登陆日绝不意味着战争的结束，秘密情报局也不会满足于成功登陆的荣誉。虽然战胜德国被越来越多的人认为是必然的趋势，但是在东西线顽固抵抗的敌人仍然留给盟军包括秘密情报局许多待处理的事情。然而，在曾经被占领的国家建立新的合法政府的进程，以及对战后欧洲政治平衡的预期，已经率先进入了东线和西线部署者的视线。尤其是，秘密情报局在逐渐发觉苏联终止同盟合作的借口，追求自身利益（这一点可以理解）的野心，以及通过主宰中东欧以确保其自身安全的意图方面，起到了一个重要作用。
比利时和荷兰
登陆日之前，克莱伦斯情报网已经在不断地为秘密情报局提供极有价值的情报，例如加莱海峡的防御工事图，比利时港口的德国防御设施的详细资料，由比利时通往法国和荷兰的军队及列车的数量，德国空军在该区域的一系列机场信息，以及阿道夫·希特勒的党卫军部队即将到达比利时的消息，等等。该网络还从德国取得了关于梅塞施米特式战斗机米——262[477]的喷射发动机的注解，并且继续搜寻有关胜利武器V-1的资料。1949年5月中旬，百老汇比利时分处负责人弗雷德里克·吉普森汇报，由于事先估计到将要面临的局面，克莱伦斯情报网提议重组联络方式。为加快情报流通的速度，他们建议把情报网分为九个小组，每个小组配备一部无线电和一名“升天”装置收发报员。比利时仅有的一名代号“游戏者”的“升天”装置收发报员，在1943年初就已经投入工作，但是目前因染病被迫“彻底休息三个月”。另外一名由他培训的收发报员，在1944年3月已经被捕了。尽管伦敦很愿意帮忙，但是熟练的收发报员不可能凭空产生。科恩中校核准了一台无线电配两名收发报员的计划，“从目前可以到职的最优秀的特工人员中精心挑选的人员”，“将尽可能在下个月”被派出。供三名在当地雇用的“职业无线电收发报员”使用的密码和设备将空投过来，同时，“另外的无线电报务员（三名‘升天’装置收发报员，三名无线电话务员）亦将陆续到达”。最先的三名接受过“升天”收发报训练的特工已于7月4日通过空降到达，另外的六名报务员将于一个月后的8月4日和5日陆续到达。其中一名特工得到特别指示，留意“德国的铁路运输安排”。考虑到有关渗透特工的安全问题，避免他们携带任何有可能给他们带来危险的东西，比如一盒英国产的火柴或者一块巧克力，记录中有他们被杰姆森搜查了两次并“被护送人员护送离开机场”的文件。
帝国军事博物馆，克莱伦斯情报站，第5柜
德国在加莱海峡的防御工事草图，由克莱伦斯情报站特工制于1943年11月。
布鲁塞尔于1944年9月3日被解放，紧接着隶属于第二十一集团军司令部的秘密情报局到达该地。10月18日，伦敦告知其负责人，为了满足军队的需要，他必须加快情报的传送，集中精力于“作战情报的供给”，“不仅提供对方前线的信息，也应当充分提供两翼的情报”。为了继续在荷兰发展，分离出来的一部分成员组成秘密情报局站点的核心，并在最初与正在布鲁塞尔重组的比利时安全局[法语]保持联络。由安全局负责人费尔南·莱佩吉陪同，吉普森于9月2日抵达诺曼底的阿罗芒什，并于两天后到达比利时，以首都饭店为据点。他此行的首要目的是V-2飞弹（关于V-2飞弹在荷兰北部实验的相关报道仍在传递过程中）和对德国的渗透。9月15日，据吉普森报告，他已经派遣了一名克莱伦斯情报站特工进入德意志第三帝国，为下个月即将到达的特工筹备一个接待委员会。
