而让称雄东亚海洋的荷兰人最揪心的是，这个曾经是他们小弟的郑芝龙，此时已经初步建成一支强大的海军了。
在荷兰人殖民亚洲的各种官方记录里，谈到郑芝龙，许多当时的荷兰军官都曾经赞不绝口，在他们眼里，郑芝龙是一个随和，谦虚，与人为善的人。见人都是一幅笑脸，特别是他接班的早期，有一段日子，碰上途经台湾海峡的荷兰船只，他都会主动凑上去嘘寒问暖，很热情。
但很热情的背后，却是很阴坏。一开始的时候，还只是瞅机会打荷兰人一记闷棍，比如经常派遣一些船只，打着别家海盗的旗号，打劫落单的荷兰商船。后来就开始明目张胆的挂自己旗号同荷兰人开战，从天启七年三月铜山之战后，郑芝龙胆气更壮了，原先是不管谁家的船只都打劫，这时候开始只朝荷兰人开炮。长长的台湾海峡上，遍布着郑芝龙的船队，昔日强大的荷兰舰队，这会开始遇到敌手了。在荷兰人的资料中，留下了这样的话：“一官在台湾始终与我们友好相处，平等相待，但最终在海上不加区别的对所有船只予以拦截。”
按照荷兰人的脾气，碰到这种人，自然灭了没商量，何况郑芝龙在台湾的大本营，就在荷兰人的身边，要打是很容易的。但这时候的荷兰人发现：郑芝龙已经成了气候，动不了了。
郑芝龙是明朝天启五年接班的，但是到了明朝天启七年的时候，他其实已经拥有了近千艘大小战舰，这样的规模，荷兰人原本是不太在意的，但真正让荷兰人在意的，是郑芝龙水师的战斗力，他的战船不止是购买或缴获来的，更有自己制造的，在造船工艺上，他积极吸取荷兰人的工艺经验，开发新型战船。当时他的战船，已经有了载炮三十门的火炮战舰，看着数量不多，但是这种战船的火炮，大多都是重型火炮。杀伤力非常强。在郑芝龙的治下，还有完备的军火生产线，在他的地盘上，已经有了专门生产火器的兵工厂，在武器装备上实现了自力更生。这个在荷兰人眼皮子底下崛起的对手，此时终于已经成了荷兰人的大患了。
如果仅仅是军事实力强大，荷兰人还不是很惊慌，更让荷兰人惊讶的是郑芝龙对台湾的开发，这时期郑芝龙的主要工作，就是不断从福建沿海往台湾迁人，自颜思齐时代开始的台湾开发移民潮，被郑芝龙延续并发展了起来。郑芝龙在台湾的总部，位于安平城，即今天的台南市，以此为中心，散布着上万大陆移民，他们多是郑芝龙趁福建灾荒的机会招募的难民，在当地耕种土地，向郑芝龙缴纳租税。特别是在闽浙连年饥荒的局面下，郑芝龙竟然能够自掏腰包，赈济内地灾民，足见其强大的经济储备。
荷兰人自然是容不得郑芝龙这么嚣张的，他们巴不得郑芝龙赶紧从台湾离开，这恰好是荷兰人在台湾南部步步扩张的时期，卧榻之侧岂容他人鼾睡？郑芝龙和荷兰人的第一次海战，爆发在明朝天启七年，当时郑芝龙正率军侵扰福建沿海，背后却突然被荷兰人捅了刀子，在福建铜山发生激战，结果，郑芝龙第一次向荷兰人展示了郑家水师的强大战斗力。荷兰舰队一艘战舰被击沉，一艘战舰被俘虏，偷鸡不成反而蚀把米。
荷兰人偷鸡不成蚀把米的后果，是非常严重的，被惹恼了的郑芝龙，在之后一年里，基本没让荷兰人消停，他的战船遍布在台湾海峡的水域里，只要是看到荷兰战舰，就猛揍没商量，比起明朝政府军往往用人海战术取胜，郑芝龙这边，一两艘战舰，就敢于向装备精良的荷兰战舰发起攻击。从明朝天启七年到明朝天启八年，这一年里，荷兰人仅被击沉的商船数量，就有十艘之多，还有多艘军舰被俘。打到最后，如荷兰驻台湾总督揆一的回忆：“我们都不敢在中国沿海露面，否则就会成为一官的俘虏。”
