军事占领朝鲜后，为了从根本上解决朝鲜问题，防止它再向以前那样出尔反尔，搞 多边外交，拉拢超级大国背叛自己，从后面给自己捅刀子，多尔衮采取了对朝鲜满清化的改造工作，这一政策让朝鲜彻底丧失了反抗能力。
朝鲜的中央国家机关六部的副部长均为满清人，并且限制六部部长权力，对行政权的控制逐步限制朝鲜贵族权力；通婚，下派满清格格到朝鲜国王那里成为王后，动员满清权贵娶朝鲜公主为妻妾。派驻满清八旗子弟驻守在朝鲜，进行军事化控制，并且建立了军师基地，好进行作战补给，有效控制很奴役朝鲜国家，就是朝鲜的太上皇；同时在朝鲜国防部派遣军事顾问，指导、培训朝鲜军队。
朝鲜与满清签订丧权辱国的条约后，没办法，不签订国王都被干掉了，皇太极下令撤军归国，朝鲜国王李倧出城十里跪送。暴力、恐怖、屠杀，是殖民统治绝对重要和有效的手段，为了达到有效控制，屠杀强掳朝鲜百姓，残酷到了极点，强掳一直是满清政权军队的特长！清军在包围南汉山城的一个月时间里，基本上大部分军队都处于无所事事的状态，于是开始以抓捕逃人为名。四处抢劫财物，没有财物就直接抓捕人口为奴。当清军撤军时，大路上到处是满载财物的清军。而被抢掠的朝鲜人，则以数百人为一队，一到两个清军在后面跟随看押，队伍终日不止。光被俘虏到沈阳一带为奴的朝鲜男女就有60万之多，这还没有计算被送往蒙古为奴者。清军可以说已将朝鲜官宦富人家庭太太小姐60万人全部洗劫一空，押回东北后，再根据家庭出身，公开出售，出身王族的公主价格最高。清军在沈阳城门外设立奴隶交易市场，每日都有被俘男女数万人于城门外拍卖交易，此时被俘男女或是子母相逢，或是兄弟相见，相持号哭，哭声震动天地。清军开出价码赎人，根据身份从25两白银到1500两白银都有。朝鲜终因遭此大难，国破民穷，朝鲜上下筹措金钱物品，历时多年才赎回20万女性，其余无力赎回的女性，则被八旗披甲士兵几经倒卖，有的卖到关内，有的卖到蒙古，有的殉葬祭天祭祖，有的卖为妓女。被俘朝鲜男性则阉割后，充当私奴交给汉军披甲指挥耕地。最后滞留在中国的大多数朝鲜男女俘虏都终身为奴死在异域。
在长期给八旗披甲为奴的生活中，有些士大夫家庭出身的被抢掠朝鲜妇女不堪侮辱，逃出主家，潜回朝鲜境内。1637年5月，清军再次警告朝鲜，要求其迅速把逃回朝鲜的男人和女人送回清国。在清军的一再施压下，朝鲜还是将数百名逃回朝鲜的朝鲜男女送回清国，接受主家的惩罚。以上就是朝鲜著名的丙子之乱，对朝鲜半岛造成的破坏甚至远远大于历时数年的抗倭战争。
当然，朝鲜国的人参、鹿茸等土特产全都出口到满清，各种矿藏源源不断流向满清，对其进行经济控制。按照合约规定，朝鲜每年四次向清朝进贡，就这样朝鲜彻底从经济上丧失了基础。
可以说，这次皇太极、多尔衮对朝鲜的控制达到顶点，也为他们进攻明朝贡献了自己的物质财富和后勤补给人员。
有了朝鲜这个出尔反尔，反叛顺服反复的国家，给满清权贵生动地上了一场实践课，他们在全面控制朝鲜的同时，也着力加强对蒙古草原的控制。
