【一鸣惊人】
东晋中央政府就剩下这一亩三分自留地了，还让孙恩给搅了个底朝天，焉能不急？建康方面经过一番紧急磋商，出台了对策：首先给司马元显加授中军将军，强化对中央的控制。然后任命最拿得出手的名将谢琰都督吴兴、义兴军事，讨伐孙恩。与此同时，已经接替王恭，升任都督兖、冀、幽、并、徐、扬六州和晋陵军事的刘牢之，也主动上疏，请求出兵讨伐孙恩，而且积极性特高，也不等司马元显批准，立即整兵出发。这样，有两路晋军大举出动镇压孙恩部众，不再是不堪一击的地方守备，而是有丰富作战经验的野战军，尤其是刘牢之和他麾下的北府军，更非孙恩的“长生人”所能敌。孙恩再也等不到入京指标了。不过他倒也拿得起，放得下，对左右说：“我割有浙东，还可以做个越王勾践。”
十二月，先到前线的谢琰部进攻义兴，击斩孙恩的守将许允之，收复义兴。接着，谢琰又打败了孙恩的吴兴守将丘尫（wāng），收复吴兴。随后，刘牢之率军到达，谢琰可能既不屑也不敢与刘牢之争功，便停下来驻守乌程（今浙江湖州市南），派司马高素（劝刘牢之背叛王恭的那位说客）协助刘牢之继续进兵，刘牢之部进抵吴郡。
吴郡的守将是孙恩任命的吴郡太守陆瓌（guī）。陆太守得悉刘牢之即将到达，不知出于何种目的，是迎战、打探，还是外出劫粮，总之是派了几千人马出动。这几千人出动后不久，迎头撞上一个天上掉下的馅饼：一支几十人的北府军侦察小队。哈哈，什么叫地狱无门自来投，平常这些京口佬很难对付，可现在，差不多是一百比一的绝对优势，要不把你们全部消灭了，挫挫北府军的锐气，怎么显得出我的手段？
陆太守的军队扑了上来，这支北府军小队竟也英勇地迎了上去，双方杀作一团。在这一小队北府军中，有一名身高一米八六的大汉，是小队的队长，挥舞长刀，英勇无比，连连砍杀孙恩军士。但双方的人数相差实在太悬殊了，战不多时，除了那名队长外，其余几十名北府军士全部战死。三吴一带，河道纵横，这名队长背靠河岸，且战且退，结果一不留神，从一人多高的堤岸上摔了下去。孙恩的部众一乐，当他们准备下去割取首级时，那名队长竟然又站了起来，浑身是血，宛如丧尸！说时迟，那时快，他仰头几刀，前排几个好奇心重的孙恩军士立马“升仙”！接着，他发出一声分贝不亚于张翼德在当阳桥的巨吼，竟然一跃又跳上了河岸！
孙恩的部众都惊呆了！殴买疙瘩！这家伙是人么？难道是鬼上身了！不用奇怪，鬼上身、神灵附体这类的事，直到今天都还有不少人相信，更不用说是在科技还不昌明的古代。这些本来就是靠神鬼之道为精神纽带组织起来的孙恩部众，因为对这名大汉的生物属性产生了疑问而心生惧意，再没人敢踊跃上前。正在此时，有人看见大队的北府军出现在不远处，已成惊弓之鸟的孙恩部众误以为中伏，士气崩溃。于是，一个奇迹般的画面出现了：一名大汉手持长刀，如下山猛虎般扑向敌人，在他的面前，几千人如同受惊的羊群四散奔逃，以一破千！
这样的场面并不是出现在网游中，而是实实在在发生在众多北府军将士眼前。率领后到这批北府军的主将正是刘牢之的儿子刘敬宣。他因为听说一个前不久刚从孙无终处调来的小军官刘裕带一小队人出去探视敌情，很久还不见回来，便带兵出来寻找，没想到竟看到了奇迹。刘敬宣跟随父亲南征北战也有好多年了，早见过无数大场面，但眼前这种事莫说是见所未见，简直就是闻所未闻，多么强悍的视觉刺激啊！惊叹之余，刘敬宣没有迟疑，立即挥军追击，孙恩军大败，几千“长生人”成了短命鬼。
