1923年夏天，军队由于给养的缺乏而存在着严重的不满情绪，并有可能发生士兵叛乱。为对付这种危险，凯末尔主动复员了军队，并重建了九个陆军军团，归属三个检阅部队。克拉贝克尔和福阿德被调离安卡拉去指挥第一、第二检阅部队，这样他们便离开了安卡拉的政治中心。雷费特·贝尔辞去了军职。这种变化有利于政府对军队的控制，并使凯末尔的政敌远离了安那托利亚的政治舞台。之后，凯末尔便宣布取消哈里发制，并采取措施从议会中排除现役军人。1923年12月议会通过一项法律规定，在未来的选举中，现役军官和士兵在当选为议会代表之前必须退役，现在在议会中的军官必须退出军职才能参加议会讨论。1924年3月，总参谋长退出了他在内阁中的职位并直接向总统负责。1924年宪法规定：任何人不得同时即是议会代表又在政府中任职，包括军职；军人必须离开政府的任何立法机构。军事刑法规定，禁止军人卷入政治，军人参加政党、召集或参加政治会议、公开发表政治讲话、在报纸上发布任何有政治特征的宣言都被视为违法。
1927年10月在共和人民党大会上长达6个小时讲话中，凯末尔“毫不犹豫地告诉自己，我面临着一场阴谋”。他宣称1924年一年多来，劳夫、克拉克贝尔、福阿德、贝尔一直在准备“一场战役”，他们试图得到军队的支持。1924年，克拉克贝尔和福阿德提出辞去军中职务。1924年军队中的政治阴谋实际上是不存在的。但凯末尔还要求查克马克、乔班利、艾格尔密兹和1、2、3、5军的指挥官辞去了议会职务，除艾格尔密兹宁愿呆在议会而不愿在军内任职外，其他人都照他的话做了。
1924年11月组成的进步共和党包括一些著名的前军官。如克拉贝克尔、福阿德、雷费特、劳夫都是这个党的成员。而1925年取消进步共和党并不意味着凯末尔和他的将军对手们的冲突的结束。1926年6月，一个真正的企图暗杀凯末尔的阴谋在伊兹密尔被发现了。主要策划者是第一届大国民议会的代表和第二组的杰出成员宰亚-赫希特，他对被排斥在权力之外感到不满。但凯末尔想借此机会扩大打击面以清除现存的和可能的对手。前进步共和党的二十二个成员被捕，包括福阿德、克拉贝克尔、雷费特和艾格尔米兹。劳夫等人由于在国外而被缺席审判。与阴谋有关的许多人被处死，大多数被捕军官后来虽然被释放了，但他们的政治生涯从此却结束了。劳夫和另外四位将军则作为后排议员在30年代进入议会，此后，他们再也没有公开反对过凯末尔。
经过这一系列斗争，军队对凯末尔以及共和国的忠诚得到了保证。这些成就变成了共和国政体的突出原则。军队虽没有完全从政治舞台上退出，但现役军官在中央组织中却不再有独立权力。乔治·哈里斯指出：“凯末尔的主要考虑不是使军队远离政治，而是对他和共和国保持忠诚。”但实际上，从此之后，土耳其军队基本上离开政治舞台。20年代一些将军们试图形成政治反对派，这是他们被清除的直接原因，但同时，凯末尔认为卷入政治会给军官执行军事职责造成障碍，他在著名的6日演讲中说：“军官们在考虑和执行军队的职责和要求时，必须避免让政治问题影响他们的判断。他们必须想到另有一部分官员的责任就是进行政治方面的思考。一个士兵不能边谈论政治边执行他的军职。”凯末尔与军队反对派斗争胜利的原因，在于他在共和国统治地位的确立。绝大多数士兵和中层军官是完全支持凯末尔的。20年代不存在任何推翻凯末尔的机会，反对派将军们认识到了这一点，并因此限制了自己的野心。反对派将军们的态度是温和的，他们没有以武力取代凯末尔的打算。这样，凯末尔实际上利用了某些伊斯兰教加齐传统的因素作为反对政敌的有力武器，并以此作为他的政体的基础，建立了他的非传统的政治合法性。这使土耳其共和国政治稳定，凯末尔便可以放手进行国内重建。