郑芝龙接班后的台湾岛，几乎就是这么让荷兰人头疼的，这时候台湾岛经济迅速发展，郑芝龙治下的百姓安居乐业，更有丰厚的粮食储备，强大的军队，此消彼长之下，反而是荷兰人的处境越来越困难了。按照之前和荷兰人画地为牢的协议，郑芝龙占有农业区，而荷兰人占有森林高山，但这样的结果，就是荷兰人的粮食，需要总部的补给，郑芝龙的海上剿杀政策，让荷兰人吃饭都困难，如果这种情况继续下去，恐怕卷铺盖走人的，肯定是荷兰人了。
正当荷兰人在焦头烂额中度过了明朝天启七年时，到了次年，却突然传来一个惊人的消息：郑芝龙走了。
所谓走了，就是离开台湾，带走了他精心打造的那支强大水师，外加几乎所有的军事装备，留在台湾的，只有那些肥沃的良田，屯垦的百姓，繁荣的村庄，一切一切，都成了留给荷兰人的礼物。没有打败仗，没有天灾人祸，竟然他就这么放弃了？
很快荷兰人就弄清楚放弃的原因了：郑芝龙当官了。
和颜思齐的理想一样，郑芝龙也有着相同的愿望，但是实现这个理想的办法，却比颜思齐更加简单直接：废那个劲干啥，直接当官不就完了吗？
郑芝龙想当官，可以说做梦都想，他本来就是官宦子弟，没饭吃才出来做海盗的，即使做海盗，也没改了他官家公子的做派。从接班颜思齐第一天起，郑芝龙就在朝着这个方向努力，比如之前的“抢劫纪律”，那是为了树立好形象。除此以外，郑芝龙还曾经多次向明王朝示好，包括在福建饥荒的时候，主动安排流民去台湾，以减轻政府负担，并自己承担相关费用，还曾经在和明军作战的时候，故意不追杀败逃的明军，抓到的俘虏也全部放回，一切都是为了在明朝政府里“争取好印象”。甚至有一次，他活捉了明朝游记卢玉英，反而请卢玉英回去转告闽浙总督熊文灿：如果肯接纳他郑芝龙投降的话，他愿意誓死效力，让东南半壁江山从此高枕无忧。
一来二去，郑芝龙的态度也让明王朝动了心。早在明朝天启七年的时候，明王朝的泉州巡海道蔡善继就曾招抚郑芝龙，但这位蔡大人态度太过傲慢，在见面的时候要求郑芝龙下跪，这当然惹怒了郑芝龙，这次招抚遂告吹。到了次年，闽浙总督熊文灿亲自招抚，郑芝龙在得到了熊文灿不会拆分他军队，削弱他势力的保证后，最终同意招安，受封为明王朝的“五省游击将军”。这是郑芝龙告别海贼身份，正式成为明朝朝廷命官的开始。在接受招安后，郑芝龙将其驻扎在台湾的三万军队和上千战舰统统带到了福建，如此一来，正掀起开发热潮的台湾岛，就只剩下了少数郑芝龙的旧部，以及大批平民百姓，俨然成了荷兰人眼里的肥肉。放着肥肉不吃，自然不是荷兰人的风格，郑芝龙离开之后，荷兰人逐渐吞并了郑芝龙的地盘，开始了残酷的殖民统治。
郑芝龙在接受招安后，也没忘了老朋友荷兰人，就在崇祯元年，新官上任三把火的郑芝龙，第一把火就烧向了荷兰人，他与荷兰人签订了一项沿海贸易协定，规定了荷兰人来华贸易的次数，船只吨位，交易规模，向自己所缴纳税金，既维护了海疆平安，又趁机发了笔私财，可谓工作生意两不耽误。他的第二把火，则烧向了自己的住房问题，他在晋江安海镇建了自己的豪华府邸。这座占地138亩的豪宅，与其说是住宅，不如说更像一座碉堡，不但有奢侈的装修，更有精良的火枪火炮和严密的防御，可见是既享受生活。又狡兔三窟。
郑芝龙的这些所作所为，如果用四个字来概括的话，就是商人本性，作为强大的明郑水师的缔造者，郑芝龙确实是这个时代中国最杰出的海军统帅，但他最大的缺点，恐怕就是“利令智昏”四个字，他始终是一个不择手段的人，为了做官，可以扔下跟随他来台湾屯垦的百姓，为了上位，可以当场认爹，改宗教信仰。他所作的一切，无不是利益至上。他的成功来自于此，他最后的悲剧，却也亦然。
补充说一句，在郑芝龙接受招安，离开台湾岛的早期，他的据点台南地区，一度还是在他的控制之下的，当地的百姓照样要向他缴纳租税，这个传统一直延续到他的儿子郑成功接班后，但毕竟鞭长莫及，回迁大陆的郑芝龙，渐渐将自己的力量转移到福建地区，台湾本岛越发的顾不得了。荷兰人这才步步为营，在之后的多年里一步步吞并了郑芝龙的土地。
