在面对维新力量的时候，西太后与恭亲王又达成了一致。在政治生涯中，他们之间反复较量，斗来斗去总以恭亲王退缩、失败而结束。沉寂了十几年的恭亲王再次复出后，他的锐气全没了，他不再敢与强硬的西太后争斗，于是对她言听计从。
西太后又住到了颐和园。虽然她无时不“遥控”着光绪皇帝，但毕竟不是看在“眼皮底下”，有许多事情她不可能及时得到消息。当康有为的第四书、第五书到达年轻的天子手中时，她一点儿也不知道。
此时已是光绪二十三年冬。德国强占了胶州湾，国内危机四伏，康有为从广东再次进京，向光绪皇帝呈上了第五书。这第五书起初被军机处扣留下来，翁同龢知道此事后，想方设法、四处打听，终于从一个广东籍大臣口中得知康有为的住处，立刻赶往了南海会馆。两个人一见如故，谈得很投机。翁同龢耐心地听着康有为的讲述，频频点头。他看到康有为的床头处摆放了几本书，从书的装帧上看应属新潮书籍，他试探着问：“你在读新书？”
“是敝人所编。”
“可否借去一读？”
“可以！”
康有为拿过《日本变政考》、《俄大彼得变政记》、《孔子改制考》、《新学伪经考》等书递到了翁同龢的手中，说：“这些皆是敝人研究了中西历史、政治、经济、文化后得出的心得体会，翁大人见笑了。”翁同龢敬佩地望着比自己小二十多岁的康有为，真诚地说：“老朽久居皇城，耳目闭塞，外国之事竟无所知。今天听你一言胜读十年圣贤书，回去后，老朽定当竭力推荐，皇上对西学一定会感兴趣的。”康有为站了起来，他显得有些激动，高兴地说：“唯愿圣上开明通达，若能变法，我大清定能强国官兵。”离开了南海会馆，翁同龢径直到了皇宫。由于他是帝师，出入宫廷十分方便，他很快见到了光绪皇帝。六十多岁的老翁4今日容光焕发，他激动得像个年轻人：“皇上，臣带来康有为所撰的几本书，皇上不妨一读。”光绪皇帝也被师傅的情绪感染了，兴奋地问：“爱卿与康有为谈及变革一事，他怎么说？”
翁同龢呷了口茶，说开了：“康有为认为大清非变法不可，古王安石变法成效显著，昔两宫太后垂官之初略有变法，出现了同治中兴局面，今西太后老朽僵化，以至朝廷上下死气沉沉、国力日趋衰落。”
“对，康有为讲得对！”
翁同龢见光绪皇帝的态度很明朗，他也就无所顾忌了，接着说：“康有为认为变法有三策：一日采法、英、日、俄以定国是，二日大集群才而谋变政，三日听任疆臣自行变法。此三则，若采用了则国力变强，大清朝由衰势转成盛势，如果行不通，我大清将日益衰亡，后果不堪设想。皇上，三思啊！”
光绪皇帝握着师傅的手，诚恳地说：“师傅，朕的决心已定，变法图强、无人能阻挡。”
“好！有皇上这话，臣愿追随皇上，至死不渝。”
“康有为这个人聪明机警吗？”
“康有为的才能远远超过臣。皇上，臣认为皇上可以召见他，让满朝文武都听听他的见解，那些只会跪头，口口声声称‘嗻’的老朽们太闭塞了。”
“准奏！”
就在光绪皇帝与翁同龢商议采纳康有为变法建议的同时，“帝党”中比较开明的一个年轻人——高燮曾也注意到了广东人康有为。高燮曾当时是三品官，他有上奏朝廷的权利。一天，高燮曾上奏一折，请求皇上破例召见低微小吏康有为。
光绪帝龙颜大悦。本来他就想让康有为入朝觐见，无奈无人请奏，他不便突然召见。今日高燮曾提出了请求，召见康有为便顺理成章了，他便口谕：“明日宣康有为觐见。”
不过，光绪皇帝的这一行为被恭亲王以康有为官位不够四品，不能召见为由阻止了。最终只能让大臣在偏殿召见，然后将其话转奏皇上。
光绪皇帝只好谕令李鸿章、翁同龢、荣禄、廖寿桓、张荫桓五人在总署西花厅接见了康有为。可是，恭亲王却不在列。
