万历二十年倭犯朝鲜，二十五年增设澎湖游兵；四十五年倭犯龙门港，增冲锋游兵。其地环衍可二百余里，地斥卤，水咸涩，常燠多风，稼穑差艰。峙正中者曰妈宫屿，从西屿入二十里为茶盘，又十里即娘宫屿矣。波平浪息，无淜奔激射之势，其状如湖，因曰澎湖。宽可泊船，面为案山，右为西垵，各置小城，列铳为守，名曰铳城。又左为风柜山，高七、八尺，分军戍守，与案山、西垵相犄角。东为嵵里澳、猪母落水，最当南之冲，由陆趋妈宫三十余里，旧有舟师戍守；今既筑铳城，以防横突。又东南向为锁管港、林投仔、龙门、青螺诸澳。龙门有原泉，旧为居民聚落。万历三十五年，倭突犯泊此屿。西为西屿头，有果叶澳，泉甚洌，可饮。稍北为竹篙湾。又西为囗〈虫咠〉仔湾。又西北为丁字门、水吼门，今皆有兵戍守。屿北为北山墩。又北太武稍卑为赤嵌。循港而进为镇海港，垒城于此。又西北为吉贝屿。又北太武与中墩称两太武，俱最高，便于了望。妈宫稍后二里有稳澳山，颇平坦。天启二年，高文律乘戍兵单弱，以十余船突掳澎岛，遂因山为城，环海为池，破浪长驱，肆毒漳、泉。总兵俞咨皋，议于稳澳山开筑城基，大石垒砌，高丈有七，厚丈有八；东西南留三门，北设铳台一座，内盖衙宇营房，凿井一口。戍守于此，以控制妈宫（「方舆纪要」）。
前此覆辙，患在兵虚将惰；而虚兵之原，皆由台地招兵，换名顶替。盖兵从内地抽拨，逃亡事故不为申报，每至放饷，即留饷以饱私橐。即有召募，强半市井亡赖，空名挂籍，含混欺朦，则主帅大府之过也。当责总兵不时清厘，使随丁悉照定例，空粮悉行拨补，无籍之人一名不得妄招，到伍之兵一名不得顶替，则虚冒之弊可除。兵既充伍，而训练尤所当亟讲者。拨换入班，即宜配明队伍，将统弁、弁统队、队统卒；清查器械，不足者补之、不精良者淬砺之，按期操演。各营将操期并演何技勇，逐月汇报，务使兵与将习、手与器习、而后可以分汛。又当斟酌变通：台地辽阔，大汛驻兵一、二百名，或数十名，究之官多离汛，兵多聚赌，有汛防之名，无守望之实，多兵亦奚益乎？防汛分作几处、匀作几班，统以该汛弁目，于本汛乡庄市镇山口港隘分地划界，巡哨侦探；有事则飞报本营，酌量调遣追捕；无事则远者一月一换，近者半月一换。歇换之兵，归营操练，更番戍守。人无偏劳，声息可以时通，庶卖汛旧弊，自此绝矣（「赤嵌笔谈」）。
划汛而守，固无失伍之虞；按季而防，又有及瓜之代。凡以专责成而均劳逸者，制甚周也。身厥任者，自当严卒伍、勤巡警，务使四境安宁，家无夜吠之犬；重洋清晏，海无鼓浪之鲸。当今海宇升平，边陲清肃，但使兵有卫民之心，弁无纵兵之弊，则兵辑民安，更何有鞭长莫及之虑？今澎湖两营战守之兵，分驻汛防，共十有三处；度地势之险要，定口岸之冲要，守望之声援可按，远近之呼吸相通，斯真岛屿之干城而瀚海之保障也哉（节胡氏「纪略」）！
光绪十三年，汛防改章：
自同治间裁兵加饷，澎湖各汛兵额屡经改易。遭兵后营册无存，迨光绪十三年，升协为镇，营政一新。兹检从前所采册籍防务，附载于后，用备参考；而以现行章程，胪列如左。
专防妈宫汛：千总一员，战兵三名，守兵八名。
