关于“因经以明道”，蒙文通是通过传记对经的发挥来立论的，他重视传记之书所记载的六经之微言，这是因经以明道的前提，经学之道因此而明。他说：
我们看《乐记》、《书传》、《系辞》、《中庸》里边，很有些又精又纯的理论，这些都是六经的微言，都是因经以明道的，尤其是孟子发挥得透彻无遗。孟子是邹鲁的嫡派，他说的礼制都是和鲁学相发明的，《孟子》和《穀梁传》这两部书，真要算是鲁学的根本了。《孟子》这部书的精奥，一直到了宋代方发明出来。……经学这门学问，明注是一步，明传是一步，明经是一步，明道是一步，若只在前三步里边才做得一步，不能做明道的学问，那还算不得一个造诣高深的学问家。
蒙文通这里提到的《乐记》、《书传》、《系辞》、《中庸》等书，均是解释经典的传记。如《乐记》是解释《乐经》的，《书传》是解释《尚书》的，《系辞》是《易传》的一种，是解释《易经》的，而《中庸》是《礼记》的一篇，是对作为礼经的《仪礼》的阐发。他认为，在这些传记中，有一些精到的理论，它们都是六经之微言，是通过解经来明道。尤其是孟子对经典之道发挥得透彻无遗。蒙文通对孟子甚为尊崇，认为他是邹鲁的嫡派，亦是鲁学的代表人物，《孟子》一书与《穀梁传》构成鲁学的根本。尽管《孟子》十分重要，但在宋以前，仍属子而非经，亦是传记的范围。到宋代，理学家将《孟子》列为“四书”之一，由子入经，阐发其心性哲学的意蕴，《孟子》的地位才得到提高。这得到蒙文通的认同。并强调，治经学这门学问，其宗旨在于明道，而明道则需要按照由明注、明传、明经，到明道的步骤，一步步地进行，最后达到明道的目的。如果只是停留在前三步的阶段，即只明注、明传、明经，而不能明道，那就不能做到造诣高深的学问，仅仅是一个一般的经师而已。
从“因经以明道”出发，蒙文通对由明注到明传、由明传到明经、由明经到明道的步骤，作了具体的阐发。他说：
经学由散漫无纪的考订名物训诂，进到刘逢禄、张惠言这一般人，能够专明一家，有的讲虞氏《易》，有的讲何氏《公羊》，有的讲马、郑《尚书》，有的讲贾、服《春秋》、《齐诗》翼氏、郑京氏《易》、毛氏《诗》、郑氏《礼》、今文《尚书》，这真是进一步了。但是这一层只是讲明训注罢了。到了后来胡培翬疏《仪礼》，注有错处，还是一一辩正。讲何氏《公羊》，有人据《传》来破《注》，能够专明一家，又不墨守，明《注》又能破《注》，这真是又进一步了。这一层算是明《传》了。传记既已经明了，那便自然要进一步去明经，这便是井研廖先生的独到处。所以刘申叔称他“魏晋以来无此识力”。廖先生是先讲明各传家法后，再通讲各家、折衷三传，只拿《春秋》作主来讲。我们看到前代也有许多只讲《春秋》的，却何尝明通三传，也有明通一传的，却不能据《经》正《传》。廖先生折衷三传来讲《春秋》，这真是二千年来一大快事了，岂不是到这里要算更进一步吗！但是，经里边究竟说的是什么？究竟为的是什么？只是区区明家法、通条例便算成功了吗？这便不能不更进一步，由明经进而明道。
指出治经学由散漫无纪的考订名物训诂，进到明训注的一层，这是进了一步；由明训注再到据传破注，专明一家，又不墨守，明注又能破注，这又进了一步，达到明传的一层；由明传再到明经，即在传记明的基础上去明经，据经正传，如廖平先讲明各传家法，再折衷三传以明《春秋》，这就是由传明经；由明经出发，探究经里边究竟说的是什么？其宗旨如何？不能仅仅停留在弄清经文的家法、条例，还必须更进一步，探讨经文中蕴藏着的道，“由明经进而明道”，这才是治经学的宗旨和最高目标。
与此相关，在义理与证据关系上，蒙文通主张把二者结合起来，义理与证据不偏废。他说：“徒言义理不足以振其颓，必以证据济之，以引文明者为高说。”重视以证据来论证所言的义理，强调说理要有充分的依据，以引文明为立论的基础，即作为论据的引文要有明白的出处，为所论证的义理提供可靠的事实材料的依据和保证，并以此为“高说”。虽然蒙文通重视证据以说理，但如果仅有考据，而不言义理，也是蒙文通所反对的。他说：“义理与证据不偏废，于宋亦然。学至清世，然后有纯工考据之汉学，此学术之衰也。”蒙文通所主张的是义理与证据相结合而不偏废，但单纯去从事考据之学，而不讲义理，如清代乾嘉汉学那样，也是他所反对的。