李鸿章、翁同龢等人心中十分高兴，虽然李鸿章、荣禄为“后党”分子，但他们不愿另一个“后党”分子恭亲王参与此事，因为他们对恭亲王存有畏惧心理。早年，恭亲王曾以“铁帽子”王爷的身份，排挤、压制过汉臣李鸿章。对此，李鸿章耿耿于怀。二十多年前，西太后与荣禄发生私情时，恭亲王也曾暗中作梗，荣禄一直怀恨在心。今日，恭亲王大势已去，加之他真的年迈体衰，李、荣二人当然有些排挤他。光绪皇帝防备他亲太后、疏皇上，也有意打击他，所以，恭亲王抑郁寡欢，积愤于心，竟一病不起。当年显赫一时的恭王爷病重之际，除侄儿光绪皇帝差太监王商前来问候之外，竟无一位同僚踏进恭王府。
遵照谕旨，光绪二十四年正月初三，即一八九八年一月二十四日，总署西花厅里，李鸿章、翁同龢、荣禄等五人接见了维新人物康有为，听他宣扬变法。
翁同龢静静地观察在场的每一个人的情绪变化。他发现康有为慷慨激昂，李鸿章饶有兴趣，荣禄脸色铁青，廖寿桓、张荫桓反响不大。
政治经验丰宫的翁同龢立刻意识到：“荣禄是西太后的死党，荣禄反应冷漠，甚至是仇视康有为，只怕西太后已经给他交了底儿。没有西太后的点头，这个法变不成！”
康有为进宫谈话的当天晚上，西太后便得到了荣禄的详细汇报。
毓庆宫里，光绪皇帝饶有兴致地读着翁同龢这几天新带进宫的几本书。这几本书仍是康有为所编，有《英国变政记》、《法兰西革命记》、《波兰灭亡记》等。皇上对变法似乎着了迷，便令王商将毓庆宫中“四书”、“五经”等书籍搬出去烧了。翁同龢见状，愁云满面，暗自想：“皇上年轻气盛，变法主意已定，看来，大清有救了。可是，万一遇到什么阻力，他的积极性也很容易被挫败。年轻人啊，太毛躁了。”西太后安在皇帝身边的一些“耳目”们很快把他激昂的情绪与焚烧典籍的事情报告给了西太后。
此时，只听得一位太监报：“老佛爷，庆亲王求见。”
“让他进来吧，哀家正欲问一问他宫中发生的事儿。”
庆亲王奕勖是个坚定的“后党”分子，当年，西太后打击恭亲王后便扶植了他。从那以后，他官运亨通，不久便发了大财。
对于西太后，他感激不尽。所以，西太后住进了颐和园，他便成了当之无愧的“情报员”。可是，他对光绪帝尚有一点点感情，在这种矛盾心理的支配下，有时他表现得很矛盾。
西太后深信奕勖坚决站在她的一边，便问：“宫中闹腾得怎么样了？听说皇上欲推行什么新政，你们几位朝廷重臣就没有任何反应吗？”
奕勖低下了头，嘀咕了一句：“不知老佛爷是什么意思？”
“好糊涂的庆亲王，哀家能让小子胡闹一气吗？”
庆亲王比光绪皇帝高一辈，算起来，是皇叔。不过，西太后可以称皇上为“小子”，他可不敢，他开口说：“皇上曾对臣说，若太后不允许他变法，皇位他就不要了，他不愿当亡国之君。看来，他变法决心已定。”西太后冷笑了一声：“哼！狂徒出狂言！他不愿意坐皇位，哀家早就不想让他坐了，既然如此，明日让他退位好了！”一听此语，奕勖吓得面色苍白，他再次下跪，为光绪皇帝求情：“老佛爷请息怒，皇上年幼无知，太后千万不要往心里记，他的皇位万万不可废。皇上亲政以来尚勤于朝政，颇得人心，此时，万万不可废他。”西太后望了一眼吓瘫了韵奕勖，冷笑卜声说：“起来吧！别吓成这个样子，哀家暂时不会废你们爱新觉罗家族嫡传人的。不过，如果他闹腾得太离谱，也不一定不废他！”西太后虽居颐和园，但宫中的一举……动都逃脱不了她的眼睛，光绪皇帝欲变法、求宫强，她心中自有数。登上政坛四十年来，她也深刻地意识到大清太落后了，这几十年来一直受洋人的欺负。作为中国人，她当然是仇恨洋人的。如果按现在的趋势发展下去，中国终有一天会被外国列强瓜分，她的祖业、她的地位、她的江山有可能被外国列强粉碎，所以，她也曾萌动过变法的念头。
只不过，当变法热浪真的来临时，她又有些害怕。就在她困惑、迷茫之际，大清廷传来了不幸的消息：恭亲王奕病危！
光绪二十四年四月十日，恭亲王奕病逝。
奕之死使得慈禧太后与光绪皇帝之间少了一个必要的调和人，以至后来母子反目成仇，终酿成大祸——戊戌政变。