嵵里汛（兼管文良港、风匮尾）：把总一员，战兵四名，守兵八名（文良港战兵三名，守兵七名。风匮尾战兵二名，守兵八名）。
八罩将军澳汛（兼管挽门、水垵）：把总一员，战兵五名，守兵七名。
——以上左营。
专防妈宫汛：千总一员，战兵四名，守兵六名。
西屿内堑汛（兼管外堑、小门）：把总一员，战兵三名，守兵四名（外堑汛战兵二名，守兵三名。小门汛战兵二名，守兵三名）。
北山汛（兼防吉贝汛）：外委一员，战兵二名，守兵三名。吉贝汛配兵同。
——以上右营。
谨按：近如新城、虎井，远如赤嵌、镇海，未配汛兵者，盖以裁兵之后不敷调派故也。
海防
海口原有炮台。光绪十三年春正月，总兵吴宏洛拆建西屿东、西两炮台。其金龟头、大城北新造两台，式样较高，与前迥异。金龟头炮台后约半里之地，造大火药库。库前造水雷局一所，十五年正月工竣。
附考
妈宫口一带，自水仙宫口起至西城止，沿海用石筑成矮堞，共三十五座；高七、八尺，厚三尺，长不等。嘉庆九年，副将王得禄造（据「续编」。今改建）。嵵里澳井仔垵社西南铳城一带，石筑矮堞共二十八座；高四、五尺，厚五尺余，长不等。嘉庆九年驻澎副将王得禄造（据「续编」。今废）。新城炮台一座，就西城旧地改建；前面炮墩八个，上下俱用石板，周围筑有外墙，凡一十五丈六尺。旁开隧道出进，内有官厅、兵房、马道之属。金龟头炮台一座，略如前式，俱同治三年副将吴奇勳建，共费银一万六千八百七十余两（据同治间「案牍」。今废）。小炮围一所，如半月形，贮大炮一门。光绪七年副将苏吉良造，计领项五百十一两（据「案牍」。今废）。西炮台，安设后膧炮四尊（在西屿外垵，十寸径口两尊，十二寸、六寸径口各一尊）。东炮台，安设后膧炮三尊（在西屿内垵，七寸、八寸、十寸径口各一尊）。金龟头，安设后膧炮三尊（在妈宫隘口，十二寸径口一尊，十寸、七寸径口各一尊）。大城北大炮台，安设后膧炮三尊（在大城山顶，六寸、七寸、八寸径口各一尊）。东城，安设后膧炮五寸径口一尊（在大东门之东南方）。
右后膧炮十四尊，名阿姆斯脱朗，系英国所造。谨按，外垵金龟头为口要害，宜多设数尊，较为严密。
水雷局，在小西门内，贮有军械。
其港口则有战船。康熙初建立营制，额设大赶缯十只、航艍十六。计左营绥字、右营宁字，各十八号。乾隆二十五年奉文裁汰宁字三只，实存三十三只，应派巡缉、驻防、换班、护饷各差，又有在厂修理，已觉不敷调派。是以各任协军，皆有私造小哨，以资差遣。后来额设各船，年久损坏，或变价发卖，无一存者矣。兹两营船，仅有其名；若又多运载兵米之差，更觉缓急难恃，则添设龙艚小哨，亦所宜讲欤。兹将现存之船，谨列如左。
左营额设师船：澎字一号铜底大拖罾船一只，长十一丈一尺，梁头阔二丈五尺；同治十一年五月由厦厂造竣到营，光绪三年冬小修。澎字二号铜底大拖罾船一只，长九丈八尺，梁头阔二丈三尺；同治十年十二月由厦厂造竣到营，光绪三年春小修。以上船皆无存，现尚有致果快船一只。
