五年正月，赏双眼花翎。宗棠班师回闽，续办各属土匪，一律肃清。五月，奏请设立船厂，试造轮船。略云：『东南大利在水而不在陆，自广东、福建而浙江、江南、山东、直隶、盛京以迄东北，大海环其三面；江河以外，万水朝宗。欲固海防，非轮船不可。无事之时，筹转漕，则千里犹在户庭；筹懋迁，则百货萃诸廛肆。有事之时，筹调发，则百粤之旅可集三韩；筹转输，则七省之储可通一水。匪特巡洋缉盗有必设之防，用兵出奇有必争之道也。国家建都于燕，津、沽实为要镇。自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设；星驰飙举无足当之，非急造轮船不为功。船厂之地，臣已择定福建罗星塔一带地方，开槽浚渠，水清土实。先购机器一具，巨细毕备；觅雇西洋师匠与之俱来。先以机器造机器，积微成巨、化一为百。机器既备，成一具轮机，即成一船；成一船，即练一船之兵。比及五年，成船稍多，可以布置沿海各省，遥卫津、沽。由此更添机器，触类旁通：凡制造枪炮、炸弹、铸铁、治水有益生民日用者，均可次第为之。计五年内，约费不过三百余万两。如能办理得人，以后必多获益』。得旨：试行。八月，调陕甘总督。九月，奏陈闽浙兵制，请减兵加饷，就饷练兵；下部议行。十月。奏陈台湾吏事、兵事，宜早绸缪；略言：『台湾设郡之始，由内地各标营调兵更番戍守，三载为期；用意深远。自班戍之制不行，有册无兵，战船无一存者。自道标裁撤，遇有剿捕事宜，文员不得不借重武营；一任其虚冒侵欺，莫敢究诘。吏事，则官索陋规、民好械斗。宜复班兵旧章，三年更戍。仍设道标，俾有凭借；申明镇兵归道察看之例，互相维制。移修船之费制船，巡洋募练水兵；永革镇、道以下陋规，别筹办公津贴。生番有心内附，宜弛垦荒之令，齿于编氓』。上悉嘉纳。又奏荐丁忧在籍前江西巡抚沈葆桢接办船厂事宜。诏嘉宗棠『于轮船船厂事在必行，不以去闽阁置；沈毅有为，能见其大』。寻奏报交卸西征，请命前浙江按察使刘典帮办陕甘军务。允之。十一月，请各省协饷，由部议拨定实款。
六年正月，奏陈筹办情形；略云：『臣旧部得力将领，除已授实缺外，均奏署要缺；镇将若檄调随征；闽省空虚可虑。故携以同行者，仅三千余人，刘典亦仅令选募旧部三千人；初意南人用之西北非宜，祗可多挑营官、哨长之才。入秦后，将陕、甘见存兵勇分别汰留，而匀拨胆技稍优弁勇充当亲兵护哨，编列成营，以倡其勇敢之气；庶臣粮可资节省，陕、甘饥军渐有位置。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，先清腹地。然后客军无内顾之忧，饷道免中梗之患。谨一面采买口马练习马队，俟所调各军取齐，由襄、樊出荆紫关，经商州赴陕，沿途遇贼即击。抵陕后，增练马队，设屯田总局；相度秦、陇要隘，有水草可田牧者，开设屯田。汰陕西各营疲冗，愿留屯田者，编入册籍，指地屯牧；不愿留者，资遣。然后军制明而内讧可免，屯事兴而军食渐裕。