在这重大转变时刻，蒋介石国民党开始不断派军队向华北、华中敌后的八路军、新四军发动进攻。可以说，从1938年10月以后，八路军和新四军腹背受敌，两面作战：既要担负起抗击日军主力的重担，成为抗战的主力军，又要反击国民党顽固派的军事进攻，敌人后方的战场就成为全国抗战的主要战场。面对这种严峻的挑战，毛泽东再次强调发展革命武装和建立敌后根据地，是寄希望于全国的劳苦大众，在保证共产党对民众武装基本队伍绝对领导前提下，放手发动群众，武装一切抗日组织和力量，建立与巩固敌后抗日根据地。这在当时，是挖掘战争伟力根源的最佳选择，也是制止投降与反共活动必须采取的有力措施。正如毛泽东所形象而深刻地论述的那样：“战争的伟力之最深厚的根源，存在于民众之中。日本敢于欺负我们，主要的原因在于中国民众的无组织状态。克服了这一缺点，就把日本侵略者置于我们数万万站起来了的人民之前，使它像一匹野牛冲入火阵，我们一声唤也要把它吓一大跳，这匹野牛就非烧死不可。”
一方面在党的会议上号召共产党员成为执行全民族紧急任务的模范，坚持抗战，坚持持久战，为巩固与扩大统一战线而斗争；另一方面又电令各所属局和八路军的主力部队，集中一切力量为发展武装建立根据地而斗争。这两者并不矛盾，恰恰是相辅相成。因为，在毛泽东看来，发展革命武装，建立敌后根据地，正是执行全民族的全面抗战路线的一项重要内容，是巩固和发展抗日民族统一战线，达到最终战胜日寇目的的必要手段。对于这个问题，毛泽东在中国共产党六届六中全会上所作的结论里，即1938年11月5日所作的《统一战线中的独立自主问题》的报告和1938年11月6日《战争和战略问题》报告里，是阐述得相当深刻而精辟的。
统一战线中的独立自主问题，是当时毛泽东同王明(陈绍禹)在抗日民族统一战线问题上意见分歧的突出问题之一。在表现形式上就是要不要放手发动群众，建立革命武装和巩固扩大敌后抗日根据地；在本质上，就是敢不敢坚持统一战线中无产阶级领导权的问题。王明是中共驻共产国际代表之一，1937年11月回国前曾任共产国际执行委员会委员、主席团委员和候补书记。共产国际派王明从莫斯科回国，正是为了由他在中共中央负责贯彻“一切服从统一战线”、“一切经过统一战线”的共产国际的新政策。王明回到延安以后，不仅在中共中央召开的政治局会议上对党中央在统一战线问题上的许多正确观点和政策提出批评，而且，当他到武汉后，便开始在实际工作中贯彻他的错误主张。王明写文章作讲演，散布了一整套右倾投降主义的观点和主张，其主要的是：抹煞统一战线中不同党派和政治集团的阶级差别，否定抗日营垒中有阶级矛盾，有左、中、右的不同倾向，主张只能“以抗日或降日为分野”，看不到蒋介石集团虽然抗日又有动摇，虽然联共又仍然反共的两面性。他抹煞共产党和国民党在抗日战争中两条不同指导路线的原则分歧和国共两党的本质区别。王明否认统一战线中的独立自主原则，只讲联合、退让，不讲原则、斗争，自愿放弃无产阶级的独立自主立场和无产阶级领导权。王明对中日战争的长期性缺乏足够的估计，不重视大力发展人民武装力量和建立广大的敌后根据地，轻视共产党领导的游击战争的伟大作用。
针对王明的右倾投降主义错误言行，毛泽东在《统一战线中的独立自主问题》的报告中明确提出：为了长期合作，统一战线中的各党派实行互助互让是必需的，但应该是积极的，不是消极的。我们必须巩固和扩大我党我军，同时也应赞助友党友军的巩固和扩大；在民族斗争中，阶级斗争是以民族斗争的形式出现的，这种形式，表现了两者的一致性。一方面，阶级的政治经济要求在一定的历史时期内以不破裂合作为条件；另一方面，一切阶级斗争的要求都应以民族斗争的需要(为着抗日)为出发点。这样便把统一战线中的统一性和独立性、民族斗争和阶级斗争，一致起来了；国民党是当权的党，它至今不许有统一战线的组织形式。国民党剥夺各党派的平等权利，企图指挥各党听它一党的命令。我们提“一切服从”、“一切经过”的口号，如果是要国民党“一切”都要“经过”我们同意，是做不到的，滑稽的。如果想把我们所要做的“一切”均事先取得国民党同意，那么，它不同意怎么办？国民党的方针是限制我们发展，我们提出这个口号，只是自己把自己手脚束缚起来，是完全不应该的。我们的方针是统一战线中的独立自主，既统一，又独立。