右营额设师船：台字二号铜底大拖罾船一只，长十丈零五尺，梁头阔二丈四尺三寸七分五厘；同治十年七月由粤造竣到营，光绪二年四月遭风击坏，三年八月发款重修完竣，在营巡缉。以上无存，现尚有澄字快船一只。
附考
福建外海战船名号凡十：曰赶缯船，曰双篷艍船，曰双篷船，曰平底哨船，曰圆底双篷哨船，曰白艕囗〈舟古〉船，曰哨船，曰平底船，曰双篷哨船，曰水底囗〈舟贡〉船。台湾厂承修额设战船九十六只，内澎湖三十六只。「皇朝通典」、「台海使槎录」云：台澎各标营船，初俱分派通省内地厅员修造，康熙三十四年改归内地州县。其尚可修整而不堪驾驶者，内地之员办运工料，赴台兴修。迨按粮议派，台属三县亦分修数只。此非偏庇台属，以内地各厂员多力分，工料俱便，不烦运载，可以克期报竣。后定在近道府监修，统计闽省船只匀派通省道府，乃将台澎九十八船，内派台湾道府各十八只，余俱派入内地。既而仍归内地修造。惟未朽烂而不堪驾驶者，留台修补。至康熙四十四、五年间，仍旧改归台属；而派府船数倍于道，令其与福州府分修。议于部价津贴运费外，每船捐贴百五十金，续交盐粮厅代修其半，道镇协营厅县共襄厥事。迨后专责知府，并将道船亦归于府。雍正三年，两江总督查弼纳题准，设立总厂于通达江湖之所，百货聚集，鸠工办料均属省便。每年派员监督，领银修造；再派副将或参将一员，公同监视，务节浮费，均归实用。部价不敷银两，历来州县协贴，仍应如旧。复经总督满保会题将台澎战船九十八只，于台湾设厂，委令台湾道协监督修造。于是各政尽归台厂，而道协责任独重矣（旧「郡志」）。
其洋面则有巡哨。澎湖旧制：每岁于二月起至九月底止，副将坐驾兵船四只出洋，在于左右两营所辖洋面总巡。自二月起至五月底止，两营游击各带兵船四只出洋，在于本辖洋面分巡。自六月起至九月底止，两营守备各带兵船四只出洋，在于所辖各洋面，梭织哨捕。又十一月、正月系单月，分两营游击，各带兵船四只，出洋轮巡。十月、十二月系双月，分两营守备，各带兵船四只，出洋轮巡。定例：凡将备出洋巡哨，每月于初二日，在南势左右两营交界之花屿洋面，兑旗会哨；十六日在北势左右两营交界之鸟屿洋面，兑旗会哨（以上「纪略」）。
澎湖两营新章试办洋期：自正月起至六月底止为上班，属副将统巡，总带两营兵船六只（各营应派三只）出洋督缉。两营都司分巡，各驾兵船一只。两营千把总专巡、两营外委协巡，各驾兵船一只，分段巡缉。自七月至十二月底止为下班。秋季属左营都司统巡，冬季属右营都司统巡。俱总带两营兵船六只，出洋督缉，各该三个月之期。两营千把总分巡、两营千把总专巡、外委协巡，各驾兵船一只，分段巡缉（以上营册）。
附考
澎湖出洋巡哨，由妈宫澳开驾向西，至西屿头，经内堑、外堑复收泊西屿头内大果叶登岸。大果叶二里，左为缉马湾、右为小果叶，南四里至内堑，按季轮拨千、把各一员；澳口炮台一，东山顶炮台三。内堑西南三里，左为外堑，澳口炮台一，西山顶烽台三。东北经缉马湾、小果叶八里至小池角，西北四里至大池角，十五里至小门；炮台一，烽台一。四里至鴒界头横礁，三里至竹篙湾，仍回至大果叶。