蒙文通对当时的疑经之风和异说与守学之争作了一定的论述，从中可见唐代经学关注的话题和文本。其时，虽然唐代经学以章句注疏之学居主导地位，多数学者墨守正义，拘于传统旧说，正如蒙文通所说，“守学之伦，笃信奉之，莫敢同异”。但也有学者对传统经说提出大胆怀疑，出现了一股疑经新风。其影响所及，直与宋学的疑经惑传相关。武则天长安三年（703），博士王元感将其所撰《尚书纠谬》、《春秋振滞》和《礼记绳愆》等书上表，请写上秘阁。此三书已佚，但从其书名中不难看出是对以往经说的怀疑和纠正。对此事武则天诏令弘文、崇贤两馆学士及成均博士考详其可否。当时专守先儒章句旧说的学士祝钦明、郭山恽、李宪等人深讥王元感“掎摭旧义”。而王元感对他们的责难却能够“随方应答，竟之不屈”。当时对王元感的疑经表示支持的有凤馆舍人魏知古、司封郎中徐坚、左史刘知几以及张思敬等人，他们“雅好异闻”，每为王元感“申理其义，连表荐之”。 于是武则天下诏称王元感“掎前达之失，究先圣之旨，是谓儒宗，不可多得”。 魏知古也称赞其所撰书曰：“信可谓五经之指南也。”表明当时的疑经之风已有一定的影响。蒙文通指出：“在唐之世，异说与守学争，自元感始矣。”这反映了疑经之风与保守传统之间的分歧。在当时唐代经学专守先儒章句旧说盛行、思想禁锢的背景下，王元感、刘知几等人的疑经，也的确具有思想解放的积极意义。
与此相关，唐中叶以来，出现了啖助、赵匡、陆淳师友相传的《春秋》学派。此派对《春秋》传注提出批评，以己意去取三传，合而为一；倡以经为本、舍传求经之风，为宋学的兴起开了先路。啖助（724—770）著有《春秋集传》及《春秋统例》，考核三传同异优长，认为《春秋》经文简易，先儒治《春秋》，各守一传，各不相通，三传互攻，产生流弊。主张舍弃师法、家法，以三传互通为宗旨。其书后由赵匡、陆淳加以补订、编纂，开宋儒怀疑经传的风气。赵匡曾补订啖助所撰《春秋集传》和《春秋统例》，并自撰《春秋阐微纂类义疏》，对啖助之说加以疏解，但不完全囿于啖说。认为啖助集三传之善以说《春秋》，其所未尽则申己意，然而惜其经之大意或未标显，传之取舍或有过差，由此赵匡因寻绎之次，心所不安者，随而疏之。啖助、赵匡的著作已佚阙，他们的遗说保存在陆淳的《春秋集传纂例》中。陆淳传啖、赵《春秋》学，认为《公羊》、《穀梁》意深辞辩，而《左传》叙事虽多，释意殊少，是非交错，混然难征。综合啖助、赵匡之说，撰《春秋集传纂例》、《春秋微旨》、《春秋集传辨疑》等。其中《春秋集传纂例》即是把啖助、赵匡之说“纂而合之”，有辞义难解者，亦随加注释，兼备载经文于本条之内，使学者以类求义，昭然易知。
蒙文通对啖助、赵匡、陆淳相传的《春秋》学加以概述，指出：“赵州啖叔佐善为《春秋》，考三家短长，缝绽漏阙，号《集传》，赵匡、陆质传之，遂名异儒。”所谓“异儒”，指异于先儒章句、不同于传统儒生墨守正义的儒者。啖助等人的《春秋》学派提倡舍传求经，批评注疏之学而以经为本。其学已不仅限于《春秋》，在一定程度上具有普遍的经学意义。啖助在批评《春秋》传注之学的流弊时，提出了宗经之本，而不迷于注疏的思想。这是对传统的但守章句注疏之学、唯重疏注的唐代经学的大胆革新，在一定程度上预示着经学发展的方向。对此，《四库全书总目提要》有云：“舍传求经，实导宋人之先路。”这为宋儒的经传相分，直求经文之本义的经学思想提供了一定的借鉴。
不仅如此，蒙文通指出，除啖助等人的《春秋》学外，在唐代宗大历年间，还兴起了施士匄所讲的《诗》学，仲子陵、袁彝、韦彤、韦茝等人所讲的《礼》学，蔡广成所讲的《易》学，强蒙所讲的《论语》学等。他们都倡扬个性，“自鸣其学”，与传统旧说形成对比，是对汉唐经学墨守成规的挑战。其中以施士匄、仲子陵为最卓异，唐代“异儒”之学，于斯为盛。蒙文通认为，这是经术的一大变。