毋庸置疑，这个创造奇迹的勇士，便是我们的主角刘裕，那个京口的前赌徒兼鞋贩子刘寄奴了。他已离开穷困潦倒的家，离开了体贴的妻子臧爱亲和年幼的女儿刘兴弟，为了出人头地的梦想，投入北府军中，并成为一名小军官。
刘裕具体的投军时间是个谜，《宋书》及《南史》对此皆语焉不详，《魏书·岛夷刘裕传》记载：“天兴二年，僭晋司马德宗遣其辅国将军刘牢之东讨孙恩，裕应募，始为牢之参军。”说他直到孙恩之乱爆发才投军，此说不太可信，刘裕出身低微，又没什么背景，怎么可能一来就当干部。且《魏书》对南朝的记录与《宋书》对北朝的记录一样，都是宣传战的产物，很不可靠。但不少小说中让刘裕在淝水之战就出场也是不可能的，因为北府军在东晋是一个不讲究门第，由功绩和才能来决定身份的特殊团体，以刘裕之能，不大可能在身经百战，混了十几年之后才当上一个指挥几十人的小队长。
不管他之前在北府军中究竟干了多久，总之，三十六岁的刘裕终于出头了，不鸣则已，一鸣惊人，成了北府军中一颗突然崛起的新星，从此开启了他叱咤风云的下半生。
【谢琰丧身】
晋隆安三年（公元399年）十二月二十六日，连战连胜的刘牢之挥师渡过浙江（今钱塘江），迫近孙恩所在地会稽。听到这个消息后，孙天师说了一句很有大将风度的话：“我不会因逃跑而害臊（孤不羞走）！”（这句话是曹孟德在赤壁兵败后，开溜时曾说过的名言，因此很“大将”）然后，卷卷铺盖，带着男女老少共二十余万人，一起向东逃。他任命的几个地方官：吴郡太守陆瓌、吴兴太守丘尫、余姚令沈穆夫等人来不及跟上他，都在山阴（会稽郡治所在地，今浙江绍兴市）战死，以身殉道。
刘牢之在孙恩之乱发生后，为何会如此积极主动地为国效力呢？从此人一生的表现来看，恐怕不是因为忠肝义胆。如果不是这个原因，那他又为了什么呢？正确答案是：来发财！
北府军是为钱搏命的职业化雇佣军，战斗力固然强悍，战斗精神却大多不怎么高尚。早在谢玄执掌北府军时，这支劲旅就因为抢夺辎重财物，招致五桥泽惨败。等有较高文化修养的谢玄死后，勇略过人却没多少道德操守的刘牢之接任，北府的军纪就更不怎么样了。
同样是打劫，因工作场所和工作对象的不同，其成本收益率的差距是巨大的。平常的驻地京口、广陵是北府军的老家，多是军人家属，兔子尚且不吃窝边草，当然免谈。淮河以北虽然原来比较发达，但久经战乱后，一来民风强悍，二来也确实无多少财物可抢，三来靠近北方强敌，也并非抢掠的良好场地。三吴之地就大不一样了，不但是富庶的江南水乡，且承平日久，民风柔弱。总之，钱多、人好欺，能不速来吗？于是，北府军一路奸淫掳掠，烧杀抢劫，军纪之败坏较孙恩军更过。郡县百姓纷纷逃走躲进山中，很多人直到北府军北归一个多月后才敢回家。知晓这一情况的孙恩，将许多金银财宝和被裹胁的女子扔在路旁。刘牢之大军果然为了这些东西，争抢得不亦乐乎。就这样，在北府军士们精神与物质双丰收的同时，孙恩得以率余部从容撤往舟山群岛，实力损失并不大。北府军缺少足够的战船，没有渡海攻击，就回去了。
孙恩被打跑了，刘牢之也抢饱了，给三吴八郡留下了一地狼藉，这个收拾烂摊子的光荣任务就留给谢琰了。本月，谢琰被任命为会稽内史，都督扬州五郡诸军事，防备孙恩卷土重来。
