李璮叛乱犹如昙花一现，仅五个月便宣告结束。但留给忽必烈的震惊却久久不能使忽必烈释怀，甚至其中的两次余震比李璮叛乱本身更使忽必烈心惊。第一，王文统事件。王文统，字以道，益都人。对中国历代权谋深有研究。曾为李璮幕僚，并将女嫁李璮。忽必烈开平践位后，拔擢王文统为平章政事，从而成为忽必烈汗宫及蒙古帝国官僚系统的主要设计师。他曾亲率各路宣抚使，接受忽必烈的自提面命，为忽必烈建立文官系统立下汗马功劳。李埴叛乱后，忽必烈风闻王文统曾遣子王荛向李璮通风报信。于是召王文统诈问，王文统闪烁其词，企图苟全蚁命。恰好发现李璮给王文统的信中有“期甲子”（1264年）之语，忽必烈穷追不舍，逼问什么意思。王文统“错愕骇汗”，招认：“李瑾久蓄反心，约臣居中策应，臣意欲推其反期，故有是语。”
忽必烈异常震怒，锥心剌泪道：“我将你从布衣提拔至宰相，委以重任，授以政柄，待你不薄，你为什么如此负恩寡义？”不待王文统巧言辨毕，忽必烈便伤心地命令推出斩首。处置完王文统后，忽必烈大玩手腕，将他曾经最信任的汉人幕僚窦默、姚枢、王鄂、子僧、张柔等召至跟前，拿出王文统与李璮的通信，递给幕僚们传阅，问：“你们说应该判处王文统什么罪？”柔弱文臣皆回道：“人臣谋反，当诛。”武将张柔高声喊道：“宜剐！”忽必烈仍不满意，像教练员训练队员一样，命令道：“你们一起说。”已有些颤栗的诸幕僚，异口同声高呼道：“当死！”
忽必烈听完这摇尾乞怜般的回答，嘴角掠过一丝不易为人察觉的微笑，轻叹一声说：“王文统已死于朕前了！”
忽必烈并未因此而高枕无忧，相反，他天性中的猜疑益加泛滥。叛将的同党同谋竞打入忽必烈的身边，并位列忽必烈的亲信之位，其危险之至不能不使忽必烈为之心惊胆战。接着，忽必烈追究王文统的来路，他必须弄清楚王文统是如何来到自己身边的。
曾经，包括现在仍被忽必烈委以重任的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、子聪都举荐与推崇过王文统，自然被列为重点怀疑对象。恰好兴元同知费寅又上告廉命宪是王文统在西南地区的朋党，同时牵连到商挺、赵良弼，忽必烈大惊失色，急忙下逮捕令，关押审讯。经过细致核审，查明费寅原为诬告，商、赵得以无罪释放。
王文统案发后，忽必烈想，交相引荐的旧日汉人幕僚每一个人都有可能从民族本位的感情出发，互相勾结，朋比李、王，而欺骗自己。假如真的如此，局面将不可收拾。尽管已查明他们俱无反迹，但谁敢担保以后不会再出现第二个王文统？
汉人自古，似乎天生就会交结朋党，互相攀援，党同伐异，互相攻讦。急功近利是草创朝廷所急需的，王文统“以言利而进为平章政事的”。但窦默、许衡儒流之辈却将迂腐之见与学术之争引入朝廷，声称“治乱休戚，必以义为本。”忽必烈刚刚即位，注重实效的王文统刚刚到位，窦默就傍倚王鄂、姚枢向忽必烈奏称：“王文统此入学术不正，久居相位，必祸天下。”忽必烈强捺不满，问：“那么，你说谁可以做宰相？”窦默推荐许衡，忽必烈拂袖而起，怒气冲冲，嫌恶似的走出汗帐。对许衡那一套长篇大论，浮而不实，不能给新政权带来一分银毫、一支箭矢的空洞言论，注重实惠的忽必烈早就领教过了。当前，忽必烈需要的是军饷粮草和战士去战胜阿里不哥，而不是空疏的儒家学术理论。但不知趣的窦默却“日于帝前排其（王文统）学术”。难怪忽必烈会拂袖而去了。