到1944年，秘密情报局的荷兰分处——P.8处已在当地布置了五个联络网，据说有三十台左右的无线电设施。这些联络网与荷兰调查局和特别行动处（它们在荷兰的并立机构）以及荷兰特情局（它们在荷兰的对应机构）同属于一个常务委员会。与这个伦敦组织相对应的是荷兰内务部队。这个部队是为协助荷兰抵抗行动而建立的。荷兰内务部队于9月在布鲁塞尔设立了总部，其成员包括秘密情报局和荷兰内务部队特别行动处的代表。9月2日，第一批盟军部队越过荷兰边界以后，公众普遍认为荷兰很快就会被解放，地下反抗组织也加快了他们的行动，一场全国性的铁路罢工将被号召进行，以辅助盟军的进程。但是，雄心勃勃夺取阿纳姆莱茵河桥头堡的行动惨败，随之而来的是持续整个冬季的军事僵局。在敌后，德国从法国和比利时撤回保安部门，加强对荷兰的管制，以此惩罚其草率行动。食品供应瘫痪，民众极端贫困，据估计有15000人死于饥饿，这些悲惨的遭遇由秘密情报局通过无线电的方式告诸世人。荷兰政府签署很多授权信件，花费大量资金用于救济，也通过荷兰以及秘密情报局的特工们得到落实。
已经搬到埃因霍温的第二情报支队，继续提供作战部队的信息，并且作为来自伦敦和穿越敌线的特工的交换点。据报，1945年初在德占区大约有十三台秘密情报局的无线电设备，但都是以荷兰为基地。秘密情报局团队也开发了一个意料之外的有价值的新情报来源，即打进一个荷兰电信公司的私人电话网络。这一网络连接着电话公司办公室和遍布全国的雇员的私人住宅电话。使用某一部这种在盟国控制区的私人电话，和敌占区联系点之间的联系就建立起来了。通过这种联系，特工可以提供大量的高效战略情报，以至于可以组织许多针对特定目标的空中打击。然而，在荷兰最后一场战役期间人员伤亡非常严重。由英国输送或者渗透入敌线的89%的特工中，有39%被捕了，28%被枪杀或死于德国集中营。
德国阿登尼斯反击战（德军的最后一场主要攻势），于1944年12月16日发动，毫无悬念的很快就被击败了。某段时间布鲁塞尔的新站似乎不得不处于作战情势。伦敦指示要警惕“意在建立一个有力的敌后潜伏组织”的比利时网络。几小时内布鲁塞尔回复：“现有的特工，水晶计划和正在运作的第八处被要求立刻开始监听。后续部队被送到列日地区。”然而德国的反攻很快就失败了，而且后续部队也没有跟上。鉴于良好的情势，1945年2月初，伦敦取消了无线电计划以及至少十四个比利时网点的操作密码。除了对德渗透，布鲁塞尔站从那以后变成战时部门，和安全局联络，并考虑和平时期秘密情报局在德国的组建问题。
瞄准德国
柏林站在战争爆发之际关闭，其剩余的功能转移到伦敦。虽然战后一些较好的站点重新活跃起来，但是大部分特工仍然无法联络。战争期间困难益增，少数在伦敦和第三国的德国特工还在继续活动。到1943年春天，由英国执行的对德行动已经变为由第六分处负责，成为伦敦的一个待命点。这是由雷金纳德·西蒙·加利纳少校领导的。他出生于英吉利海峡上的一个小岛，曾在牛津大学学习法语和德语，20世纪30年代末任教于德国的布雷劳斯（弗罗茨瓦夫大学），并于1942年7月通过情报分处（类似于第六分处的组织）加入秘密情报局。在这个分处协助他的是一位德国熟手，一名情报局战时老兵以及另外一名干事。这名干事出生并受教育于汉堡，他是一名专门持有特许证的会计师和对德商业银行家，于1942年加入秘密情报局。
1944年秋，情报局开始布置德国分处的重建。11月，德国柏林代号“120000”的前特工，被1944年的老第六分处官员重新任用。陆军上校G.M.保罗·保尔森（“德国代号12600”）在伦敦期间，得到巴黎秘密情报站通知，由他指挥第二情报支队，积极为对德渗透作准备。第六分处官员在伦敦的德国战俘中寻找有潜质的特工，主要目标是共产主义者、社会民主人士，以及其他不具有明显理由支持纳粹的人员。但是，1944年11月的一份报告陈述，工作进展缓慢，成效也很不明显。仅派出了四支小分队。“艾文”，苏台德社会民主党成员，于1944年5月从亚得里亚海边被派到苏台德区，“到目前仍没有消息”。“脆屑”和“兰斯”，一名英国和一名德国前囚犯，“1944年4月10日、11日前往执行任务，通过无线通信话务员联系。