甘省回多于汉，兰州省会形势孤立，非驻重兵不能守；驻重兵，则由东分剿各路兵分见单，不克挟全力与俱一气扫荡。将来臣军入甘，应先廓清各路，分别剿抚；俟大局戡定，然后入驻省垣，方合机局。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；进驻兰州，必先清各路之贼。然后饷路常通，师行无梗。至兵事利钝、进止久速，非熟审彼己长短之形、饥饱劳逸之势，随机立断不能；未可臆度而遥决也。臣于西北兵事未曾经历，所部均南方健卒，捻、回伎俩并无闻见；若不慎之几先，加以迫切。诚恐所事无成。伏愿皇上假臣便宜、宽以岁月，勉竭驽钝，次第规画，以要其成；剿捻、剿回，均惟事机所在』。奏入，上嘉其洞中窍要，授为钦差大臣，督办陕甘军务。四月，追击鄂捻任柱、赖汶洸于随州、樊城，与刘典等军分道入关。奉旨以『捻逆张总愚一股屡为陕军痛剿，逆焰已衰；宗棠入关后，务与提督刘松山等军会合夹击。就地殄除』。维时捻逆方窜渭北，官军屡败之；宗棠虑其回窜鄂、豫，饬诸军扼渭驻营，杜其偷渡；督饬山西按察使陈湜办理河防。八月，捻逆渡泾东窜，官军大举围逼。十月，捻逆入北山；分股狂奔，陷延州、绥德；回逆同时狓猖。宗棠自请严议；坐降二级留任。十一月，捻逆由宜川渡河南窜。宗棠亲督刘松山、总兵郭宝昌诸军入晋兜剿。请旨敕刘典等暂行督办陕省剿回事务；并以调度无方，自请从重治罪。奉旨：革职留任。十二月，捻逆窜卫辉。宗棠取道翼城东趋入直，刘松山等绕出贼北，向南压剿。
七年正月，捻逆窜衡水、定州。上以宗棠未能将捻股在陕歼除，致令窜扰畿辅，交部严议；寻降二级留任。捻逆窜保定，刘松山等军追至；得旨：嘉奖优叙。宗棠抵获鹿，命总统见到各省官军。宗棠督饬诸军，破贼献县、深州、束鹿、博野、深泽、饶阳、肃宁等处。二月，捻逆渡滹陀；谕宗棠迅督前敌诸军追剿，破贼封邱、滑县，卫辉、延津、临清等处。四月，捻逆回窜东光吴桥。上以宗棠等追军落贼后，调度无方，交部议处；责令绕前兜击。闰四月，以未能依限灭贼，交部严议。宗棠以黄、运两河增涨，与钦差大臣李鸿章等会筹沿运筑墙，且防且剿；各军迭获大胜。七月，官军蹙贼于徒骇河，张总愚投水伏诛；捻匪平。诏以宗棠追剿尚属迅速，抵直隶后督军截击、扼守运防，亦颇严密；开复迭次降革处分。旋赏太子太保衔，照一等军功议叙。宗棠力辞；谕曰：『据左宗棠奏：追剿无功，难以忝窃；请收回成命。觉其情词，甚为恳挚；惟国家论功行赏，自有常经。该大臣其勉效驰驱，用副委任，毋许固辞』。八月，入觐；赐紫禁城骑马。覆陈晋省防务，请敕山西巡抚、绥远城将军凭河设防，严密布置，以免罅漏；陕、甘饷绌，请敕军机大臣、户部指拨实饷。允之。九月，奏言：『陕、甘每年，缺饷，总在四百余万两。兹捻氛净扫，各省解严；节出之饷需、赢余之厘金洋税不下千余万两，用东南之财赋、赡西北之甲兵，此可为陕、甘常年经费请者也。谕旨允军机大臣、户部之请，拨各海关六成洋税项下银百万两，为臣西征实饷；请提前协解，以应急需。如未能如数，由各督、抚出具印票，交上海转运局员转向洋商借取见银解陕。