大谷光瑞探险队第三次中亚探险，开始于1910年，结束于1914年，是西本愿寺的最后一次远征。第二次探险结束后，橘瑞超便随从大谷光瑞游览了埃及、罗马、伦敦。在欧洲，他会见了斯坦因，受到了不少教益；访问了瑞典，会见了斯文·赫定；又从法兰西的伯希和、德意志的勒柯克等人那里得到了各种有关中亚的最新情况和知识。1910年8月，橘瑞超携雇佣的仆人、英国人霍·布斯，经圣彼得堡、西伯利亚进入我国新疆，他首先到吐鲁番，进行了一个月的发掘。到了12月上旬，他便让霍·布斯携带吐鲁番的发掘品前往库车等他，而橘瑞超本人则又去上一次发现“李柏文书”的楼兰，剥取了米兰遗址壁画。1911年2月，他从且末出发，从南往北横穿塔克拉玛干沙漠。历时20天，到达塔里木河畔。原计划在库车与吐鲁番分手的英国青年霍·布斯相会。到达库车后，得知霍·布斯患天花死去，遗体运到喀什，寄放在英国驻喀什总领事馆里。橘瑞超便赶往喀什，埋葬了霍·布斯。有一天晚上，他接到了日本来的电报，得知大谷光瑞法主的夫人筹子去世了。“这真是做梦也想不到，此时此地，接到这封悲伤的电报。刚刚失去了霍·布斯，现在贵夫人又去世了”。在喀什呆了20多天后，他便于4月前往和阗发掘古物。
1911年，中国爆发了辛亥革命，国内局势比较混乱，同时，已较长时间没有得到橘瑞超的消息，大谷光瑞有些焦急，便于同年年初派吉川小一郎前往寻找。吉川经上海、汉口、兰州，于1911年10月5日到达敦煌，拍摄了敦煌千佛洞的部分洞窟。
在敦煌期间，吉川小一郎一方面派人，并向新疆各地打电报寻找橘瑞超，一方面又乘等待橘瑞超的机会骗购敦煌文书。根据吉川小一郎的《敦煌见闻》披露，10月10日，吉川就带从仆去了千佛洞，“打算和僧人交涉，获取藏于此洞内的唐经。经过长时间的商谈，终于达到了目的”。10月14日“晚上维吾尔人阿米达洪送来一卷唐经”。10月16日，再次来到千佛洞，“直接进入洞内，取了经文的残片”。并住在千佛洞，对其进行参观照相。23日“早晨仔细察看洞窟，在众多的佛像中，选出两尊做工最精巧、损伤也少的佛像，和僧人交涉之后买下了，装人行李”。12月23日，“千佛河的僧人来了。听他说，为了修理洞窟，与肃州进行了交涉，但因为是非常时期，没能从衙门要到大笔钱。因此来我这儿，想卖掉所藏的唐经。但我看他拿来的东西质量都不太好。我让他拿一些更好的东西来，他却不肯痛快答应”。1912年元旦，由于敦煌县换了知县，前知县申端元“要去肃州，所以前来告别。作为礼品，送给我一卷唐经”。1月7日，“千佛洞的僧人拿了些像蒙古文字那样的经来了，但我不会鉴定，要等橘氏来”。
这时，橘瑞超装扮成维吾尔人也正由若羌向敦煌进发，在路上碰上了一个从敦煌回来的维吾尔人。那人说，“敦煌有一个日本人，滞留三四个月了。说罗布方面有一个日本人要来”，“另外一个日本人是从若羌方面来的”，“我带着那位日本人的一封信”。由于橘瑞超扮作维吾尔人，并用维语和他交谈，故维吾尔人不知道橘瑞超是日本人。橘瑞超接过信一看，信封上是中国若羌官府、背面署名吉川小一郎。便对那人说：“我知道他们正找的那个日本人，过二三天带着骆驼队也顺着这条路来，我就是那个日本人雇的先遣人员，让我把这封信转交本人吧。交给若羌官员的话，本人已经不在了。”那个维吾尔人走后，“我立即打开信，我深入西藏高原的时候，中国发生了革命，法主大谷光瑞师担心我处境危险，不知道我在什么地方，于是向驻在新疆的各国领事馆打电报，委托北京政府，做了各种努力寻找我的踪迹，由于我生死不明，特意派吉川小一郎来中国寻找”。
得到这一信息后，橘瑞超便马不停蹄、日夜兼程向敦煌赶去。1912年1月26日，在敦煌与吉川小一郎相会。2月中旬，橘瑞超参观了千佛洞，但敦煌遗书经斯坦因、伯希和盗劫后，中国政府又将剩余部分运到了北京，这样敦煌就没有大批遗书供他们搜集了。“我和吉川君一起搜集古物，发掘故城址等，由于时间关系而未充分获得研究资料，是很遗憾的”。“我搜集斯坦因博士拿剩的东西，以及寺僧们隐藏放置的东西，先后带回国来”。
