年已54岁的秦良玉慷慨誓众，率军昼夜兼程，再次驰援京师，屯兵宣武门外。时值国家经济困难，根本无力支付军饷，良玉散尽家财以济，日夜兼程，赶赴京师。秦良玉虽然只有数千“白杆兵”，但当年浑河血战扬名，令满洲兵忌惮。不久四镇相继恢复，明军上下通力合作，皇太极担心遭首尾截击，在“白杆兵”及明军的强大压力下，不得已放弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去，秦良玉再建“首功”。
解围京都之后，崇祯帝深为良玉的忠勇奋战和尽忠国事的精神所感动，特意召见秦良玉，优诏褒美，封其为镇东将军，并赋诗四首赞美她的功绩。
第一首：
学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
第二首：
蜀锦征袍自裁成，桃花马上请长缨。世间多少奇男子，谁肯沙场万里行！
第三首：
露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
第四首：
凭将箕帚作蝥弧，一派欢声动地呼。试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
“凭将箕帚”一句，原文为“扫胡虏”，其玄孙马宗大在乾隆时为避祸，把“扫胡虏”挖去，代以“作蝥弧”三字。崇祯皇帝有生之年，国难频发，很少有闲情逸致吟诗作赋，迢迢西南边陲的一位女土司，竟能得到皇帝面见赐诗，秦良玉当属古往今来第一人。
崇祯六年(1633年)，满洲军兵退之后，秦良玉率石砫兵回乡，其侄秦翼明留守京师近郊，护卫筑城，大凌河城建筑完毕之后，翼明奉命撤兵还镇。良玉深感崇祯赠诗之恩，特意在土司署内建楼一座，计七楹三层，高六十余丈，名“玉音楼”。将崇祯所赠之诗刻板，供奉楼内。玉音楼与帅忠堂相互依印，显得更为雄伟壮丽。
崇祯时，明王朝可谓危机四伏，病入膏肓。李自成、张献忠领导的义军烽火，燃遍了中国大地。由于当时张献忠、罗汝才等九路人马自湖广进攻四川，明廷诏令秦良玉不用再出兵援剿，负责守御川地，“专办蜀贼”。1634年，张献忠入川，攻破夔州(今重庆奉节)，兵围太平，秦良玉提兵赶至，与回川的儿子马祥麟前后夹击，张献忠退走湖广。
1640年，罗汝才犯四川，秦良玉领兵前来，敌军不战而逃，秦良玉率“白杆兵”追击，在巫山和夔州重创罗汝才农民军。几场战役下来，秦良玉统领部下斩敌近万，获甲杖马骡无数。但是兵败之后的罗汝才与张献忠合兵反扑，四川受到了很大的威胁。
土地岭(重庆奉节草堂镇)一役，明军与张献忠部队激战，由于统帅指挥不当，三万“白杆兵”全军覆没，秦良玉单骑逃返重庆，遭遇平生未有之惨败。此役过后，川鄂交界地带32处隘口尽失，蜀中大乱。秦良玉去见四川巡抚邵捷春，答应再集兵二万，只要国家出资粮饷一半，她愿率军再与义军周旋对抗。但邵捷春与督帅杨嗣昌因争权集怨，不愿筹军，且仓中已无存粮，故拒绝了良玉的请求。良玉悲愤异常，忿忿然回到石砫。
从此明军形势急转直下，秦良玉也无力回天。三年之后，公元1644年春，张献忠再度挥师进川，大举进攻夔州。秦良玉深知四川形势危在旦夕，亲手绘制了全蜀形势、城池关隘、用兵险要、设障布防等详尽的军事作战图表，上呈巡抚陈士奇，希望官军能增兵坚守蜀地13处险隘。陈士奇昏庸无能，不予采纳。良玉并不死心， 又椎心泣血地向四川巡按刘之勃建议，刘巡按倒是同意她的计策，然国家实已势穷力竭，他本人手中无兵可发、无粮可增，良好的愿望只能化为泡影。
秦良玉无可奈何，仅以孤军于夔州迎战义军，结果溃败返乡。她的失败，标志着蜀地的沦陷。张献忠在攻克万县、重庆、成都之后称帝，建立“大西”政权。但遵义、黎州及秦良玉的石砫地区始终未归于“大西”。
崇祯十七年(1644年)三月，李自成攻入北京，崇祯帝上吊自杀，统治中国276年的朱明王朝，就此寿终正寝。秦良玉服孝痛哭，几次昏绝。张献忠向各地土司发送印信，各地土司大多接受。秦良玉接到印信，当众毁之，怒斥来者，“我的两个兄弟都为国战死，我一孱弱妇人蒙受国恩20余年，如今国家有难，我岂能以残余之年以事逆贼？！”随后，她召集部属郑重声明，“石砫一地有敢从贼者，诛灭全族！”慑于秦良玉威名，张献忠始终不敢入犯石砫。后来张献忠去世，秦良玉得以寿终。
