一、研究生教育制度存在诸多弊端
（一）学位和学历制度存在明显缺陷
我国学位和学历制度存在的缺陷主要表现在三个方面。第一，学位制度的学位分类体系不完善［2］。职业定向的专业学位与研究定向的学术学位之间界限不清。专业学位同学术学位混淆在一起，两种学位在课程设置和培养方式上不是明确差别、突出特色，而是互相兼顾、相互折中。其结果必然在一定程度上造成研究生培养目标和培养模式的混乱，所培养的研究生也必然是“折中型人才”———在从事学术研究时发现学术研究能力不足，从事专业技术工作时发现实际工作能力不足。第二，学位制度与学历制度间的关系也没有理顺［3］。学历制度仍然占据重要地位，学位制度实际上从属于学历制度。在研究生培养方面，我国原来实行的学历制度是学习期限制，而特定的学位体现的是学位获得者的学术研究或专业能力水准，这种水准仅用学习期限来衡量是很不恰当的。在研究生使用方面，不少用人单位更偏重于考察对方的第一学历，而不是已经获得的最高学位。第三，高校学制和学位管理相对混乱，严重影响研究生的质量。例如，同样是博士学位，获得的途径大不相同，有7年制毕业后攻博的，有8年制毕业的博士，有硕士毕业后直接攻博的，有硕士学位课程班毕业后攻博的，还有同等学力的。这些差别本来并不重要，但关键是从不同“入口”进入学校的学生，却有不同严格程度的“出口”，理所当然地导致了最后学位相同但含金量不同的矛盾。在这些因素的影响下，“研究生”就成为一个笼统概念，其中包括各种层次、各种质量的研究生，甚至不合格的研究生。他们的创新能力如何，必然影响我国研究生整体的创新能力体现。
（二）考试制度和招生制度存在问题
受应试教育的长期影响，我国不少学生从小学到大学、再到研究生阶段的考试，都特别偏重于考试能力的选拔，背离了研究生考试所要达到的真正目的。应试制度和应试教育在研究生入学考试中主要体现为考察对书本知识的记忆，没有突出对创新能力的测试，因而只能培养出具有很强“应试能力”的人才，难以培养出具有解决实际问题和原始创新能力的人才。甚至一直到研究生的培养，都还有人在大力提倡所谓“研究生素质教育”的问题。尽管这是显得十分荒谬的现象，但足以折射出我国研究生考试制度存在的弊端和应试制度对创新能力的限制。在研究生招生和入学问题上，尽管设置了面试环节，但多数面试往往都仅仅是流于形式、走走过场，主要还是根据研究生入学考试笔试成绩确定考生的命运。更有甚者，把面试当作一个经济、权利或营私舞弊的杠杆，武断地主宰研究生的命运，从而限制了某些良好生源的入围；有真才实学而没有关系后门的人不能接受研究生教育，有关系后门而无真才实学的人却获得研究生入学资格。这些制度的负面影响，主要导致的是部分研究生生源的质量下降、名不副实以及创新能力不足。
二、高校招生体制和教学秩序存在不少弊病
（一）盲目扩招导致学位泛滥，重视培养数量的增加而忽视培养质量的提高
据说当前我国硕士研究生培养正在走“硕士研究生本科化”的特殊培养模式，出现硕士和博士研究生的大量扩招，只注重培养数量的扩大而降低了培养质量的提高，这必然在相当程度上严重影响研究生的创新能力。一些学校本身不具备很强的硬件实力，却要招收大量研究生，教学质量必然下降，这是有目共睹的事实。本科生、硕士和博士研究生，正在以一种极其惊人的速度逐年扩招，用有些消息敏感人士的话来讲，就是“扩招的后果几乎达到了硕士博士学位泛滥的地步”。这种只重视数量而不顾质量的盲目扩招，必然导致学位泛滥、含金量下降、创新能力下降。此外，在学位与就业的问题上，也出现了一种奇怪的学位攀比风：80年代大学本科生就业有明显优势，到90年代这种优势逐渐消失，取而代之的是硕士研究生占上风；但这种优越感并没有持续多久，现在博士研究生就业也面临困难，许多人不得已而继续做博士后工作。从这个角度来讲，很大部分人攻读博士学位，是被迫的，是为就业打基础的，而根本就不是想获取渊博的知识。这种极不正常的学位攀比风，进一步促进了研究生盲目扩招的力度，形成恶性循环，导致社会上研究生越来越多、质量越来越差，创新性大受影响。
