在共产党方面，为了正式讨论和决定党的统一战线的方针等问题，决定召开党的代表大会。1923年6月中旬，中国共产党第三次全国代表大会在广州举行。这次大会以决定实行国共合作、为革命统一战线的建立作思想上理论上策略上的准备，而载入中国革命史册。在大会正式开会前，举行了预备会议，议决分工起草党纲、党章和各项决议案。瞿秋白主持起草了党纲草案。大会以共产国际于同年1月通过的《共产国际执委会关于中国共产党和国民党关系问题的决议》为依据，展开了热烈的讨论。三大正确地估计了孙中山的民主主义立场，也正确地估计了将国民党改造成为四个阶级（工人、农民、城市小资产阶级和民族资产阶级）的革命联盟的可能性。决定和孙中山为首的国民党建立统一战线，共产党员和社会主义青年团员以个人名义加入国民党，帮助把国民党改组为民主革命联盟。同时，保持共产党在组织上和政治上的独立性。
共产党员是否加入国民党？成为三大讨论的中心议题。以张国焘为代表的“左”倾观点，片面地强调共产党的组织独立和政治批评自由，而低估了国民党的革命作用，错误地认为共产党员加入国民党将会导致共产党的腐化，丧失独立性，因而反对共产党员加入国民党。瞿秋白、陈独秀、张太雷和共产国际代表马林不同意张国焘等人的意见，赞成全体共产党员加入国民党。
瞿秋白与张国焘之间的分歧，主要是两个问题：第一，关于中国社会性质和革命性质。当时全党对反帝问题没有原则的分歧，而对国内阶级结构的分析上，张国焘夸大中国资本主义的力量，忽视和低估封建专制主义的势力，只强调反对帝国主义，从而混淆了民主革命和社会主义革命的界限，混淆了敌友；瞿秋白充分估计了封建专制制度的统治，把反对封建专制主义的斗争作为民主革命的主要任务之一，就是说，中国民主革命既要反对帝国主义，也要反对封建专制主义。第二，关于联合的对象。张国焘认为中国的资产阶级是不革命的，所以无产阶级只能与小资产阶级联合。瞿秋白则认为中国目前的革命是资产阶级民主革命，所以要与资产阶级建立联合战线。
在关于国共合作的策略问题上，瞿秋白又与陈独秀的意见相反。陈独秀虽遵照共产国际指示赞成国共合作，但他又在共产国际影响下，片面夸大资产阶级和国民党的力量，轻视无产阶级和共产党的作用，忽视和放弃无产阶级的革命领导权。他从这种观点出发，对于瞿秋白主持起草的三大党纲草案作了不正确的修改。三年后，瞿秋白在《中国革命中之争论问题》一文中回忆说：
第三次大会的党纲，是我起草的，但是大会之后，独秀同志又修改了再付印的。除文字的修改外，其中重要之点是：（1）“此革命之中，只有无产阶级是唯一的、最现实的、最先进的、最彻底的力量，因为其余的阶级……”——改为“无产阶级却是一种现实的最彻底的有力部分，因为其余阶级……”之下还加了一句“一时不易免除妥协的倾向”；（2）原文“……不得农民参加革命不能成功”——改为“……也很难成功”；（3）原文“无产阶级应竭全力参加促进此民族革命，促醒农民阶级，与之联合，督促不彻底的资产阶级……”——改为“……督促苟且偷安的资产阶级”。我现在这种声明并非要标明独秀同志的错误，而是要客观的研究过去错误的来源。……当时确有一派同志，无意之中承认资产阶级应当领导革命，认为资产阶级不过暂时苟且偷安罢了。
陈独秀和瞿秋白，一位是前辈长者，一位是后起之秀。1917年，瞿秋白在北京大学旁听过当时已蜚声海内的陈独秀的讲课，同时又是陈主编的《新青年》的热心读者。1922年底，陈独秀率领中国共产党代表团到莫斯科出席共产国际第四次代表大会，瞿秋白担任他的译员。瞿秋白回国后，陈独秀让他主编《新青年》季刊，对他很器重。然而，两个人竟是那样的不同：一个是从法兰西革命的角度观察中国社会，以“二次革命论”来指导中国的资产阶级民主革命；一个则是直接从列宁的故乡学得马克思列宁主义学说，试图把它运用于剖析中国的历史和现实、社会和阶级、革命对象和革命动力；制定中国革命的战略和策略。这样，两个革命者的革命观，自然会发生分歧。
几乎与三大召开的同时，《新青年》季刊和《前锋》联袂问世。瞿秋白撰写的《新青年之新宣言》宣告：