工于心计的王文统也不甘示弱，他恃宠奏请忽必烈升姚枢为太子太师，窦默为太子太傅，许衡为太子太保。这是一条毒计，明尊暗贬，实际上是要调离三人日侍忽必烈的职位。窦默因为屡屡攻讦王文统而为忽必烈不悦，他还识一点时机，与姚枢商量，避祸东宫，但耿直倔强到不怕死地步的许衡却坚守礼仪，大有拼命之势，坚辞不就。
被儒家学术流派与汉人党派之争搅得心烦意乱的忽必烈，实在搞不清楚门户之见是怎么莫名其妙附着于聪明的汉人身上的，最后只好改命姚枢为大司农、窦默为翰林侍讲学士，许衡为国子监祭酒。不久，许衡负气辞职，称病还乡。
忽必烈能欣然接受汉人治人的高超手法，与一整套治理国家的官僚系统，还有不杀人的博爱思想，但对汉人间的互相倾轧，而且是因为无谓的思想意识间争辨不清小事，实在觉得可笑、可怜、可憎。对昔日竭力帮助自己的旧日幕僚，他不得不刮目相看了。
王文统的变节，使忽必烈对汉儒彻底失望。他震怒后的自省，便是对汉儒从人格上的怀疑，连自己最信任、屡次袒护的王文统都会出卖自己，那么，谁能保证哪个汉儒不会再次忘恩负义呢？
第二，史天泽擅杀事件。
李璮被擒后，审讯李璮的是汉人世侯军阀严忠嗣与史天泽。严忠嗣问：“你为什么这样做？”李璮回答道：“你和我已约好，到时候却又不来。”严忠嗣怒不可遏，提刀向李璮肋下刺去。史天泽问：“你为什么不投降？忽必烈有什么地方亏待你？”李璮却反问道：“你有文书约俺起兵，何故背盟？”史天泽对手下俘虏更为残暴，命人砍去李璮两臂、双足，剖胸挖肝，最后才割去首级。
接着史天泽以“宜即诛之，使安人心”为由，宣布处死李璃，并向忽必烈上请“擅杀”之罪。
尽管忽必烈不可能获悉李璮的追随者流亡南宋后追忆的那段擅杀李璮的细节，但忽必烈依然能够开动其聪明的填满猜疑的大脑，捕捉史天泽超乎职权，迫不及待擅杀李璮的疑点，难道这真的不是一次杀人灭口吗？本来李璮是要上献的。
除了张邦直等汉人万户直接叛附，其他的汉人世侯与李璮也已查明有书信来往，难道他们仅仅是遥遥千里互相问安吗？
李璮叛乱的最根本原因就在于汉人世侯威权太重，地方军民权力集于一身，俨如春秋时期星罗棋布的国中之国，所不同的只在于其宗主除了蒙古大汗之外，还有一个南宋的汉人皇帝，可以凭阑眺望，眉目传情。而这种归宗认祖的潜意识一直不能从他们心底泯灭。请看李璮临死前填的一首《水龙吟》，也许能感受到点什么：
腰刀帕首从军，戍楼独倚阑凝眺，中原气象。狐居兔穴，暮烟残照。投笔书怀，枕戈待旦，陇西年少，叹光阴掣电，易生髀肉。不如易腔改调。
此变沧海成田，奈群生几番惊扰。干戈烂熳，无时休息，凭谁驱扫。眼底山河，胸中事业，一声长啸，太平时相将近也，稳稳百年燕赵。
当然忽必烈感受不到李埴抑或其他汉人世侯军阀内心的苍凉，但对这些拥兵自重、各霸一方的军阀们如果像逮捕文人商挺似的，穷加追究，势必引起兔死狐悲，群起自保的局面，忽必烈心中则早有预料。因此，忽必烈与汉人军阀间的关系一直很微妙。
