不久，海都果真反叛。忽必烈一方面检阅军队，准备出征；另一方面又派户部尚书昔班前往晓谕，命他罢兵来朝。昔班来到海都军中，讲明祸福利害，海都愿意俯首听命。不料朝廷丞相安童出师迅速，打败了海都的部下火和大王，并夺了全部辎重。海都得到消息后打算暂时退兵，临走前对昔班说：“我本不难把你杀掉，但念我父亲曾跟你读过书，不能下此毒手。请你转告皇上，安童攻我部将，过失在他，并不是我的罪过。”其实海都当时尚惧怕忽必烈势力强大，不敢冒然动手，故采取以退为进的策略。海都避其锋芒之后，又抓住时机大举进攻，他的军队剽悍异常，多次打败中央军队。忽必烈命皇孙甘麻喇率大将土土哈等与海都鏖战于杭爱山。在薛灵哥河（今蒙古色楞格河）甘麻喇被打得大败。幸亏土土哈率领钦察军奋力死战，甘麻喇才得杀出重围。但哈喇和林已陷于敌军之手。忽必烈见局势严重，决定亲征海都。于至元二十六年（1289年）七月从上都出发来到漠北。但海都的军队却早已闻风逃跑了。忽必烈起用老将伯颜镇守哈喇和林，以防止海都再犯。
伯颜镇守北边数年。对海都仍然采取铁连的策略。海都异常狡猾也不敢轻举妄动，几年来，北边无大事，于是有人向忽必烈进谗言说：“伯颜久居北边，与海都通好，因而无尺寸之功。”忽必烈疑信参半，下诏皇孙铁穆耳取代伯颜守北方，以太傅玉昔帖木儿为辅弼，令伯颜退居大同，另行安排。玉昔帖木儿还未到达，海都又趁人事变动，军心不稳之机，又发动进攻。伯颜告诉玉昔帖木儿说：“请你稍安勿躁，待我翦灭海都，你再来不晚。”伯颜采取诱敌深入围而歼之的办法与海都大战七日，且战且退。但诸将认为伯颜怯敌，愤愤地说：“将军如害怕海都，何不把兵权交给太傅？”伯颜说：“海都孤军深入，非常谨慎、怕中埋伏，若行到半路就打击他，他必然会逃跑，只有诱敌军深入，才能一战擒敌。海都计谋多端且兵力精强，诸位要想速战速决，是无法取胜的，但是诸将说什么也不听，非要伯颜纵军出击，海都见势不妙，立刻撤军。海都退兵后，伯颜把玉昔帖木儿邀至军中，交出带兵的符节，然后来到大同待命。后来忽必烈知道他含冤蒙屈，便召他还朝，官复原职，仍旧统领军队。
至元三十一年（1294年）雄才大略的忽必烈驾崩，海都的叛军仍盘踞北部。平叛的重担落在了他的汗位继承人——皇孙元成宗铁穆尔（1294年—1307年在位）的肩上。
大德元年（1297年）忽必烈信赖的北方名将土土哈一病不起，他儿子床兀儿袭领了父职。床兀儿少年气盛，频频出击海都及其帮凶笃哇。对方也不断进击，双方互有胜负。笃哇遂转移目标率军偷袭驸马阔里吉思防守之区。阔里吉思一面整军御敌，一面通知相邻的三个戍守将领，让他们率兵会剿。然而那三名将领长夜聚饮，已经烂醉如泥，无法带兵出征。阔里吉思以寡敌众，欲逃不能，被叛兵擒获。只因为他是皇帝的爱婿，才未被杀害。但朝廷军队受到重创。成宗铁穆耳下令逮捕了玩忽职守的三名戍将。不久，平叛有了重大转机。原来追随海都的诸王药不忽儿、兀鲁思不花与大将朵儿朵哈，率领一万二千叛军倒戈投降了中央政府。但铁穆耳恐怕其中有诈，派人监视他们的军队。兀鲁思不花得知消息后，认为铁穆耳如此不信任自己，一怒之下，纵兵抄掠哈喇和林。铁穆耳得知消息不动声色，等他们来朝觐时，突然将他们拘捕，并准备将两次叛逃的朵儿朵哈杀一儆百。朵儿朵哈哭诉愿去打败叛军以赎罪，药不忽儿也请求同行，以立尺寸之功。铁穆耳见两人的确悔罪意诚，又因二人久在边陲，熟悉海都内情，便同意了他们的请求。海都的部将笃哇、阔里吉思获胜后引兵回营时，在哈喇火州（今新疆吐鲁番）渡河时，遭到朵儿朵哈的突然袭击。笃哇猝不及防，被杀和溺死在水中的士兵不计其数。笃哇的妹婿也在仓皇逃跑中被俘。笃哇领着残兵败将回国去了，此后，由于长年征年，双方伤亡惨重，消耗巨大，战争又处于相持状态。双方都在重新聚集力量，准备决一死战。成宗铁穆耳原以宁远王阔阔出镇守北方，因为他指挥无方，改令皇侄海山为漠北总戌，悉心防御。海都、笃哇等人也秣马后兵，打算一举颠覆中央政府，自己取而代之。大德五年（1301年），海都、笃哇倾巢而出，以前所未有的规模侵入帝国境内。窝阔台、察合台两系的宗王也有四十多入跟从入侵帝国。海山亲自披甲上阵，率床兀儿等五支军队出击。双方激战于哈喇和林附近，钲鼓震天，旌旗蔽臼，杀声聒耳，高原震栗。海山部将阿失见笃哇纵马驰骋，旁若无人，便弯弓搭箭，尽力射击，不偏不倚，正射中了笃哇膝盖。笃哇疼痛难忍，号哭着逃走了。海都势单力孤，不敢恋战，只得鸣金收军。