正因为以毛泽东为首的共产党人对王明那种软弱无能的腐朽的违背马克思列宁主义原则的思想进行了坚决的斗争，坚决地执行了“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的政治路线，坚决地扩大了解放区和人民军队，才不仅保证了共产党在日本帝国主义侵略时期能够战胜日本帝国主义，而且保证了在日本投降以后蒋介石举行反革命战争时期，共产党能够顺利地不受损失地转变到用人民革命战争反对蒋介石反革命战争的轨道上，并在短时期内取得了伟大的胜利。实践证明，在统一战线中，坚持独立自主原则，放手发动群众，武装群众，建立敌后根据地，是实行全面的全民的抗战路线的必要手段，非如此，决不能够达到团结抗日之目的。
共产党和共产党所领导的八路军、新四军正是由于坚决贯彻了毛泽东的抗战路线和方针，普遍动员武装群众，巩固发展敌后根据地，才为开展敌后游击战争，坚持持久抗战，积蓄了抗战力量，创造了作战的依托，提供了广阔的战争舞台和可靠的后方基地。
据统计，抗日战争时期共产党及其所属部队在华北、华中、华南广大地区，建立了十几块抗日根据地，大体经历了以下四个阶段：
第一阶段，从1937年8月主力红军改编出师至1938年10月广州、武汉失守，为抗日根据地的创立阶段，创建了晋西北，大青山，晋西，晋察冀之北岳、冀中、冀东，晋察冀之太行、大岳、冀南，冀鲁豫之直南、鲁西南，山东之鲁西、湖西、冀鲁边、清河、鲁中、胶东，华中之苏南、皖南、皖中和豫东等根据地。
第二阶段，从1938年11月至1942年3月，为抗日根据地的巩固、发展阶段。华北抗日根据地得到巩固和扩大，华中地区新四军又创建了苏北、苏中、淮北、淮南、鄂豫边等根据地，华南地区创建了东江、珠江、琼崖游击根据地。
第三阶段，从1941年3月至1942年底，为抗日根据地战胜极端困难，坚持斗争，深入建设的时期。
第四阶段，从1943年1月至1945年8月，为抗日根据地恢复扩大阶段。到这一阶段结束，抗日根据地面积已达100多万平方公里，人口1亿以上。
固然，毛泽东在1940年1月通过电报要求北方局、山东分局，115师并告中原局和新四军，把发展武装力量作为工作的中心时，并不能完全掌握武装力量和根据地建设在后两个阶段发展的具体进程，但是这份电报所提出的8个问题，为中国共产党发展武装力量和建设根据地，已经描绘出了一幅发展规划和蓝图。仅以1940年几项大的军事行动为例，就可以看到共产党领导的八路军、新四军迅速发展壮大情况之一斑：
2月，八路军第二纵队成立，给冀鲁豫军区增加了生力军，对统一太(行山)南、豫北的抗日作战指挥，发挥了重要作用。
在抵御了日本关东军和伪军共7万余人对东北抗联第一路军进行大“讨伐”之后，当1940年2月23日第十路军总司令兼政委杨靖宇英勇牺牲后，为了保存实力，东北抗日武装各路军缩编为10多个支队，深入东北各地开展游击战争，进行战略侦察，随后在1945年8月，东北抗日联军配合进入中国东北的苏联红军和八路军、新四军进行反攻作战，为东北全境的解放做出了重大贡献。
3月，八路军第115师一部三战白彦镇，粉碎了日军重占白彦镇控制鲁南山区的企图，巩固了鲁南抗日根据地；平西、冀中军民展开反“扫荡”作战，共歼灭日伪军3800余人，巩固了抗日根据地。
4月至5月，鲁南抗日根据地、晋西北抗日根据地、新四军皖南部队、八路军第129师等部队先后开展了反“扫荡”作战或铁路、公路破击战，主动给日寇以严重打击。
6月至8月，八路军第四、第五纵队成立，开辟淮海区抗日根据地。
从8月20日起，八路军向华北日军占领的交通线和据点发动了大规模破袭战役。战役发起后，八路军参战兵力迅速增至105个团，故称“百团大战”。战役进行了两个阶段，8月20日至9月10日为第一阶段，中心任务是交通总破袭，重点摧毁正太路；9月20日至10月5日为第二阶段，中心任务是扩大战果，重点攻击交通线两侧和深入根据地内之日军据点；10月6日至12月，中心任务是粉碎日伪军的报复“扫荡”。百团大战在第二阶段，固然打了一些与八路军装备不相适应的攻坚战，因而过多消耗了八路军的有生力量和根据地的人力物力，但是，成绩是主要的、意义是巨大的。百团大战历时3个多月，八路军共作战1824次，毙伤日伪军2.5万余人，俘日伪军1.82万余人，日军投降47人，伪军反正1845人，缴获各种枪5600余枝(挺)、炮53门和一批军用物资，攻击据点2993个，破坏铁路474公里，公路1502公里，桥梁和隧道260余处，使正太铁路中断一个多月，同蒲、平汉等铁路也受到不同程度的破坏，沉重打击了日军巩固华北占领区的企图，牵制和消耗了日军大量兵力，鼓舞了全国人民夺取抗战胜利的信心，提高了共产党和八路军的声望。在百团大战打响的同时，皖东抗日根据地军民展开了反“扫荡”作战。
