一、国内交通检疫的目的
国内交通检疫的目的，是为了控制检疫传染病，即鼠疫、霍乱以及国务院确定并公布的其他传染病通过交通工具及其乘运人员、物资传播、防止检验传染病流行，保障人体健康。1998年11月，国务院颁布了《国内交通卫生检疫条例》。它适用于列车、船舶、航空器和其他车辆出入检疫传染病疫区和在非检疫传染病疫区的交通工具上发现检疫传染病疫情时，对交通工具及其乘运人员、物资实施交通卫生检疫。
二、检疫措施
（一）确定检疫传染病疫区
省、自治区、直辖市人民政府有权确定检疫传染病疫区，并决定对出入疫区的交通工具及其乘运人员、物资实施交通卫生检疫。
（二）检疫措施
1．县级以上地方政府卫生行政部门或者铁路、交通、民用航空行政主管部门的卫生主管机构根据各自的职责，对出入检疫传染病疫区的交通工具及其乘运人员、物资，有权采取下列相应的交通卫生检疫措施：①对出入检疫传染病区的人员、交通工具及其承运的物资进行查验；②对检疫传染病病人、病原携带者、疑似检疫传染病病人和与其密切接触者，实施临时隔离、医学检查及其他应急医学检查；③对被检疫传染病病原体污染或者可能被污染的物品，实施控制和卫生处理；④对通过该疫区的交通工具及其停靠场所，实施紧急卫生处理；⑤需要采取的其他卫生检疫措施。
2．在非检疫传染病疫区的交通工具上发现下列情形之一者，县级以上地方人民政府卫生行政部门或者铁路、交通、民用航空行政主管部门的卫生主管机构根据各自的职责，有权对交通工具及其乘运人员、物资实施交通卫生检疫：①发现有感染鼠疫的啮齿类动物或者啮齿类动物反常死亡，并且死因不明；②发现鼠疫、霍乱病人、病原携带者和疑似鼠疫、霍乱病人；③发现国务院确定并公布的需要实施国内交通卫生检疫的其他传染病。
3．在非检疫传染病疫区的交通工具上，发现检疫传染病病人、病原携带者、疑似检疫传染病病人时，交通工具负责人应当组织有关人员采取下列检疫措施：①以最快的方式通知前方停靠站，并向交通工具营运单位的主管部门报告；②对检疫传染病病人、病原携带者、疑似检疫传染病病人和与其密切接触者实行隔离；③封锁已经污染的或者可能污染的区域，采取禁止向外排放污物等卫生处理措施；④在指定的停靠点将对检疫传染病病人、病原携带者、疑似检疫传染病病人和与其密切接触者以及其他需要跟踪观察的旅客名单，移交当地县级以上人民政府卫生行政部门；⑤对承运过检疫传染病病人、病原携带者、疑似检疫传染病病人的交通工具和可能被污染的环境实施卫生处理。
三、疫情通报
检疫传染病疫情发生后，疫区所在地的省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门应当向有关铁路、交通、民用航空行政主管部门的卫生主管机构通报疫情。铁路、交通、民用航空行政主管部门的卫生主管机构接到疫情通报后，应当及时通知有关交通工具的营运单位。
检疫传染病疫情的报告、通报和公布，依照《传染病防治法》及其实施办法的规定执行。
四、国内交通卫生检疫的监督管理
《国内交通卫生检疫条例》明确规定，国务院卫生行政部门主管全国国内交通卫生检疫监督管理工作。县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内的国内交通卫生检疫工作，有权对出入检疫传染病疫区的或者在非检疫传染病疫区发现检疫传染病的交通工具及其乘运人员、物资实施交通卫生检疫，并对违法者依法实施处罚。
铁路、交通、民用航空行政主管部门的卫生主管机构，根据有关法律、法规和国务院卫生行政部门分别会同国务院铁路、交通、民用航空行政主管部门的规定和职责划分，负责各自职责范围内的国内交通卫生检疫工作。