蒙古族在中华大地包括国际上都是个独特的名族，它是个从未受异族统治过的蒙古，又怎么被驯服了呢？当后金力量还很弱小的时候，努尔哈赤为了联合蒙古不惜改变自己的种族，自称“我是蒙古遗种”，为了国家放弃了抛弃了民族属性，我只能很欣赏佩服努尔哈赤的勇气和胆量；皇太极及他的继承者为巩固满蒙联盟反复承诺满蒙一家人，承诺只要我是皇帝，你们蒙古权贵、土豪世袭罔替的称王，富贵永享，名垂千古。不仅有口头保证，而且清朝建立了治理蒙古族的中央工作机构——理藩院，同时颁布《蒙古律例》、《理藩院则例》，从组织上、法律上逐步完成对蒙古在政治、经济、思想文化等诸方面的奴役统治。可以说，满清能够统治蒙古二百多年，完全归功于他们采取的一系列统治政策。
政治的联姻政策，联姻政策是满蒙一家的生动体现，努尔哈赤将科尔沁贝勒孔果尔女纳为妾；努尔哈赤次子代善聘蒙古扎鲁特贝勒钟嫩之女为妻；皇太极娶科尔沁贝勒斋桑之女为妻（即孝庄文皇后、顺治帝之母）；舒尔哈赤之女嫁给内喀尔喀巴约特部台吉恩格德尔为妻；岳特之女和硕公主嫁给科尔沁部满珠习礼为妻；孔果尔额哲又娶皇太极之女为妻等等，互相嫁娶，政治联姻非常频繁。据统计，清代公主下嫁外藩蒙古王公者共有六十一名，清代皇帝的妻子及后妃也是大多来自蒙古王公贵族的女儿。清朝政府通过联姻政策，使蒙古封建主在血缘上与满族建立了密切的关系，从而使一些蒙古王公逐渐丧失民族意识，把自己的生命和利益与清廷紧密联系在一起，成为清王朝统治者的工具。
政治上分散、弱化蒙古贵族势力和地盘，实行盟旗制度，经过清朝政府分封认可的盟旗多大200多个，它们之间互不统属，直接接受清中央政府理藩院管理，这样分裂的蒙古再也无力反抗满清的统治。元朝退出中原后，其中央集权时而加强，时而涣散，也出现过“挟天子以令诸侯”的局面。到后金崛起之时，蒙古中央集权较为涣散。林丹汗曾想加强中央集权的统治，但科尔沁等部的叛离，最终使他在青海含恨离世。清政府统一漠南蒙古后，为防止蒙古各部团结起来，共同抵御清廷统治，便采取“广建诸候分其力”的原则，实行盟旗制度。同时，对其他归顺的蒙古各部也先后实行了这种制度。满清统治时期，漠南二十四部，分为六盟四十九旗。分别是哲里木盟十旗、卓索图盟五旗、昭乌达盟十一旗、锡林郭勒盟十旗、乌兰察布盟六旗、伊克昭盟七旗。这些属于内札萨克，即具有兵权的盟旗，各盟旗可统率本旗兵丁。漠北喀尔喀部分为四盟八十六旗，分别是图什业图汗部二十旗、车臣汗部二十三旗、札萨克图汗部十九旗、三音诺音汗部二十四旗，此为外札萨克，即没有统兵权，各旗兵丁归驻防大臣、将军所调遣。属于外札萨克的还有：驻西宁办事大臣所属二十九旗、伊黎将军所属十三旗、科布多大臣所属十九旗；驻扎宁夏理事司员所属阿拉善霍硕札萨克和硕亲王一旗；陕甘总督所属额济纳旧土尔扈特札萨克多罗贝勒一旗；黑龙江将军所属伊柯明安旗额鲁特札萨克头等台吉一旗。满清政府设内札萨克旗四十九旗、外札萨克旗一百五十旗，此外还有“蒙古八旗”、“群旗”、“喇嘛旗”等，把整个蒙古居住地域划分为二百多个大大小小的旗。清政府在划分旗时，对于归顺较晚和归顺态度不太坚定的部落划分的旗较多，以此来分解和打击其力量。如喀尔喀蒙古分成了八十六旗、青海蒙古分成了许许多多互不统属的旗，他们各自为政，无法形成统一的政治整体。从而，满清政府有效地瓦解了蒙古各部有可能的联合，分解了蒙古各部的力量，达到了统治奴役的目的。清政府实行了年班制度，蒙古各旗王公每年要轮流到清朝京都朝觐皇帝，清廷以此明确和加强对蒙古的宗主权力，并监视蒙古王公对清廷的忠诚程度，同时清廷还可得到蒙古王公以清廷的忠诚程度，同时清廷还可得到蒙古王公的驼马钱财。蒙古王公赴年班期间往往在京城学会荒淫奢侈的生活方式，使其意志消沉，失去斗志，更便于清廷驾驭。清朝后期，有些蒙古王公滞留京城不归，荒务旗政，给本旗人民带来莫大的灾难。
