（三月戊申），兵部覆都给事中张卤奏「请申明闽广巡按、纪功御史职掌」：『每当用兵，以调度机宜责之巡按，以随军按录功罪责之纪功；俱不令兼制。差期，俱以一年而更。又玄锺参将当令兼摄漳、潮交会地方，以兵往来黄冈、柘林、大城、南澳间，而严盗卖火药之禁。其有奸民与贼通者，本犯凌迟，全家处斩；比邻不举者，谪戍』。上命如议行之。
庚戌，录闽、广协剿海寇吴平功，命原任巡抚都御史听调汪道昆候缺推用、升福建总兵戚继光右都督，各赏银、币；升前海道右参政周贤宣等俸一级，仍与把总胡世等各赏银有差。
戊辰，海贼曾一本勾引倭寇犯广东，破碣石、甲子诸卫所，官军御之无功。雷琼参将耿宗元御下素严，及是声言欲斩败将；周云翔、廖凤、曾德久、廖廷、相云翔等大惧，乃谋作乱。会宗元阅兵于教场，云翔等忽鼓噪跃起，手刃宗元、执通判潘槐以叛，遂与贼合。已而潘槐自贼中诱擒廖凤，献之巡抚都御史熊桴所：桴具以闻。给事中张卤因劾桴解纷无略、抵饰虚词，而原任总督张瀚候代未行、坐视不省，及总兵郭成逗遛潮阳、按察司副使张子弘监督无状；乞并议罚。得旨：『瀚降一级听用；桴等俱住俸，戴罪剿贼』。
（五月辛亥），初，广东叛将之杀耿宗元亡入贼巢也，贼屯兵平安山、大峒等处，入掠海丰县，从鹿境渡河。会总兵郭成等方率兵进剿，而南赣巡抚张翀亦遣参将蔡汝兰等兵至；于是共趋大浦白云屯以入平山，夹攻之。凡月余，各部共擒斩一千三百七十五人——内生擒真倭酋丘古所一人，从倭一百余人，夺归被虏通判潘槐而下六百余人；叛将周云翔溃围出走，成部卒擒之。捷闻，上命先赏，蔡汝兰而下兵部议功。至是，部言：『郭成、蔡汝兰执讯获丑，张瀚、熊桴运筹制胜，张翀救灾恤邻，其功俱宜先叙；而藩臬有司官张子弘等、坐营守备李峨等二十四员并其余获功官兵，乞行纪功御史勘奏。丘古所及周云翔等即令枭示，以正国法』。得旨：『张瀚复原职听用，熊桴等俱开俸；桴仍与郭成、张翀各赏银三十两、纻丝二表里。余悉如议』。
（乙卯），升赏福建南澳等处地方获功阵亡、被伤官军民兵胡世等五百九十九人。
六月癸酉朔，总督两广、福建军务都御史刘焘条上广东贼势及兵食至计言：『广贼有五种：其首恶，曾一本及碣石残倭，流毒最甚；亟宜殄灭。其次，则沿海通贼居民；若一概诛剿，则既绝其可生之路而益坚其从贼之心。请揭榜晓谕，许其自新；
不悛，乃重置之法。其次，山贼黎汝诚等；抚之固无所顾忌，剿之亦不可胜诛。宜抚剿并行，殄其首恶，则余党自可传檄而定。其次，抚贼林道干，叛服不常，固有养虎遗害之忧；然业已听抚，又立功海上，宜察其果无异志，即当推心置腹，勿使自疑。此三种者，皆可以计定，而不可以兵劫者也。其目前平寇之计有二：一、厚赏格以励士气——查得原议赏格，凡斩贼一颗，赏银二两；斩获曾一本，升职一级：军中咸以为轻。乞仿征蛮事例，一人自擒斩三名颗、四名颗、五名颗者升实授一级，不赏；六名颗以上者亦升一级，余功扣赏。领军、领哨等官，部下擒斩一百名颗升署一级、三百名颗升实授一级，俱不赏；四百名颗以上亦升一级，余功扣赏。例应赏者仍量贼大小、成功难易，分为下、中、上、奇四等给散。有斩获曾一本者，若平民即升授指挥佥事、指挥即加升都指挥使，俱准世袭；仍照前议给赏。一、积粮饷以裕兵食——前者，兵、户二部已发银十万两；今调兵数多，馈饷犹恐不给。乞令户部移文督责各省原贷广中军饷银两速行补还，并南京户部再发公帑五万两助给』。兵部覆奏，得旨：『如议』。
（七月）甲午，广东巡按御史杨标言：『海贼曾一本虽已会师夹剿，而他寇尚多；如林道干最号黠狡，及林容、程老、王老等皆四出卤掠。宜乘胜荡平，勿贻将来之患』。兵部覆如标言，上然之。
（八月丙午），福建巡按御史勘报澳头等处失事状，福宁卫后所副千户刘应谦以城陷论斩，指挥杨涌等降、罚有差。
