局长重组委员会1945年11月提议创建的体制，在1946年被战后情报机构广泛采纳。1946年春，任命了作战计划处处长，克劳德·丹齐任处长的任务处也得以创建，同时已有的一些情报传递部门被冠以“R”处[540]的称号。1948年成立了联络处，即R.8，其主要任务是处理与秘密情报局情报搜集方的关系，以及与政府代码与密码学校之间的关系。反情报处R.5（该处接管了战时的第五处和第九处）被分成了两个部门：一个是R.5/情，主要负责反情报方面的工作；一个是R.5/共，主要负责共产主义方面的工作，这说明苏联成为越来越重要的目标。1947年1月，副局长约翰·“辛巴德”·辛克莱开始直接负责情报搜集部的工作，他任命了三位总监：欧洲总监，负责北欧及西欧地区；中东总监，负责地中海、巴尔干及中东地区；太平洋总监，负责远东及美洲地区，尽管迪克·埃利斯仍称自己为远东地区总监，他自1947年5月一直任该职务。肯尼斯·科恩在1944年初期任西欧总监，现任欧洲总监，约翰·梯格任中东总监。职位大致相当的还有特殊联络总监邓德代尔及情报搜集调研新总监，该新总监还建立了一家合法公司，为其行动提供商业掩护。
但是，总部的战后重组工作没能圆满解决情报任务部与情报搜集部之间固有的矛盾，前者组织是基于全世界的，而后者则基于具体的地区。正如辛克莱1949年3月所评述的那样，这是两个极端，一个是“情报站控制”，一个是“情报目标控制”。如果严格地使用“站控制”，总监及其情报搜集人员也许就会忽视“在英格兰，自己身旁便有特工的可能性”，也不会注意到“其他总监也许正在自己的区域活动”。但如果严格地使用“目标控制”，将“要么引起情报站不可协调的混乱，要么给总部带来麻烦”（当然，可能二者兼具）。“二战”期间便发生了几例情报目标遭到偏远地区情报站攻击的事件，当时秘密情报局所能搜集到的关于日本的情报很少，且大多来自世界各地的外交使馆。“站”与“目标”之间的紧张关系，一定程度上说明了管理着大英联邦特工的情报搜集调研部的存在，与邓德代尔特殊联络控制网的存在，很明显是不太协调的。1948年10月，情报搜集调研总监对秘密情报局副局长情报搜集会议称，虽然他的一些海外英国特工（他们大多以经商为掩护）愿意在秘密情报局当地代表的手下工作，但其他工作小组或个人则“不愿意行动，除非其所有联络都直接源于大英联邦”。在这样的情况下，他只能“如实告知相关总监”。对意欲“派线人到其他总监领域的总监”，也同样要随时提醒他。同时辛克莱还规定，在这些情况下，总监们（包括情报管理研究总监及邓德代尔）应该互相告知彼此所负责地区的任何项目。在意见不和之时，辛克莱将自己做最后决定。
秘密情报局管理规范及流程的现代化增强了其官僚化程度。“二战”以来，辛克莱上将及其同事们曾经享有的更加随便的氛围，在情报局里再也没有了。由于机构十分庞大（“二战”后情报局的规模是“二战”前的十倍），日常文书工作及合理的办公程序对其有效运转尤为重要。到40年代末，外交部正式批准的取得情报站详细指令的起草，定期的系统化培训，对用户部定期反馈的密切关注等，都成了例行公事。1946年5月，伦敦在向中东情报站作指示时提出，后来者应将在特工的管理及谍报活动中“所获得的经验”不定期地汇报给总部，这于他们自身的利益是非常重要的。这样的经验对培训部“有着巨大的价值”。鉴于当时艰难的财政状况，伦敦指出，“虽然在战争期间，对秘密情报局合理目标所需经费没有作限制，但从现在开始，这必须经过十分严格的审查”。他们还指示，由于情报局可支配的资源很有限，将来的财政预算将“需要更加周到而严密地考虑”。同时，为了系统地了解秘密情报局对用户部门的服务情况，情报报告送出时将附上一张“质量评价表”，由用户对该报告打出从A到D的等级。但是，跟业绩表现评价体系常出现的情况一样，该衡量标准本身也成了应对的目标。据发现，情报站有时拣容易的任务以获得评价A，这对完成更困难、更重要的情报任务的努力有很不好的影响，而用户部的做法更助长了这种趋势：因大量需求这种比较低档一些的情报，便打A以刺激这类情报报告的不断供给。因此，初衷本很良好的体系，却并没有产生期望中的效果。