对此，忽必烈十分谨慎、小心，唯恐因自己的不慎而引起连锁反应。他多次敕命在圣安寺作佛顶金轮会，在长春宫设金篆周天醮。给自己压惊、祈祷，稳定自己的暴躁情绪。并忐忑不安地对史天泽说：“朕或乘怒欲有所诛杀，卿等宜迟留一二日，上奏后再行定夺。”从中，我们真切地感到忽必烈对自己的愤怒是多么缺乏自信！
但内不自安的不仅仅是忽必烈，史天泽等世侯也惴惴不宁，他们比忽必烈更能预见自己的危机四伏与根源所在。史天泽首先上书，替忽必烈排忧解难，声言：“兵民之权，不可并于一门，行之，请自臣家始。”主动将十七位史氏子侄的兵权上交忽必烈。张柔、严忠嗣等世侯也纷纷效法，表忠求全。
忽必烈喜笑颜开，顺水推舟，巧妙利用有利形势，推行一系列环环相扣的加强汗权及中央集权的措施，堵塞叛乱之源。
其实，忽必烈即位伊始，郝经就提出“建监司以治诸侯”的建议，而忽必烈坚决设置十路宣抚司已带有收权中央的性质，李璋之叛一定程度也是“强干弱枝”政策的产物。李璮之叛正好又奉给忽必烈一个治愈失眠的药枕，取消世侯特权，建立地方基层政权自然便不再停滞于理论了。
第一，忽必烈下令实行军民分治，规定各路总管兼万户，止理民事，军政勿预，管民官理民事，管军官掌兵戎，不再兼任。
第二，削弱以致消灭世侯。规定各姓世侯军阀除一人仕宫外，子弟官职例行解任。取消世侯封邑。易将，各世侯军阀互换万户或另派万户，兵归中央。进而又罢诸侯世守制，实行迁转法，即调官法，在世侯领地置牧守，重新确立中央集权政治。这一措施同时也符合汉地黎民及上层地主的意愿，罢世侯后，领地上的黔首们对昔日主人视如陌路，甚至追咎怒骂，一如世侯的崛起，其衰落与走向墓地也同样是历史的必然。
第三，查禁民间兵器。下诏：“诸路置局造军器，私造者处死；民间所有，不输官者，与私造同。”只要是超过一尺长的铁器，都必须上交，甚至连农民用的铁耙、叉等也不在豁免之列。对汉地汉民的防范达到细致入微的地步。
第四，在中央成立总理军事的机关枢密院。从此，枢密院成为蒙古帝国的军权中枢，它不受其它任何中央权力机关的限制，俨然而成一独立体系。忽必烈将枢密院直接置于自己控制之下，由皇太子真金任枢密院使，副使、佥书枢密事等职也操纵于贵胄亲信之手，蒙古帝国乃至以后明显带有中原王朝性质的大元帝国，中央军权再与汉人无缘了。除四怯薛由忽必烈或派蒙古亲信大臣节制外，枢密院的权力大得惊人，“天下兵甲机密之务，凡宫禁宿卫，边庭军翼、征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之。”汉儒幕僚如姚枢、子聪、许衡者流，世侯军阀如史天泽、李璮者流，非但没能拉扯忽必烈进入“以夏变夷”的佳境，反而助长了忽必烈庇佑草原诸王的决心，对他们来说，这些针对汉人而发，转而背倚蒙古军队和色目人的理财术，无疑是一股倒行逆施的恶流。尽管忽必烈在未来依然沿着加强汗权、君权，效法中原历代王朝强化中央集权，但忽必烈的感情，对汉人的猜忌，却再也不能从忽必烈受伤的心头上轻轻抹去了。
李璮叛乱后，忽必烈加强中央集权，已改变了其原意义的初衷，这时它已是建立在对汉人的猜忌甚至歧视的基础上了。