不久，被明廷征调到湖广御敌的独子马祥麟战死于襄阳。他给秦良玉留下铁骨铮铮的遗言，“儿誓与襄阳共存亡，愿大人勿以儿安危为念！”秦良玉见到儿子的绝笔血书，泪如雨下，但随即擦干眼泪，挥笔写道，“好，好，真吾儿！”
相信看过《杨门女将》的观众都会记得，佘太君在杨府祝寿之时，沙场传来杨宗保死讯，其情其景何等类似。
1646年，清军攻占北京，大举南侵。72岁的秦良玉继续效忠于南明政权，毅然接受隆武政权“太子太保总镇关防”的官印，准备前往福建抗清，然郑芝龙叛变，隆武帝被捉，未能成行。
清顺治五年(1648年)，在西南颠沛流离的南明永历帝派人加秦良玉为太子太傅，授“四川招讨使”。当时秦良玉已74岁，久卧病床，但是见到信使前来，仍然瞿然而起，拜伏受诏，“老妇人朽骨余生，实先帝恩赐，定当负弩前驱，以报皇恩！”使者大喜，即刻回朝复命，可惜的是，几日之后，也就是五月二十一日，秦良玉因病抱恨而终，南明朝廷谥号“忠贞”。
秦良玉一生传奇色彩颇浓，抗金、抗清、平定叛乱，历经明朝三代君王，东挡西杀，功勋卓著。丈夫含冤屈死，秦良玉仍然痴心不改，一心为国，其忍辱负重，以大局为重的形象更似传说中的“杨门女将”。
秦良玉一生心向中央政府，忠贞不二，破家为国，数赴国难，至死不叛国，不降清，大义凛然，为历代仁人志士叹息称绝。秦氏和马氏二族，数年之间，死于国事者甚众，堪称忠烈。她的两个兄弟先后战死，自己的亲生儿子和几个侄儿一生为国血战，或死或伤，代价惨重。秦良玉死后，其孙马万年把她葬于回龙山。
可叹的是，如此女中豪杰，“文革”中墓地也不能幸免，被“红卫兵”砸墓挖棺，干出连满清政府都没能做出的令人发指之事。这些革命小将毁墓的原因，无外乎两点：其一，秦良玉是“土司婆娘”，出身“反动”；其二，她胆敢抵抗张献忠“农民起义军”，大逆不道。
历史终有公论，奥运会火炬接力图形所选的凤纹，就出自明朝廷御赐秦良玉的平金绣龙凤袍。秦良玉请缨抗清，威震四海，屡立战功，声名远扬，为后世传颂。
清代教育家李西讴有诗《吊秦良玉四川营遗址》，“金印夙传三世将，绣旗争认四川营”，四川营为秦良玉进京勤王兵营驻地。又有诗赞曰，“一旅勤王寡妇高，平如召见荷殊遭；未曾杨邵贻巾帼，特为江山赐战袍”，“料敌如神操胜算，裙钗一例合封侯”，“慷慨勤王大义伸，桃花马上走风尘；中原方镇知多少，不及将军一女人”。
清末女英雄秋瑾有一组感怀秦良玉的诗篇，读来别有一番滋味。
其一：
古今争传女状头，谁说红颜不封侯。马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
其二：
执掌乾坤女土司，将军才调绝尘姿。花刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
其三：
莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。吾骄得此添生色，始信英雄曾有此。
著名女作家谢冰莹，曾经充分表达了对这位巾帼英雄的敬仰与怀念：
秦良玉死了，他的哥哥邦屏、弟弟民屏、儿子祥麟、媳妇凤仪，都为国家壮烈地牺牲了！她虽是一位出身儒门的闺秀，可是志安社稷，爱国忠君。她生在多事之秋的明朝，国内有土匪流寇的骚扰，国外有满骑倭奴的侵略，多少文武百官，士大夫将帅，没有不为自己的名利在明争暗斗的，有谁像秦良玉一样，一生的精神，都拿来放在安内攘外，剿贼御侮上面呢？她一生为国家奋斗，为民族牺牲，她没有过一天舒服快乐
的日子，日夜在为战事筹划。一直到死，还念念不忘保存她的
石砫，这种爱国保家的精神，非但使后世的人永远赞美，永远
敬佩，更值得我们永远怀念，永远学习的！
秦良玉25岁开始平叛，50多岁两次北上抵抗后金，这与戏文中的穆桂英年少时大破天门，50岁挂帅平定西夏，有着某些类似。秦良玉与穆氏家族一样，与播州杨氏有着剪不断理还乱的关系。播州杨氏之败，与秦良玉有着密切的关系。历史上，女人被朝廷直接封以高官的现象非常少，封以军职的就更为罕见。秦良玉的故事一定为“杨门女将”的故事小说提供了某种样板。
如今，当人们乘长江轮东下漫游三峡，船过丰都快到忠县时，就会看到被誉为世界建筑奇迹的江上明珠——石宝寨。寨上所建的十二层楼飞阁内，供奉着巾帼英雄秦良玉的塑像。这里已成为海内外游人所景仰的三峡风光，每当人们登临览胜， 必然要瞻仰这位杰出的女军事家、巾帼英雄。秦良玉一生与传说中的“杨家将”一样，南北征战，建功无数，永远值得后人称颂和崇敬。