在敦煌时，大谷光瑞就已命橘瑞超回国。“根据法主的命令，中国处于革命动乱中，经北京回国是很危险的，要取天山北路到俄国鄂木斯克，从那里坐火车走西伯利亚干线火速回国”。但橘瑞超不甘心随意放弃在中国的探险，他让吉川先去吐鲁番，自己则想“由安西沿北纬40度经阿拉善蒙古到鄂尔多斯的归化城附近探险”。当他到安西时，又收到了两份电报：“如果到达安西，应中止在中国内地的旅行，立即回日本。”这样，橘瑞超便不得不放弃这一计划，就赶上吉川小一郎，一起经哈密到了吐鲁番。他们在吐鲁番发掘了一些古物后，决定吉川继续留在吐鲁番工作，橘瑞超则到乌鲁木齐。在乌鲁木齐的俄国领事馆里，俄国领事对橘瑞超说：“我国驻东京大使，受大谷光瑞伯爵的委托，搜索你的消息；日本驻俄国的本野大使也委托我国外交部，寻找你的行踪。一直得不到消息，听说安西出现一个日本青年，我想可能是你，立即发去了电报。中国现在发生革命动乱，在内地旅行是很危险的，大谷伯爵希望你尽快平安回国。由乌鲁木齐立即北上取道西伯利亚干线回国，路费由本领事馆为你准备。”这样，橘瑞超便经西伯利亚铁路回了日本。1913年2月，吉川小一郎也离开吐鲁番，经焉耆到库车，调查了库木吐拉、苏巴什等遗址后，又西进喀什，南下和阗，北上伊犁，最后东返乌鲁木齐，经吐鲁番、哈密、敦煌、肃州等地，于1914年5月回到北京。从而结束了日本第三次中亚探险（1910年至1914年）。
与斯坦因、伯希和、鄂登堡、斯文·赫定等考察团不同的是，大谷光瑞考察团既不是由博物馆等学术团体资助派遣；其成员本身也不是学者，尤其是他们的考察范围很广，似乎不像他们所标榜的仅仅是为了考察佛教古迹。因此有人将日本的西域考察称为“间谍探险”，英国情报机关把橘瑞超看成间谍。甚至日本也有传闻说大谷探险队兼搞军事情报。对此，《大谷光瑞》一书的作者杉森久英说：“因为关系到当时的军事机密，所以公文书、证据等都没有留下。从光瑞先生不断的对亚洲问题的发言来看，从他和军人接触的办法等来看，那样的事实可以说当然是有的，没有的话才怪呢？”日本敦煌学家藤枝晃先生说：“日俄战争（1904年）前两年那种紧张状况中，带着大批行李要在俄国领土上旅行，被怀疑也是没有办法的。”而橘瑞超的学生、日本学者金子民雄在介绍《中亚探险》这本书时，曾这样说：
西本愿寺的西域探险，说到底是以佛教东渐史和佛教遗迹的研究为目的，是学术活动。可是，世界上都以为他们并不是纯粹的学术调查。对于西本愿寺的行动，关心中央亚细亚的英国、俄国、中国要怀疑其是在佛教掩盖下收集情报，又有什么办法呢？这也有一定的道理。在新疆省有利害关系的英国和俄国，在新疆各地建立有间谍网，新去那里的日本可能插足。俄国和中国在伊犁地区出现的边境问题，日本军部特别关心，也需要这里的情报。1880年，驻俄国代理公使西德二郎从俄国方面进入伊犁，在伊犁事件一触即发之际巡视了伊犁。12午后的1892年，有名的福岛安正少佐开始了单骑远征西伯利亚，这时候，他最大的目标就是伊犁，可见其重要性。
1908年橘瑞超师作为西本愿寺第二次西域探险队成员进入新疆的时候，当时乌鲁木齐和伊犁方面有外交部派出的林出贤次郎。林出是日俄战争期间1905年上海东亚同文书院的二期学生，向院长根津一说过想去新疆。这时候根津一从日英同盟的关系分析，日英两国调查研究外蒙经新疆到印度之间的形势，可以达成互通情报的协议。分担的区域，从印度到新疆的喀什属英国，喀什以北至外蒙一带归日本。外交部要求提出能够完成这一使命的人选，于是林出贤次郎被推荐到了新疆。
橘瑞超师与这位林出贤次郎接触后，对在新疆应该注意的问题得到了许多忠告。1910年，橘师第二次进入乌鲁木齐的时候，林出已经回国，没有见到他。
英国方面开始感觉橘瑞超师的活动系间谍行动，因为他在属于英国势力范围的喀什、叶尔羌、和阗等地区进行了绘图、测量。其实即使什么类似的行动都没有，还是会被怀疑的。