十里登舟，由内港驾至北山瓦硐港寄泊登岸，四里至通梁，三里至后寮，二里至大北山。山顶了望，北为吉贝屿、姑婆屿、土地公屿、铁砧屿、目屿、白沙仔屿、险礁；东为湾贝各屿、蓝笨仔屿、鸟屿、鸡膳屿、碇齿屿。欲赴吉贝各屿，须出吼门往北。若逆流风，未可驾驶。瓦硐港四里至大赤嵌社，南有塘汛，按季轮拨千、把各一员。一里至小赤嵌，三里至港仔，东二里即崎头，东南二里至镇海，三里至港尾，二里至城前；仍至瓦硐港登舟，从吼门出洋，哨船由西屿头外收入内垵寄泊，回妈祖宫澳。再妈祖宫澳开船出哨，由西往南，经鸡笼屿、四角仔、桶盘屿、虎井，直抵八罩，经鸡笼澳，入挽门汛（南北风可泊五、六船）。按季轮拨千把各一员。汛后山顶炮台一。由塘口往西南，一里至网垵，南为半坡屿、头巾礁、铁砧屿、垵仔屿，西南为大屿，西北为花屿、猫屿、草屿，西北半里至瓮菜堀。北四里至花宅，四里至水垵。垵口北炮台一（南风时可泊船）。复回挽门汛，东隔半里为将军澳，与挽门汛对峙（立冬后可泊四、五船）。东临海有石山，名船帆屿，山顶炮台一。向北为金鸡屿口，往东南，至东吉、西吉、锄头精屿。至文良港驾回，经过锁管港、猪母落水、虎井、嵵里、风柜尾、鸡笼屿、四角仔，回妈祖宫澳（「赤嵌笔谈」）。
陆巡，由妈祖宫澳四里至暗澳，有巡检司（按暗澳即文澳，后改为通判署）；三里至东卫，五里至大城北，三里至隘门仔，一里至林投仔垵南香炉屿、鼓架礁，四里至尖山仔，一里至文良港东鼻头；烽台一，可望阳屿、阴屿。北五里至果叶仔，二里至奎璧港，北三里即奎璧港山。西三里白湾坑，二里至湖东，二里至湖西，五里至红罗罩。北三里至青螺仔、红罗罩，半里至西溪仔。南三里至太武仔，西三里至港底，北一里至东石，六里至沙港头，南三里至鼎湾，西北三里至中墩屿，潮退可通。西南二里至潭边，南二里至港仔尾，三里至蚱脚屿，三里至东卫，四里至西卫，三里至后堀潭，四里至妈祖宫澳。再陆巡用大杉板，往嵵里山后登岸。嵵里澳口炮台一，山顶烽台一。五里至风柜尾，澳口炮台一，烽台一。东二里至井仔垵，东南四里猪母落水，东北二里销管港西角，一里鸡母坞。北五里至铁线尾，八里至乌嵌，五里至双头挂，与大城北相对。三里至菜园，三里至暗澳，回妈祖宫澳（同上）。
巡哨海口，责之水师。远近岛屿必明，港澳险易丛杂交错之区，上下风涛必察。湾泊向背，取水候风之所，善其舟楫械器，实其行阵击刺，定其游巡往来；毋潜伏内港，空文申报。驾驶既熟，乘风自易，则整练平时，可资备御，出师剿捕，可成劲旅，宁有兵虚将惰之患哉（「赤嵌笔谈）」！
其昏夜行船，则有灯塔。西屿外堑山上，原有天后庙，前郡守蒋元枢、通判谢维祺，捐俸醵金，于山巅建七级石塔。顶层四围制镶玻璃，内点长明灯，着人守护，每夜点亮，以利舟行。准取商渔船规，以资灯油辛劳之费。并建天后庙及公馆一所，为往来官商憩息之地。因所任非人，年久废弛。道光四年通判蒋镛会营筹款重修，议定五年以外大修一次。又经郊户商船凑捐百余元，于塔边典买园丘，召募有家室之人，住守管耕；另典当市店一所，契字簿据交天后庙董事轮管收租，买备灯油，按月付支。
