一般人看来，一个铁腕皇帝大概总是恨不得将所有权力都掌握在自己手里的，决不允许任何危害他行使权力的因素存在。雍正就是一个很典型的例证。比如说在前面我们提到的，地位稳固之后，雍正马上将他曾经的左膀右臂年羹尧、隆科多置于死地。此外，他对行政机构和管理制度也做了一些整改，扫除了原有的机构和制度中不利于行使皇权的因素，使他的集权达到了极致。我们即将要谈到的军机处的设立就是雍正时期集权的一大体现。如果说设立“密折制”是雍正举起的左手，那么设置军机处便是他举起的右手，两手一起抓，这可以说是雍正最具特色的专政心智。
皇帝掌握着国家最高的权力，但是在雍正即位之初，但凡是国家大事，需要做出重大决定的举措，还是需经过集体讨论，最后由皇帝宣布执行，这样就决定了作为最高统治者的皇帝也不能随心所欲、自行其事，权力受到了制约，皇位受到了挑战。因此雍正就设置了军机处，将自己推向了权力的金字塔顶端。于是形成了一种新的权力格局，就是皇帝统治军机处，军机处又统治百官。
军机处的前身是军机房，是雍正为了指挥西北两路的军事行动而设立的机构。因为务紧急，需快速做出处理，所以需要在机构上作必要的调整。
雍正七年，雍正皇帝下令对准噶尔派兵，为了这场战争的顺利进行，雍正采取了很多措施，设立军机处就是其中的一项。所以在最初军机处的设立是为了指挥军务的方便。之后，雍正逐渐发现了这种不经过其他官僚机构，直接由皇帝组织一个小班子处理政务比先前层层上报更加得心应手，快速有效。于是后来，军机房办理事务的内容不断扩展，机构也不断发展完善，直至形成固定的编制。军机处问世后的一段时间内，没有被人们承认为正式衙门。军机处虽然地位煊赫，权力重大。但是作为一个正式的衙署，由于它没有官署和专职人员，所以一开始并不为人注目。而且谁也不会料到，这个机构的出现，会对清朝的政治格局产生巨大的影响，令整个政府的决策方式发生根本的改革。
军机处的主要职责是：当面聆听皇帝旨意，整理成正规的文字材料，并通过特别的途径，向有关当事人转发，敦促其马上执行。军机处是在雍正清理财政之后设立，所以本身没有什么特权，只是能经常见到皇帝。而且，军机大臣只有参议权，没有任免权和行政权。
由于军机处处理的都是紧急事务，在办公地点上，必须选择距离皇帝寝宫较近的地方，以便于皇帝快速召集大臣，快速处理政务。根据史料的记载军机值房一开始设在乾清门外西边，不久迁到了乾清门内，与南书房相邻，后来移到隆宗门的西面。不过无论是在乾清门内或门外，都离雍正的寝宫养心殿很近，这就让军机处和皇帝之问的联系变得十分便捷。雍正初设军机处时，房舍是用木板盖成，乾降初年才改成瓦房，建筑不讲究。而且军机处只有值房，没有正式衙门。
军机处设有军机大臣和军机章京。军机大臣不是专职人员充任，而是由雍正在大学士、尚书、侍郎中挑选得力官员出任。人员也不固定，皇帝可随时增减人员。除了在军机处的工作以外，军机大臣的本职工作仍然照常办理。因此有人形容军机处是“无公署，大小无专官”。
军机大臣相当于最高统治者的秘书的角色，军机大臣当面聆听皇帝的旨意，草拟文书，并予转发。雍正每天都要召见军机大臣，大概的情形是每天寅时(3—5点)，军机大臣、章京进入值房，辰时(7—9点)，皇帝召见，如果有紧要事务，提前召见。通常情况下是每天见面一次，偶尔雍正也会一天之内多次召见军机大臣。召见完毕，军机大臣书写文件。雍正勤政，估计他召见军机大臣的时间不会晚，次数不会少。同时又类似于情报局，有很强的保密性。