早在民族解放战争期间，凯末尔就辞去了军职。脱掉了戎装，此后便一直着民服出现在各式各样的公众场合。凯末尔自己认为，他的权威来自当选为安那托利亚护权协会的主席。1923年8月，当民族解放运动即将取得胜利时，凯末尔将该协会改组为人民党，其后该党统治土耳其达二十七年之久。在建立共和国和共和人民党的过程中，凯末尔和他的许多同仁都是军人。但凯末尔坚持，他们必须在军务和政治之间做出抉择。共和人民党是由将军们建立起来的，凯末尔是建党的旗手，党的主要领导力量都是行伍出身。然而，共和人民党最终脱离了那些最初建立它的团体，获得了制度化的存在。党的军人领袖都被文官化了，并逐渐被文官领袖所取代。通过政党机制，土耳其开始了政治文官化进程。1924年，总参谋长被排除在内阁之外。军人出身的人占政治职位的数字在逐年下降。1920年，军官占大国民议会代表的17％；1943年降到12．5％；1950年则仅占5％。
在保证军队对共和国的忠诚方面，查克马克起到了非常重要的作用。他任总参谋长达22年之久，他的名字和总参谋部成了同义词，他接受了各种荣誉和大国民议会给予他的元帅头衔。他不属于内阁却经常参加内阁会议，他政治上可靠而没有野心。但他在宗教和军队建设方面都具有保守倾向。在他的领导下，军队的建设被极大地忽略了，二战前夕，土耳其海军的最强大的战舰还是一战时来自德国的“哥本”号。
原则上，两次世界大战期间，军队就已和政府分离。但另一方面，土耳其军民混合权力的传统却在地方保留着，在边远地区，军队指挥官兼任省长。军事问题往往在国家主义的工业发展计划中起某种作用。例如1939年，土耳其第一个钢铁厂的位置因为考虑到战争中可以避免破坏，放在了毫无经济优势的内陆地区卡拉比克。但如果说那时的军事利益指导着土耳其的经济则是错误的，因为这期间绝大多数国民预算并没有投入军事领域。政治上，军队的一个重要职能是代表政府传播现代化和世俗民族主义思想，土耳其所有的年轻人都要在部队服役一到两年，他们在军队中识字、从事各种文体活动、接受世俗主义的宣传，在这一过程中，他们对祖国的热爱上升了。复员之后，他们又把新思想带到人民之中。
1935年《国内兵役法》明确指出，军队的职责是保卫土耳其的领土和土耳其共和国。而军队中积极分子则将这一点理解为：如果国家的生存处于严重的危险状态，他们有义务干预政治，凯末尔·阿塔图尔克也激励年轻军官们把自己看成是革命的保卫者。1931年在科尼亚军官俱乐部的讲话和前面提到的6日演讲是矛盾的。他首先指出，在世界历史上，军队总是反对进步的，土耳其的情况却不同：“在我们土耳其人的历史上，有一个很大的例外。你们知道，一旦土耳其民族向前迈进时，由她的英雄的儿子们组成的军队总是这种进步的先锋，军队是将民族的崇高理想变成现实的永久的战斗卫士。”这种思想被军事教育系统加强了。有关土耳其革命的课程是安卡拉军事学院的必修课。大多数军官信奉官方的世俗民族主义。军官们要经常接受民族主义知识分子的授课，经常被带去参观农村和他们的家乡。年轻军官库比拉成为军官们为革命献身的象征。
伊诺努继任总统后，维护着凯末尔时期的政治体制、意识形态以及军队在其中的位置。二战时。土耳其虽然保持着中立，但面临着随时被侵略的危险，军队一直处于战备状态。这加强了军队的政治作用。伊诺努和凯末尔一样，出身于军界，但他已经干了二十年的文官。伊诺努一直试图减少总参谋长和军队的独立性，使其对国防部长负责而不是直接对总统负责。他认为，尽管凯末尔使军队退出了日常政治生活，但并未能在国防政策和军队的职能方面建立政府对军队的有效的制度控制。1944年1月查克马克退休时，伊诺努准备这样做，但遇到了军事上层的反对，结果，军队被置于总理之下，同时情况需要时也要服从国防部的命令。实践中，以后的几年内，总参谋长一直保持着决定国防政策的独立权力。
总而言之，凯末尔时期，政治的非军事化和军队的非政治化都取得了实质性的突破，这是凯末尔时期土耳其政治现代化的重要方面和重要成就。但在凯末尔执政的短时间内，要在土耳其这样一个有几百年军政合一传统的国家，使军队完全远离政治几乎是不可能的。所以凯末尔时期，军队并没有完全离开政治舞台。青年军官的训练和社会化，形成了军队作为开明卫士的自我形象。这是坦志马特时代以来的军官们一直采取的态度。这种特点对战后土耳其政治现代化起了非常重要的作用。