但郑芝龙一定没有意识到，无论他接受招安，抛弃台湾是对是错，从他受封为五省游击将军的那一天起，他已经做到了他的诸多前辈，乃至前代诸多商人们做梦都想，却不可能做到的事：他以一个商人的身份，成为明王朝的“朝廷命官”，担负起了国家的守土之责，这不止是一个政治问题，更是一个社会制度演进的重大突破。
拜两千年中国封建社会重农抑商思想所赐，长期以来，商人在中国封建社会中的位置，都是非常尴尬的，虽然“富可敌国”的说法，多用来形容某些富商，但是“富”或许可以做到，“敌国”基本就是做梦，中国历史上没有哪一个富商，可以做到能够抗衡国家的力量。尤其在大一统的社会上，有钱的私商，往往更可能成为肥猪，国家没油水的时候，想刮你一刀就刮你一刀。放在明朝，因富招祸的商人，有了沈万三这么个典型，大家也就夹着尾巴做人了。
但郑芝龙却开了一个先河，以一个商人的身份，成为明王朝的朝廷命官。这不稀罕。但稀罕的是，他带着一支名义上属于国家，其实却只听命于他一个人的部队，不是土军阀，而是完完全全由海商势力所组成的军队。对于明末中国封建社会的壁垒来说，郑芝龙的横空出世，更像是一种体制的变异。
如果对比一下西方殖民时代的历史，我们就更不难看出其中的意义：早期的西方国家拓展殖民地，说是政府行为，其实就是那些流窜海洋的海盗，只不过他们有西方国家政府的支持，要钱给钱要官给官，拓展海外殖民地，对于西方国家来说，是一种经济行为，对于那些殖民者来说，却是他们“漂白”自己身份，由匪变官的最好办法。西方数百年海外殖民历史上，因殖民战争的功勋，由土匪强盗摇身一变成为官运，甚至皇室贵族的，可谓不胜枚举。
相比之下，中国海商就惨多了，国家不待见，管的严，勒索重，更悲惨的是没地位，老实守法的，社会地位低，出去当海盗的，在国家眼里更是盗匪，加官进爵甚至当贵族，基本都是痴人说梦。从封建制度的演进看，东西方最大的不同在于，中国新兴的商人团体，包括海商势力，基本没有纳入到国家正常的行政，体系中，对于这个世界上最古老的封建帝国来说，他们大多数时间都是浮游体。按照政治学的原理说，这样的国家体制，自然还是封闭保守，死气沉沉的。
但郑芝龙的发迹，却捅开了这个体制的一个窟窿，甚至毫不夸张的说，至少这个封建帝国的一角，已经部分按照近代国家的发展脉络演进：新兴的海商势力，第一次以合法的身份，被纳入到国家正常的行政体系中，海商在海洋上的拓展活动，可以得到来自国家的支持。受了一二百年“夹板气”的中国海商们，这时候起终于可以挺起腰来了。
但“挺起腰”的郑芝龙，自然是想不到这些的，说到底他还是一个生意人，所作的一切，都是为了把生意做大。在摇身一变做了官后，他依然在继续做生意，首先以政府的名义，去剿灭其他各股不听招呼的海盗，比如这时期同样活动在福建沿海的杨六，李魁奇等团伙，都被他一一剿灭，然后趁着福建灾荒的机会，继续往台湾岛移民，一边收地租一边做买卖，同时大力拓展郑家水师的活动区域，扩大控制范围，顺便也办了点私事，把仍在日本多年的儿子接回了自己身边，就是后来大名鼎鼎的郑成功。
而对于荷兰人来说，这样的“变异”，自然是他们不愿意看到的，郑芝龙的出现，让荷兰人的海洋利益受到了巨大威胁，原先是想打谁就打谁，变成了如今小心翼翼，一不留神就要被人打。曾经畅通无阻的东亚海上航线，而今却多了一个强大的对手。一个完全可以在海洋上重创他们的对手。如此局面，荷兰人当年不能坐视，为了自己的贸易利益，他们必须要给郑芝龙一个教训。
荷兰人筹划的这个教训，就是著名的“料罗湾海战”。