忽必烈是吃着汉人的精神食粮而摇身一变为蒙古大汗的，现在，他却突然感到汉食的变味，尽管他还必须逼着自己去超越自己，再度去俯拾汉法，去安定中原，促进生产与增加税收。但他从心理上却在防范自己过热的情绪，因为汉人的精明不仅仅在于公开的反抗，潜移默化地改变一个弯弓狩猎的草原游牧民族的生活方式将更危险。这一点，忽必烈有切身体验，他一方面清理了汉人世侯，慢慢疏远汉儒；另一方面在亲重蒙古勋贵的同时，悄悄培植能与汉人抗衡的第三势力。于是，来自西域的色目人如阿合马者登上忽必烈为他们铺就的政治舞台。实际上，李璮叛乱刚起，一向为汉人官僚所鄙视的回回人便乘机向忽必烈进言；“回回虽然常有盗钱攫物的勾当，但从不会像秀才们起而反逆啊！”也许忽必烈就是接受了这样的蛊惑，开始驱策色目人为之敛财聚货，牵制汉人的。
到1265年（至元二年），忽必烈正式提出了自己真实的施政思想，他对自己施治的地区做出以下规定：以蒙古人充各路达鲁花赤；汉人充总管；回回人充同知；永为定制。
这样的规定就将为本就高高在上的蒙古贵族奠定了基础，将他们置于了渔翁的地位，而汉人官吏和色目官吏就好像渔人洒出的渔网中的鱼与蚌，无论各方势力的斗争如何激烈，那最后的受益者永远是达鲁花赤们。
蒙哥死后，蒙古帝国便展开了一场长达4年的汗位争夺战，黄金家族的诸王为了能够夺得汗位，将成吉思汗花费一生的心血用武力筑建的帝国篱笆撕开了整段整段的缺口。从每一个缺口中逸出的权利与财富对于此时的忽必烈来说，都是一种灾难。尽管他已经用武力打败了阿里不哥，他的大汗地位也即将被黄金家族公认，但当他转过头环视一下蒙古帝国的篱笆，却不得不承认，这个篱笆的缺口太大太多，要想将这个篱笆重新修复，真的是亡羊补牢，为时已晚了。
成吉思汗建立蒙古帝国之后，他的四个儿子的兀鲁思我们在蒙古帝国的地图上已经找到。不过后来的蒙古帝国，就像个篱笆一样，哪里需要就被带到哪里，这样搬来搬去。在忽必烈致力于安定中原汉地的秩序与情绪时，阿里不哥已经开始在政敌处寻找生路了。直到忽必烈多的可汗的地位，他惊讶地发现蒙古帝国的地图已经被涂抹得面目全非。尽管忽必烈本人也正在积极的绘制，但无论他是多么超群的绘制家，也难以修复其原来的样子。
忽必烈与阿里不哥兵戎相见的第一个硕果是伊利汗国的诞生。
在忽必烈远袭大理，精耕细作北中国时，他的同母弟旭烈兀在波斯也正忙于开疆拓土。经过成吉思汗和窝阔台的两次西征，蒙哥得以在波斯的大部分领土上建立直属汗庭——当然必属黄金家族公共财产的阿姆河等处行尚书省。1252年蒙哥命令从诸王所属军队中签发十分之二交付旭烈兀，进一步征讨尚未归附的波斯诸国。1256年旭烈兀攻灭盘踞玛拶答而（今伊朗马赞德兰省）诸山城的“木剌夷国”。1258年攻陷报达（伊拉克巴格达），灭黑衣大食（阿拉伯帝国阿拔斯朝）。1259年，旭烈兀分兵三路，侵入叙利亚。次年春，旭烈兀接到蒙哥死讯，留下大将怯的不花继续征进，自率其余蒙军退返波斯。当旭烈兀正拟东返故乡时，忽必烈与阿里不哥先后自立为汗的消息传来，旭烈兀决意观望，遂建帐波斯。
忽必烈与阿里不哥异口同声地宣称旭烈兀是自己的支持者，旭烈兀的身价于是成倍增长。胆大心细的忽必烈不惜再破陈规，以大汗名义将黄金家族的公共财产波斯地区划归旭烈兀，借此换得旭烈兀的支援。旭烈兀毫不客气，雷厉风行地自称伊利汗（意即大汗的属民），在东起阿姆河和印度河，西面包括小亚细亚大部分，南抵波斯湾、北至高加索的广大地区建立伊利汗国，建都蔑刺哈（今伊朗阿塞拜疆马腊格），任命各省长官。接着，旭烈兀遣使指责阿里不哥，并几度遣军东向，威胁支持阿里不哥的窝阔台后王海都。