10月，珠江三角洲地区敌后抗日游击战争也广泛开展起来；新四军取得黄桥战役的胜利，与八路军第5纵队共同完成了开辟苏北的战略任务。
年底，晋西北军区成立，华中成立新四军八路军总指挥部，足以表明这两个地区革命武装和根据地的建设有了长足的发展。
由此，我们可以清楚地看到，在抗日民族战争的前期，毛泽东从制定全面抗战路线到教育全党为发展武装建立根据地而斗争，逐一提出并解决了动员中华民族夺取抗日战争胜利的一系列重大问题，为毛泽东军事思想体系的形成，提供了坚强的政治路线和军事路线。正如毛泽东自己在《战争和战略问题》报告中所科学总结的那样；“到今天为止，我们可以自信地说，中国共产党在十七年的斗争中，不但锻炼出了一条坚强的马克思主义的政治路线，而且锻炼出来了一条坚强的马克思主义的军事路线。我们不但会运用马克思主义去解决政治问题，而且会运用马克思主义去解决战争问题，不但造就了一大批会治党治国的有力的骨干，而且造就了一大批会治军的有力的骨干。这是无数先烈的热血浇灌出来的革命的鲜花，不但是中国共产党和中国人民的光荣，而且是世界共产党和世界人民的光荣。”
三、“坚持持久抗战，力求团结与进步”
抗日战争进入相持阶段之后，中国共产党及其所领导的八路军、新四军坚持抗战、团结、进步的方针，同来自国民党营垒的妥协投降和反共逆流进行了一系列的斗争。这种斗争通常称为反顽斗争。
党中央和毛泽东为反顽斗争制定了正确的政治策略和军事行动原则，引导全党全军正确把握抗战中日寇、伪军，反共顽固派和革命武装三角斗争形势，运用灵活的斗争艺术，渡过了难关，克服了危险，保证了共产党和八路军、新四军在政治上、军事上处于不败之地。
在日本帝国主义势力深入中国本土的条件下，在中日民族矛盾压倒了国内的阶级矛盾和阶级斗争，成为主要矛盾的大是大非面前，国共两党由于采取了不同的抗战路线，不同的斗争策略，必然导致不同的抗战结果。
国民党在抗战中做出了一定贡献，特别是在抗日战争初期，作为执政党在全国抗日浪潮的推动下，发挥了积极作用。国民党政府军的广大爱国官兵在抗日战争的正面战场，承受了日寇的炮火，付出了大量牺牲。但是，以蒋介石为首的国民党领导集团不断地进行反共反人民的活动，并表现出向日寇妥协投降的倾向，如果听任这些活动和倾向发展下去，只能导致抗战的失败。
以毛泽东为代表的共产党人正确地处理了民族矛盾和阶级矛盾的关系，强调各阶级各党派的利益必须自觉服从抗日民族战争的总体利益，坚持统一战线中的独立自主，在坚持与国民党团结抗日的同时，对它的反共投降活动，进行有理有利有节的斗争。这些方针政策实施的结果，发展了抗日的进步势力，争取了中间势力，制止了国民党顽固派妥协投降和分裂的逆流，使得抗日民族统一战线能够一直保持下来，最大限度地孤立了日本侵略者和汉奸卖国贼，同全国人民、各党派一道，赢得了相持阶段的胜利和抗日战局的根本转机。
稳健地对付国民党的进攻，军事上采取防卫立场，政治上强调团结抗日，这是毛泽东同志于1940年10月25日发给周恩来的电报的中心内容。周当时正在重庆。这份电报对当时世界反法西斯斗争形势和抗日民族战争的总趋势做出了透彻精辟的分析，明确提出从军事上和政治上对付国民党顽固派进攻的斗争原则和方针。随后的抗日斗争实践表明：这些斗顽的原则和方针，在准备待机时期是普遍适用的，为全党全军取得抗日战争战略相持阶段的斗争胜利提供了强大的思想武器。
毛泽东在《电报》里提出，“政治上强调团结抗日，向国民党及中间派及广大人民说明，贝当路线与英美路线两者的危险性，强调独立自主的抗日战争，说明目前的反共反苏是放弃独立战争加入英美同盟的准备”。
这里，两个“强调”，两个“说明”，把反顽斗争的实质揭示得一清二楚。就是说：坚持“抗日、团结、进步”的路线是夺取抗战胜利的惟一正确路线，而贝当式的投降主义路线和英美绥靖路线，只能牺牲中国的利益，造成抗战失败的结局。共产党强调独立自主的抗战方针，对各党派的发展壮大，对全民族的解放和进步，都是有利的。而国民党顽固派执意反共反苏搞摩擦，其实质就是要中华民族放弃通过抗战达到独立富强之目的，而为加入英美同盟，成为帝国主义的附庸作准备。