此项未到之前，恳敕山西抚臣于河东盐课项下丁，无论京协各款提拨二十万两；臣得一意经营，别无顾虑。至陕、甘全局安危，不争一时兵事利钝；一面用兵，一面即须筹办善后，庶几一了百了。恳恩敕筹陕、甘常年实饷，每岁于洋税、厘金项下划提实银四百万两分给陕、甘，酌时势之缓急，定协饷之多寡。臣当尽心力所能到，黾勉图维，与西事相终始。期挈全境还之朝廷，断不敢或作、或辍，虚负恩知；亦不以余粟、余财，自污素节』。下军机大臣、户部议行。十月，抵西安。时陕省东北延、榆、绥各属土匪游勇所在纷扰，与甘回相附丽。西南回匪踞宁州董志原为老巢；北接庆阳、南连邠、凤、东北达鄜、延；逆回杨文治、白彦虎、马长顺、禹得彦、崔伟、马正和、陈林、马正刚、马生彦、冯均福、邹阿浑、余彦禄等十八头目（号十八营），四出剽劫。宗棠部署诸军，分道逼剿。白彦虎等分股掠食，破之鄜州洛川中部、陇州、甘泉、邠州、汧阳、宜君、三水、泾州、清涧等处，刘松山等破土匪十数万于绥德、靖边，降其魁董福祥、李双良、张俊，榆、绥肃清。
八年二月，董志原回逆倾巢出犯，大败之；贼弃巢窜灵州，庆、泾肃清。四月，奏言：『此时最急者，乘时耕垦、择要兴屯，以活遗黎，以储军食；军民渐有固志，乃可徐图进取。驻军董志原，扼秦、陇关键；驻军秦州，通兰州饷道；驻军正宁、宁州间，为进庆阳之谋；驻军泾州，为通平固之渐。皆主固泰规陇，不敢造次』。上嘉其老成持重，仍谕令乘胜进剿。五月，奏『搜捕各匪净尽，陕西肃清。宗棠进驻泾州，遣刘松山由北路进定边花马池，截宁、灵之贼；道员魏光焘等由中路出宁州，向环庆；提督雷正绾等趋华亭，规平凉；中书吴士迈等由南路宝鸡，趋秦州；提督马德顺等驻灵台，策应南北两路』。并陈甘饷窘迫，请敕各省力筹协饷，遴员署府、州、县，办理赈垦抚辑事宜，请敕部勿拘成例。均从之。时陕回窜灵州者，散布黑城子、预望、同心各堡；金积堡回酋马化漋修阳为归顺，代禀求抚，仍资以粮米、马械，嗾使抗拒官军。五月，南路进剿河州窜回连胜，贼遁归巢，兰州运道渐通。八月，奏言：『陕、甘逆回萃于宁夏所属平罗、灵州、中卫一带，其东窜缠金之贼，提督张曜击之沙金、托海、磴口，解阿拉善定远重围，穷追至广宗寺，复进贺兰山，距宁夏不远；提督宋庆，击退鄂尔多斯及五胜札萨等旗之贼；都统金顺，行近磴口；刘松山抵花马池。北路兵力已厚，边内外渐可肃清，南路亦渐有肃清之望，中路平凉府属固原以北，陕回畸零小户赴营求抚者，指荒绝地亩，随时安插。盐茶厅民张贵踞庄浪县丞辖境威戎、镇水、洛城等堡，聚众二十人营，与镇原匪首孙百万勾结，为平凉、秦州一大患。孙百万就擒，张贵谋变益急：见派兵直捣贼巢，并搜剿踞秦安、神峪河另股回逆。如能迅速蒇事，再分兵进剿宁灵、河狄逆回，甘肃大局可期复振。此臣规画度陇之大略也』。是月，道员黄鼎、总兵简敬临平威戎、镇水、洛城贼巢，张贵及其党侯得应就擒。宗棠檄中路官军扫荡而北，刘松山由花马池抵灵州；檄马化漋谕甘回，毋妄动；遂剿陕回于郭家桥一带，毁其巢，进据下桥，陕回窜吴忠堡。