太和元年（477）十月的一天，文明太后将李訢召进宫，逼他交代所谓企图外逃的罪行。李訢被太后的话弄得丈二和尚摸不着头脑，不承认这种莫须有的罪名。文明太后没容李訢辩解几句，就向宦官使了个眼色，范标就被宦官引到太后跟前。范标向太后行过礼，将背得滚瓜烂熟的所谓证词复述了一遍。这个意外的证词如同五雷轰顶，把李訢气得晕头转向，他没想到自己推心置腹的朋友出卖了自己！李訢瞪大眼睛，气愤地说：“既然你都诬陷我，我还有什么好说的呢！”然后将一口浓痰吐到了范标的脸上，悲伤地说：“都怪我认错了人，悔之晚矣！”
文明太后见范标很尴尬，便朝他挥挥手，示意他暂时退出殿堂，然后问李訢还有什么需要交代，李訢扬了一下头，没有表示。文明太后一声令下，卫兵手脚十分麻利地将他捆绑了起来，拖出殿堂。几天后，文明太后又下令：立即处决李訢和他的两个儿子李和、李令度。几天之后，文明太后又把与李訢关系不错的许多人一同杀掉。
消灭了献文帝的同党后，文明太后把斗争矛头指向了拓跋宏母亲李氏一家。
拓跋宏生母李氏是南郡王李惠的长女，18岁那年被选人东宫，献文帝即位后被封为贵人，天安二年（467）生下皇子拓跋宏。两年之后，在拓跋宏被议定立为太子后，文明太后带着痛苦的表情对李夫人说：“孩子，你也知道，我们老祖宗为了避免中原王朝母后干政和外戚专权的祸害，早在代北的时候就立下了一条规矩，凡是后宫生下的皇子如果被立为太子，他的亲生母亲就要被赐死。我知道你还年轻，很爱孩子，但老祖宗的规矩不能更改啊！”李夫人无法抗拒这条极其残忍的规矩，只好含恨结束了年轻的生命。但李夫人的父亲李惠和李惠的弟弟李初、李乐，李惠的堂弟李凤以及李夫人的几个兄弟，在拓跋宏继承帝位后，很有势力，时刻准备操纵拓跋宏。李惠本人就很有作为，在任秦州、益州、雍州、青州刺史时政绩不错，断案如神，很受官员和百姓的尊敬和爱戴。李惠的存在，对文明太后是极大的威胁。文明太后也深知处理外戚要有合情合理的借口，要给他们定一个大臣们能够理解的罪名。一天，文明太后从一位回朝的大将那里得到了启发，决定诬陷李惠准备外逃刘宋王朝，给他定下叛国罪名。有了这个罪名，就会让他掉了脑袋。太和二年（478）十二月癸巳这天，文明太后以叛国罪名将李惠一家送上了断头台。
按说，文明太后在清除了异己之后，应精神振奋，心情舒畅，可她仍感到忧郁寡欢，无精打采。她年轻守寡，正是青春年华的大好时光，文成帝去世时她才24岁。她想永远操纵大权，也想满足生理需要，于是开始为自己寻找面首。
她首先找到的是王叡。王叡字洛诚，自称太原晋阳人，祖先在西晋八王之乱时迁到姑臧（今甘肃武威）。父亲王桥，通晓天文历法，在北魏平定凉州后到了平城。王叡从小跟父亲学习算命占卜，被当时还是太子的恭宗发现，提拔为太卜中散。文明太后再次临朝听政后，见王叡身材魁伟、仪表堂堂，便以找他算卦为名，把他召进后宫，使他落人圈套，成为自己的面首。从此以后，文明太后按时和他同床共枕，寻欢作乐。文明太后对王叡是很优厚的，先升他为给事中，又提拔他为吏部尚书，赐爵太原公，允许他参议国家军政大事。在太和四年（480），又把他提升为中书令、镇东大将军，封爵中山王。王叡的两个女儿出嫁时，均按照公主、王女的礼仪，接受大臣们的恭贺。文明太后把王叡的女儿当作自己的女儿看待，亲自到太华殿接见她们。当她们出嫁时，文明太后亲自送她们到半路。这种场面惊动了平城的千家万户，被人们称为天子、太后出嫁女儿。王叡对太后感恩不尽，愿为她赴汤蹈火，献出微薄之躯。为掩人耳目，文明太后总是在和王叡进行一番男悦女欢之后，开出一张物品清单，在夜深人静时命宦官悄悄地把物品拉到王叡家中。就这样，文明太后很快就让王叡当上了大富翁。