伊利汗国像一笔交易就这样戏剧性地在忽必烈授意，旭烈兀的动手下绘制在蒙古帝国的新地图上。
忽必烈与阿里不哥不共戴天的第二个硕果是促成钦察汗国由半独立走向独立。尽管胜利者忽必烈收获到册封钦察汗即位的权利。钦察汗国奠基于术赤，成型于拔都，独立于别儿哥。术赤的离心倾向曾使父哥暴跳如雷，但术赤的次子拔都却全然不顾祖父的激愤，继续沿着离心的道路高歌猛进。由拔都统率的长子西征本是黄金家族的共同事业，但所征服的包括过去已铁骑所至的东起也几的石河，西到斡罗思、南起巴乐喀什湖、里海、黑海，北到北极圈附近的辽阔区域，西征结束后都沦为拔都及其13位兄弟的世袭领地。拔都在伏尔加河下游萨莱（今阿斯特拉罕附近）扎下牙帐，术赤系后王，拔都的13位兄弟像群星拱月般地团聚在金帐周围，形成半独立的钦察汗国。
拔都帮助蒙哥登上汗位，在打击窝阔台、察合台两系势力的同时，乘机占据汗中地区。曾主持蒙哥即位仪式的别儿哥于1257年继拔都登上术赤兀鲁思的汗位。他名义上仍对蒙古大汗称藩，但他却不再履行黄金家族的义务，蒙哥南征时我们已很难寻找到术赤系后王的从征军队。到忽必烈与阿里不哥挑起战争时，对汗位别儿哥显得十分冷漠，他周旋于拖雷后王两兄弟之间，只唱调和宗亲的高调。尽管他似乎从感情上倾向于草原气息较浓的阿里不哥，并在所铸的货币上称阿里不哥为大汗，但他却不发一兵一卒去给疲惫不堪的阿里不哥以实质的帮助。
一如对待旭烈兀，阿里不哥宣称别儿哥同意自己为蒙古大汗，而忽必烈也向别儿哥派去急使，翘首以待别儿哥承认既成的事实。
阿里不哥归降忽必烈后，忽必烈向别儿哥派去急使，征询处置阿里不哥的意见并邀请他来参加忽里台。别儿哥圆滑地回话忽必烈：“合罕、旭烈兀和全体宗亲们所作出的决定是正确的。我们也一定在牛年（1265年）出发，在虎年（1266年）走完全部路程，在兔年（1267年1出席忽里台。”
但实际上别儿哥没有时间分身，他正手忙脚乱于与旭烈兀和阿鲁忽的战事。
不管怎么说，别儿哥宁愿对忽必烈大汗致以口头上的尊重，但却不想在蒙古帝国地图上丢失哪怕是一小块草地。对钦察汗国的统御忽必烈只能保留一种象征性的权力。再也无力从术赤后王所属军队中抽调一兵一卒用于新的征服战争了。
忽必烈与阿里不哥逐鹿汗位的第三个硕果是促成察合台封地或兀鲁思的私有化，并逐步向独立汗国方向发展。
察合台的最初份地是从畏兀人境地一直延伸到河中的草原地区，而中亚的河中农耕地区和城廓地带——中亚地区东起吐鲁番盆地，西至阿姆河，北达塔尔巴哈台山，南抵阿富汗——则是黄金家族的共同财产，由蒙古大汗直辖，大汗委任官员，所得收益由黄金家族成员共享。
窝阔台时，察合台特汗兄、诸王之长的身份，企图吞并城廓地区，遭到窝阔台的斥责。但随后，窝阔台将从畏兀人之地到阿姆河沿岸的诸城廓交付察合台管辖，但大汗仍派大臣驻镇中亚诸城。
