这次来中国的主要目的，就是用胶布大规模的盗窃敦煌壁画，为此他请来了专门配制、使用这种胶水的壁画专家汤普森。其盗窃的对象，就是伯希和所编的120窟，即敦煌研究院编285窟。该窟为西魏时开凿，上有“大代大魏大统四年岁次戊午八月中旬造”题记。华尔纳企图粘去这个洞里的所有壁画。为了阻止华尔纳盗窃敦煌壁画的企图，保护国宝，陈万里先生每到一地，如兰州、酒泉、敦煌后，“一一先与地方当局接洽说明，并研究我们如何保存国宝的方法”。正是由于陈万里先生及其他爱国人士的共同努力，华尔纳远征队原拟在千佛洞停留半年的计划，未被地方当局同意。而以华尔纳第一次剥离、破坏、盗窃敦煌壁画作为拒绝他们的惟一理由。
敦煌的遭遇，使华尔纳感到非常失望和气愤。“华尔纳的愤怒与其说是指向怀着敌意的当地农民，不如说是指向一位医生又是学者的陈博士（即陈万里）。这位和远征队一起从北京出发的陈博士表面上是为了帮助他们解释敦煌的一些碑文，同时还为他们解决在旅行中可能发生的一些问题。但在到达之后的第二天，他突然以母亲害病为理由，坚持要尽快地返回北京。后来陈发表了一本恶意中伤这个远征队的书（即《西行日记》）。他在这本书里说，他伴随这些美国人的惟一目的是，提防他们并阻止他们的盗窃行为。华尔纳有充足的理由怀疑正是这个陈挑起了当地的农民来气势汹汹地反对他们。在他了解到他的任务已经完成时，便启程回家”。
5月19日，华尔纳的“考察团”到了敦煌后，翟荫（即杰尼）等人即去县府接洽，杨县长态度很坚决，不允许他们在千佛洞住宿，并于当日下午召集开会商议此事。出席会议的除翟荫外，还有各界代表七八人。翟荫在会上首先说明来意：“此来本拟剥离一部分壁画，运赴北京陈列，以便中外人士，得就近研究，曾以此意商之陆省长，未蒙许可，嗣后即一意摄影，希望能得各界谅解，予以充分时间。”翟荫虽竭尽欺骗、说谎之能事，但觉醒了的中国人民是不会上当的。大家一致表示：前年华尔纳剥去千佛洞壁画20多块，地方人民曾向县知事提出质问。当年庙会的时候，还有许多人向王道士责问，所以这次到千佛洞考察，无论如何，时间不能太长，而且要制定详细的具体规定。
正是由于中国人民的觉醒，敦煌人民和地方当局对华尔纳的“考察团”作了如下规定：（1）华尔纳及所谓“考察团”的团员不准留宿千佛洞。（2）所谓“考察团”的团员全体去参观千佛洞时，必须受人民的监视，并必须当日返城。（3）不准触毁壁画及其他一切文物。华尔纳在给他妻子的信中也说：“翟荫从敦煌赶来见我。在莫高窟他们一直是在严密的监视之下，每天晚上强迫他们回城，每次在客店门外都有一个愤怒的市民。他们不让我们在洞窟留宿，也不许带闪光灯。”我们知道，千佛洞离敦煌县城40多里，牛车往返要走8小时，这样华尔纳及“考察团”每天“参观”千佛洞的时间就很少了，再加上经常有人监视，无法下手盗窃壁画，因此，他们在千佛洞浏览了3天，即5月21日至23日，就离开了敦煌。
华尔纳这次来到敦煌，遇到了中国人民的强烈反抗。华尔纳自己说：“情况变得十分棘手。约有十多个村民放下他们日常的工作，从大约十五哩之外的地方跑来监视我们的行动；并且他们使用一切手段诱使我们触犯他们的规定，以便对我们进行袭击，或者用武力把我们驱逐出境。”我们“一个不注意的错误，即使是一次愤怒的表情，也可能使他们倾巢出动，骂不绝口，甚至置我们于死地”。英国人彼得·霍普科克也说，对于华尔纳的这次远征，北京“并没有提出什么反对的意见，可是这些美国人现在突然发现他们每走一步，不但受到怀有敌意的民众的阻挠，而且还受到地方当局的刁难。在这种情况下，他们只好放弃对千佛洞所怀抱的希望，放弃搬走任何东西的意图”。正是由于中国人民的坚决反抗，敦煌人民团结了起来，将华尔纳及其“考察团”驱逐出境，使华尔纳大规模盗窃敦煌壁画的阴谋没有得逞。