光绪皇帝积极筹备变法，但他深知若没有西太后的认可，这个法变不成，所以，近日来他三天两头跑到颐和园去“请安”。惋前，只有隆裕皇后、瑾妃等人在颐和园陪伴着西太后，如今，光绪皇帝有事相求他的“亲爸爸”，他便动员心爱的珍妃也住进颐和园，以示为人子的孝心。除此之外，光绪皇帝还把珍妃最珍贵的照相机送给了西太后，并让珍妃常给太后照照相，逗得西太后颇为开心。
这一天，光绪帝又来给西太后请安了。西太后正站在荷塘边，笑眯眯地望着远方，珍妃拿着照相机在选景。
“亲爸爸，您再笑一笑，珍儿要拍了。”
珍妃的声音很清脆，一见爱妃，光绪皇帝抑制不住内心的激动。他欲上前靠近心爱的人儿，太监王商忙低声说：
“万岁爷，太后、皇后皆在此，别让珍主子太难做！”
一句话提醒了光绪皇帝，他温和地走向西太后：“亲爸爸，您红光满面，一脸的祥和之气，孩儿实感欣慰。”
西太后扶着小李子的手背，轻声说：“皇上这几天好吗？睡得稳吗？吃得好吗？怎么今天有闲暇来园子？”光绪皇帝机械地回答：“谢亲爸爸关心，孩儿吃得下、睡得稳。两天不见，孩儿会想念亲爸爸的。”
西太后一笑：“不是想念亲爸爸吧，皇上是想珍儿了。今天就让珍儿跟你回宫，你们分别太久会怨恨亲爸爸的。”
“不，不，让珍儿在园子里陪伴亲爸爸，孩儿会放心一些。”
珍妃幽怨地望着皇上，光绪帝和她对视了一下。
珍妃也非常善解人意，她应和着皇上：“亲爸爸，珍儿不愿意离开您。”
西太后露出了欣慰的微笑，说：“既然如此，珍儿留在园子里吧。不过，皇上会感到寂寞的。”光绪皇帝忙说：“一点儿也不寂寞，退朝回来，朕在读书。近日来，朕得到一些好书，读罢茅塞顿开，有得书太迟之感。”西太后觉得有些累了，便说：“小李，把轿子抬来，哀家想回寝宫。回到宫中，让皇上慢慢讲给哀家听。”
于是，光绪皇帝随西太后回到了寝宫。珍妃亲自端上两碗银耳汤，双手捧给西太后和光绪皇帝，然后，她退了下去。望着珍妃退下时的背影，西太后说：“珍儿还算可以，今天令她回宫吧，园子里够热闹的了。皇上至今无子嗣，亲爸爸有些着急，让珍儿回宫，她能尽快怀上龙子，也了却亲爸爸的一桩心事。”光绪皇帝脸微红，但他马上掩饰了过去，说：“亲爸爸，孩儿得到的那几本书，如黄遵宪的《日本国志》、宋育仁的《采风记》、康有为的《日本变政考》、冯桂芬的《校邠庐抗议》等书，读罢的确给人耳目一新之感。虽然他们阐述的角度不同，但最终归结为一个问题，即变革大清才有出路。”
西太后沉思了一下，说：“亲爸爸也想过，甲午失利应归结于我大清国力太弱。小小的倭国竟割我地、索我银，亲爸爸心里能好过吗？你六皇叔临终前也赞同让你试一试，既然皇上坚持变法宫国，亲爸爸就依了你。”
西太后尚未讲完话，光绪皇帝就高兴得跪了下来，口呼：“亲爸爸，孩儿能得到您的支持，真是太高兴了！”
西太后抚摸着皇上的黑发，宛如一位慈母，拖着长长的腔调说：“皇上可别高兴得太早了，虽然亲爸爸答应了你，但你不能任着性子胡闹一气。若变，祖宗大法不能变！”
光绪皇帝欢快地说：“孩儿遵旨！”
西太后抬起手来整了整漂亮的银指甲，慢条斯理地说：“皇上若违背了亲爸爸的意志，可别怪亲爸爸不客气呀！”光绪皇帝脸上掠过一丝不快的神情，西太后是何等聪明之人，她焉能看不出来？得到了西太后的默许，光绪皇帝准备大干一场。他与师傅翁同龢商议了许久，决定立刻设学堂、办团练、开办农工商总局，以尽快发展经济、提高国力。对于这一系列的措施，西太后并未加干涉。可是，有些事情她容忍不了，那就是人事权被光绪皇帝争夺过去了。变法之初，朝廷上每个人的反响不同，有积极参与者，有静观其变者，更有阻挠、畏惧者。一些守旧派生怕变法会动摇他们的地位，所以暗中诬告帝师翁同龢，说他怂恿皇上有违祖制，说他撺掇皇上欲摆脱皇太后的控制……几个人一诬告，西太后不由得怒气冲天，她狠狠地说：“早就告诉皇上，祖宗大法不能变！他若不听我的话，吃亏的是他自己！”
四月二十一日，光绪皇帝与翁同龢长谈了一夜。他们决定，于二十三日发布《明定国是》诏书，向全国发出变法图强的谕令。维新变法的序幕已经拉开！《明定国是》诏书大致内容如下：
