清朝康熙十二年十月，大干一场的机会来了：是年，清政府为了剪除三藩威胁，下诏撤藩，熟料事与愿违，反导致“三藩”悍然举兵，是为“三藩之乱”。十月，“三藩”中实力最强的吴三桂杀云南巡抚朱国治，在昆明扯起反旗，接着就是“连锁反应”，尚之信在广东响应，耿静忠在福建响应，甘肃王辅臣在仁羌响应，孙延龄在广西响应，承平没几年的大清帝国上下，再一次炮火连天。从大西南到华南华东，到处是“反”声一片。而这场叛乱的名号却也简单，吴三桂自称“天下招讨大元帅”，号称要“扶明驱掳”，并伪称拥立了明朝“朱二太子”。短短数月间，各路叛军连战连捷，清王朝丢城失地，整个南中国几乎沦陷，统治摇摇欲坠。
大乱之下，郑经也开始动作，在“三藩”之中，他的亲密战友耿静忠是造反最晚的，因他家中的老太妃坚决反对，因此在吴三桂起兵后，耿静忠虽然也立刻派员赴台湾与郑经密谋，但他正式举兵，已是康熙十三年春的时候，而在这之前，郑经的精锐舰队，就已经集结在澎湖地区，准备随时登陆作战。而且他确实有“三藩”所没有的政治条件：此时如吴三桂，耿静忠这些造反势力，虽然气焰嚣张，但都是有当年卖身投靠清政府的“前科”的，外加他们常年追杀南明抗清力量的恶行，早就背上了“乱臣贼子”的名号，这注定了他们不会得到前明遗民的太多信任支持，而郑经则不同，他孤悬台湾，常年坚持抗清，外加驱逐荷兰，保卫海疆，在诸多明朝遗民心中，显然是精忠报国的榜样，所以他的力量虽不是最强，但其名分，却是唯一配得上称“王师”的。
顺治十四年春，总算熬死了自家老太妃的耿静忠，悍然在福建起兵造反，活捉福建总督范承谟，杀福州知府王之一，坐镇福州对抗清廷。而之前郑经就已许诺耿静忠，愿集结所有兵马入福建作战。是年三月，郑经命陈永华辅佐长子郑克刚留守台湾，自己亲率“王师”，大举进攻厦门。开局异常顺利，此时福建已然大乱，郑经大军所过之处，无不望风而降。当地依然心怀明朝的各路志士，更宁可投奔“忠臣”郑经，也不肯归顺耿静忠，因此短短几十天“士民归之如流水”。他的作战计划，行前依然是陈永华制定的，即登陆后直插福建内陆，夺取闽北地区，特别是要夺取连接福建对外要道的“三关”，以阻遏清朝援军。但登陆了的郑经，眼看福建大乱迭起，却立刻变了卦，占领福建后，除了在当地招抚流民，宣传“王师”声威外，基本上啥事不干。他其实还是打的小算盘：都是反清，凭什么非得我来打，要打你耿静忠去打。你打完了我再来。
郑经看热闹，耿静忠很生气，为了敲打郑经，耿静忠干脆断绝了和郑经之间的贸易往来，甚至违背盟约，拒绝给郑经提供补给。这下可把郑经敲打怒了，老虎不发威你当我是病猫，郑家水师随即出动，以摧枯拉朽之势连夺海澄，漳州，泉州，登州等重镇，一时间“坐拥三府，兵强马壮”，俨然这场大乱中的一派强势。值得一提的是，在夺取海澄后，郑经依然念念不忘郑成功临死前要掘黄梧家祖坟的誓言，将黄梧开棺鞭尸，黄家上下被抢掠一空。固然很解气，但也全无了“王师”做派。郑经的声威，也令耿静忠大为震撼，他慌忙和郑经遣使修好，双方再立盟约，但这对“亲密战友”之间的裂痕，却也隐隐浮现。
郑经的“开门红”，看似很威风，但其实却犯了大错，明郑军团之前也曾多次夺取泉州，海澄这些沿海城市，但这些要地大多毗邻大海，难以立足。要想真正巩固地盘，是必须深入内陆，夺取根据地的。如果依陈永华先前的战略，趁福建当地大乱，清军群龙无首的机会，一举横扫闽北地区，阻遏清军南下，即使不能获得全胜，也至少能坚持的长一点。说到底，郑经其实并不是一个优秀的将军，在统兵打仗的眼光谋略上，更远逊其父。而且此次出兵，明郑军团一反当年郑成功时代纪律严明，令行禁止的“王师”形象，反而四处烧杀劫掠，顺便掳掠大量人口至台湾，活脱脱的一副“海匪”做派，结果摧枯拉朽的外表下，却是民心尽丧。“复明”的大业，从一开始就蒙上了阴影。
但威风八面的郑经，却是看不到这些的，外加此时他身边的部将也有问题，郑经此次出征，几乎带来了明郑政权所有的精兵猛将，包括刘国轩，陈胜武等名将都在这支军队里，但他最信任的人，却是侍卫冯锡范。对比足智多谋的陈永华，冯锡范是个既能打又能拍的人，他和陈永华一样，属于郑经多年的贴身亲信，郑经当年渡海破郑袭时，正是由他率兵破敌，立下拥立大功。而且这个人也很能拍马屁，所以深得郑经信任。但是在这场战争里，他的白痴眼光，却几乎葬送了郑经的大好局面。此时据有漳州，泉州，厦门，潮州的郑经，已是各路势力拉拢的对象，和耿静忠更约定“有事相援，不得侵扰。