海都苦心孤诣，十年经营，实指望这次大获全胜。不料竟以失败告终。他愤恨天下，悒郁成疾，不久便死去了。海都将兵勇敢，治民宽仁，他死后士兵们异常悲痛。据说他自称兵反叛以来，经过41次大小战役，几乎战无不胜。他统率的士卒久历行伍，在蒙古人中也以剽悍勇敢著称。
海都死后，他的四十个儿子争夺嗣位，内部一片混乱，后经笃哇等人居中调停，长子察八儿才得继位。笃哇自知难与中央政府抗衡，力劝察八儿止兵息戈，向成宗铁穆耳纳款投诚，以结束成吉思汗子孙自相残杀的战争。其他诸王也已厌战，于是笃哇与察八儿联袂上书，请求成宗宽恕以往之罪。成宗正为战争弄得焦头烂额而茫然无计，见笃哇等翻然归服，喜不自禁，当即下诏嘉奖，妥善安置。这一场历时两代长达几十年的内乱方告结束。
11.明英宗被俘失位再复辟
土木堡之变，明军被蒙古也先军打得大败，率军亲征的明英宗也被俘虏。
英宗被俘之后，十分后悔，心想：当初要不听宦官王振的话，我不会亲征，也不会落到如此境地。不过，蒙军统帅也先对待英宗很客气，没有折磨他，把他软禁起来，好吃好喝好招待。也先对英宗如此，有他的打算，他想借此机会，可以从明朝取得领土和赔款。
但是也先想错了，明朝中也有高人，他们早已看穿了也先想把英宗当作人质，从中获得好处的野心。为了断绝也先的想法，许多大臣纷纷主张英宗的弟弟郕王朱祁钰继位。但是郕王朱祁钰也有自己的想法：兄长只是也先的人质，如果我仓促继位，兄长回来之后，我是否让位呢？还有如果我在兄长有危险之时，不是前去营救兄长，而是登基，会不会有人不服呢？考虑到这些，朱祁钰一再推辞，不继位。
后来，朝中大臣于谦联合一些要臣联名上书给皇太后，陈述道：“国不可一日无君，也先掠走皇帝，无非是想从我大明朝捞取好处，为了断绝野心，应早立皇帝。臣等愿意为郕王效忠。”皇太后也是明事理的人，她看过奏折后，心想：也只有先让朱祁钰继位，才是上策，也先也未必敢加害于英宗。于是皇太后传旨，朱祁钰做了皇帝。
朱祁钰做了皇帝后，有的大臣主张，应该立即出兵，攻打也先，报土木堡之仇。但是遭到许多大臣的反对，他们认为也先刚刚取胜，士气正旺。而且带兵前去攻打，以疲劳之师与敌人交战，处于劣势。不如养精蓄锐，等待时机。朱祁钰也同意后者，他想：我刚一继位，如果即刻出兵，万一打了败仗，不仅我的尊严全无，而且我明室江山也难保啊！
也先万万没有想到明朝竟然没有派使臣前来交涉，他还想在英宗身上捞取好处呢，没想到英宗成了一个毫无价值的皇帝。也先想杀了英宗，但被手下的大臣劝阻，这位大臣说道：“朱祁镇，现在毫无价值，杀了他也没有意义。明朝既然没有派使臣前来，证明朱祁镇对他们来说已经不太重要了，即使杀了他，也不会引诱明军前来作战。我们倒不如退一步，把朱祁镇放了。我们可以想像一下，一国有两位国君，必然会产生矛盾，而朝中一些大臣也各有所向，这样朝中一定会起内乱。到时候，我们可以乘机攻打明朝领土，夺取他们的江山，那岂不更好！”
也先听后，非常高兴，便派人把朱祁镇带到殿上。也先对他说道：“你带大军伐我瓦剌，我们也是不得已而为之，还望你多多谅解，不要因此事而伤了我们的关系，为了表示我的诚意，你可以写一封信，我派使者给你们朝廷送去，让他们亲自来接你回皇宫。”
朱祁镇简直不敢相信自己的耳朵，他做梦也没有想到也先会放自己回去，立刻给自己的兄弟写了一封信。
也先派使者把信送给了朱祁钰。朱祁钰看完之后，他呆呆地愣住了。自己当初的为难之事出现了。如果把自己的哥哥接回来，自己是让哥哥做皇帝，还是不让呢？如果让他重新做皇帝，自己脸面无处放，而且这种“惟我独尊”的生活也一去不复返。如果不让哥哥做皇帝，自己也没有理由可说。朱祁钰左右为难，他的母亲看出了他的心事，对他说道：“皇儿，你们毕竟是兄弟，应以国体为重，不能让别人看笑话，还是先把你的兄长接回来再说吧！”朱祁钰点头答应了母后。