谢琰，字瑗度，一代名相谢安的次子。年方弱冠，便以精明干练、风姿优美见称。谢家人大多有类似美誉，也不知当真是基因优良，还是因门第高贵被捧出来的。眼界很高，性格孤傲，只与宗族中有才名的几个人交朋友，真正往来无白丁。谢安认为这个儿子有军国方面才干，便让他担任辅国将军。在淝水之战中，他是晋军主将之一，正因为他坚决主张主动进攻，才有了刘牢之的洛涧大捷，而后又与叔父谢石、堂兄谢玄一起，大破苻坚，为东晋立下汗马功劳。由此可见，谢琰并非徒有高贵出身的无能之辈，但缺点也很明显，智商高情商低，带有目中无人的贵族习气。
一转眼，十六年过去，昔日那个出身低微的小将刘牢之已经高升当上都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州、晋陵诸军事，拜前将军，成为东晋最强大的藩镇之一。生性高傲的谢琰的职位却没有多大提升，沦落到不如刘牢之的境地。不如别人也就罢了，竟不如一个昔日不入法眼的属下，叫人情何以堪！
面对现实的失落，谢琰只能把自己沉浸在对往日荣光的回忆中，用当年的成就来麻痹自己的自尊心，他的口头禅是“想当年如何如何……”，而对于现实事务，则越来越厌恶。到会稽上任后，既不用心安抚民众，也不花力气整修武备，并与下属离心离德，只要想想刘牢之，谢琰怎么会给属下们好脸色。
有部将向他进言：“孙恩还有不少部众，在离海边不远的地方，日夜窥探我们的虚实，随时可能重新登陆。不如采取宽大政策招抚他们，给他们一条改过自新的道路。”谢琰立即搬出口头禅来反驳：“当年苻坚有百万之众，我都没放在眼里，还不照样让他们到淮南来送死！孙恩不过一个小小毛贼，败逃海岛，怎么还敢回来？他要真敢回来，那也是上天嫌他命长，打发他来捐脑袋罢了！”
结果，该来的还是来了。孙恩还有近二十万部众，虽能得到沿海信徒的接济，但毕竟杯水车薪，不可能一直待在岛上，就算为了吃饭也非得回来不可。隆安四年（公元400年）五月，孙恩第二次登陆，取道浃口（今浙江镇县东南甬江口），经余姚（今属浙江），攻克上虞县，随后进军邢浦（今浙江绍兴市东），谢琰派兵迎战，先胜后败，五月三十日，孙恩军攻抵会稽城下。
得知这个消息时，谢琰正准备用餐，他勃然大怒，傲气不减，摆出关老爷温酒斩华雄的架势说：“等消灭了这个毛贼我再回来吃饭！”
夸下海口后，谢琰立即跨马而出，指挥晋军迎战。大概他认为与孙恩交战根本用不着什么战术，几乎一拥而上。晋军先获小胜，孙恩军败退，也可能是孙恩诈败诱敌，谢琰挥军追击。因为当地河道多，塘路狭窄，谢琰的军队被迫拉成了一字长蛇阵，鱼贯前进，首尾难以接应。谢琰追到千秋亭时，设伏在各处的孙恩军队突然出动，合击调动不灵的晋军。孙恩的军队利用战船优势，从水中用箭猛射晋军薄弱的侧翼，将晋军切成几断，谢琰大败。败逃中，早已受够了谢长官傲慢与白眼的部下发生了兵变，帐下都督张猛从谢琰身后砍向主将的马，谢琰跌落马下，与长子谢肇、次子谢峻一同战死，三子谢混因为没来而幸免于难。
谢琰死了，失败的原因是骄傲轻敌。细察他的经历，这种骄傲轻敌更像他的刻意所为，因为不如此，无法显示他的优越，也无法弥补他的失落感。可见，有些时候，一个人的心理素质远比智商更重要。
谢琰的死，也使东晋中央赔掉了本就不多的最后一点本钱，之后司马元显就算再不乐意，也非得仰仗刘牢之不可了。继王恭被杀后，这是又一个标志性事件。出身寒门的人进入高层，打破士族对政权的垄断，已变成一个不可阻挡的趋势。正是有了这个趋势，像刘裕这样的草根阶层，才真正有机会进入最高层，从这一点来说，谢琰也算死得其所。
【桓玄崛起】
就在东晋中央忙于对付孙恩之乱时，昌明党三巨头之间也发生了重大变故，与后来刘裕崛起有重大关系的桓玄从中脱颖而出。