中国的真革命，乃独有劳动阶级方能担负此等伟大使命。中国社会中近年来已有无数事实，足以证明此种现象，——即使资产阶级的革命亦非劳动阶级为之指导，不能成就；何况资产阶级其势必半途而辍，失节自卖，真正的解放中国，终究是劳动阶级的事业。
陈独秀为《前锋》撰写的《本报露布》声明：
我们认定国民运动（即国民革命——引者）是中国国家生命之救星，是备受压迫过困苦生活的全中国人民之救星；我们在此运动中，不敢说是领袖，更不敢说是先觉，只愿当前锋，只愿打头阵。
两位共产党人同时发出的宣言，如此大相径庭，判若两种体系。他们之间的分歧，完全不是个人意气之争，而是代表了共产党内对于国民革命的两种指导思想。随着革命的深入发展，这两种思想分歧愈来愈大，终于影响了大革命的前途命运。
1923年下半年，国共合作进入了实际组织工作阶段。8月，孙中山派蒋介石率领“孙逸仙博士代表团”由上海启程赴苏联考察，代表团中有共产党员张太雷、沈定一（玄庐）等。蒋介石出访前，两次与瞿秋白、张太雷畅谈，详细了解苏俄历史与现状。10月6日，苏联代表鲍罗廷抵达广州。10月18日，孙中山任命鲍罗廷为国民党组织教练员，以借重他的组织经验，协助完成国民党的改组。10月25日，孙中山主持国民党改组特别会议在广州举行。同时正式聘请鲍罗廷为国民党临时中央执行委员会的政治总顾问，国民党的组织法、党纲、党章等都由鲍罗廷起草，再由孙中山审定。11月，国民党发表改组宣言。12月，孙中山连续向国民党员发表演说，反复申述改组国民党和学习苏俄的决心。但是，在国民党内反对国共两党合作的右派势力不小。还有不少人，看到国民党处境困难，希图得到国内外革命势力的支援，因而在不同程度上暂时赞成孙中山的联共政策。真正积极拥护和执行孙中山改组政策、实行国共合作的重要干部，在国民党内是少数，例如廖仲恺、宋庆龄等。在这种情况下，孙中山改组国民党的工作，便不能不依靠共产党人。中国共产党的许多重要活动家，积极赞助孙中山实现这一具有伟大历史意义的决策。
1923年12月19日，瞿秋白发表《国民党改造与中国革命运动》一文，肯定国民党在孙中山领导下几十年苦斗牺牲的功勋：“辛亥革命造成中华民国的，是国民党；历年以来任劳任怨为平民争权利，反对北洋军阀的，也只有国民党。”同时指出，国民党过去的活动“只偏于军事方面，不能不想运用无聊的政客，——结果吃力不讨好，反受人民的漠视”。现在“国民党已经觉悟，如今决计宣言大改组，号召全国平民来共同组织，共同奋斗”。全国人民“第一步，应当赶紧组织国民党，集中我们的政治势力”。“应当积极的加入国民党，共同的实行国民革命运动，中国才有复苏的希望。只有那时，此次国民党的改组才真是中国民权运动的新纪元。”在这篇文章发表以前，约在10月初，瞿秋白便离开上海赶赴广州，担任鲍罗廷的助手，参加国民党的改组工作。
鲍罗廷的主要任务是帮助国民党占据广州，依靠中共改造国民党。他需要一位既有马克思主义素养，又精通俄语的中共重要成员担任助手，以保持与中共高层的联络。马林向鲍罗廷推荐瞿秋白，说他是中共党内除陈独秀、李大钊外“最好”的同志，也是中共“唯一真正懂得马克思理论的人”，“唯一能够按马克思主义的方法分析实际情况的同志”。鲍罗廷相信马林的评价，甚至未与中共中央认真协商，就指名把瞿秋白调往广州。
1923年底，李大钊经由上海会见陈独秀后到达广州，与已先期抵此的谭平山、张国焘、瞿秋白一起组成指导小组，以指导出席国民党第一次代表大会的中共党员。瞿秋白这时住在鲍罗廷在东山春园的公馆，担任鲍罗廷的助手和翻译。鲍罗廷经常邀李大钊及其他中共代表到公馆商谈。每次他都拿出一些文件请大家看。国民党第一次代表大会宣言草案，是由鲍罗廷、瞿秋白、汪精卫、胡汉民等草拟的。宣言草案先后在上海、广州进行了讨论。参加上海讨论的有廖仲恺、汪精卫、胡汉民、瞿秋白以及蒋介石等。在广州，鲍罗廷、廖仲恺、汪精卫、胡汉民和瞿秋白进行了长达十五个小时的讨论。瞿秋白并将用俄文起草的宣言草案译为中文，提交宣言草案小组进行审定。在广州期间，瞿秋白应青年团广东区委和广州地委的邀请，向青年团骨干分子作了题为《三民主义》的报告，阐述三民主义学说的新内容，宣传中国共产党关于实现国共合作、进行国民革命的思想。