蒙哥时期，在河中、讹答刺、畏兀儿地、忽炭、可失哈耳、毡的、花剌子模和今费尔干纳地区之间的辽阔地域设立别18里等处行尚书省，直属汗庭。管理察合国封址的兀鲁忽乃仍留居在草原地带的城廓。这时，术赤后王势力已伸至河中地区。
忽必烈在开平一称汗，便着手控制原属汗庭的河中地区，这是中亚最富庶的地域。但他所派的察合台后王被阿里不哥擒获，阿里不哥则派出阿鲁忽去主持察合台兀鲁思。阿鲁忽从兀鲁忽从妃子手中夺取汗权后，将别儿哥在撤麻耳干、不花刺和河中地区韵守军全部杀死，接着便发生了我们已熟悉的阿鲁忽倒向忽必烈、阿里不哥向阿鲁忽开战并据有察合台驻帐地阿力麻里的事。
忽必烈为争得阿鲁忽的支持，故伎重演，以蒙古大汗的身份将东自按台山（阿尔泰山），西至阿姆河的土地委付给阿鲁忽，鼓励地去发展自己的势力。
阿鲁忽败于阿里不哥后避居忽炭（今新疆和田），收集失散的军队后，事业多振，并向别儿哥再度开战，洗劫了讹答刺。
阿里不哥向忽必烈缴械后，忽必烈对古老的忽里台仍心存幻想，遣使征询如何处置阿里不哥并同样邀请阿鲁忽。阿鲁忽最关心的是自己的利益，他对忽必烈的使者说道：“我是未经大汗和兄长旭烈兀正式同意继承察合台之位的，现在全体宗宗们聚集在一起，正可判定我能否继位，我愿意前去参加忽里台。”
清扫了阿里不哥的势力之后，忽必烈力图直接控制原属汗庭管辖，蒙哥时所设的别失八里等行尚书省之地。于是，“忽必烈合罕命一支大军前往阿姆河岸，使一切居于这一地区的打算独立的宗王统统从交通线上撤走，这样合罕的使臣可以没有任何一点困难地往返于旭烈兀大王与大汗之间。”同时，阿里不哥所据的察合台封地的东部也被忽必烈接收。
在忽必烈将触须伸向中亚的同时，窝阔台后王海都也趁机向阿鲁忽开战，争夺地盘，并联合别儿哥，击败阿鲁忽，进据察合台的驻帐地阿力麻里。
中亚的地理位置重要到忽必烈、海都、别儿哥都垂涎三尺的地步。钦察汗倾心于汉中的富庶，而海都则想图谋霸业，从这里可直扑别失八里，穿河西走廊直接威胁忽必烈领地的腹心。忽必烈如果控制了阿力麻里等城廓地，那么便可遏止西道诸王的东向，进而可对钦察、窝阔台、察合台兀鲁思发号施令，并便于和伊利汗国联系，形成东西相向的有利形势。因此，由于各系的插手，察合台领地便形成混战局面。
不幸的是，历史总是向忽必烈出难题，正当忽必烈致力于控制中亚的时候，体弱多病的阿鲁忽收娶了合刺旭烈的遗孀、体健貌美的兀鲁忽乃后竟染色身亡。曾经掌握察合台兀鲁思达10年之久的兀鲁忽乃雄心不减当年，将蒙古大汗忽必烈的尊严弃如敝履，擅立自己的儿子木八刺沙为察合台汗。
忽必烈为捍卫大汗的宗主权，并沿着控制中亚的战略思路向前挺进，急需寻找另一位代言人去代理察合台兀鲁思事务。效劳于忽必烈身边的察合台曾孙八刺察颜观色，向忽必烈进言：“木八刺沙凭什么继承我叔父阿鲁忽之位？如果大汗降旨让我继承我的叔父之位，今后我将效劳奉命于大汗。”于是，忽必烈便派八剌去协助管理察合台兀鲁思事务。
更不幸的是，忽必烈这种放虎归山的举动，收益到的只是被这只猛虎反咬一口，忽必烈强忍剧痛，噙泪吊唁着自己的失策。当然，这是后话。
忽必烈与阿里不哥自戕互残的第四个硕果是激发了窝阔台后王海都势力的崛起，并点燃起窝阔台系攫取大汗宝座的欲望。