一个联盟的牢固程度和它所受外力的强弱成正比。当初桓玄、殷仲堪、杨佺期在寻阳缔结同盟的时候，王恭初亡，道子党与北府军的声势咄咄逼人，他们才不得不精诚团结，但绝无一点肝胆相照。不想才一年时间，孙恩登陆，三吴大乱，司马元显自顾不暇，刘牢之忙着打劫，来自东边的压力骤然减轻了，这样好的机会，如果不用来内斗，岂不是太浪费了？
在这三个人中，荆州刺史殷仲堪因为能力差，个性又懦弱，倾向于维持现状，而江州刺史桓玄和雍州刺史杨佺期都恨不得一口把对方吞了。司马元显也害怕此时西军东下无力招架，便使出离间计：加授桓玄都督荆州四郡军事（挑拨桓、殷关系），任命桓玄的兄长桓伟代替杨佺期的兄长杨广做南蛮校尉（挑拨桓、杨关系）。杨广本打算拒绝桓伟到任，还是殷仲堪做了老好人，拨出自己的辖区，任命杨广为宜都（今重庆宜都）、建平（今重庆巫山）二郡太守，终于使大家暂时没撕破脸皮。没想到桓玄得寸进尺，出兵袭击江夏郡（今湖北云梦），生擒太守杨佺期的堂弟杨孜敬，任命杨孜敬为谘议参军（实为人质）。这一系列事件使得殷仲堪与杨佺期逐渐靠拢，共抗桓玄。
这一年七月间，后秦帝姚兴命齐公姚崇、镇东将军姚佛嵩进攻东晋重镇洛阳。本来此时的东晋强于后秦，如果倾力一战，后秦必然难以得手。但连昌明党三巨头都不能团结一致，更不用说整个东晋了，外战哪有内斗重要啊？因此当时管辖洛阳的雍州刺史杨佺期并不出兵救援，只是以“宁赠友邦”的态度派人游说拓跋珪来救援，答应只要北魏救下洛阳就把洛阳让给北魏。结果因魏军行动迟缓，洛阳终于在十月，即孙恩起义爆发的同月被后秦攻克，守将河南太守辛恭靖被俘。
这时，杨佺期突然迸发出了“爱国激情”，宣称要去救援洛阳。在襄阳整军备战，同时秘密与殷仲堪联络，准备协调行动，一举荡平桓玄。殷仲堪原已同意，可事到临头又生出别的想法：倘若桓玄不在了，谁来对付杨佺期？于是又千方百计加以阻止。杨佺期搞不清楚殷仲堪究竟唱的是哪一出，觉得单独行动胜算又太小，只好中止了计划。
殷仲堪前怕狼后怕虎的行为连他的属下都看不下去了。谘议参军罗企生对弟弟罗遵生说：“殷公仁爱但无决断，早晚会招来大祸，但我受他知遇大恩，只能陪他一起死了。”这一年荆州发生严重水灾，有爱民之心的殷刺史把仓库中的存粮都拿出来救济灾民，使得荆州的实力一时变得非常窘迫。
眼见有机可乘，桓玄展现出来的“爱国心”也不亚于杨佺期。他也声称要出兵救援洛阳。当然，江州距离洛阳挺远的，不得不非常合理地“路过”荆州。可能出于离间殷、杨同盟的考虑，桓玄让人送了一封信给殷仲堪，“大义凛然”地说：“杨佺期太不是个东西了！白白身受国家厚恩，历代皇陵的所在地洛阳遭到蛮族侵犯时，他竟然不思抵抗，将大好江山白白送人！对这样的叛徒，我们应该共同出兵讨伐！我现在率军沿江而上，正驻军江口（汉水与长江交汇处，即今湖北武汉市），如果同意我的计划，请先杀掉杨广，不然我先进入长江，自己把他铲除。”殷仲堪就算再笨，也知道来给鸡拜年的是黄鼠狼，当然不同意。
当时，荆州还有最后一部分存粮储存在巴陵（今湖南岳阳），桓玄先下手为强，派军队抢先袭占巴陵，给殷仲堪来了一个釜底抽薪。然后，桓玄以梁州刺史郭铨为主将，前秦流亡太子苻宏为副，指挥各军前进，同时送秘信给刚当上南蛮校尉的兄长桓伟，让他做内应。没想到桓伟却是个胆小鬼，收到这封信后，吓得不知所措，迟疑了半天后，竟拿着桓玄的秘信去见殷仲堪，坦白从宽去了，这也太给桓家丢人了。