（二）高校近亲繁殖和校际学术壁垒严重影响学生的创新能力培养
很多情况下，创新性思维的产生都来源于知识的积累、学术交流、问题讨论和交叉学科的合作等，用陈旧的方法解决陈旧的问题是很难获得创新的；只有注入新的因素、采用新的方法或从新的角度来思考问题，才可能获得真正意义上的创新。当前有一种奇怪的现象，多数高校学生本科毕业后都选择直接攻读母校的硕士研究生、硕博连读生甚至直博生，从而失去了接受其他高校创新思维熏陶和渗透的机会，结果就是高校学生和学术的近亲繁殖。导致这种现象出现的重要原因之一，竟然还不是因为母校学术水平高、学风正等两性因素，而是因为考生的人际关系更好、更容易考上。此外，与高校近亲繁殖相对应的一个现象，就是校际间的学术壁垒在无形中被提高了，增大了其他高校考生考入这些学校的难度。高校近亲繁殖日益严重和校际学术壁垒持续增高的结果必然导致自我封闭、合作交流受限、创新思维成为无源之水。问题的关键在于，不少高校并非没有将本校学生占拟招收研究生人数中的比例控制在一个适度的范围，反而有意无意地扩大自己的规模、培养自己更多的所谓嫡系队伍。这些问题如果长期得不到解决，必然造成研究生质量下降、创新能力不足。
（三）研究生课程设置和教学安排也存在不少问题
“目前研究生教育存在着应试教育的缺陷。”［4］。许多学校的研究生要么缺乏相对正规、前沿和权威的教材，接受零散杂乱的知识，使知识结构的系统性遭到破坏；要么是教材内容和课程设置过于陈旧、不能与时俱进，难以启发学生的创新性思维。值得注意的是，不少高校的研究生教材都是自己编写的，其中不乏名利因素的影响，正是这些以次充好的教材在误人子弟、在葬送研究生的创新性灵感。如果教材质量能得到充分保证，采用这种方式解决教材问题本应该是无可厚非的，但问题的关键就在于某些高校显然是在缺乏足够实力、不能保证教材质量的前提下进行教材编写和兜售的，这必然影响研究生教学和创新。相关行政管理部门对这种普遍现象的解释是，研究生管理机构无法指定可供选择的正规教材。此外，一些高校的研究生授课教师挑选把关不严，有的干脆就没有选择的余地（比如在师资力量缺乏、授课教师待遇较差等条件下），照本宣科的现象十分严重，根本不能理论联系实际、引导学生分析问题、解决问题，甚至某些给研究生授课的教师的资质都受到质疑。
三、研究生导师的自身情况影响研究生创新能力的发挥
（一）某些研究生导师的学术水平和创新能力受到质疑
俗话说“活到老学到老”，研究生培养过程也是如此，即使是博士毕业从事博士后工作，也还需要指导教师的帮助。在学生的成长过程中，中学阶段主要是教师为主，培养学生初步的自学能力；大学本科阶段主要培养自学能力。从本科教育到硕士研究生教育应该是一个巨大的转变，是从自学书本知识走向科学研究之路的关键环节，导师的作用举足轻重。如果导师本身的学术水平有限、创新能力不足，那么他就有误人子弟的嫌疑。投到这样的研究生导师门下，要想获得很强的创新能力和创新性研究成果是很难的。“目前导师对于创新型人才培养的理念与策略还不能完全适应社会发展的需要。”［5］。
（二）某些著名的研究生导师出现严重的师生比例失调，导致研究生培养质量下降