谕内阁：数年以来，中外臣工讲求时务、多主变法自强。迩者诏书数下，如开特科，裁冗兵，改武科制度，立大小学堂，皆经再三审定，筹之至熟，甫议施行。惟是风气尚未大开，论说莫衷一是，或托于老成忱国，以为旧章，必应墨守，新法必当摈除……朕惟国是不定，则号令不行，极其流弊，必至门户纷争，互相水火，徒蹈宋明积习，于时政毫无裨益。即以中国大经大法而论，五帝三王，不相沿袭，譬之冬裘夏葛，势不两存。用特明白宣示，嗣后中外大小诸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，发愤为雄。以圣贤义理之学，植其根本，又须博采西学切于时务者，实力讲求，以救空疏迂谬之弊……此外，《明定国是》诏书中还提到重视人才、选拔人才等举措。可以说，它是从政治、军事、经济、文化教育等方面对大清国进行改革。四月二十三日，《明定国是》颁布，朝廷上下一片哗然。赞叹声有之，怀疑声有之，反对声也有之。
当天下午，光绪皇帝驾临颐和园，去向他的“亲爸爸”禀告情况。
以前，每次西太后见到皇上，都是微笑，尽量表现出慈母的样子。可是，今天她的脸色好阴沉，吓得光绪皇帝不敢正视她。
西太后端坐在雕花木椅上，声调低沉地说：“皇上近来政务特别繁忙吗？都四天没来园子了，是把亲爸爸搁在脑后了吧！”
光绪皇帝垂首低眉，轻声说：“孩儿不敢！只是这几日孩儿患了感冒，头很疼，未能来看望亲爸爸。”
“皇上头疼？是弹劾你师傅翁同稣的折子如雪花一般飞来，让皇上头疼吧！”
光绪皇帝一愣，他连忙问：“有人弹劾翁同龢？为什么？”
“哼！皇上还想装糊涂！亲爸爸这里早有所闻，有人奏他仗着自己是帝师便骄纵、嚣张、迷惑皇帝。亲爸爸对他早就反感至极。”光绪皇帝霍地一下站了起来，吃惊地说：“怎么朕连一份这样的折子都没接到呢？”西太后不满地瞅了皇上一下，蛮横地说：“皇上是有意掩饰吧！”“不，不，朕真的感到很吃惊！”西太后示意光绪皇帝坐下来，她说：“皇上不要这么激动嘛。翁同稣是你的师傅，也许他们不敢直接上奏皇上吧！”“亲爸爸，翁同龢廉洁、正直，又效忠朝廷，从来就没有人指责过他。今天，一定是有人陷害他，或许朕的维新活动触动了某些人的神经，他们借打击翁师傅而反对朕。”光绪皇帝大胆直陈引起了西太后的大怒，她拍案而起，怒声道：“皇上的意思是亲爸爸诬陷你师傅了？或者说是亲爸爸反对维新？”西太后的脸色更难看了，光绪皇帝从小就最怕她露出这种神情，他“扑通”一声跪在了地上，说：“亲爸爸息怒，孩儿该惹亲爸爸生气！”“哼！”西太后一扭身子，不再理睬跪在她面前的光绪皇帝。太监王商看在眼里，气在心头。可他一个奴才插不上嘴，只好陪皇上跪着。
约莫一刻钟的工夫，西太后才阴沉沉地说：“起来吧！皇上好好想一想，皇上如此袒护翁同稣是不是误国殃民，像翁同龢这种奸党小人早该铲除了。”光绪皇帝惊愕地望着威严的西太后，西太后瞟了一眼皇上，慢条斯理地说：“皇上不必惊愕，亲爸爸已想得很明白：非除翁同龢不可！”“不！不！亲爸爸不能啊！”“为什么？”“他是朕的师傅。”“那革职回家养老好了，多发些银子给他，他回到常熟可以安居乐业。”“不，他不但是帝师，更是朕的忠实臣子，没有了翁师傅，朕如同被砍掉了臂膀。”西太后心想：“你终于道出心声了，正是因为他是你的得力助手，我才要除掉他。皇上，你开办工厂、修铁路、办学堂、组团练都可以。可是，你闹得太过分了，借维新来改祖制，夺我那拉氏的大权。哼！你休想！”西太后主意已定。光绪皇帝的哀求只能使得西太后更加反感：“皇上，还犹豫什么，拟旨吧，立刻革了翁同龢的职！”“亲爸爸，孩儿求您了！”“不，别求亲爸爸！亲爸爸是个铁面无私的人，为了大清的江山社稷，非这样做不可！”西太后说得很坚定，光绪皇帝明白事已至此，没有更改的余地，痛苦地低下了头。
