针对各地整风运动发展不平的状况，中共中央认为在高级干部整风学习的同时，普遍整风要继续开展下去。1943年4月13日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》，明确规定继续开展普遍的整风运动的任务主要是两项：一是纠正干部中的非无产阶级思想，二是肃清党内暗藏的反革命分子。
为了实现前一项任务，毛泽东强调：“自由主义是目前党内斗争中的主要不良倾向，在整风中必须克服此种倾向，才能达到彻底整风之目的”。为了搞好整风运动，毛泽东提出注意领导方法的极端重要性。他指出，1942年的整风，凡是取得成绩的，都是采用了一般号召和个别指导相结合、领导骨干和广大群众相结合的方法。“从群众中集中起来又到群众中坚持下去，以形成正确的领导意见，这是基本的领导方法。”
毛泽东认为：“整风是思想上的清党，审干是组织上的清党。”中共中央决定由中央总学委负责领导这项工作，日常事务由康生主持。为了加强对审干工作的领导，中央还成立了反内奸斗争委员会，由刘少奇任主任，康生、彭真、高岗为副主任。
在当时十分复杂的社会政治环境下，在各种敌对势力千方百计对中国共产党和根据地进行渗透和破坏的情况下，对干部队伍进行一次认真的审查是完全必要的，通过这项工作可以清除特务，纯洁革命队伍。鉴于以往的经验教训，毛泽东向有关负责工作人员强调：“我们过去在肃反中有很沉痛的教训。我们这次无论如何不要搞逼供信，要调查研究，要重证据。”7月2日，毛泽东写信给康生，要求把他阐述防奸工作的两条路线的一段话刊载在《防奸经验》第六期上。毛泽东写的这段话是：“防奸工作的两条路线。正确路线是：‘首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。’错误路线是：‘逼，供，信。’我们应该执行正确路线，反对错误路线。”但是，在实际工作中，由于过分严重地估计了敌情，由于抗日根据地处于同外界隔绝的状况，对干部的历史状况的调查研究十分困难，在这方面所花的力气不多，出现了严重的偏差，一个时期搞得“特务如麻”。7月15日，康生在中央直属机关大会上作了危言耸听的《抢救失足者》的报告后，更出现相当普遍地大搞“逼供信”的过火斗争，使整风运动中的审干工作变成了抢救失足者运动，单在延安地区十几天内就骇人听闻地揪出所谓特务分子1400多人，造成大批冤假错案，使审干工作大大偏离了正确的轨道。
中央党校副校长彭真和中央社会部副部长李克农看到问题的严重性，向毛泽东作了报告。毛泽东听完后说：我看是扩大化了。我们要很快纠正这一种错误做法。在康生作了《抢救失足者》的报告以后一个月，8月15日，中共中央作出《关于审查干部的决定》，以中央文件正式公布毛泽东提出的“首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众”的审干工作九条方针。这九条方针的正式下达起了重要的作用。参加过延安整风的邓力群回忆说：“我们这些负责审查干部工作的，搞了逼供信，被审查的不愿也不能交待政治问题，双方的关系很紧张。正是这个时候，中央下达了毛主席的《九条方针》，它解放了被审查者，也唤醒了审查者，使我们从自己的亲身经验中，认识了主观主义的极大危险性。”
整风运动的一个重要内容是反对主观主义，但在审查干部工作中却出现了由于主观主义而造成的大量冤假错案，这是不应该发生的错误。但由于中共中央和毛泽东发现并纠正了这个错误，它在延安整风中只是一个支流。
当整风运动按照毛泽东的部署向前发展的时候，传来了共产国际解散的消息。这件事也有利于正确解决中共党内高层领导的问题。
中国共产党自从在党的二大决定加入共产国际后，作为它的一个支部，不仅思想上受到共产国际很大影响，组织上也得受到它的一定约束。共产国际对中国革命做过许多有益的工作，也做过不少错误的决定。中国共产党在处理各种政治上以至组织上的重大问题时，常常不能不考虑到共产国际的态度这个因素，尽管在后期共产国际对中国共产党的干预已经越来越少了。
1943年5月20日，季米特洛夫致电毛泽东，通报关于共产国际主席团将于22日宣布解散共产国际一事。当翻译师哲将国际来电送给他时，毛泽东兴奋地说：“他们做得对，我就主张不要这个机构”。26日，中共中央收到苏联《真理报》发表的共产国际执委会主席团《关于提议解散共产国际的决定》后，立即召开政治局会议，一致通过《中国共产党中央委员会关于共产国际执委会主席团提议解散共产国际的决定》。