”之后的几年里，双方共同进退，在东南沿海同清军僵持，但到了康熙十五年，耿静忠的部将马英林暗通郑经，表示愿把原属耿静忠的丁州城进献郑经，本来郑经也很顾忌与耿静忠的“盟友”关系，意图拒绝。但冯锡范却认定机会难得，磨破嘴皮子的忽悠，最终忽悠着郑经笑纳了丁州。贪了这点小便宜，后果很严重，暴怒的耿静忠提兵攻打郑经，双方在漳州，泉州地区大打出手，反而让对面的清军看了笑话。趁着俩家盟友死掐的机会，清朝康亲王杰书率领大军，一路摧枯拉朽进入福建，腹背受敌的耿静忠内外交困，竟主动向清朝投降，原本大好的抗清形势一下子土崩瓦解。而唇亡齿寒的报应，也马上降临到郑经头上，是年九月，清军发动了对郑经的猛攻，因恼火郑经“不仁义”，原属耿静忠的各路兵马更纷纷请战，甘给清军当急先锋。两面夹击下，郑经的“王师”迅速崩溃，辛苦打下来的漳州，泉州，兴化各地相继沦陷，损兵折将的郑经只得退守厦门。贪一个小小丁州的便宜，却葬送了整个抗清的大局。
但多年征战锤炼出来的明郑军队，着实保持了强悍的作风，虽遭受重创，但很快就缓过劲来。康熙十七年二月，在厦门养精蓄锐的郑经再次发难，连克漳州，同安，兵围泉州，一时间“东南大震”。但这次进兵，本身就条件不成熟，耿静忠已然败亡，广东的尚之信也尽数投降，整个东南地区，就只剩下郑经一路军队孤军奋战，横挑强敌固然勇敢，却着实不明智。果然从是年九月起，清军集结大军反击，寡不敌众的郑经再次败退，辛苦打下来的漳州，同安地区相继丢失。康熙十九年一月，清朝福建总督万正色集结各路大军合击厦门，郑军林陛，刘国轩各部相继战败，不得不忍痛放弃厦门。月底，郑经率残军撤回台湾岛。
郑经这场起先轰轰烈烈的西征，以摧枯拉朽开始，却以损兵折将结束，究其原因，一则明郑水师虽然强悍，但陆战能力有限，活动区域仅限于沿海，自然无法立足。二则郑经本人在大战略上屡犯错误，先没有抓住机会深入内陆，又和耿静忠发生内讧，最后成了光杆司令，战败也就难免。但最重要的一点，却是民心。这是一场把郑经形象彻底“败坏”了的战役，当年那支纪律严明，与民秋毫无犯的“国姓爷”王者之师，此时却只剩奸淫掳掠，烧杀害民，全无半点政治眼光。而就在这场战役的整个进行过程里，清政府也始终没有放弃招抚明郑政权的努力。康熙登基后至收复台湾战役开战之前，就“招抚”问题，双方一共进行了十次谈判，其中发生在郑经盘踞福建期间的就有六次，当时受命平定福建的康亲王杰书，多次亲自致信郑经，商谈招抚问题，一直到了康熙十九年一月，郑经盘踞的厦门已经遭清军压境时，康亲王杰书依然不放弃努力，甚至做出让步，允许郑经在台湾“封王”。但郑经得寸进尺，竟然又狮子大开口，要求清朝提供饷银六万，直把清朝上下气的跳脚。
郑经的这些做法，在后世颇遭指摘，尤其是在多次“议和”中，郑经始终坚持的底线，是拒绝剃发。台湾的归属，也只能“仿朝鲜例”，也就是要求清政府承认其独立的地位，并且要求和朝鲜“平级”。此举也是他身后遭到非议颇多的。但如果仔细看看郑经一辈子的所作所为，他从年轻时候起，和所有对手之间的“议和”，全都是缓兵之计，没有一次是真的。所谓“仿朝鲜例”等狮子大开口的要求，其实也是看准了清王朝不会答应，靠谈判来拖延，争取休养生息的时间而已。至于他的真实想法，或许他写于永宁王宫里的诗作，反而可以表明心迹：故国山河尽变色，旧京宫阙化成秋，复仇雪耻知何日，不斩楼兰誓不休。这个在军事才能上远逊于其父的王爷，却与父亲有着同样奋斗到底的理想：抗清复明。
但理想在坚持，现实却很残酷，郑经兵败福建后，一度轰轰烈烈的三藩之乱也很快落下了帷幕：吴三桂，耿静忠，尚之信这些人或降或亡。清王朝的统治继续巩固，所谓抗清复明，也就更成了浮华泡影。何况就个人能力论，郑经虽然在建设台湾上建树颇多，但论起雄才大略，却比起海峡对面的康熙帝相差太远。在他兵败回台后，其母董酉姑就曾指责他“无略果断”“不能任人”。对此郑经也默然，从此之后的郑经也全变了，成日沉迷于享乐中，花天酒地荒废政事，抗清复明的理想，也许只能梦里随便说说了。而明郑政权，在经历了十几年高速发展之后，此时也终于走入了下坡路。收复台湾，华夏一统的日子，也日益的临近了。
而对于清军后来的收复台湾政策来说，此战的影响有两点，一是彻底和明郑撕破了脸，台湾的归属，也终要靠战争解决了。二是强大的明郑水师，依然给了清军极大震撼，在整个福建的海上战役中，明郑水师驰骋海面，锐不可当，即使是最后大势已去的厦门之战，明郑水师仍然能够冲破清军水师的重围，在敌人优势舰队的围攻下扬长而去，其强大的战斗力，也令清朝上下极为警醒：要完成收复台湾的大业，必须要启用一个同样强大的人。
而在当时，这个人选也只有一人：施琅。