（四）经学与政治紧密联系
蒙文通在经学研究中着力甚多的两部著述是发表于中年的《儒家政治思想之发展》和发表于晚年的《孔子和今文学》。两文具有内在的联系，后者是对前者的丰富和进一步展开，然亦有所变化和不同。其中《儒家政治思想之发展》，从标题上看好像是单讲儒家政治思想的，而实际上是通过经学来论政治，是以今人的眼光、在儒家经学思想体系，尤其是今文经学的思想体系内，透过对在经学体系内所反映出来的政治思想的探讨来剖析儒家的政治理论。蒙文通以经学的形式来阐发儒家之革命论、平等说，以及阐述儒家的井田以均贫富、辟雍以排世族、封禅以选天子、巡狩以黜诸侯、明堂以议国政等政治思想，这种把经学研究与政治紧密联系的思想，体现了蒙文通经学的又一特色。
关于儒家经学中的革命思想，蒙文通加以阐发。他认为，清代今文学家如庄存与、刘逢禄、宋翔凤、魏源等人未能明今文经学的“革命”之旨，独推崇“三科”、“九旨”之说，而忽视“五际”、“三期”之说，片面以董仲舒、何休之浮文来概括“六艺”之义，孤树《公羊传》，而招致非常可怪之讥，表面上是尊今文之说，而实际上违背了今文之旨。于是蒙文通通过考经证史，旁及诸子，从史说和诸子中来勘比经义，并引纬书，来探究今文之绝学，即追寻儒家“革命”之义。
蒙文通通过考察今文学的典籍《齐诗》、《京易》、伏生之《书》、戴氏之《礼》，明白了汉代今文学所说的“一王大法”，即认为，《春秋》是为新兴王者立法，孔子作《春秋》，垂空文以断礼义，当一王之法。其“在制而不在义，在行事而不在空言”。而清代今文学家却不省察其时之礼家新制已不同于周礼，结果导致片面推崇“三科”、“九旨”，而不讲“五际”、“三期”说，致使今文经学的“革命”说不彰，儒道晦而不明。对此，蒙文通考察了西汉今文学的“革命”说，并上溯其来源及其变迁，以批评晚清今文学家的“改制”说。
西汉今文《齐诗》学以善说阴阳灾异、推论时政著称，其创始人辕固生坚持“汤武革命”说，在汉景帝面前与黄老学派的学者黄生辩论汤武革命之是非。黄生认为汤武革桀纣之命，乃弑也。辕固生则认为，桀纣虐乱，失去天下人心，汤武顺天应人而诛桀纣，正是受命之举。而黄生从维护君主的绝对权威出发，以“冠虽敝，必加于首；履虽新，必关于足”，来强调即使桀纣失道，也不可君臣易位。辕固生反驳说，那如此说来，汉高祖刘邦代秦以即天子之位，那也是非法的了。景帝处于两难境地，赞成哪一方，都很为难。如反对汤武革命，那汉家的天下就属逆篡，得之不正；如果赞成汤武革命，那以后汉家的天下也可以同样的理由被易姓革命夺去。景帝作为执政者，从维护汉王朝封建统治的根本利益的现实考虑出发，还是倾向于反对汤武革命。他说：“食肉不食马肝，不为不知味；言学者无言汤武受命，不为愚。”因马肝有毒，不吃马肝不能说不知味。把汤武革命比作马肝，学者不讲汤武革命也不为愚。于是结束了这场辩论，“是后学者莫敢明受命放杀者”。使得后来的学者都不敢明言汤武受命而诛杀桀纣之事，即对汤武革命不再讲了，否则，将招至祸害。在汉朝封建专制的威严统治下，学者罕言革命，这是受统治者强制的结果。