朱祁钰派人去迎接自己的哥哥回宫，但他已下定决心，哥哥回宫之后，不让位，而是把他软禁起来。
朱祁镇见到自己朝中来人了，非常高兴，他没有想到自己还可以活着回去。他高兴极了，但是他也想到了，一个国家有两个皇帝，弟弟会让位给自己吗？如果弟弟不让位，我该怎么办呢？
英宗正想着，不知不觉来到了紫禁城的东门，朱祁钰亲自迎接哥哥，二人互跪行礼。朱祁钰早已吩咐好了，吩咐轿夫把轿子抬到南宫。朱祁镇一愣，便说道：“我在外已一年多，我想去见一见母后。”朱祁钰答道：“兄长远道而来，还是先到南宫去安歇，待养足精神之后，再去拜望母后也不迟。”说完，向轿夫一挥手，便把朱祁镇抬进了南宫。
朱祁镇心想：南宫是皇子们读书的地方，平时无人居住，你让我住这儿，也未免太过分了吧，明日我见到母后，一定向她当面说明。
一路上，朱祁镇也确实很疲劳，睡了一个长觉，睁开眼一看，天已大亮。他想出宫，去看望母后和自己的妻儿，可守门的士兵不让他出去。朱祁镇大怒道：“你们心里还有没有我这个太上皇？”士兵回答道：“我们做臣子的也没有办法，皇上有命令，不允许您出宫，否则会杀了小人的！”朱祁镇听后十分伤心，他没有想到弟弟会如此对待自己。不要说见到母后、妻儿了，除了那几个士兵外，其他任何人都见不到。朱祁镇只好寂寞地住在南宫，整天无所事事，而且没有一点人身自由，他感觉到度日如年的滋味。自己在瓦剌做了一年多人质，已感到凄凉，而此时回到宫中，却依然被软禁，真是生不如死啊！
朱祁钰为了防止自己的兄长夺去他的皇位，他派心腹大臣去把守南宫，不让任何人接近朱祁镇。
朱祁钰对待自己的哥哥有些残酷，但是他做皇帝比朱祁镇要强得多。他把朝中的奸臣一一除掉，重用那些有才能的忠臣。在朱祁钰统治的几年里，国势开始有所回升，但是朱祁钰的身体经常生病，而且越来越重。
景泰七年，朱祁钰病情又有所加重，一连好几日都卧床不起。朝中大臣都议论纷纷，有的认为：朱祁钰没有儿子，应立太上皇之子朱见深为皇帝。有的则认为：太上皇朱祁镇回宫之后，朱祁钰就应该让位，如果朱祁钰一死，应该让太上皇重新做皇帝才合理。
众臣心里都有自己的想法，武清侯石亨心里也早有打算。石享是一个投机分子，他想借此机会捞到好处。
石亨想：现在皇上身体病得厉害，我何不把太上皇朱祁镇从南宫接出来，让他重新做皇帝，我不就是有功之臣了吗？石亨知道单靠自己是不行的，于是又找来两个密友：都督张轨和监军太监曹吉祥。石亨说道：“二位贤弟，如今皇上卧床不起，我想他没有几天了，我们何不趁此机会把太上皇接出来呢？皇上即使知道了，他也没有办法，他正病重，根本无心顾及此事。而太上皇在南宫度日如年，如果我们把他保出，他一定会感激我们，我们也可以从中得到许多好处，不知二位贤弟意下如何？不过事关重大，你们不管做与不做，千万不要对别人说，否则我的脑袋可就得搬家啊！”
这二位也都是投机分子，也都是武将，头脑简单，四肢发达，二人立即表示愿意一起干。曹吉祥说道：“我还想拉上一个人，此人足智多谋，一定会帮我们出谋划策，他就是徐有贞。”
石亨问道：“这个人我有所了解，但是不知可靠吗？”
曹吉祥说道：“此人和我关系密切，而且我也十分了解他。他是一个贪图享受的人，他是想得功名又不想出力的投机分子，他一定会与我们一起干的。”
三个人商议好后，便让曹吉祥去找徐有贞，徐有贞一听有这等美事，立即答应了，而且出了主意，先去南宫接太上皇，随后准备武装力量。
软禁朱祁镇已经7年了，朱祁钰又病重，所以很少有人再过问此事，对朱祁镇的看管也不如开始那么严了。曹吉祥一边掏钱，边向南宫走去，有钱能使鬼推磨，曹吉祥没有遇到麻烦，就见到了朱祁镇，把事情对太上皇都一五一十地讲了一遍。朱祁镇一听，高兴极了，他早就想离开这里，这里简直是地狱。他生性贪玩，而这里却没有任何可玩的地方，朱祁镇答应下来，曹吉祥起身告辞。