依然如昔的财政照顾，支撑着情报局在40年代末的所有活动。孟西斯相信，自己在和平时期给秘密情报局的首笔拨款足够其开销，但随着英国开始财政紧缩，所有的拨款都被削减了，而且任何花销都要经过严密的审查。在旧体系下，局长本人或“出纳”赛克斯亲自审查并批准包括小笔费用的所有花销，但该体系没有维持到战争结束。1946年1月，在局长重组委员会的推荐下，一空军部长官（曾是兰开夏郡板球队员）被任命为财务与行政处长，便逐渐开始采用新行政事务程序及财务体制。这需要一个过程，但1949年11月，辛巴德·辛克莱向其情报搜集会议汇报。此后，财务与行政处将“在每月结束后”向地区总监提供其负责地区的经费月开支报告。情报站账目将每三个月提供一次。同时总监接到严格指令，他们“在没有征求情报局副局长委员会的意见时，开支绝不可以超过预算拨款”。但是，旧习惯不容易改掉。当月，埃利斯（远东总监）汇报，“远东提议，通过销售海关没收的鸦片的方式筹集资金”。埃利斯称这种做法涉及两个方面的问题：“鸦片交易的道德问题”及“该资金来源的合法性问题”。鉴于此，他对“远东”的提议提出了反对意见，非常合乎情理的理由是“那样做将不得不投入大量的时间，其代价是情报搜集工作将受到很大影响”；同时，他还提出一个让人有些吃惊的理由（不过这也许只是个玩笑），即“那样的话，我们可能不得不跟无赖或什么让人讨厌的家伙打交道”。但他的同事们基本上不反对，他们认为“有时候通过非正常手段筹集资金，是合理的”，但也要看是什么具体情况。“二战”后的秘密情报局，不仅可用资金减少了，而且任何筹钱方式都要经过外交部比以前更为严格的审查。
与军情五处的关系
1946年至1950年，孟西斯与军情五处处长投入大量时间与精力，对双方情报机构的职责问题进行了明确的分工。军情五处主要负责联合王国国内以及英国海外领土的安全情报；而秘密情报局则主要负责在英国领土之外搜集情报。事实上，这两个情报机构之间的界限并不分明，二者就各自所负责的区域问题总是争论不休。“二战”期间，由于一些机构的活动，比如保安执行处、纽约英国安全协调处、中东安全情报处、远东安全情报处等的活动，军情五处与秘密情报局之间的区别变得尤为模糊。军情五处加强了海外代理，尤其加强了有广泛英国驻军的中东地区的代理。到1944年，陆军总司令部在中东的反间谍与安全组织，即中东安全情报处，与印度、阿尔及利亚及意大利都有联系。1945年以后，英国减少了在全世界范围内的活动，同时殖民地独立问题让英国遭遇到来自国内与国外（主要来自美国）的双重压力，因此什么是国内情报、什么是国外情报的问题，便越来越难以回答。
秘密情报局与军情五处的矛盾在中东地区尤为严重。在该地区，中东安全情报处与许多国家都有联系。1947年1月，于1946年春由艾德礼任命为军情五处处长的珀西·西利托爵士致函外交部，称中东安全情报处应维持下去。威廉·海特认为，西利托的目标是“在中东地区建立长久的军情五处组织，同时压制秘密情报局在该地区的组织”。海特称，既然秘密情报局“负责该地区的时间更长，所承担的职责也更加重大”，军情五处“应该只负责在巴勒斯坦（仍是英国一自治领）的活动，其他地方应由秘密情报局局长负责。同时，局长应派一名代表到耶路撒冷，以保持与军情五处的联系”。孟西斯也认为西利托有很大的野心，称“他（西利托）这个观点就意味着，只能有一个由他控制的情报局”。