军机处还有被咨询的任务，朝内外官员所上的奏疏，雍正有的发给军机大臣审议。这样军机大臣可以和皇帝面议政事，有参议的职责和权力。
军机处的笫三项任务就足保存文件。综合上述的三种职能，我们可以发现在雍正时代，军机大臣可以看成是一个皇帝的秘书处。军机大臣对皇帝负责，它的下属军机章京是来自于其他部门的官员，兼任军机章京，所以这种上下级关系不同于一般的上下级关系，他们之间没有绝对的隶属关系．所以不易结成死党，他们都是只能绝对听命于君主。
即便是这样的一个握有重权的机构也一直没有引起人们的注意。也正是因为军机大臣特殊的职责，雍正对军机大臣的任用标准是惟用亲信，不论出身。军机大臣就相当于皇帝的参谋长和秘书长，只是帮助雍正出谋划策，最终的决策大权还是掌握在皇帝手中。这一点就决定了军机大臣不可能成为与皇帝抗衡的力量。
自从军机处设立以后，涉及到国家机密的要事全部由皇帝自己处理。内阁仅仅处理一些普通的政务，职能大为降低。自此也就彻底终结了重大决策由“议政处”讨论的传统。所以我们能够想见军机处的设立为建立和发展专制体制铺平了道路。
雍正皇帝对军机处的管理措施制定得特别严密，对军机大臣的要求也极为严格，要求他们时刻同自己保持联系，并留在皇帝最近的地方，有问题随时找他们商议随时召见他们，这也就是军机处不同于其他机构的地方。
雍正是一个办事十分谨慎的人，这一点也体现在和军机大臣商讨事务这件事上。雍正每次议事，不是将所有的军机大臣都招至跟前，而是只会分批独自会见一名军机大臣，这样的话他们之间就不会受彼此意见的制约而能够无拘无束地谈自己对工作、对百官的一些看法，这样就更便于雍正察颜观色，去伪存真地选用人才。
另外，雍正对军机处的印信管理得非常严密。所谓印信就是机构的符号和象征，是出门办事的护身符和通行证。军机处的印信由礼部负责铸造，并将其藏于军机处以外的地方，派专人负责管理。当军机大臣需用印信时，必须报告皇上给予批准，然后才能由军机大臣凭牌开启印信，也就是说，皇帝是连接这两个部门的中间人，也是一切事情的决策者。而且军机大臣的印信会在众人的监视下使用，这样就起到相互制约的作用。
雍正皇帝对于军机处的这一系列管理措施对我们当今的企业事业单位的管理都很大启示意义，而且很多有的已经融入到了我们的日常生活之中，发挥了很重要的作用。
设立“军机处”起到了意想不到的效果，以前每办一件事情，或者有关的奏折，要经过各个部门的周转，最后才能够送达皇上。这样效率低下而且容易产生消息的错位，也就是说，在传递的过程中，会有大量信息的流失，保密性能也很差，而且其中还不乏扯皮、推诿、拖沓的官场陋习出现，无法真正地实现上情下达或是下情上达。而自从设立军机处以来，启动军机大臣，摆脱了官僚机构的独断专行，使雍正的口令可以畅通无阻地到达每一个职能机构，从而把国家大权牢牢地控制在自己手里。
同时，军机处的设立使政权高度集中，也将雍正推向了封建专制权力的顶峰。“军机处”由于在皇上的直接监视下开展工作，所以处处谨小慎微，自知自律，奉公守法，营造了一种清廉的官场形象。同时它还保证了中央集权的顺利实施，维持了社会的相对稳定和统一，避免了社会的动乱和民族的分裂，对推动社会的繁荣和发展，具有一定的积极意义。
军机处的设立进一步向我们印证了雍正皇帝是个精力过人、眼光锐利、记忆力很强的君主，他对全国事务了如指掌，是个天生的大行政家。若是换了其他皇帝，对待军机处和密折政治，驾驭起来也未必能如雍正这般得心应手吧！