学风的转向，预示着新思想的产生。重义理的宋学取代重训诂的汉学，是宋代学术和中国经学发展的趋势和潮流。自唐中叶以来思想领域出现的疑经思潮和怀疑创新精神，是宋学产生的重要背景。作为主导中国思想文化发展的儒家经学至唐代时，已陷入困境。唐代士人在汉代和魏晋旧注的基础上来疏释经书和原有的旧注，普遍采取疏不破注和繁琐训诂释经的方法。这种汉唐经学的传统缺乏生命力，表明旧的儒家经学已经僵化，显然不能与盛行于唐代的佛、道精致的思辨哲学相抗衡。于是宋学学者对笺注经学提出非难。他们发挥经书中的微言大义和义理，全凭己意说经。不仅疑传、舍传，而且疑经、改经，蔚然形成疑经惑传的学术新风。学风的改变，标志着宋学的兴起，义理之学逐步取代汉唐训诂之学，成为儒家经学乃至中国文化发展史上的重大变革。蒙文通对宋学兴起以来至明代王阳明之学演变发展作了概述，并分析了各派学说的特点和得失利弊。他说：
《改斋漫录》、《困学纪闻》等并谓：“庆历以前，多遵章句注疏之学，谈经者守训故而不凿，自刘原父为《七经小传》，始异诸儒之说，而稍尚新奇，王荆公修经义，盖本于原父，视汉儒之学若土梗。”盖至是而汉、魏师法扫地尽也。《四库提要》云：“越孔、贾、啖、赵，以及北宋孙复、刘敞等，各自论说，不相统摄，及其弊也杂。”此正说大历以至庆历之学也。又曰：“洛、闽继起，道学大昌，摆落汉唐，独研义理，经师旧说，俱排斥以为不足信，其学务别是非，及其弊也悍。”此言伊洛以来之学也。又曰：“学脉旁分，攀缘日众，驱除异己，务定一尊，自宋末以逮明初，其学见异不迁，及其弊也党。”此朱学独盛以后之学也。又曰：“主持太过，势有所偏，材辨聪明，激而横决，自明正德嘉靖以后，其学各据心得，及其弊也肆。”此言王学大行以来之学也。大历以来，谈经之变，尽于是矣。自啖助、赵匡下及黄泽、赵汸，说经非无可取，洛、闽、姚江之学，直可建诸天地而不悖，百世以俟圣人而不惑，然其以说经为余事，于圣作贤述之本、师法条例之奥，即谓之未留意及之亦可也。
在这里，蒙文通引《困学纪闻》等所载之言，论述了宋学形成之初学风发生的转向，指出在宋仁宗庆历（1041—1048）以前，学术界多沿袭、遵行章句注疏之学，谈经者以训诂注疏的方法解经，而忽视义理。其间，刘敞著《七经小传》，多议汉魏旧说，打破汉学专事训诂名物的传统。其解释经文，不受旧注约束，异于诸儒之说，并以己意改经，尚新奇，开宋代以己意解经的先河。新学代表人物王安石对训诂注疏之学提出批评，修撰《三经新义》，打破以训诂传注为主的形式，对《诗》、《书》、《周礼》作出新的解释，为当时开展的熙宁变法提供理论依据，以代替旧注疏，并用经义试士，废除以诗赋取士和繁琐的记诵传注经学。在王安石的主持下，北宋朝廷改革了科举制度，在“务通义理，不须尽用注疏”规定的指导下，义理之学开始取代了注疏之学。这成为宋学之所崛起的重要背景。后又把王安石主持修撰的《三经新义》颁行于全国，成为全国文教的官方思想和科举考试的内容，而取代了唐代的旧注疏，使整个儒家经学在宋代发生了历史性转折。视汉儒之学为无用。蒙文通在这里指出：“盖至是而汉、魏师法扫地尽也。”由此观之，经学发展到北宋初，发生了重大变革，由章句注疏之学逐渐向义理之学转变，自宋仁宗庆历以来，蔚然形成一代疑经惑传、改造旧经学的学术新风。蒙文通并引《四库提要》之言，指出从唐代的孔颖达、贾公彦、啖助、赵匡，到宋初的孙复、刘敞等，各自论说，相互之间不统摄，其弊病在于“杂”。认为这正好是说唐大历至宋庆历之间的学术倾向和学风特点。
接着，蒙文通又引《四库提要》之言，对宋学中的程朱理学作了概述。指出二程洛学和朱熹闽学相继而起，如此道学大昌，其学风特点是反对汉唐章句训诂注疏之学，独研义理，对汉唐经师旧学加以排斥而不足以相信，其学术宗旨在于以义理为标准来判断是非，而其弊病在于“杂”。蒙文通认同以上观点，认为这说的就是伊洛以来的学问。
程颢、程颐作为洛学的代表人物，不仅是宋代理学的开创人，也是中国经学史上著名经学家。二程面对佛老思想的挑战和儒学式微、经学中衰、伦常扫地的局面，以儒家伦理为本位，在庆历以来疑经思潮的基础上，进一步疑经，批汉学，反对滞心于章句训诂之末而无所用；以义理说经，倡“四书”之学，逐步以“四书”及“四书”义理之学取代“六经”及“六经”训诂之学而成为经学的主体，并对朱熹闽学产生了重要影响，最终由朱熹确立了程朱的“四书”义理之学，完成了经学史上由汉学向宋学的转变。由此可见二程、朱熹在宋学中的重要地位。