盗窃敦煌壁画的阴谋失败后，华尔纳和杰恩便决定去另一个“具有希望的地方”——万佛峡（即榆林窟）。1925年6月2日，华尔纳、杰恩和王近仁同去县府商量考察万佛峡。最后商定“先去一星期，如一星期后认为尚有摄影工作应须继续者，再行磋商”。这时，由于上海“五卅惨案”的发生，全国各地爆发了反帝爱国运动——“五卅”运动，并由此掀起了反帝排外的高潮。由于这一原因，北大校长蒋梦麟最终决定不与哈佛大学合作，并于6月7日电令陈万里与考察团决裂，提前返校。“而华尔纳也在路上听说了在上海发生了五卅惨案……以致使华尔纳和其队员的安全都成问题。华尔纳他们的美国朋友从北京发来电报，强烈要求他们空手回来，不要因进行研究而受到伤害，要他们’拥抱你们的祖国和你们的大学‘”。这样，华尔纳便不得不解散其考察团，于1925年8月回到哈佛大学。
关于第二次福格考察，“华尔纳不得不承认，第二次福格中国考察在某种意义上是一种惨败。所带回的惟一有形的东西是那些图片，大部分是那些远不如敦煌莫高窟的很不出名的洞窟的图片……至于无形的东西，可以用’经历‘这个词总结”。
三、损失惨重难挽回
华尔纳对千佛洞壁画的盗劫与破坏，造成了敦煌艺术不可弥补的损失。1923年冬天，华尔纳第一次来到千佛洞，计划用钢片铲刀窃取壁画，但因为千佛洞壁画是画在砾崖基础上搪泥的墙壁上，泥墙与石壁之间又呈现着起伏不平的表面，所以他在毁坏了几方壁画后，发现无法达到其很快盗窃壁画的企图，便改用了胶布贴粘的办法，华尔纳这次盗窃的壁画，据常书鸿先生统计：
323窟初唐壁画三方
329窟盛唐壁画三方
320窟盛唐壁画五方
335窟
盛唐壁画五方
361窟盛唐坐式观音一尊
373窟初唐壁画一方
关于华尔纳盗窃壁画的具体数量，《丝绸路上的外国魔鬼》说有“十二幅中型的壁画”。这里说的12幅，实际上是12件，其中一件刚拿到美国就弄坏了。目前哈佛大学福格美术馆收藏9件，其中日常陈列的有5件，另外4件在地下仓库保管，其余两件至今下落不明。从技术上说华尔纳的剥离方法是失败的，残片大半图像不清，补笔补彩部分也不少，其损失是令人痛心的。陈万里先生《西行日记》81页说：“翟荫君在肃州复新雇一周姓木匠，同人咸呼之为老周。老周前年曾随华尔纳、翟荫二君赴肃州北黑城子及敦煌佣工数月。今日告我：华尔纳君在敦煌千佛洞勾留七日，予道士银七十两，作为布施。华以洋布和树胶粘去壁画20余幅。”敦煌文物研究所编《敦煌莫高窟内容总录》对华尔纳盗窃、破坏壁画的罪行，也有部分反映和揭露。该书119页第323窟说，南壁“上画千佛，中画佛教史迹画西晋吴淞江石佛浮江、东晋杨都出金像（大部被美国人华尔纳盗窃破坏）”；东壁“门北画佛教戒律画（部分被美国人华尔纳盗窃破坏）”。121页第329窟说，北壁“画弥勒经变一铺（被美国人华尔纳盗走二方）”。117页第320窟说，南壁“画千佛，中央阿弥陀经变一铺（1924年被美国人华尔纳盗劫两方）”。据敦煌文物研究所调查资料表明，华尔纳在第320、321、323、329、331、335、372等窟盗窃精美的壁画26方，共计32006平方厘米。
据王冀青和美国学者莫洛索斯基调查，目前，哈佛大学福格艺术博物馆共收藏有敦煌壁画10方，其中2方原属329窟，2方原属323窟，2方原属320窟，2方原属335窟，1方原属331窟，1方原属321窟。
被华尔纳所破坏、盗窃的壁画，大部分是敦煌艺术中最优秀的代表作品，尤其是323窟北壁的张骞出使西域图。该图为一送行场面，送者和行者，面面相对，作离别之状：送者面西，共有8人，1人骑高头骏马，举手挠指作讲话之态，自由随便；身后1人，手执伞盖；其余6人，有的鞠躬施礼，有的举手作嘱托之状；行者面东，其中1人，着宽袍大袖衣，朝笏遮面，跪于地下，态度恭谨；身后数人，当是其侍从；再后就是拴束好的马匹行李，为整装待发时的情状。其榜题书作：“前汉中宗既获金人莫知名号乃使博望候张骞往西域大夏国问佛名号时”。
从这篇题记可以证明，这个洞窟的壁画，并不像其它洞窟那样完全是宗教教义的传述，乃是中国民族历史极为宝贵的典故。华尔纳的盗劫、破坏，不仅摧毁了一壁千余年的艺术宝藏，而且毁灭了我民族文化史上一段珍贵的参考资料。