马化漋嗾甘回扑营索战，松山击退之；旋台陕回大股来犯，官军迭胜。马化漋嗾灵州甘回袭踞州城，以松山杀降激变，央总兵胡昌会具禀署陕甘总督穆图善；穆图善与绥远城将军定安以闻，谕宗棠查明具奏。宗棠奏言：『马化漋阴贼险狠，天下共知。自就抚后筑寨修堡、购马造械，与陕回相首尾。西宁、河狄各回民无不仰其鼻息，宁灵一带周数百里汉民几无遗类；妇女产业均归金积堡，老弱死亡、壮丁为其佣工佃雇。失此不图，张骏、元昊之患必见诸异日。臣此时扶同徇饰以负皇上，将来蒙旨诘责，死有余辜。自来办贼之法，先剿后抚；办回，则以抚为先。回所藉以为乱端者，汉与回有异视也。非宣布朝廷德意：分良、匪，不分汉、回，则贼有词以胁其党众，将剿不胜剿。然一于主抚，贼必以抚愚我，阴集党众蚕食汉民，又将抚不可抚。窃恐渐渍既久，不至如云南抚回、为回所制不止。臣以为非俟其畏剿之极、诚心乞抚，未可漫然允之。见仍饬各军前进，一切剿抚机宜，俟刘松山察酌实局核奏；不敢草率从事，贻陕、甘异日之忧』。上谕：『马化漋屡以求抚为词，而贼中修寨、掘濠并未少息；若不痛加剿击，为患更深。着饬该提督乘此声威，合队进剿；如有真心悔罪、赴营求抚者，亦着该提督相机办理』。先是，马化漋漋遣共党嗾白彦虎、杨文治等窜固原州，阻官军北行；提督雷正绾、黄鼎等破走之。九月，破黑城子李旺堡，斩杨文治，陕回西窜；其预望城、同心堡甘回乞抚，宗棠遣员分别办理。刘松山复灵州，破城外寨堡，大胜数十次，毁吴忠堡寨略尽，金积堡贼势愈蹙。十月，宗棠进驻平凉。
九年正月，西窜陕回崔伟、禹得彦等勾结河狄逆回，窜礼县、宁远，北趋半角城、黑城子等处；中路、南路官军截击，大胜。陈林等窜金积堡，刘松山破走之；马正刚窜入陕西三水，宗棠调陕防诸军击之。以未能先事豫防，自请严议；得旨：降三级留任。是月，刘松山中炮阵亡，奏请以松山兄子道员锦棠加三品卿衔接统其军。回逆乏食四窜；二月，总兵周绍濂败之预望城，毙马正和。三月，陕军截剿窜回，毙马正刚，余匪追杀殆尽；陕西复清。六月，南路官军复渭源、狄道，克牟佛谛堡。七月，中路官军夺峡口，据秦、汉、马连三渠之首，合围金积堡。十月，宗棠六十生辰，奉旨赏寿，并御书扁额。十一月，刘锦棠等克金积堡，马化漋就擒；寻伏诛，宁灵肃清。捷闻，诏开复宗棠降三级留任处分，赏加一骑都尉世职。十二月，金顺、张曜会克王疃回巢，毁通贵回堡，克纳家闸回巢。
十年正月，安插就抚陕回于华亭县属化平川，请增设化平川厅通判、化平营都司各一；督饬诸军搜铺余匪，递运三月粮草，进规河州。七月，宗棠进驻静宁。时肃州抚回复叛，谕宗棠酌量拨兵策应；宗棠檄提督徐占彪率十二营赴之。八月，河州诸军夺康家岩要隘。十月，渡洮，克三甲集回巢。
十一年正月，河州叛回乞抚。二月，请改宁夏府水利同知为宁灵厅抚民同知，驻金积堡；增灵武营参将一。五月，复河州，分起安插续抚陕回于平凉、会宁、静宁、隆德、安定等处。六月，搜捕零匪净尽，甘南肃清。七月，宗棠进驻兰州。八月，刘锦棠进规西宁，迭破白彦虎等。十月，复西宁。
