首先，阎锡山先后拟定了《保卫台湾海南岛收复大陆计划方案》，提出“实行民众路线，建立海陆两个方面的战法，以对付‘共匪’的船海战术来攻”，并且又选训了所谓“革命种能干部”，准备作为“收复大陆”，重建政权的骨干。同时，阎锡山从国民党在大陆失败的教训中也认识到了人民的力量，在此危难时局之下，只有依靠人民的力量，才能化险为夷，渡过难关，因此，他在其发表的1950年元旦献词中，就提出，要取得新的胜利，就“要认识组织力量无穷大，民众力量无穷大，二者合一，才能发挥无穷大的政治力量”（《阎锡山年谱》（六），第2392页）。在告全国民众（包括大陆民众）书中，一方面承认“政府无能，大陆几尽陷入匪手”，另一方面，号召“愿我同胞忍痛一时，以不合作的精神的心理，地下的行动，组织起来，以待国军之反攻”。在告陆海空军将士书中，不但指出“国家不幸，国土大部沦丧，实为我军人之最大耻辱！今后恢复国土，解救人民，亦为我军之唯一责任”，而且认为“军队如车，人民如路，车固然要好，但亦必须有便利车行之路，才能载重致远。我们的军队固须求自身的键强，更必须争取人民的同情，得到人民之协助，才能完成面的战略”（《阎锡山年谱》（六），第2394——2395页）。
其次，就是加强对台湾地方政府的控制，并调整干部，整顿吏治。12月12日，阎锡山参加了台湾省行政会议，并发表简短讲话。12月15日，他又主持行政院会议，决议：一、准陈诚辞去台湾省政府主席，任命吴国祯为台湾省政府主席兼保安司令；二、任命蒋渭川为委员兼建设厅长、任显群为委员兼财政厅长、彭德为委员兼建设厅长、陈雪屏为委员兼教育厅长、徐庆钟为委员兼农林厅长，另外还任命了彭孟缉等17人为省府委员，浦薛风为省府秘书长。并且，由于国民党在大陆残留军队的瓦解，国民党所委任的各省地方官员也作鸟兽散，有的向中共投诚，有的飞往国外，因而迁台后的国府不得不对干部进行补充和调整。12月20日，阎锡山召开行政院会议，决定任命李弥接卢汉为云南省政府主席，余程万为云南绥靖主任。24日，行政院会议又通过改组西康省政府，任命袁品文等为委员。对于国民党积习已深的贪污现象，阎锡山也觉得有必要惩治一下，他向国民党非常委员会提出经济部长刘航琛犯有叛国贪污罪，应予以撤职查办。外交部长叶公超向阎提议，前台湾省政府财政厅长严家淦为财政干才，可出任经济部长。阎即召见严家淦，通过交谈，他发现此人确实有胆有识，即经行政院会议决定，任严家淦为经济部长。严家淦在台湾国民党中央任职由此开始（其后，严次第担任财政部长、台湾省主席，行政院长、副总统。蒋介石去世后，又继任总统）。
与此同时，阎锡山还注意了舆论宣传工作，以及争取美国的对台援助事宜，但其舆论宣传，还是老调重弹，即对共产党的污蔑攻击，不过，其中倒有一些说出了国民党的失败和共产党克敌制胜的原因。如他在讲到国民党的失败时，说：“今天我们损失了百分之九十，留下百分之十，匪由一变成了九十。比如我们原来是一百个指头，损失了九十个。如果说匪的指头是木的，我们的指头是纸的，匪的木指头一个成了九十个，我们的纸指头一百个成了十个，如果我们仍以十个纸指头，对他的九十个木指头，是绝对不能胜利的”。共产党由一变成九十，是因为共产党乘着社会上“资本剥削劳动者的空隙”，“他就拿上解决土地问题，煽动佃雇农求解放的心理，拿上社会革命的口号，煽动思想界的‘左’倾，他又拿上他的组织，组织民众，表现了组织的力量无穷大，民众力量无穷大的合体，形成了普遍性的民众武装攻略，以水覆舟的战略，以明击暗，以大吃小的战术，使我们以纯军事的战略、战术，对共匪作战，就成了汽车渡海，入海百辆沉百辆，入海千辆沉千辆”（《阎锡山年谱》（六），第2365——2366页）。因而，他主张用“总体战”，“面的战略”来确保台湾，并恢复大陆。