1924年1月20日，中国国民党第一次代表大会在广州开幕。瞿秋白和李大钊、谭平山、林伯渠、毛泽东、张国焘等共产党人一道出席了大会，促成了大会的成功。大会通过的宣言，孙中山深感满意。他说：“此次我们通过宣言，就是从新担负革命的责任，就是计划彻底的革命。”宣言规定的联俄、联共、扶助农工政略，虽然和中国共产党的思想理论体系和最高纲领有所不同，但它和中国共产党在民主革命阶段的政纲基本上是相符的，因此，它就成为国共两党合作的政治基础。经过改组后的国民党开始成为工人阶级、农民阶级、小资产阶级和资产阶级的革命统一战线的组织形式，反帝反封建就成为统一战线的共同纲领。
瞿秋白在大会上当选为国民党候补中央执行委员。按国民党当时情况，中央执行委员和候补中央执行委员同样担负实际责任。瞿秋白经常奔波于广州上海之间，负责处理两党合作问题。因此，有人说他主持了中国共产党中央的“不管部”。
1924年7月11日，根据孙中山的建议，国民党中央设立政治委员会（即中央政治会议），以辅助孙中山应付时局，规划政治方针。孙中山自任主席，委员有廖仲恺、汪精卫、胡汉民、瞿秋白（原为谭平山，7月16日谭即辞职，由瞿递补）、邵元冲、伍朝枢，聘鲍罗廷为高等顾问。瞿秋白先后出席了中央政治委员会的多次会议。8月6日，中央政治委员会举行第四次会议。孙中山、胡汉民、瞿秋白、邵元冲、伍朝枢及鲍罗廷出席。会议决定设立统一训练处，将陆军军官学校（黄埔军校）、滇军干部学校、陆军部讲武堂、西江陆海军讲武堂、警卫军学兵营及航空局，统归训练处管理。训练处由孙中山任主席，委员有杨希闵、许崇智、蒋介石、宋子文、程潜及鲍罗廷。9月3日，举行第七次会议，讨论北伐问题，孙中山、瞿秋白、伍朝枢及鲍罗廷出席。议决：（一）发表北伐宣言，大本营移驻韶关；（二）韶关大本营特设政治训练团；（三）9月7日国民运动大会宣传宗旨为反对帝国主义、反对北方军阀。本日为反帝运动周的开始。9月10日，举行第八次会议，继续讨论北伐问题，除孙中山、廖仲恺、胡汉民、瞿秋白、伍朝枢、鲍罗廷外，还有宋子文、王法勤、丁惟汾、白云梯出席。此次北伐，起始于9月3日爆发的江浙战争（直系的江苏军阀齐燮元与皖系的浙江军阀卢永祥开战），奉系军阀张作霖准备入关，同皖系军阀段祺瑞相勾结，企图共同推翻直系军阀曹锟、吴佩孚的统治。孙中山因与皖段、奉张两系有反直联盟的关系，加上广东商团阴谋发动叛乱，准备推翻广东革命政权，广州形势危急，希望向广东以外谋求出路，于是决定北伐，并亲率北伐部队离开广州，移驻韶关。后来，孙中山接受了蒋介石和共产党人的正确主张，回师弭平商团叛乱，初步稳定了广东的局势。
这一时期，瞿秋白除在广州参加中央政治委员会外，还以中央候补执行委员身份参加国民党上海执行部的指导工作，担任上海国民党机关报《民国日报》的编辑和撰稿工作。他为《民国日报》写了《中国解放运动之公敌》、《五一节之四十年》、《反帝国主义运动与国民党》等文，号召中国人民觉悟起来，实行国民革命，打倒中国解放运动的公敌——帝国主义和军阀，争回民族主权，争得国民民权。对于帝国主义和军阀的强暴镇压，革命者应当唤起民众，告诉他们：每次逮捕一个反抗军阀与列强的奋斗者，可以产生几百万个新的革命家；而肖（耀南）、吴（佩孚）的牺牲品——监狱里的绞场上的志士都是革命的母亲，国民革命终将胜利。在国共合作大业中，瞿秋白是一位卓越的政治活动家。
上海大学教授
1923年6月下旬，瞿秋白自广州到达杭州，召集浙江省党、团会议，传达党的三大的决议。他住在岳王村四伯父世琥家里，与妹轶群、弟景白、坚白等团聚。四伯父此时已经罢官赋闲，经济十分拮据。不过外面还讲究一些排场。瞿秋白对四伯父礼节周到，内心也是颇为尊重的。叔侄见面后，叙谈一切，亲切欢畅。瞿秋白谈他两年中在苏俄的见闻，解衣挥汗，兴致盎然；虽然是大热的天气，会意者都有涤尘解惑，俗念俱除之感。当然，家中大部分亲友对于这位从外国回来的人不免觉得新奇，也有些不解，无从交流各自的思想。这引起瞿秋白的沉思：“大家庭崩坏而小家庭的社会基础还没有”，“宗法社会的旧观念和大家庭真叫我苦死。”