永保富贵，确认蒙古贵族特权。清朝击败林丹汗后，将其嗣子喀尔喀孔果尔额哲封为亲王爵，位冠漠南蒙古四十九旗贝勒之上，保证了他继承林丹汗的原有地位和特权，当然没有了直接管辖权。对归顺清朝的蒙古贵族，清朝取消各封建主和汗原有的诺颜等称号，参照满族官秩，分别给蒙古封建主及黄金家族的成员授以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等爵位，此下设一、二、三、四等台吉，非黄金家族的封建主及贵族成员封为一、二、三、四等塔布囊的品秩。按照不同等级授予不同等级的俸银、俸禄、随丁及各自等级标志的服饰。同时给王公台吉之子授予相应的职衔，保证蒙古封建主“世世为王，享富贵于无穷”，保证了他们的特权地位。
将蒙古民族栽植在各地部落里面，让他们不得自由流动，压制蒙古经济，从经济上根本击垮蒙古。为了牢牢控制其经济的发展，使其生产力低下、民族经济衰落，被压迫民族从而失去了反抗压迫的能力。清朝统治者从抑制蒙古经济的发展和掠夺蒙古经济等方面来控制蒙古经济的。蒙古经济是以游牧为主，择水草而居。但是清廷却制定各种条例管束蒙古人，让蒙古人只能困居在所居旗境内，不得愈越。颁布一系列禁令使蒙占人只能在各自盟旗范围内活动，使各旗之间不能进行经济交流和相互联系，把蒙古人紧紧束缚在所居旗境内，使生产力落后。另一方面，清朝政府禁止汉人到蒙古地区耕作，防止先进经济生产方式在蒙古地区传播，对经商者也采取层层封锁和控制，被许可的商人须通过指定的边口才能到蒙古地区，使蒙古经济深受几大旅蒙商的垄断剥削，许多牧民更加依附于封建主，更加贫困潦倒，致使蒙古人家破人亡。蒙古经济处于停滞或倒退的境地，元朝以来曾享誉世界的文明发达民族蜕变成了落后贫穷的民族。
思想上愚民政策，禁止开发民智。清政府烧毁蒙文书籍（除佛教书籍外），制造满蒙同源论，抹煞蒙古历史，欲使蒙古人不知祖先为何人，自己为何族，渐渐失去民族意识、失去民族气节和斗志。严禁文化知识的传播、思想的交流，从而使蒙古民众文化知识落后、思想麻木，易于被清廷驾驭。清政府还严禁蒙古民族与其它民族之间的文化交流，尤其严禁蒙汉文化的交流。蒙古不能与外界进行文化交流，吸收不到外界文化的先进部分，自己的文化也得不到更新发展，只能从佛教经典中吸取“行善战积德”追求来世幸福以及转世、轮回等消极哲学，从而意志消沉，形成听天由命的思想意识。
大兴黄教，去除蒙古民族好斗嗜杀，挣狠斗勇的彪悍民风，大兴土木修建黄教寺院，鼓励各地建寺庙，蒙古部落建了2000座，青海、甘肃、四川、新疆等蒙古和藏族聚居地区也有五六百座寺院。鼓励蒙古人当喇嘛，号召每户选送聪明伶俐的男儿出家当喇嘛，并免除喇嘛的兵役、赋税和差徭等，以此来吸引蒙古人当喇嘛。于是，各寺庙喇嘛人数大增，少则数十人，多则数千人，喇嘛人数占蒙古人男性总数的百分之四十还多。
就这样，满清政权牢牢控制了蒙古、朝鲜东西方向两个邻居，异军突起，唯一的目标就是逐鹿中原，进驻北京了。