海都是合失的儿子，而合失则是窝阔台的第五子。蒙哥曾使窝阔台系凋零不堪，当时年仅十几岁的海都被放逐在海押立（今哈萨克塔尔迪·库尔干尔）。海都人极聪明，聪明到狡诈奸猾的地步。他是一个天才的军事家和优秀的行政管理家，凡是接触过他的基督徒、旅行家，包括马可·波罗，全都对他赞不绝口。
在忽必烈与阿里不哥交战时，海都在自己的封地正训练着纯蒙古血统的骑兵，他对游牧祖先们弯弓射箭，纵马奔驰于草原的粗野生活方式极为眷恋，他以能保持祖先的传统而自豪。毫无疑问，他不欣赏忽必烈与征服地汉人的亲昵。他是阿里不哥情感上的支持者。忽必烈在整个汗位战争期间对大多数蒙古诸王都满面笑容，除了阿里不哥及为阿里不哥卖命的。在领赏诸王时，忽必烈照例没有忘记海都。阿里不哥势衰后，忽必烈向海都遣去急使，十分有礼貌地引诱海都：“其他宗王全都到了开平，你们怎么迟迟不来呢？我衷心希望当面会晤，我们一起把一切事情都商议定好后，你们将获得各种恩典返回。”
海都曾捎口信给忽必烈，他要求依照成吉思汗的札撒，将黄金家族征服的汉地也分给他应该得到的那一份。忽必烈则要求他来参加忽里台。海都还记得蒙哥召开的忽里台。他无意自投罗网，遣使致歉道：“我们的牲畜很瘦，等养肥之后，我们遵命前去。”但他的牲畜三年也没有养肥。
马可·波罗对我们说：“海都对他的伯父——大汗心存疑忌，拒绝接受这个条件。他只表示愿意在自己的国家里，向大汗称臣纳贡，而不愿意到大汗的宫廷去，因为他害怕被处死。”的确，海都宁愿死在疆场，也不想死在忽必烈的智谋里。
海都在“马瘦”的三年里，依托海押立，倾心驯养战马和蒙古战士。很快，他便成为窝阔台系的领袖，并恢复了被分割成数块的窝阔台兀鲁恩。其大致范围包括叶密立海流域，也儿的失河流域、阿尔泰山的一部分，其重要的首府有两个，一个是叶密立，一个是海押立。其正西为钦察汗国，偏西与南部则是察合台汗国。但海都不久即挥师南侵，并将行营迁至察合台的驻帐地阿里麻里。占据了原窝阔台封地全境与察合台封地一部分的海都迅速崛起，大有和成吉思汗媲美之势。
这时，他潜隐多年，发誓要从拖雷系夺回汗位的夙愿开始提上议事日程。
八刺到达察合台封地后，施展高超的阴谋诡计，废木八剌沙而自立。接着率军进攻海都，且初战告捷，但海都却请来自己原来的宿敌——钦察的蒙古大军，合兵反攻八刺，八剌不敌，退走河中。海都更加志得意满，此时，他已不需要以马疲的借口来敷衍忽必烈了。
忽必烈与阿里不哥大打出手的第五个硕果是揭开蒙古帝国全面内讧战争的序幕，从而使汹涌的向西征服浪潮停息。
因为忽必烈的抢班夺权，旭烈兀放松了对叙利亚的战争。大将怯的不花于是败在埃及军队的马蹄下，向西南非洲挺进的计划遂成泡影。因为追随旭烈兀西征的三个术赤后王一个因巫蛊罪被处死。另两个也莫名其妙地仙逝，再加上已改信伊斯兰教的别儿哥，以其初人教的狂热，对旭烈兀大肆蹂躏伊斯兰教圣地并虐杀哈里发而极为恼怒；同时他又垂涎伊利汗国的高加索地区，于是征发大军，气势汹汹扑向旭烈兀。旭烈兀也不甘示弱，亲统30万大军迎击。在这种情况下，蒙古帝国再向西扩张已成纸上谈兵。西欧因此而得以长喘一口气。
1262年蒙古帝国东部忽必烈亲兄弟正鏖战得兵尘蔽日，帝国的西部旭烈兀、别儿哥两亲堂兄弟在汗国的篱笆墙边也已厮杀得难解难分。所不同的是东部的战争接近尾声时，而西部的内战还方兴未艾。