蒙文通认为，反对汤武革命的黄生不免流于世俗之言，而坚持汤武革命说的辕固生则能守孟、荀之统。即认为孟、荀、《齐诗》、辕固生一脉相承，都与《易传》提倡之汤武革命说为同道。辕固生治《齐诗》，今文《齐诗》学有“五际”说，认为卯、酉、午、戌、亥当阴阳终始际会之时，政治上就必然发生大变动。蒙文通引纬书以述《齐诗》之“五际”、“四始”说，其所谓“五际”说出自《春秋纬·演孔图》之《汎历枢》，而“四始”说则出自《诗纬·汎历枢》，其所论都保存在纬书里。蒙文通认为，晚清变法派为了急于变法，过分谈《春秋》，其《公羊》学以孔子改制说为理论指导，宣传变法，然而，《公羊》学所宣传的“改制”之义，仅相当于《齐诗》“五际”说中的较低层次的“革政”，还未能达到 “五际”说中的“革命”之说，即未能恢弘“革命”之旨。以《齐诗》的“五际”说来批评晚清《公羊》学的“改制”说，认为“革命”的理论依据在西汉今文《齐诗》学中就可找到，并引纬书作论据，这反映出蒙文通经学思想一定的局限性。
蒙文通认为，由于“革命”之说不著，使得公羊“三世”说盛行，而《齐诗》的“五际”说也湮没无闻。在蒙文通看来，自辕固生到孙盛，“革命”说其实未断，《齐诗》、《京易》中所言“革命”之说可补《公羊》学之所未备。甚至认为即使像翼奉、干宝这样的人物，其思想学识也超过董仲舒甚远。其实董仲舒在当时并非不讲“革命”说，他的“有道伐无道”思想，就是在新形势下，对“汤武革命”说的继承和发展。
尽管对蒙文通的思想有一些可议之处，但他在经学研究中，把经学与政治紧密联系起来，以阐发今文《齐诗》、《京易》学之“革命”说，这体现了蒙文通经学与政治密切联系的特点。
除此之外，蒙文通还通过论井田、辟雍、封禅、巡狩、明堂等政治思想，来阐述今文学“万民一律平等”的思想。这也是蒙文通经学与政治紧密联系思想特色的表现。他认为在井田、辟雍、封禅、巡狩、堂等政治领域，均体现了今文学万民平等的思想。蒙文通在经学研究中，以治经的形式来阐发儒家之革命论、平等说，把经学与政治紧密结合起来，这体现了蒙文通经学的一个突出特色。
（五）随时代发展而变化
蒙文通经学思想随时代发展发生了若干次变化，前后不尽一致。其中主要有三次变化，到晚年又在第三变的基础上多少有些转化。以下对蒙文通经学发生的变化加以探讨，以弄清蒙文通经学的脉络和框架，探索其思想随时代变迁而受到的影响。这也是其经学特点的表现。
1.倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古
蒙文通经学的第一变是倡鲁、齐、晋之学，以地域分今、古。以地域分今、古文经学的思想创自廖平。廖平在其代表著作《今古学考》中，以鲁学为今文经学，以燕赵学为古文经学，而以齐学为掺杂于今古之间。蒙文通对此思想加以发展，并提出己见，而倡鲁、齐、晋之学。他说：
乃确信今文为齐、鲁之学，而古文乃梁、赵之学也。古文固与今文不同，齐学亦与鲁学差异。鲁学为孔、孟之正宗，而齐、晋则已离失道本。齐学尚与邹、鲁为近，而三晋史说动与经违，然后知梁、赵古文，固非孔学，邹、鲁所述，斯为嫡传。……丁卯春初，山居多暇，乃作《古史甄微》。戊辰夏末，又草《天问本事》。则又知晚周之学有北方三晋之学焉，有南方吴楚之学焉，有东方齐晋之学焉。乃损补旧稿以为十篇，旧作《议蜀学》一篇并附于末。……文通幼聆师门之教，上溯博士今文之义，开以为齐学、鲁学，下推梁、赵古文之义，开以为南学、北学。推本邹、鲁，考之燕、齐，校之晋，究之楚，岂敢妄谓于学有所发。使说而是，斯固师门之旨也；说之非，则文通之罪也。
在这里，蒙文通把其师廖平所说的以燕赵学为古文经学的观点改为“古文乃梁、赵之学也”，而认为今文学来源于鲁学、齐学，是合鲁、齐之学而成；古文学依据三晋学而立，来自晋学，所以对今、古文经学均要超越，以复先秦齐、鲁、晋学之旧。他在《经学抉原》里具体作了论述：
今文之学源于齐、鲁，而古文之学源于梁、赵也。……古文之学来自梁、赵，孔氏学而杂以旧法世传之史，犹燕、齐之学，为孔氏学而杂以诸子百家之言，其离于孔氏之真一也。……井研先生以今学统乎王，古学帅乎霸，齐、鲁为今学，燕、赵为古学，详究论之，赵魏三晋为古学。……今文之学，合齐、鲁学而成者也，古文学据三晋学而立者也。今古学门户虽成立于汉，然齐、鲁以并进而渐合，晋学以独排而别行，则始于秦。言今、言古，终秦汉以后事，皆无当于晚周之旨也。