李冲是文明太后的另一个面首和私党。李冲字思顺，敦煌公李宝的儿子。李冲与王叡的阳刚恰好相反，他是一个深沉而又工于心计的书生。文明太后为了对他带来的温情、慰藉和欢乐表示感谢，一个月之内就对他赏赐了几千万，使家境贫寒的李冲在短时间内也成了一位富翁。不过，李冲并不是一个贪财人，他把这些财物大多送给了亲朋好友、街坊邻居，有时还分一些给乡村的平民百姓。俗话说，没有不透风的墙。文明太后和王叡、李冲的风流事再隐秘，还是传到了大臣们的耳中，宦官给他们送东西时的行踪再诡秘，也会让人知道。文明太后怕的是德高望重的元丕和游明根等人对她的行为说长道短。为了堵住他们的嘴，在给王叡、李冲财物时，也少不了给元丕和游明根一份；给王叡建造一座豪华的住宅时，也没忘了给元丕建造一座。新宅落成时，她还率领文武大臣前去剪彩，并暗中塞给元丕一颗金印。为了皆大欢喜，文明太后提笔撰写了一首《劝诫歌辞》送给大臣。在大臣们的一片喝彩声中，她感情冲动地说：“臣哉邻哉，邻哉臣哉；君臣和睦，天下太平。”“君臣和睦”实际上是要求大臣们团结在她的周围。
文明太后在与面首打得火热的同时，又在宦官当中培植自己的心腹，发展自己的私党。于是她便把在宦官中精心选择的赵黑、剧鹏、李丰、王遇、抱嶷、苻承祖、李坚等人作为她的私党。
文明太后有了关心和保护她的面首，又有了效忠于她的宦官心腹，还有听她摆布的小皇帝，她当然无所顾忌，一手遮天。
但是，随着时间的推移和政权的稳固，文明太后很有自知之明，她明白早晚有一天，也会像普通人一样离开人世，于是，她时常考虑为自己选择一块比较中意的地盘作为自己的阴宅。一日，文明太后游性大发，在文武大臣的簇拥下到了方山。她站在山顶，略带感伤地对大家说：“我死以后，你们把我安葬在这里就行了。”聪明的小皇帝拓跋宏一回到平城就下令为她在方山建造陵墓，在陵墓的南部建永固石室。太和五年（481）开始动工，太和八年（484）全部竣工。
文明太后知道，在她离世以后，冯家的显贵地位必然跌落。文明太后焦虑之中想出了一条妙计：把侄女召进后宫，在适当时机立为皇后，继续保持冯家的权贵地位和冯氏政权的连续性。可是她的两个侄女很令她失望，其中一个入宫不久就染病死亡，另一个也因身体欠佳，只好皈依佛门。不过，文明太后的心血没有白费，她死后，她的另外一个侄女和当尼姑的侄女都先后当了皇后。遗憾的是，她们都没有像她那样时刻为冯家着想，更没有她那般强烈的使命感和责任感，结果姊妹之间发生内讧，自取灭亡。
（5）改革政治实行“三长”
鲜卑族入主中原后，本身带有许多落后的习俗和制度。文明太后作为一个汉族女子，虽进了北魏后宫，对那些落后的制度是看不惯的。然而，在没有实权的情况下，她也无可奈何。当她毒死献文帝，再次临朝后，就萌发了一种变革的念头。承明元年（476），她先做了一次尝试。这年二月，有关方面的官员要求对管理太庙内献文帝神主的执事官赐给爵位。按照先例，这些官员的要求合情合理，可文明太后却板起面孔对他们说：“今后讨论任何事情都应依照‘古典正言’，不准遵循什么先例！”大臣们听后无言以对。这次尝试的成功，令她充满信心，开始精心设计全面改革方案。
北魏几乎各级官吏都截留国家赋税，中饱私囊，有的竟和商贾互相勾结，利用征收租调之机，向老百姓百般勒索，大发不义之财。文明太后临朝听政后，对这些现象了如指掌。按汉制来说，对做官的应该发给俸禄，可北魏初期百官都没有俸禄。这是因为战争频繁的北魏初期较容易解决，战争结束后按功劳大小和品爵高低分配战利品就能基本满足他们的要求。但是，到太延五年（439）拓跋焘统一北方，战争日益减少，靠掠夺很难满足需要了，大部分官员便大肆贪污公物，血腥榨取民脂民膏，致使民不聊生，怨声载道。文明太后觉得最好的办法是给百官一定的俸禄，如果他们有了俸禄，一般就不会再贪污了，也不会变换手法向百姓勒索了。文明太后还认为，对那些贪婪成性、恶习不改的人，必须严惩；只有严惩，才能保证法律的严肃性和权威性。于是便在太和八年（484）开始实行班禄，给了俸禄后，如果再有贪赃枉法者，只要够了一定数目就要处死。条例颁布后，文明太后对40多位利欲熏心以身试法的官员判处了死刑。拓跋宏也积极配合奶奶的行动，亲自审问大贪污犯秦益二州刺史李洪之。