俄国怀疑西本愿寺西域探险队是日本军部的情报员，有着同样的时代背景。那是1901年，潜入西藏首府拉萨的河口慧海秘密给他的藏语老师写过一封信，信中揭露了俄国在拉萨进行渗透的阴谋，指出十三世达赖喇嘛以俄国沙皇的密使为心腹，西藏早晚要落入沙俄的控制之下。这个消息迅速传到印度外交部，感到危险的外交部，托西藏使节与西藏方面进行了反复的交涉，结果关系破裂。日俄战争期间的1904年，拉萨被英印军队占领。英印军队侵入拉萨，还是起源于河口慧海的情报。现在，相信他是日本军部潜入的间谍的外国人很多，而他那位以学者身份知名的藏语老师，是一个英国间谍。
橘瑞超是否为日本的间谍？其在中亚的考察是否应称为“间谍探险”？目前我们还没有掌握比较可靠的材料。但从当时俄、英、日相互之间的关系及其对中国的野心，从金子民雄近乎辩解的说明中，我们也还不能完全否定英国将其称为“间谍活动”的说法。
二、日本的敦煌吐鲁番文书
由于大谷光瑞探险队成员多是一些年轻的僧人，没有受过基本的考古学训练。同时，虽然他们写有一些日记或旅行记，却没有出土文物的详细记录，从而给整理研究工作带来了许多困难。尤其是日本的收藏，特别分散，其收集的敦煌文书和吐鲁番文书已相混淆，不大容易分别。再加上日本本身的整理工作不尽如人意，因而其数量一直模糊不清。下面我们主要以荣新江先生《海外敦煌吐鲁番文献知见录》为线索，结合陈国灿、施萍婷等先生在日本走访、整理的有关内容和资料，综合叙述如下。
大谷光瑞考察团第二三次劫获的文物，主要放在大谷光瑞在神户郊外六甲的别墅二乐庄（二乐庄，1908年至1914年在六甲山麓营建的大谷家别墅，其中设有英国、中国、阿拉伯、埃及等室。1912年至1914年作为寺院子弟教育机关附设武库中学），并曾邀请京都大学的内藤虎次郎等学者参观研究。1912年至1913年，橘瑞超首先编辑刊印了《二乐丛书》1号～4号，当然以佛经为主。1914年8月，曾在二乐庄举办“中亚发掘物之展览”，国学大师罗振玉由于辛亥革命推翻帝制，当时正亡命于日本。他也曾前去参观，并从橘瑞超处抄得其所编《敦煌将来藏经目录》，题为《日本橘氏敦煌将来藏经目录》发表于《国学丛刊》卷九上。1915年6月，香川默识将大谷探险队三次所获文物、文书，选出一些有代表性者，编为《西域考古图谱》一书，刊布了敦煌吐鲁番文书147号，这是大谷探险队所获社会历史文献的首次公布。
1914年5月，由于西本愿寺内财政问题，以及别墅二乐庄的建筑，武库中学的经营被指为浪费，大谷光瑞被迫辞去西本愿寺的法主职位，决意外游。他曾到过上海、旅顺、大连、台湾、南洋等地，从事讲演和著述活动，大谷收集品也随之陆续分散到中、日、韩三国的公私收藏者手中。
1916年1月，随着二乐庄的住宅出售给久原房之助，一部分文物也归久原氏所有。随后不久，久原氏就将这批文物赠给了同乡、时任朝鲜总督的寺内正毅，因此便移存于朝鲜总督府博物馆，即今汉城博物馆。
大谷探险队劫获的文献资料，大概是由于大谷光瑞本人以后长住大连的原因，而运到了旅顺。1916年，由“满铁”将这批资料交给了将于1917年4月开馆的关东都督府“满蒙”物产馆保存。1918年4月，“满蒙”物产馆更名为关东都督府博物馆；1919年4月，又改称关东厅博物馆，1934年12月，又改称旅顺博物馆。《新西域记》下卷（1937年4月版）附录收录的《关东厅博物馆大谷家出品目录》，著录了敦煌汉藏文写经639件，还有部分新疆出土的文物文献。这个目录反映了1934年以前旅顺博物馆收藏大谷文书的基本情况。
旅顺博物馆所藏敦煌西域文物，在1945年日本战败，苏联红军接管该馆之前，就有相当一部分被运回日本。1951年2月，前苏联将旅顺博物馆交中国政府接管后，便更名为旅顺历史文化博物馆。1954年1月，文化部将该馆所藏敦煌汉藏文写经620件上调，入藏北京图书馆善本部，只留下9件敦煌写经供展览之用，而西域文献和文物资料，仍由旅顺博物馆保管。
1．龙谷大学图书馆