但是1944年9月中旬就杳无音信了”。“脆屑”是35岁的菲利普·富兰克林·夏米尔的代号。他的父亲是英国人，母亲是德国人，成长于德国，德语就像是他的母语。情报局于1938年到1939年间雇用他。那时他正好去德国进行了几次旅行，趁机拍摄机场并收集有用的军事信息。任务结束后，作为一名在埃及的对德战犯审讯者，1942年抱着“在战争结束前做点有意义的事情”的信念，他向秘密情报局提出“到德国去”。“我完全支持他去，”一名百老汇的官员记录道，“绝不允许放掉任何一个有潜质并可以信任的人渗透进德国。”夏米尔和他的德裔无线电话务员潜入德国不到两年，一切都结束了。战后对德国安全官员的审讯揭露，在他们到达莱什克不久，夏米尔就被出卖了。盖世太保为了让他为他们工作成为双面间谍，对他施行了“非常残忍的对待”，但是一切都是徒劳的。他的最终命运仍不能被确定，虽然一份报告宣称，他被关押在柏林的一座监狱，并于1945年在盟军的一次空袭中死亡。[478]
第三小分队由两名德国人“哈米什”和“杰弗里”组成。“行动于1944年9月5日或6日进行，但是降落到了错误的位置。特工被南斯拉夫游击队抓获了。我们等候他们被释放。”第四小分队（也是两个德国人）也降落到了错误的地方，并且也戏剧性地“降落在斯洛伐克而不是维也纳周边”。一名被斯洛伐克游击队捕获，另外一名“杳无音讯”。即使向伦敦报告幸存的特工，也不清楚他们能否收集到非常有用的情报。他们一般提供的都是单纯的（观察）报告，例如敌人军队的活动，几乎没有用处，除非这种情报（比利时克莱伦斯情报站论证）被大量获得并且有许多来源。另外一方面，德国人如果能够深挖并且维持他们在西线的防线，相对它的实际瓦解速度，如果德意志帝国能减慢解体速度，那么低级别的战略情报对于盟军的前进将是有价值的。
1944年9月中旬，一名经验丰富的帝国中央保安局高层情报官联系了在巴黎重新开设的英国大使馆，并且解释说他是由他的上级指派，执行一项和英国政府建立联系的特殊任务，还特别提到了丘吉尔和范西塔特勋爵（以前是罗伯特爵士）。根据要求，他列出一个计划概况：许多反对希特勒继续进行战争的德国人要求与英国合作，避免德国被毁灭，以及工业基地被苏联、美国和法国瓜分。他补充道，这种情形只会导致德国被吸收进苏联的势力范围，是肯定不会被英国接受的。他申明，虽然他不能描绘一个有组织的秘密反抗活动，但是他的直接上司同国防军[德语]、工业界以及同行有非常广泛的联系。在一份最初的任务报告中，他提供了一些关于德国军事部署和即时计划的有用战略情报，包括破坏荷兰——德国的边界地区的计划。他指认了一些德国在荷兰和法国的间谍，提醒德国从逮捕的荷兰特工对阿纳姆登陆有较深入的了解，指出威廉明娜女王随从人员中有一名荷兰间谍，提及通过海路由爱尔兰潜入间谍的计划，并且描述了德国国内的秘密抵抗运动。他的工作得到了百老汇的信任，因为“明显是德国阻扰同盟关系计划的一部分”。
外交部和安东尼·艾登（外交大臣）同意授权秘密情报局对他进一步盘问。但是，他仅仅获悉苏联和美国政府知道自己的到来，并强调没有给他任何政治上的建议。随后，弗兰克·福利在巴黎对他（现在代号“字典”）进行询问，推断出他是“高层的重要一员，已经完成了早期审讯。他的证据将被证明是非常珍贵的，并且让我们对德国国内政治、军事和帝国保安部[德语]圈子的认识得到极大的加深”。在福利建议下，“字典”被带到美国接受更深入的询问。在接下来的6个月中，他成了秘密情报局关于德国反间谍工作中最为多产的活人情报资源，发掘了大量有详细组织和历史关联的情报（比如芬洛事件），以及一些知名人士的详细资料，从主要的政治逃犯到个别的情报官员，其中许多情报资料可以被参考资料反复核实。