文明太后在严惩贪官污吏的同时，看到了北魏另一些严峻问题。当时，豪强兼并了山林沼泽，而平民百姓无地可耕，致使大量土地得不到开发和利用，豪强地主则成了与国家争夺劳动力的强大势力和武装反抗中央的独立王国。在这种情况下，北魏经常出现平民百姓因争夺土地而发生争斗和无法维持生计而武装暴动的反抗事件。如何解决这些问题？文明太后认为只有推行均田制才能解决上述问题；只有建立三长制才能保证均田制的顺利推行。这时，由李冲出谋划策，提出了改变“宗主督护”制度，建立“三长制”的具体方案。“三长制”建立后，国家可以有组织地搜刮隐漏户口，扩大编户齐民，顺利推行均田制。随着“三长制”的建立，地方隐漏户口被查出，文明太后又全面推行均田制。文明太后考虑到当时普遍实行休耕法，有的需要两年或三年轮种，因而授田数量相应增加一倍或两倍。文明太后把这部分土地，叫做倍田。受田的良民到了不能劳动或者死亡时，要把土地交还给国家，如果失去奴婢和牛也要交还其所受土地。奴婢也可以按规定得到如数桑田。这些桑田必须在三年之内种完，如果到期种不完，国家则要索回。土地不足之处，桑田包括在倍田数中。所有的桑田都是“世业田”，可以世代相传，不必交还国家，不够规定数额的可以买够规定数额，超过规定数额的可以卖掉超额的那部分。对那些残、老、少、寡妇需要照顾，11岁以上和癃者授给一半土地，70岁以上的老人不必交还所授土地，没有改嫁的寡妇不仅授给妇田，而且还免征课税。她还根据全国人口密度不一的实际情况，制定了关于“狭乡”和“宽乡”的具体政策。文明太后进一步考虑到，罪犯和绝户人家的土地先收为公田，将来作为授受之用，然后按照宗法统或者送给他们的亲人，或者借给他们的亲人。增加了人口后，按照先贫后富的原则授给他们土地。各级官吏是文明太后统治全国的大小支柱，太后当然不会亏待他们，规定按官职高低分给公田：刺史十五顷，太守十顷，治中、别驾各八顷，县令、郡丞各六顷。官田不得买卖，否则将依法惩处。
（6）惩治贪官为民谋利
自从临朝听政以来，文明太后对宗室子弟严格要求。太和九年（485），她将拓跋宏的弟弟拓跋禧封为咸阳王、拓跋斡封为河南王、拓跋羽封为广陵王、拓跋雍封为颍川王、拓跋勰封为始平王、拓跋洋封为北海王，下令建立学馆，给他们提供系统学习的环境。文明太后还把她亲自撰写的从各个方面为北魏宗室子弟制定做人处事准则的300多章《劝诫歌》分发给他们，让他们反复学习，自觉遵守。
作为太后孙子辈的诸王一般能够接受她的思想，遵照她的教导，可作为与她同辈的诸王就不同了。怀朔镇将汝阴王拓跋天赐和长安镇将雍州刺史南安惠王拓跋桢都是文明太后丈夫文成皇帝的弟兄，在文明太后临朝听政时掌握一定权力。他们以老资格自居，对文明太后的话置若罔闻，贪赃枉法。文明太后对他们毫不客气，于太和十三年（489）把他们捉拿归案。有些大臣到太后面前为二王说情。文明太后没有理睬他们，当天就召集文武大臣讨论二王之事。文明太后厉声问道：“依你们之见，我是赦免二王毁掉国家的法律，还是大义灭亲维护法律的尊严呢？”大臣们跪到地下，异口同声地说：“二王是景穆皇帝的儿子，无论如何也应赦免。”文明太后摇摇头，宣布休会。
大臣们退出后，文明太后陷入了极其矛盾之中。她想到统治北魏皇帝需要这些文武大臣们的鼎力相助，不可轻易得罪，而如不严惩二王，必然滋长腐败势力，引起下层的普遍不满，给社会增加不稳因素。次日清晨，文明太后决定采取折衷方法，既照顾宗室和大臣的情绪，又教训二王，便通过孝文帝颁布了一份诏书：“二王虽然犯下了十恶不赦的罪行，但太皇太后念他们是高宗的兄弟，况且南安王又是远近闻名的孝子，免他们一死，只罢免他们的官爵，禁锢终身。”过了几天，文明太后了解到中骑常侍阎文祖在到长安调查南安王犯罪事实时，曾接受南安王的贿赂，为他掩盖罪行，便对大臣们气愤地说：“阎文祖以前经常自吹如何清廉，没想到他竟敢做这种知法犯法的勾当。由此看来，知人知面难知心啊！”说完，下令立即罢免阎文祖。
