第二部的电影内容更加简单了，里面就讲述了人类首先发起了战争，接着机器人忍无可忍之下发动了反击。
整个战争在开始的时候，人类占据着优势，通过本来就拥有的军事实力，人类直接就对机器人的基地01开始了轰炸。但是效果却不明显，接着机器人的反击就正式开始了。
机器人利用比人类更先进的科技，将人类打得节节败退。人类最好迫不得已祭出了最后的法宝，那就是摧毁天空。
在下面的镜头里，李翔看到了人类的高层多么的为自己办法而感到高兴，还有人类的士兵为即将失去的天空而感到悲伤，不停的通过自己的方式进行忏悔。
接下去李翔就看到了整个摧毁天空的计划，这个叫作“黑色风暴”的计划。
看着天空慢慢被遮盖，李翔的心里也慢慢变得沉重，这都人类自己造的孽啊。但是李翔心里也明白人类也不得不这样做，因为在之前他看到机器人的势力已经利用经济慢慢开始影响人类的世界，如果人类不通过改变的话，那么他们在地球上的霸主地位也会受到威胁，可是后来人类选择了用战争来进行改变这一错误的选择，也将人类带入了绝境。
在看到这里的时候，李翔发现人类飞机上的技术居然还是之前机器人制造出来的“内暴向量线圈”，这说明了人类失败已经在所难免了。战争的双方中其中一方居然还在使用着对方很早以前就拥有的科技为主要装备，那么双方的差距可见一斑了。
李翔的猜想在之后的内容中得到了正式，还在使用着老式武器的人类，在机器人不断升级的高科技武器的攻击下节节败退，最后死伤惨重，哀嚎遍野。
接着战争的镜头就这样结束了，画面一转变成了机器人如何研究人类。通过机器人的动作，李翔可以看出这就是人类和机器人新的关系的起源和矩阵的起源，早期的矩阵就是在这时候出现的。
也就在矩阵形成的时候，人类与机器人签订了条约，自愿将自己的身体交给机器人控制。
在机器人在条约上签字后，前来谈判的机器人自爆了，包括他自己在内的，以及在他面前的人类领导人都在这次爆炸中烟消云散。
值得一提的是那张合约也在这次爆炸中灰飞烟灭了，因为这张合约其实已经没有意义了，全人类都要在机器人的控制下了，那么这张合约也仅仅是一张普通的纸而已。
这里最讽刺的就是，这次他们谈判的地点就是在联合国的总部，当上次机器人来的时候，他们是以和平使者的身份来到这里，而这次机器人是以胜利者的姿态来到这里。本来人类可以改变这一切，但是他们的选择让他们不得不面对这样的结局。
电影的最后出现了一个小男孩在废墟下嬉戏的镜头，这也预示了矩阵正式形成了。
随着电影的结束，李翔重重的松了口气，因为之前电影中的镜头都太真实了，压抑的让李翔游戏喘不过气来。
“这是想告诉我们什么？人类是多么的邪恶，矩阵的起源，还是他们有多么的强大？”这时候杨林出声问道。
“也许都有。”石晶回答道。
不管身边的两人的交谈，李翔继续看着屏幕，好像想要看穿什么东西一样。突然李翔看到石晶的那台还放在桌子上的电脑出现了系统崩溃，还在系统核心里对其他文件进行破解的电脑现在开始出现了乱码，而且对文件的破解也一点进度都没有。看到这个情况，李翔对石晶叫道：“你的电脑出问题了。”
“什么？”听到李翔的话，石晶惊疑的转头看向了电脑，发现真的如果李翔所说的，于是也带着惊讶语气的说道：“怎么会这样？”说完就对着电脑重新进行了操作。
看到石晶的情况，李翔想到了一个可能，于是赶紧问道：“那个漏洞是你自己找到的还是突然出现的？”
“当然是突然出现的了，不然我怎么能……”说到这里石晶顿了下，好像醒悟了般惊叫道：“日了，被摆了一道，看来这是系统之前就有预谋的。我说怎么一进去很轻易的就破解了这两个文件，而其他的都破解不了，原来是系统故意给我留的。”
“那他故意给我们看这些东西是什么意思呢？”听到石晶的话，杨林问道。
“就是你说的那样，让我们看人类的邪恶和机器人的强大。”李翔回答道。
“他们的目的是什么？炫耀自己吗？”杨林继续问道。
“给我们一个重新选择阵营的机会。”这次李翔没有回答，石晶就抢先回答道。同时她也把自己的电脑重新放回了自己存储器，显然她已经将自己的电脑安全脱离了系统的控制。