对于美国对台湾的态度，阎锡山十分敏感。1950年1月5日，美国总统杜鲁门发表关于台湾问题的声明，称：“过去四年来美国及其他盟国亦承认中国对该岛行使主权”，“现在美国无意在台湾获取特别权利或建立军事基地。美国亦不拟使用武装部队干预其现在的局面”，但对台湾“继续经济援助”。对此，阎锡山十分沮丧，因为当时中共正加紧部署解放海南岛的军事行动，如果海南岛被解放，那么下一个目标肯定是台湾。而如果美国不对它进行军事援助，最好是使用武装部队干涉现在的局面，凭台湾现有的军事力量和军事状态，又怎能抵抗得了中共的进攻！但阎锡山并未放弃争取美援的努力，在此之前他便向美方媒介多次呼吁，说是台湾“只够六个月的开支”，并告诉美国记者“殖民地国家，共产主义最易渗入，殖民地及被经济侵略的人民痛苦，易投入共产主义。今天侵略的第三国际是整个的，反侵略的国家是个别的，这等于指头对拳头，是反侵略最危险的情势”（《阎锡山年谱》（六），第2397页），企图以此唤起美国援台。1月18日，阎锡山主持行政院会议，终于通过了《保卫台湾海南岛收复大陆计划案》，恰在这天，美国国务卿艾奇逊声明不考虑承认中共政权，阎锡山听后，十分欣慰。而2月9日，美国宣布继续援助台湾国民党当局，阎锡山听到这一消息后，更是欣喜异常。他似乎从中看到了台湾的光明和国民党的未来。
阎锡山尽管一如既往地为台湾的复兴而呕心沥血，惨淡经营，对此，一名外国记者在后来的报道中，曾把他喻为“激流里的勇夫”，说是“他不避一切的艰难与困难，一定要把中华民国政府从风雨飘摇中迁移到安全地带，由广州到重庆，由重庆到成都，复由成都到台湾。这一时期的军事、政治、经济与社会人心，其混乱的程度，自不待说，而中央政府每到一地，立足未稳，又行迁移的情形，正如同一个王室的王子一样。然而，阎锡山将军，是有着坚强不屈的意志，他一如保卫太原一样，他秉承着天赋与他的革命精神，把中华民国的中央政府，从各地迁移到台湾，建立起巩固的根据地，继续从事反共复国的革命大业”（1953年2月1日纽约《生活杂志》）。
然而，在艰险与困境中如此拼搏的阎锡山，却未能得到蒋介石的信任。阎锡山虽然没有从正面看到蒋介石对他有什么牵制，但他却隐约地感到了蒋对他行为的一些羁绊。如在人事安排上的问题上，阎锡山大多请示蒋介石，可仍出现了一些麻烦。行政院决议任命蒋渭川、彭德分任台湾省民政厅长和建设厅长后，就有人说蒋渭川是“2·28”事件的鼓动者，彭德也有问题。于是，阎锡山特别召见了台湾省主席吴国祯，因为吴对台湾人事熟悉，所以阎迫不得已请吴调整省政府人事。但很快就有台籍代表、立法委员及省参议会秘书长郑品聪等6人找上门来，向阎锡山陈述对台湾省政府人事的意见，这些人态度很不冷静，虽然在阎锡山的耐心解释下，未酿成大的风波，但阎却看出这显然是有蒋系人物在后面操纵。
对于阎锡山来说，尽管他想取得蒋介石的信任，但他并不指望蒋介石会对他信任，因为他清楚自己过去与蒋介石的恩恩怨怨。广州组阁时，蒋介石让他出任行政院长兼国防部长，是由于蒋想利用他对付李宗仁，而他自己又无兵无权，对蒋构不成威胁。如今国府迁台，蒋介石虽然还是“在野”，但复出只是迟早的事情，那时他自然是要用自己的人而排斥非蒋系的人了。如果说这是以后的事情的话，那么，眼下 在如何保卫台湾并恢复大陆的问题上，阎锡山与蒋介石就存着很大分歧。对于“反共复国”阎蒋完全一致，但蒋介石强调的是扩充军备，武力解决。而阎锡山则主张要用“总体战”，“面的战略”。他认为“今后的做法，保卫台湾应有个计划，收复大陆应有个政策，政治如何，经济如何，民众如何”（《阎锡山年谱》（六），第2399页）。在阎锡山看来，只有把政治、经济、民众这些方面的工作很好地结合起来，才能保证军事斗争的胜利。他对民众问题重要性的认识，在元旦献词告同胞书和告陆海空军将士书中，已讲得相当明白。而阎锡山在统治山西的几十年中，都是对这三个“如何”十分重视的。他既长行政院，就要依自己的主张行事，这显然有悖于蒋介石的主张，如此，蒋介石就更不能相容于阎了。