哈佛大学福格艺术博物馆还收藏有两件敦煌彩塑，也是华尔纳第一次福格中国考察团劫去的，其中原属328窟西壁斜顶敞口龛外南侧台的一膝跪地供养菩萨，高121．9厘米，是属于初唐时期的作品，它被认为是华尔纳搜集到的最重要的一件艺术品和福格艺术博物馆的镇馆之宝。另一件是原属257窟（北魏）中心塔柱侧面的模制天人像，由于其体积较小（24．4x12厘米），一直不太引人注意。
华尔纳率领的第一次福格考察团的收集品，还有哈拉浩特（黑城）壁画3方，收藏于哈佛大学福格艺术博物馆；泾川王母宫石窟石雕7件，也收藏于哈佛大学福格艺术博物馆，中国国内对这批石雕鲜有报道。甘肃泾川王母宫石窟，华尔纳称为“象洞”；陈万里在《西行日记》中注日：“有石象及浅雕石刻绝美，同行者遂名此洞为象洞”；哈拉浩特（黑城）泥塑1件，是华尔纳第二次福格考察团所获，现藏于哈佛大学福格艺术博物馆。
此外，美国还收藏有两幅敦煌绢画，其中1幅为“水月观音”，绢画下部有纪年题记：“于是乾德六年（开宝元年）岁次戊辰五月癸午朔十五日丁酉题记”，相当于公元968年6月13日。该“水月观音”画正是1902年敦煌县令汪宗翰从王道士处索要的敦煌藏经洞文物之一，1904年8月，汪宗翰将此绢画赠送给甘肃学台叶昌炽，叶氏《缘督庐日记》中有关于该画的记录。这幅画后来又归南林蒋氏所有，王国维《观堂集林》中的《曹夫人绘观音菩萨像跋》一文，实际上就是对这幅画的跋文和首次研究。该画现藏于华盛顿史密森学会弗利尔美术馆。至于该画如何流到美国，现仍不清楚。
另一幅为“十二头观音”画，现藏于哈佛大学联合艺术博物馆。
美国收藏的敦煌遗书，由于数量太少，长期不大引人注目，其来源等也不清楚。目前已知，美国藏有敦煌遗书22卷，其中哈佛大学收藏两卷，是华尔纳第一次福格考察团在路途中购买的。另外，国会图书馆收藏9卷；芝加哥大学远东图书馆收藏3卷；纽约大都市艺术博物馆收藏3卷；普林斯顿大学图书馆收藏3卷；芝加哥自然史博物馆收藏1卷；哥伦比亚大学图书馆收藏1卷。
至于霍尔基金会选定的哈佛和北大合作一事，前已述及，双方未能达成合作协议。非常巧合的是，华尔纳考察团的翻译王近仁乃燕京大学学生，当华尔纳第二次考察失败，王近仁返校复学后，燕京大学校长“司徒雷登从其口中了解到华尔纳与北京大学合作考古失败的情形之后，大作文章。辗转将此事告之中国教育部次长秦汾，后由教育部知会外交部，以华尔纳违反国际法为由，向美国驻北京公使提出抗议。事情虽被美国政府敷衍过去，但哈佛大学觉得太丢面子，既迁怒于华尔纳，也不满意北京大学。司徒雷登乘此机会积极活动，于1926年赶回美国，以燕京大学的名义与哈佛大学协商合作研究中国文化，结果大功告成。1928年春，哈佛燕京学社于兹正式成立”。
我们知道，哈佛大学不仅在美国，而且在全世界都是很著名的大学，而燕京大学属于教会大学，是基督教新教差会于1916年联合在华设立的大学。美长老会传教士司徒雷登为该校的重要创办人，并于。1919年1月31日被任命为燕京大学首任校长。1920年，司徒雷登以4万元的低价从陕西军阀陈树·藩手中买下北京西郊海淀一带243亩土地，在美国霍尔铝业集团、洛克菲勒集团、纽约托事部以及中外人士的大批捐助下开始建设新校址。1925年初步建成，学校迁入，后又陆续扩建，形成占地700多亩，有大小宫殿式建筑物88座的美丽校园。
1928年成立的哈佛燕京学社是两校合作研究中国文化的机构，其总部设在哈佛大学，在北平设立办事处。哈佛燕京学社进行汉学研究，招收研究生，并在中美用中英文分别出版《燕京学报》和《哈佛亚洲学报》。1930年又增设引得编纂处，编印《汉学研究丛刊》，20年间，共出版64种引得，是一套很有价值和影响的丛刊。1941年太平洋战争爆发以后，日军占领北平，学校遭日军封闭，燕京大学被迫于1942年迁往四川成都，哈佛燕京学社继续在成都活动。1945年日本投降后，燕京大学回迁北平，学社也在北平恢复了办事处。中华人民共和国成立后，燕京大学于1951年春改为公立。1952年在院系调整中，其有关各系所分别并入北京大学、清华大学、中央财经学院等，原校址由北京大学迁入。哈佛燕京学社北平办事处亦随之撤销。而设在哈佛大学的学社总部则延缓至今。现任哈佛燕京学社社长是国际著名汉学家、美籍华人杜维明教授。