共产国际的解散，也打破了国共两党之间保持了两年的相对平静状态。国民党顽固派错误地估计了形势，趁机发动新的反共高潮。他们一面以共产国际解散为借口，制造舆论，要求解散中国共产党，取消边区，另一面调集20多个师的兵力，准备向边区发动突然袭击，形势十分严峻。
毛泽东从西安八路军办事处得到准确的情报后，立即做出紧急部署：“以宣传对付他们的反共宣传，以军事对付他们的军事进攻。”他从晋西北调兵力保卫边区；在延安召开3万余人的群众大会，紧急动员全边区人民积极做好武装自卫反击的准备，由大会发出呼吁团结、反对内战的通电。同时，他又指示重庆、西安等地的八路军办事处把蒋介石、胡宗南准备进攻边区的消息向外界广为传布，并亲自为《解放日报》撰写社论《质问国民党》，呼吁爱国的国民党人行动起来，“制止这个内战危机”。
由于中共中央和毛泽东采取正确的斗争方针并作出周密的部署，揭穿了国民党的密谋，取得国内各界的同情，英美等国也对蒋施加了压力，蒋介石不得不改变计划。这场来势汹汹的反共浪潮还没有完全掀起就被打退了。接着，毛泽东和中共中央乘势在全国范围内发动了一场巨大的宣传攻势，批判蒋介石在这年3月出版的著作《中国之命运》，反对中国的法西斯主义的势力，以消除中国的内战危机。在中国共产党强大的政治攻势面前，9月6日至13日，国民党召开五届十一中全会，蒋介石在会上不得不表示，中共问题是“一个政治问题，应用政治方法解决”。同时，中国共产党在党内系统地进行了关于国民党统治的本质及如何对待国民党的政策教育，用抗战以来直到眼前的种种具体事实来加以说明。一些原来对国民党抱有幻想的党员，通过这场斗争和党内的政策教育，提高了觉悟。在这些事实面前，经过对照比较，人们对王明所鼓吹并推行的右倾投降主义错误就看得更清楚了。
在这个时期中，王稼祥、刘少奇先后提出“毛泽东思想，便是马克思列宁主义与中国革命运动实际经验相结合的结果”，“应该用毛泽东同志的思想来武装自己”的重要论断，并被党内广大干部所接受。在这种有利形势下，系统地清算王明的错误路线、统一全党思想的历史条件已经成熟。整风运动按照原定计划转入最后一个阶段——总结党的历史经验时期。
针对王明在1941年9月会议以来一直坚持错误，到处宣传中央的路线是错误的，在8月30日的政治局会议上，毛泽东提议，继续召开政治局会议，讨论抗日时期党的路线问题。1943年9月7日至10月6日，毛泽东主持召开中共中央政治局会议。这次会议是1941年9月会议的继续和发展。
批判王明的范围逐渐扩大。10月14日，毛泽东在西北局高干会议上作报告，指出：我们党已经有22年3次革命的经验，不能再容许王明路线占领导地位了。他把抗战初期王明错误的观点概括为四条：一、以速胜论反对持久战；二、以一切经过统一战线反对独立自主；三、军事上反对游击战，主张运动战；四、组织上闹独立性，不服从中央。
从11月13日至27日，中共中央政治局继续举行会议，集中批判王明在十年内战期间和抗战初期的错误。许多中央领导人在会上也回顾了党内斗争的历史，总结历史经验，并作了认真的自我批评。但王明始终没有到会。会后，李富春代表中共中央向他传达会议精神，并希望他认真考虑，作出检查。12月1日，王明的妻子孟庆树代笔为王明写了致毛泽东和中共中央的信，表示1941年9月底10月初时同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的，“现在我再一次地向中央声明，我完全放弃我自己的那些意见”，“我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点”。这些，其实都是假话。
12月下旬，毛泽东为中共中央书记处起草了向一些中央局和中央分局发出的关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示，要求他们很慎重地组织这一研究，每一中央分局在所属地区组织100～200人左右的高级干部学习和研究两条路线的有关文件。毛泽东强调：“此种研究的性质是整风的深入与高级阶段，其目的是使干部提高认识与增进统一团结，并为将来讨论七大决议作思想准备。”
经过九月以来的紧张学习和对错误路线的深入批判，高级干部中对党的历史上的路线是非已能看清。但是，又出现一些新的偏向。有些过去受过错误打击的干部对那些犯了“左”倾错误的干部也进行过火斗争，一度造成十分紧张的气氛。对党史中的一些重要问题还存在严重争议。对这些问题，毛泽东非常重视。历史经验告诉他，如果这些问题处理不好，还会重复过去犯过的错误，党内也不可能实现真正的团结与统一。