他还断然指出，这个提议“已经被范德雷特·斯图尔特爵士拒绝了”。“而且，”孟西斯最后一句话很尖刻，“我不得不认为，安全局应将其精力放在自己在巴勒斯坦所面临的问题上，对其是否在该国采取了许多有效行动以打击共产主义渗透，我表示怀疑。”[541]争吵沸沸扬扬地持续了近两年。1948年底，西利托将自己的事情反映给英国财政部常务次官爱德华·布里奇斯。“我们面临着这样一个问题，”他写道，“分配给秘密情报局的安全任务不够明确，与我处任务有重叠。”对照整理的失败，及“无法控制、毫无系统的重复”，产生着“对国家安全不利的影响”，同时“也是对人力的浪费”。财政部另一官员艾恩·唐纳森对此根本不相信。他在会议记录中写道，“问题的根源在于军情五处和秘密情报局之间存在已久的敌对情绪，这让双方不愿交流信息，完全处于不合作状态”。西利托应该知道，自己“对任何无论会在什么地方进行的颠覆性活动问题，都不可能获得彻底的、毫无争议的授权”，因为这“会妨碍外交部对军事情报的鉴定，该鉴定工作由秘密情报局负责，而且必须长期由其负责”。[542]
但孟西斯与西利托还是成功地解决了双方的争端。1948年圣诞节前，西利托在孟西斯的俱乐部与之共进了一次午餐。之后，西利托对布里奇斯称，“秘密情报局与军情五处之间的氛围已经彻底改变了”。孟西斯提议组建一个联合工作组，“因为双方尚有需要沟通之处，而且由于孟西斯是个敏锐的猎人，他们有时应该能够将狐狸追赶过边界，进入另一个猎人的领域”。唐纳森强调，“我希望此圣诞精神将对猎人们有所激励”[543]。很明显，它确实起到了激励作用。1949年上半年，工作组在会晤后商定，两个情报局“都不承担在英国（包括英联邦）领土搜集第一手情报的责任”。到7月4日，签订了一份共同的“协议备忘录”。备忘录设想，双方最终将共享在伦敦的总部，到时对共产主义与敌方情报机构的核定工作，将尽可能地与经济可能会实现的任何重叠区结合在一起，包括双方档案室。只有秘密情报局才能在国外雇用秘密特工，但军情五处“在特定的情况下”可以向外交部提出申请，以获得在某外国保留一个联络官的批准。不过，这样的联络通常要通过秘密情报局进行。军情五处同意“在宪法许可的范围内，利用本处可用资源，代表秘密情报局或与秘密情报局共同努力，在英国领土上搜集第一手情报”，同时它还为双方共同执行任务进行了特别联络安排。在秘密情报局一方，这些事宜则主要由情报搜集调研总监负责处理。
秘密情报局与军情五处签订协议后，1949年2月继萨金特任外交部常务次官的威廉·斯特朗爵士致函孟西斯，询问协议的执行情况。考虑到政府的所有工作重点都在经济上，斯特朗很肯定地认为，孟西斯“一定会牢记，在这样的艰难时期，国外特工应该仅限于必要的范围之内，应考虑是否必要而非是否合意”。1949年9月，西利托提出，中东安全情报处将关闭在希腊、黎巴嫩、阿曼、土耳其及伊朗的站点，这些地方将交由秘密情报局负责；但同时，它将继续在伊拉克活动，因为“外交部特地要求他（西利托）与伊拉克石油公司进行谈判，希望对它们的安全问题进行一些监管”。同时，西利托还提议中东安全情报处移交其埃及秘密特工。除了希腊，孟西斯对这些安排表示赞同。他称，秘密情报局不可能接管中东安全情报处在希腊的所有工作，因为那里仍驻有英国军队（接近1950年1月）[544]。实际上，与秘密情报局和特别行动处在“二战”中的情况十分相似，秘密情报局与军情五处之间的关系很融洽。1947年4月，孟西斯十分肯定地告知海特，“无论是在战争中，还是战争结束以来”，秘密情报局与安全局之间的“合作非常愉快”，双方在“令人满意的、友好的氛围中”进行着信息交流。他强调，“在过去的一年”，中东安全情报处与秘密情报局的代表，“经常利用各自已获得的情报，齐心协力地为中东联合情报委员会撰写文件资料”。[545]