（癸丑），录平闽、广巨寇曾一本功，升总督两广、福建军务右都御史刘焘为左都御史，巡抚福建右佥都御史涂泽民、巡抚广东右佥都御史熊桴俱右副都御史，荫一子入监读书，督、抚如故；广西总兵都督同知俞大猷为右都督，福建总兵都督佥事李锡、广东总兵都督佥事郭成俱署都督同知，原任参将王诏实职三级，副使柴涞、广东海道佥事杨芷、监军副使江一麟各一级，及福建三司、府州县官陈典等二十三人各赏银、币有差。死事把总胡世、赵纪、哨总王宗瀛等各赠官，立祠享祀，仍升其子官二级。军士死创者，人给银伍两。命纪功御史王宗载、参赞主事王俸还京；仍赐兵部尚书霍冀银三十两、纻丝二表里，侍郎曹邦辅、曹亨银十五两、一表里，职方司郎中孙应元十两。先是，一本劫掠闽、广间，势益猖獗；上命焘兼兵部右侍郎往督三省师，又调大猷率兵会闽、广夹剿。六月，大猷及锡先与贼遇于柘林澳，三战皆捷，俘斩甚众；贼遯入马耳澳，整众复战。会成及诏率广东兵至，次莱芜澳，分三哨进攻。一本势穷，自驾大舡战益力；成等复败之，遂焚其舟，贼多赴水死。诏生擒一本及其妻郑氏并族党尾叔等，斩首五百余级；贼平。督、抚官以捷闻，兵部以闽、广诸将相为掎角，功当并叙；故有是命。一本寻死，仍磔其尸，并尾叔等枭首以徇。
（十二月庚子），以广东潮州府擒剿林樟等巢贼首郭明等功，赏总兵郭成、兵备佥事杨芷、监军副使江一麟等银两有差。
初，潮、揭、浦、惠诸县山贼依险为巢者以百数，郭明据林樟巢、胡一化据北山洋、陈一义据马湖寨，声势相倚；屠戮劫虏，盖二十年。是年九月，成等率官军分部进剿，明及一化、一义并伏诛，斩首及俘获者一千三百有奇；诸巢悉平。至是，总督刘 焘奏捷；且言抚民林道干等实用命，宜许赎罪。上既赏成等，而命御史勘道干功状以闻；又以广中山寇尚多，饬焘等亟为剿灭，毋玩愒养寇，以贻民患。
辛酉，琉球国中山王尚元遣其臣守备由必都等归我日本虏去人口，守臣以闻。上嘉尚元虔效忠诚，赏银五十两、彩缎四表里，仍赐敕奖励；由必都等各给银、币有差。
（隆庆四年正月戊寅），总督两广、福建都御史刘焘奏「讨平海寇林容等功」，命赏兵备张士纯等银两有差，磔贼首林容等于市。容，本海寇吴平残党，巢聚西海，劫掠为患。与曾一本残党许瑞相攻于吴川赤水海面，容败被执；瑞遂因容所虏千户朱本源求抚，献容等首从三百余名、被虏教官谢赞、谢式、谢庠、陈渐阶、生员周坦等男妇四百余名。事闻，兵部因请释瑞勿诛，许其立功自效。报可。
（八月丙申朔），以福建山海寇警，免福州、兴化、泉州、汀州、漳州五府、福宁州、福清、同安、惠安、漳浦、诏安、上杭、宁德七县正官朝觐。
（隆庆六年二月庚戌），先是，广东惠州海贼六百余人破甲子门所，杀千户董宗儒及军民二百余人，掠二百余人以去，抚寇朱良宝等遂反；名色把总韩国、李时魁领兵御之，贼夜袭破国等于程洋岗寨，杀二十余人、虏六百余人。至是，巡按御史赵焞勘上其事，请治百户吴一道等、千户田于藩等、指挥李臣、经历郭标及国等失事罪，并罚治碣石右寨把总白玉及海防佥事金柱等；且言：『甲子门所城十年三陷，几为丘墟；而程洋岗等寨切近寇巢，民不安枕。况海倭无岁不来，而抚寇桀骜日甚。
乞责督、抚官亟图善后之策』。兵部覆奏，上是焞言。命停玉等俸三月、柱等二月，下一道等御史问。
（闺二月甲申），命南京右军都督佥书右都督俞大猷充总兵官，镇守福建并浙江金、温等处。
（三月己丑），提督两广军务右侍郎殷正茂奏：『抚民许瑞出兵攻剿倭寇，生擒七十八人，斩首二十五级；请授把总职衔，以示优异』。兵部谓「广盗未靖，姑厚其赏；令尽剿诸贼，乃并授官」。命如部议。
（五月戊戌），广东海贼李茂破乐会县，乞招降；守臣欲许之，科臣梁问孟等以为不可。兵部言：『李茂本以林容余党攻毁县城，罪在不赦；岂可听其甘言单词苟安目前，重贻后患！宜令提督侍郎殷正茂详议，或阴假「招安」以为擒剿之图，无堕贼计』。上是之。