1944年2月24日，中央书记处会议就争议较大的问题进行讨论，取得了一致意见。3月5日，毛泽东在政治局会议上谈了书记处会议讨论后的意见，明确地指出：一、王明、博古同志是党内错误问题。二、临时中央有共产国际来电批准过，五中全会也经过国际批准，所以是合法的，但选举手续不完备。四中全会是合法的，但政治路线的内容是不好的。三、自整风以来，我们的方针就是“治病救人”。我们要强调产生错误的社会原因，不要强调个人责任。思想要弄清，结论要宽大，对党才有利。四、不要反对一切。如果把过去一切都否定，就是一种偏向。五、六大基本上是正确的。六、经过遵义会议和六中全会，党内没有宗派了，现在比较严重的问题是山头主义。毛泽东这些意见得到政治局会议的赞同和批准。4月12日和5月2日，毛泽东先后在中共中央西北局高干会和中央党校作学习和时局问题的报告，进一步阐述了经政治局通过的这些意见。“这次处理历史问题，不应着重于一些个别同志的责任方面，而应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会根源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后、治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这样两个目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”
毛泽东的这些讲话，对全党的团结和巩固起了重要作用。当年参加会议的邓力群回忆：“一批人解脱了，许多人心服了，大家心里的石头都落了地。”
在全党团结、统一的气氛下，中共中央认为起草历史决议问题的时机成熟了。
5月21日，中共六届七中全会召开，本来只准备开两个月，由于时局的发展变化，会议延长到1945年4月2日才结束，断断续续开了11个月。
5月21日，毛泽东主持召开七中全会第一次会议。他指出全会的任务是：一、准备七大；二、在全会期间处理中央日常工作。起草“历史决议”是七中全会期间中共中央为准备七大所作的一项重要工作，是对党的历史经验的总结，是全党智慧的结晶。最早的“决议”草案稿是任弼时在1944年5月写成的，题目是《检讨关于四中全会到遵义会议期间中央领导路线问题的决议（草案）》。它是以1941年秋天毛泽东起草的《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》为基础的，主体部分的内容基本相同，同时又反映了1943年9月会议以来的新认识。稿子写成后分送政治局委员征求意见，并由政治局秘书胡乔木作了比较大的修改。任弼时又在胡乔木的修改稿上作过三次修改，其中把王明路线的错误概括成七点提纲式的意见，题目也改为“关于四中全会到遵义会议期间中央领导路线问题的决定（草案）”。接着，又由胡乔木写了一个稿子。中央指定张闻天对历史决议稿做了认真的修改和补充。
毛泽东一直十分关心这个决议的起草。1945年春天，他在张闻天修改后的稿子上开始进行修改。他前后作了七次修改。毛泽东后来曾特别讲到这一点：“我们现在学会了谨慎这一条。搞了一个历史决议案，三番五次，多少对眼睛看，单是中央委员会几十对眼睛看还不行，七看八看看不出许多问题来，而经过大家一看，一研究，就搞出许多问题来了。”在第一次修改中，毛泽东将题目确定为《关于若干历史问题的决议》。在“决议”起草过程中，党的高级干部进行了多次讨论，提出许多重要的修改意见，其中，很多意见被吸收到决议中去。
讨论并通过《关于若干历史问题的决议》，本来是七大的重要议事日程。3月25日，中共六届七中全会主席团决定将这个决议改在七中全会上讨论通过。为什么要做出这样的重大改动呢？3月31日，毛泽东在七中全会全体会议上作了说明：总结经验可以说是算账。不采用大会这个形式来算账，才能使大会集中注意力于当前问题。毛泽东要求参加七中全会的同志说服七大的代表们，把过去党的历史问题委托七中全会解决比较好，以便自己集中力量来解决抗战建国的任务。毛泽东准备的政治报告和刘少奇准备的修改党章报告也在这天的会议上通过。
4月20日，任弼时主持召开扩大的七中全会。这是历时将近一年的七中全会的最后一次会议。会议讨论并通过了朱德准备的军事工作报告和原则上通过《关于若干历史问题的决议》。