有些研究生导师（尤其某些知名度还比较高的教授），每年招生十几人甚至几十人，导师连研究生的姓名和基本情况可能都没有搞清楚，更谈不上指导学生的科研工作和培养学生的创新性思维；这些研究生自然也是慕名而来、旨在挂靠一个知名教授以增加自己在今后工作生活中的影响力，但结果当然也是有利有弊、可想而知的。由于导师的精力是有限的，师生比例严重失调必然导致每个学生接受导师指导的时间和机会大大减少，最终是研究生培养质量的下降。有些导师虽然具备了培养创新性人才的客观条件，但由于缺乏敬业精神、对学生不负责任，同样无法挖掘研究生的创新潜能。此外，随着研究生数量的剧增，这些导师有可能力不从心，从而对课题和毕业论文的质量无从控制，即使出现抄袭、剽窃、作假行为也睁一只眼闭一只眼，论文的创新性失去了基本保障。
（三）某些导师的研究经费不足，创新性思想难以得到实现
众所周知，足够的科研经费支持是创新性研究得以实现的必要保障。如果没有相应的经费支持，任何创新性研究都只能是纸上谈兵，永远不可能实现。有些导师研究经费不足却仍在持续招生，这些研究生自然要面临自己寻找课题、终日为经费奔波的命运，何来创新可言？本来应该从事创新性研究工作的研究生，如果整天还要为寻找课题经费、挂靠有课题的导师而四处奔波，其最终的论文质量肯定会受到影响。因此，研究经费的紧缺必然影响研究生创新能力的发挥。然而现实就是这样真实而残酷：很多研究生经费不足；不少硕士或博士研究生导师根本就没有科研经费或不愿意投入足够经费；有的甚至达到无法完成设计课题的地步。不少实验室尽管配备了较为先进的仪器设备，但为了减少开支就将本该由实验员承担的诸如仪器管理、操作和维护等基础性工作分派给广大研究生，许多研究生正是在试图掌握实验技术和摸索实验条件的痛苦煎熬中把三年宝贵时间消磨过去，把重点放在了掌握方法上（而不是创新性的课题设计与构思），以至于在研究生毕业后只能说“我终于掌握了某某实验方法”（而不是说我终于解决了某某问题）。有部分研究生导师还承受着来自生活、经济和家庭的繁重压力，温饱及小康的问题远未解决；还有部分学者并不能真正冲破“金钱关”。这些研究生导师的经费是否完全投入科研项目研究，可能还有待深入探讨。
四、学术腐败、学术浮躁之风和功利思想淡化了创新意识
当前正盛行一种具有中国特色的奇怪的打假行动，即学术打假；可见学术腐败问题何等严重，学术腐败问题体现的学术浮躁之风。许多人之所以没有发表意见，不是问题没有出现，而是出于保守、出于明哲保身，不敢发表意见。就医学界而言，具有功利思想和学术浮躁嫌疑的现象随处可见，假的中华系列杂志出版了一期又一期，各种医学杂志多如牛毛、并继续应运而生；编辑部讲人情发稿，给版面费就发稿等，这本身是一种极不正常和极不严肃的现象，但却非但没有得到遏制，反有越演越烈的势头。这种现象在许多领域都存在，有些网站甚至公然打出广告，为某些用户提供制作学位论文和晋升职称论文的代理事务；街头巷尾兜售假文凭、假学位的广告也随处可见。除了这些小人物的学术造假外，每年都有一些知名学者的学术腐败问题被曝光，其中最值得关注的是韩国科学家在美国Science杂志发表的文章涉嫌造假的丑闻，以及我国科学家在“汉芯”系列芯片研制中涉嫌造假的内幕。不难想象，在这样的学术氛围里搞科研，努力创新和踏实工作的人不但得不到应有的承认，反而只能被认为是太笨、太傻和不值得，学术腐败和全面造假反倒成为紧跟时代潮流的模范。这些极不正常的现象无疑给研究生的良好学风养成带来巨大的负面影响，不但可以导致研究生创新能力的提前夭亡，更是对现有创新能力的直接亵渎和彻底毁灭。就工作待遇来看，搞基础研究和搞应用研究的知识分子之间，的确存在很大的差别，这也在很大程度上伤害了从事基础研究的工作人员的积极性和创造性。这些不正常的现象和风气在很大程度上助长了研究生学术浮躁的作风，严重影响了创新能力的发挥，对于一个团体、一个行业乃至一个国家的发展都是不利的。