“人类根本就不值得你们这样去帮助，你们本来可以不用冒着危险与我们作对，你们应该有着更美好的人生。”就在石晶把话说完的时候，李翔听到自己的身后响起了一个声音。
听到这个声音，李翔警觉的转过头看向了身后的门口，出现在眼前的正是李翔现在最不愿意看到的人史密斯。
而李翔这次终于有机会用数据眼看到史密斯的身体，发现也是由李翔所看不懂的代码组成的，觉得没有什么收获，李翔于是换回了正常的视线继续看着史密斯。
“恭喜你又换了一副新皮囊。”李翔带着讽刺意味的说道。虽然不愿意见到，但是人已经出现在眼前了，李翔只能上去面对。
“谢谢。”对于李翔的话，史密斯一点都没有感到生气，反而对李翔的话表达了感谢。
通过史密斯的话语，李翔可以明显的感觉到，史密斯那富有感情的语气，也可以肯定史密斯在这次系统的大修改下，仍然保留着感情。
“找我们有什么事吗？难道你觉得现在身体不合适准备再找一个吗？”李翔现在不放过任何一个可以打击史密斯的机会。
“等你们做了选择后，我会考虑的。”史密斯看着眼前的三人，阴测测的说道。
听到史密斯的话，李翔露出了一个微笑，接着转头看了看站在两边的石晶他们，而石晶他们也同李翔一样露出了一个笑容。看到他们的笑容，李翔知道这就是最好的回答，于是李翔转回头看着史密斯说道：“我想答案你也应该有了吧。”
看到李翔他们的动作，史密斯已经知道了答案，也不需要李翔他们再做具体的回答。于是故作遗憾的叹了口气，接着慢慢的拿下了一直戴在眼睛上的墨镜，拿在手上进行随意的把玩，同时对着李翔遗憾的说道：“很遗憾，李翔先生，本来有条光明大道给你走，但是你没有选择，反而要走那些奇怪的哺乳动物才走的路，和上次一样的回答一样，我尊重你的选择。”
“废话少说，拿出真本事再来这里装B吧。”杨林首先忍不住了，在听到史密斯的话，他知道战斗马上就开始了，于是不等史密斯继续说下去，直接就跑上去准备攻击，他的想法很简单就是准备先发制人。
这次杨林选择的战斗方式是近战，因为他也知道现在的史密斯已经不是普通的枪械可以杀死的，与其用枪做着无用功，不如直接上去，与对方速战速决。
不过杨林也没有傻傻的冲上去，他在接近对方的时候手中的枪也没有停止射击，利用子弹给自己开路。
可是史密斯现在的实力已经与之前不可同日而语，即使杨林冲到了五米的距离，史密斯还是可以轻松的躲过去。而且让所有人惊讶的是，在杨林接近到史密斯的时候，对于那些自己已经没办法躲过的子弹，史密斯甚至躲都不躲直接就用身体硬接了下来，唯有在射击他的几个人类构造里常见的弱点的时候，史密斯才抬起手臂去防御子弹。史密斯的手也和他的身体一样，无视了子弹的攻击。
虽然没有造成伤害，但是史密斯也因为子弹的影响一时没有办法攻击冲过来的杨林，而杨林就靠着子弹的掩护成功接近了史密斯，接着不等史密斯有所反应直接进入自己的加速时间，瞬间就来到了史密斯边上，接着在对方没有反应过来的时候就把枪顶在了史密斯的脑袋上。
“在躲躲看。”看到局势已经被自己控制，于是杨林带着戏虐的笑容对着史密斯说道。
但是史密斯的表现却出乎大家的意料，史密斯头也不回的带着阴森的语气说道：“原来你的战斗方式是这样的，我记下了，希望你下次能有其他的方式，不然我想下次就是我把枪指在你头上了。”说完史密斯还夸张的笑了起来，一点都不把顶在脑袋上的枪放在眼里。
“那就等到下次吧！”杨林看到史密斯嚣张的样子就觉得自己受到了轻视，于是恶狠狠的说道。
“我已经开始期待了。”史密斯冷酷的说道，接着对着面前的李翔莫名其妙的说道：“谢谢。”
对于史密斯莫名其妙的话，杨林也搞不明白是什么意思，不过现在不是想这些的时候，于是最后对着史密斯说道：“一路走好。”说完杨林就扣动了板机。
随着一声枪响，史密斯再次倒了下来，但是这次李翔可以明显的看到史密斯死后并没有在倒下去的瞬间就变回原形，而是继续对着李翔呲牙裂嘴，直到落地了，史密斯才在一阵电弧中变回原形。