然而，程朱学盛行以后，随着时间的推移，朱熹理学本身的弊病也逐渐暴露出来。由于朱学的泛观博览，带来了其繁琐、迂阔的弊端，使学者不易掌握。并且，朱子学被定于一尊，成为社会意识形态的指导思想，朱熹后学弟子中的一些人党同伐异，排斥与己不同的学术派别，与陆九渊后学论辩纷纷，相互诋毁，各立门户，墨守师说，不再有创新发展。蒙文通认为，自宋末到明初，朱学独盛以后出现的这些弊病，概括起来即为“党”。由此带来了士风、学风的涣散。
对于明代正德、嘉靖间王阳明心学兴起以来的学问，蒙文通引《四库提要》之言并加以肯定。指出心学学者以心为本，是主持太过，故有所偏，其发挥主体之心的主观能动性，恃聪明，逞心思，以心之良知为最高原则和判断是非的标准。可以说是各据心得，然而其弊病在于“肆”。 虽然明中叶以来，心学蔚然形成一代学术思潮，影响学术界百余年。然而阳明心学“任心而废学”的流弊又遭到了人们的批评。随着时代的变迁，宋学至明代流于空疏，代之以重考据的清代新汉学的兴起，包括明代朱学、阳明心学在内的明代宋学走向式微，明清之际以降，清代新汉学开始占据了经学发展史上的主导地位。蒙文通既肯定洛、闽、姚江之学“直可建诸天地而不悖，百世以俟圣人而不惑”，又认为他们重义理、重天理良知而“以说经为余事，于圣作贤述之本、师法条例之奥，即谓之未留意及之亦可也”。站在某种汉学的角度对宋学阵营中的洛、闽、姚江之学提出批评。这从一个侧面体现了蒙文通的经学观。
蒙文通并以周秦、孔孟为标准，对宋明儒的“四书”学提出一定的批评，认为凡是阐明了孔孟学术的就取之，而不本于孔孟学术的则置之一旁。他说：
宋、明之儒，所以阐明《论》、《孟》、《学》、《庸》之旨，蔑以加也，日月丽天，江河行地，无得而易之。然每置论于周、秦之儒所不论，较诸孔、孟之说，每多剩义。卒之言理、言气、言太极、言心性之类，朱、王不免于两失而皆困，岂儒道之固不能无弊而有必至之势哉？要为驰心于先圣所未语，而自溺于歧违之说而然耳。……诚于宋、明之说，取其阐明孔、孟者，而置其不本于孔、孟者，以宋、明阐周、秦，以周、秦正宋、明，庶可为善学周、秦，善学宋、明者也。
对于宋明儒的“四书”学之旨，蒙文通既一定程度地予以肯定，认为就其本身思想而言，是无可改易的，但将其与周秦之儒相比较，往往宋明儒所论，是周秦之儒所不论的；而对照于孔孟之说，则每每有不少的多余之义，言孔孟之所未言。并认为宋明儒之两大派——朱子学和阳明学，在论理、气、太极、心性方面，均有所失而陷于难以摆脱的困境。由此批评宋明儒的症结在于“驰心于先圣所未语”，而陷溺于歧违之说使然。即批评宋明儒讲了先圣所不曾讲的话，偏离了先圣的正道而误入歧途。为了纠正宋明儒的失误，蒙文通提出以周秦、孔孟的思想作为衡量是非的标准。对于宋明儒的“四书”之学，只要是阐明孔孟之说的就取之，而不本之于孔孟之说的则置之一旁。即以宋明之说阐述周秦之说，而以周秦、孔孟说为准，来正宋明经说之是非，认为这是善学周秦，亦是善学宋明的原则。在这里，蒙文通强调以周秦为是非的标准，而不是着眼于思想学术随时代变迁而发展，要随时代发展的需要应运而生的宋明儒之“四书”义理之学去适应先秦时期的孔孟思想，这存在着一定的局限性。应该说，包括先秦孔孟、宋明儒“四书”学在内的任何思想文化既然是时代的产物，就应当适应时代变迁和社会历史发展的客观需要，而不是让社会的发展去适应某种思想文化。也就是说，经学史的研究应以是否符合社会历史发展的客观需要为标准来衡量其是非，不应预定以先前的某一思想为衡量的标准。如果凡是周秦儒者、孔孟讲过的话，宋明儒才能讲，而“先圣所未语”，则后人均不能说，那么学术如何才能发展？儒学、儒家经学如何能创新？中国思想文化岂不是只能停留在二千五百多年前的时代，如何才能与时俱进。所以说，应以时代发展的需要为标准来衡量思想文化的正确与否，从而探讨和总结历史上思想文化发展的客观规律、发展线索、历史经验教训及对后世和现代社会的影响，为现代社会的发展提供一定的借鉴。
以上蒙文通通过论经学的起源，倡鲁、齐、晋之学，探讨谶纬之内学对经学的影响，论述自汉末到明代经学的演变、经学研习之风的变迁，用自己独特的眼光对经学的起源和发展的历史作了较为深入的探源和研究探讨。这是他经学思想的重要组成部分，一定程度体现了他经学的特点，这为我们进一步深入研究蒙文通的经学思想提供了必要的前提和基础。