1265年，喜欢以各种各样方式杀人的旭烈兀病死。他是个基督教徒，这是受他母亲的影响之故，因此他求助于罗马的基督教会，企图组织十字军东征；别儿哥则向埃及的算端们伸出联盟之手，幻想夹攻旭烈兀。黄金家族本已激情四溢，现在又浇上燃烧的宗教之火，无以复加的结果只能是不因旭烈兀的死而结束形同对峙敌国的内战。
阿八哈继承旭烈兀遗志，再度与别儿哥展开激战，战斗的结果是别儿哥病死出征的途中。
此时，在钦察汗国、窝阔台封地、察合台封地的交界处也不清静。三方混战一番后，天生就具有领袖才能的海都预见到这种内耗无异于自杀，而他们的共同敌人应是忽必烈。在征得钦察新汗忙哥帖木儿的同意后，他向察合台汗国已濒于崩溃的八刺汗派去自己的兄弟乞卜察克（窝阔台孙）去约和，尽管八刺沉思良久，并自言自语道：“真不知道在这种和平之后隐藏着什么战争。”但他还是决定接待乞卜察克，并向乞卜察克满噙亲情的泪花诉苦说：“我们荣耀的父辈用剑征服了世界，并交给了我们。为什么我们不享受世间的幸福，而去内讧、争吵呢？我们家族中的其他宗王们都占有众多大城和繁荣的牧场，而我只有这一小块兀鲁思。海都与忙哥帖木儿还因这一小块分地反对我，要把我这个悲惨、窘迫、可怜的人赶走。”
乞卜察克完成了自己的使命，八刺同意握手言和。三系和好时刻，也就是拖雷系倒霉时分。忽必烈总是被自己的人反咬一口，八剌势力刚能达到自立，他就开始驱逐忽必烈伸向中亚的势力。忽必烈派火你赤率6千骑兵去收复失地，而八刺则遣3万大军去迎击，火你赤有自知之明，含泪退兵，八刺洗劫并占据了忽炭。现在八刺又驱散了与另外两系的战争乌云，正式背叛忽必烈的时机已经成熟。对似乎已变种的忽必烈，海都没有丝毫好感。当海都感化了八刺并稳定了其情绪后，他携着免除后顾之忧的轻快感，1268年正式举兵东犯。
忽必烈命令自己的儿子那末罕去与海都对杀。马可·波罗，他为我们绘声绘色地讲述了忽必烈与海都间的惊心动魄的最残酷战争。即使连细节也没有漏过，他首先对蒙古人阵营前的礼貌表示惊奇，接着他便感觉到“呐喊声和兵器的撞击声，震天动地，即使上帝的雷声，也会被淹没得听不见。”随着他称赏海都刀法特别娴熟，舍生忘死、武功高强，战场上便开始伏尸累累，连这个冒险家也觉得惨不忍睹。最后，他万分感叹地说：“在这一天里，有多少妇女变成寡妇，又有多少儿童变成了孤儿。”
战后第二天，忽必烈派来一支更加强悍的军队，海都察觉风向不对，勒马撤退。忽必烈军既败之于别失八里，复又乘胜追击，长驱至海都的新巢阿力麻里。而海都则远遁2000多里，殊避兵锋。
这可能是忽必烈对西道诸王的最有力一击，也可能是他的军队到达中亚的最远地方。此后，那木罕就驻镇阿力麻里了。
阿力麻里位于察合台汗国的草原上，军事战略地位十分重要。它对海都及忙哥帖木儿的兀鲁思都构成了极大的威胁，一旦占领它，就拥有了对他们发号施令的能力。因此，这样的地理位置决定着忽必烈作为蒙古大汗，维护其权威达到顶峰的时刻到来了。如果忽必烈能够长期占领阿力麻里，那么中亚的历史必然会为忽必烈重写。然而，遗憾的是，历史告诉我们，他并不能够成为乘胜将军，他失败了。
